據卜憲羣先生研究，三公、九卿體制的出現，跟中國哲學中，三和九這兩個數字具有特殊的意義有關，三、九體現着天數，是萬物滋生轉化的關鍵環節。
秦朝將境內分爲36郡（後擴大爲40郡），開驛道、設驛站溝通連接。地方官制分爲兩級：郡與縣。京師地方主官爲內史，其他郡則設郡守爲主管，郡丞爲副，郡尉掌武事。另設監御史監督郡縣各官。縣一級，設縣令（小縣爲縣長）、縣丞和縣尉。在縣以下，還設有鄉官和亭長，鄉有三老、嗇夫、遊徼。三老掌教化，嗇夫聽訟和收稅，遊徼巡查賊盜。嚴格講來，鄉官不是官僚體系中的正式官吏，只是這個體系的補充和延伸，鄉官雖然也有俸祿，但十分微薄，主要還是靠在鄉間的產業爲生。劉邦在秦朝曾爲亭長，但自家謀生尚有困難，需靠兄長接濟，因此他父親怪他不會“治生”。
與官僚系統相配套的是文牘主義的盛行。官僚系統的運轉，在很大程度上要依靠公文的傳遞，溝通各部門的信息，使政令上傳下達。諸如上計（各地定期彙報情況）、司法審批、一般行政事務、軍情奏報、監察等，無一不需要藉助文牘來實現。皇帝實際上也是憑藉文牘來掌握政局，瞭解國家運行的過程，秦始皇規定自己每天要看奏章120斤（簡牘），相當辛苦。實際上，在春秋戰國時期，隨着官僚系統的日益擴大，文牘已經流行，秦統一以後，取消封建制，皇帝與官吏共治天下，“書同文”成爲一個首要的爲政舉措。文字統一之後，顯然有利於政務信息的溝通，上行下達不存在文字上的障礙，但文牘主義也水漲船高，發展到了一個新的高度，從此以後，愈演愈烈。
四、“以吏爲師”的政治文化
以商鞅變法爲起點，秦國在社會基本層面已經開始實行什伍編制、相互連坐、鼓勵告發的治理方式。隨着“法治化”的進程，相互監視、互相告訐的風尚在君主政治的導向下，開始在官場和社會上流行。在“大一統”的帝國格局內，所有人都是相互猜忌、互相敵視的，政治操作基本的指導思想是法家的“性惡說”。將人的本性定爲惡，雖然看起來是對人和社會觀察得比較透徹，往往能看穿人行爲動機的原發點，從而在操作中以惡制惡，但是這種露骨的政治操作，往往不僅將人行爲中的善因子掃除乾淨，而且刺激了人與人之間的爭鬥，使人變成了狼，甚至比狼還要兇殘無情。從某種意義上說，這種情形對治理的危害更大，如夏曾佑所說：“夫性既惡矣，則君臣、父子、夫婦、兄弟、朋友之間，其天性本無所謂忠、孝、慈、愛者，而弒奪殺害，乃爲情理之常，於此而欲保全秩序，舍威刑劫制末由矣。”（夏曾佑：《中國古代史》，254頁，石家莊，河北教育出版社，2000。）雖然這種嚴刑峻法的治理方式在某一時間段內可以實現絕對的秩序，達到路不拾遺、夜不閉戶的境界，但強力手段稍有鬆懈，在爭鬥頻仍的狀況下，往往會因爲一點火星，就引發沖天大火，導致空前的無序和混亂。
顯然，秦朝統治者對此是有所認識的，他們防範的辦法是徹底的愚民和思想禁錮政策，以期從根本上泯滅人們的反抗意識和反抗能力。統一後不久，秦始皇就採納李斯的建議，推行文化禁錮政策，以吏爲師，盡焚民間書籍，以嚴刑禁止民間接觸任何除了醫藥、卜筮、種樹之類純技術性的書籍（偶語詩書者棄市），如果民衆要想知道點除了種田以外的事情，只能以吏爲師。以吏爲師的意義是，基本上除了文吏以外，整個社會沒有有文字能力的人，所有的人，包括文吏在內，要學只能學習朝廷的法令，人們看到的文字，也只有朝廷的法令。意思就是說，法令要你做什麼你就做什麼，官吏要你怎麼做你就怎麼做，只許刻板地遵行，不許有任何的違拗。反過來，對於文吏而言，掌握熟悉法令也是他們的最大政治資源，20世紀70年代發掘的雲夢秦墓，作爲縣級文吏的墓主人喜，竟然將記載當時的法律條文的竹簡大量陪葬，除此之外，其他的書籍基本沒有。由此觀之，秦朝真是一個“法治”社會和“法治”的國度。
秦朝的法令，規定得非常嚴格，一點彈性也沒有。陳勝吳廣造反，在很大程度上是因爲秦朝法令的刻板而且嚴酷。明明是因爲大雨連天的緣故，陳勝吳廣等戍卒根本無法按期到達指定地點，但法令卻沒有一點可以變通的地方。明擺着到地方就要殺頭，但押送的軍官卻只能嚴格執法，堅持要將戍卒送往死地，結果激出了覆滅秦朝的第一顆火星。
