朱由檢現在已經不再相信樊一蘅與王應熊這兩個文官的軍事才能。
因而，他也只能把這兩個文官調離雲貴，省得他們以自己一個是總督一個是大學士的高官之位干預戰事。
而且錦衣衛的奏報裡也不止一次提到過樊一蘅與王應熊的瞎指揮導致曾英與楊展失去多次殲敵機會的事。
但調離樊一蘅與王應熊之後，朱由檢還是得選一個能統籌諸方兵馬的統帥才行。
朱由檢本來屬意秦良玉，畢竟秦良玉在西南威望極高，文武官員乃至西南各處土司都對其極爲尊敬。
由秦良玉掛帥統領雲南、貴州、廣西、湖廣、廣東等戰事自然是最好。
但現在秦良玉已經年邁，朱由檢也不想讓她再奔波勞累，便只得退而求其次選擇馬士英這個兵部尚書兼武英殿大學士爲督師，統領雲南、貴州、四川、廣西、湖廣、廣東六省軍政。
馬士英統籌各方力量與協調關係甚至是後方安排都行，但在戰術指揮上也還是有些不及，朱由檢便決定讓李巖以兵部左侍郎兼領雲貴總督的身份協助馬士英針對張獻忠攻略雲貴的戰事。
李巖在軍事戰略指揮上無論是實戰經驗還是個人天賦皆長於馬士英，而且李巖在農民軍中待的時間較長，此次參與雲貴戰事的大明主要軍隊便是農民軍出身的滅虜軍、近衛軍高傑部等，而敵軍張獻忠部也是農民軍出身。
所以，李巖這種應該算是比較瞭解農民軍的官員協助馬士英在戰術指揮上可以做到知己知彼，在統籌內部力量上可以讓高傑部與滅虜軍和官軍更好的相處。
除此之外，李巖與馬士英如今也算是在兵部共事兩年的同僚，彼此的性格脾氣也磨合得差不多。
不過名義上還是馬士英做最高統帥。
樊一蘅和王應熊作爲四川地方武裝，在四川失陷之前或可有用，如今四川已全部淪落入張獻忠之手，朱由檢也就用不着他們在四川地方基礎的控制力去發動羣衆抵抗張獻忠。
而讓樊一蘅去兩廣籌集糧草，朱由檢也有自己的考慮。
在他看來，樊一蘅肯定是很希望官軍收復四川的，所以在籌集糧草方面他不可能不盡心。
而王應熊作爲崇禎十五年間被罷黜的內閣大學士，如今既然又被重新起用，朱由檢自然也不能輕易將他罷黜，只得調回京城做個顧問，也好讓他這個皇帝能通過王應熊更清晰地瞭解雲南、貴州、四川這些地方的真正情況。
只不過朱由檢有意裁汰冗政，慎用官位，因而便不能讓王應熊擔任內閣大學士，以後在大明，任內閣大學士者必掌行政實權，而不得過問軍事。
興平高傑部從崇禎十七年開始，除參與了一次剿滅劉良佐的戰鬥外便一直被朱由檢放在蘇淞杭一帶震懾江南士族未用，如今卻要遠調貴州，朱由檢不知道這把深藏溫柔富貴鄉近三年的鋼刀是否已經生鏽。
但無論如何，也只能指望這點人馬了，在近衛軍主力不能調動的情況下。
朱由檢給馬士英和李巖的要求是不必在乎損失城池與地盤，但一定要儘可能地拖住敵人，不讓其東進，威脅大明後方，至少要拖到大明在將來的某一日再次粉碎清軍南下的企圖後。
高傑的近衛軍第五軍也已全部換上最新的裝備，火器裝備崇禎十九式燧發槍，火炮裝備崇禎十九式步兵野戰三斤炮以及六斤炮和十二斤炮，最主要的還是三斤炮與六斤炮畢竟西南多是叢林山地，大型火炮實用性不大。
近衛軍第五軍最先抵達的南京，且在南京進行了一段時間的整訓後便開始啓程去西南。
而朱由檢也在此期間召見了高傑，做了一些指示。
馬士英其實是不想在這個時候離開南京去西南的，畢竟現在滿朝都知道首輔範閣老有要被陛下換掉的意思，而他馬士英無疑是下一任首輔的有力爭奪者，但現在卻突然要讓他去西南指揮戰爭，他心情並不是很好。
不過，朱由檢也知道這些官僚們的意思，便也直接提出選任首輔未來首重軍功與政績，不看重資歷以及之前的官職。
馬士英也才明白自己若是在這次針對張獻忠南下攻略雲貴的戰爭中取得功業，將會有助他在將來成爲首輔，便也開始積極地爲西南戰事準備了起來。
“楊展此人在西南戰事中表現很是突出，乃是難得一見的將才，而李巖在湖廣戰事中便已初見崢嶸，你此去西南要務必利用好這兩個將才，或許他們聯合起來才能夠對付李定國，你作爲主帥不在於驍勇善戰也不在於有遠見卓識，而在如何用將，有人說這楊展頗爲跋扈，恃才傲物，不把其他各部將領放在眼裡，你此去西南後，這楊展若有冒犯之舉，要有容人之量，寧願爲他得罪其他人，也要順着他的脾氣，一切都得等戰事平定後再說，明白嗎？”
朱由檢很認真地向馬士英說着，他現在不擔心別的，就怕馬士英這種擅長官場勾心鬥角的官員一到戰場上又搞起了內鬥，現在楊展等地主武裝與大明西南官軍算是兩個山頭，如今又加一個高傑和李巖這些農民軍出身的山頭。
如果馬士英作爲主帥不統籌好，而是拉一幫打一派而去達到自己的某種目的，譬如拉攏成自己的政治籌碼，甚至因此導致戰爭失利。
因爲朱由檢知道，馬士英很擅長這樣的手段，在原本歷史上，他一個鳳陽總督就因此拉攏江北四鎮力壓東林黨，一舉掌控南明朝政大權。
如馬士英真那樣做，朱由檢不介意陣斬主帥，爲此朱由檢特地允諾馬士英與李巖俱可密奏，以此達到既有統合又有分制的目的。
馬士英知道朱由檢擔心什麼，只能連連請朱由檢放心，畢竟他也知道自己此去西南最大的政治機會是建立軍功，而不是拉攏自己的勢力，因爲他現在再怎麼拉攏勢力也不可能威懾如今的朱由檢。
朱由檢現在也只能把西南的戰事全權交給馬士英，包括雲南、四川、貴州、湖廣、廣西、廣東六省的軍政大事都交給馬士英，而他則纔好集中精力準備對付滿清還有朝廷內部的暗流洶涌。
錦衣衛都指揮同知李若璉被朱由檢派做了全權負責西南戰事的情報事務，由他向馬士英負責，分擔錦衣衛都指揮使吳孟明的壓力。
而吳孟明也只負責針對滿清與南方鄭氏的情報事務，東廠則繼續負責糾察國內的不安定因素。