禁錮政策從焚書走向坑儒是非常自然的事情。原本，秦始皇對儒生還是頗爲重視的，博士官基本上就是爲他們而設置的。秦始皇在泰山封禪，開始還招了幾十個魯地的儒生議禮。一來，秦朝的禁錮政策並不涉及朝廷。道理很簡單，愚民不能愚皇帝，而儒生是爲皇帝服務的。二來，作爲一個王朝，儀式和排場是免不了的，而且也是統治者所喜歡的。秦始皇開始也希望儒生們爲朝廷制禮儀，但是在一系列重大活動中，比如封禪、朝儀，儒生七嘴八舌，莫衷一是，惹得喜歡專斷乾脆的秦始皇特別不高興。隨後又發生了盧生議論朝廷的事情，這種事情，就當時而論，也許是李斯輩故意興獄，但只要有這些“知識分子”存在，議論朝政的事情是免不了的。由盧生事件導致了對儒生的大規模迫害。嚴刑之下，儒生們相互告訐，越牽越多，最後有460餘人被活埋。460個儒生當然不是當時儒生的全部，更不是有知識者的全部，但從此以後，思想的禁錮就在全社會推開了。寫在竹簡上的，只剩下了枯燥的法令條文。有材科說，所坑之人中，也有方士。當時的方士欺騙秦始皇之事，非止一端，被坑也有可能。
然而，嚴厲的禁錮政策並沒有使王朝的統治固若金湯，愚民的結果，也惡化了人性。我們前面說過，性惡論基礎上的治理術，無視倫理道德的作用，將人們的行爲規範全綁在繁複而苛刻的法令上，所有的人不存在一丁點的人情，結果是使人變成了食肉動物，一旦作亂，往往毫無顧忌。而且，秦朝比較徹底地打破了權勢地位的世襲傳統，也自然地讓人們產生了“王侯將相，寧有種乎”的思想，更容易導致覬覦之心。繁複而刻板的法令，沒有絲毫的彈性，對於治理也是一個非常不利的因素，往往不是導致濫殺，就是激起民變。後人譏諷秦政道，“坑灰未冷山東亂，原來劉項不讀書”。越是徹底的思想禁錮，往往越是不能防止動亂，因爲真正樂意作亂的人，更多的並不是讀書人。只是不讀書的劉項（還包括陳勝吳廣）亂起來以後，往往伴隨着空前的殺戮，秦統一經歷百戰，中國的人口損失和生產破壞卻遠沒有秦末大亂那麼厲害，這裡，秦政是要對秦末大亂負相當責任的。
從官僚體系的角度來看，皇帝和官僚之間沒有任何道德依附，也沒有人類起碼的情感聯繫，官吏服從皇帝服從上級，僅僅是由於服從對象具有強力和手腕，具有高超的權力技術，不服從要付出太多的成本。不僅在一般人中間，充斥着告密和猜忌，而且在官僚集團內部，這種互不信任、互相拆臺的風氣更盛。在一個深不可測、高高在上的君主面前，所有人的命運都是不可確定的，隨時都有可能人頭落地，人人都有強烈的不安全感和失落感。君主以權術待下，羣臣也以權術待上。一旦君主不再具有雄才大略，不再明察秋毫，那麼被玩弄和愚弄的對象就變成了皇帝。到了這個時候，因害怕而導致的服從鏈條就會鏽蝕，一有風吹草動，大廈就會崩塌。如此強大的秦朝，居然會因“戍卒一叫”而雪崩式倒塌，充分說明了這個道理。
秦始皇將咸陽之旁二百里內的二百七十多座宮觀以複道和甬道相連，自己的辦公地點隨時遷移，有泄露皇帝所在的，馬上處死。一次在山上發現丞相李斯的隨從車馬甚多，稍微有點不快，結果身邊的人將這個情況告訴了李斯，等到秦始皇再見李斯的行蹤時，發現他已經將隨從和儀仗大大削減了。秦始皇馬上明白了是怎麼回事，於是將那天在身邊的人都殺了。由此可見，秦始皇雖然貴爲天下主，但不信任任何人，即使在比較受秦始皇信任的李斯和皇帝之間，也充滿了權術和陰謀。李斯收買皇帝身邊的人爲自己做耳目，而皇帝則不惜採取非常手段防止這種情況的發生。
秦二世上臺後，權臣趙高爲了操控他，先是將能與之抗衡的官員統統除掉，然後居然演出了指鹿爲馬的鬧劇，牽一隻鹿來，告訴秦二世說這是馬，左右的人都說這是馬，凡是說實話的人，統統殺掉，幾次三番，最後皇帝也就相信他看到的是馬了。
也許董仲舒說得有道理，他說，秦朝的百官“外有事君之禮，內有背上之心，造僞飾詐，趨利無恥，是以刑者衆，死者相望，而奸不息，俗化使之然也”（《資治通鑑》卷17《漢紀九》）。秦國自商鞅變法以來實行的實利主義的國策，雖然迅速地使國家強大，但其孕育的政治文化，也埋下了日後迅速敗亡的種子，“俗化使然也”。