對於鄭芝龍，張由鬆極度厭惡，這傢伙在歷史上，絕對不是一個好人，人品差得很，比三姓家奴呂布還要差得多了，人家畢竟是馬上搏戰的英雄帥哥，一人獨戰三英的，鄭芝龍呢？先爲海匪，再爲明官，再爲清官，最後，窩囊地被自己的兒子連累，讓滿清朝廷摘了脖子上的吃飯家伙，丟人現眼。
所以，張由鬆決定掃清鄭芝龍的勢力，不給他一點兒面子，要讓這個大漢奸在歷史上沒有意義出頭露面的機會！
在福州，張由鬆正式宣佈，廢黜鄭芝龍的南安公的稱號，貶爲平民，並且宣佈其爲叛國者，任何人都有逮捕其歸案的義務，“倘若不予逮問，視若同罪，倘若逮治，功在國家，必得重賞。”
雖然兩勝敵人，張由鬆還是覺得，自己的兵力太少，鄭芝龍的匪軍太多，敵人至少還有十萬，如此`多的兵力，想要消滅，不是一時半會兒的。
“皇上，鄭芝龍本就是海匪，生性強悍兇殘，如果我軍強攻，則會使他頑抗到底，如果我軍誘導以利，則可以坐收成果，輕重緩急，請皇上定奪。”黃宗羲建議道。
他的意思是，要赦免鄭芝龍的罪行，保存其勢力，同時，要他投降，搜索唐王，逮捕治罪，這樣，官軍可以不戰而勝。
“皇上，黃大人所言，頗有道理。”顧炎武也贊成老黃的。
現在，張由鬆的身邊，人才增加了不少，還有陳子龍，張煌言，對，張煌言深得皇帝的讚賞。他們也都向皇帝進言，希望採取懷柔的手段，促使鄭芝龍投降。
張由鬆請大家將利弊都講出來，然後決策。最終，他獨裁方案，執行了強硬進攻的方案：“你們只知道其一，不知道其二，我朝招安鄭芝龍，本就是一個錯誤，是沒有辦法的辦法，所謂私人武裝強橫，國家公器自然衰敗，罪犯成官員，則置我大明的國家法典於何在？可是，也不能就說當時招安鄭賊是完全錯誤，那只是權宜之計。我朝北面受制於靼子，中原被侵伐於李闖張獻，沒有辦法啊，現在，我朝必須嚴懲鄭賊！”
張由鬆講述了嚴懲的原因，一，要維護國際法典的嚴肅性，因爲，國典不尊，國家的整個制度都將成爲兒戲了，是罪罰是功賞，必須明確。二，鄭芝龍首鼠兩端，又擁有龐大的武裝，遲早都是國家的禍害，能夠儘早拔掉就拔掉，否則，必然引起割據等尾大不掉故事，三，鄭芝龍殘餘叛亂，是唐王集團的核心罪犯之一，如果他都可以赦免，則一切人都可以赦免了，四，如果剷除了鄭芝龍，可以由國家控制東南海疆，負責對外貿易。實現稅收方面的重大突破，可以富國強兵。
在講述了這一切的問題以後，張由鬆表示，鄭芝龍的問題，最主要的是性質，一，黑道社會，二，顛覆現有政權。當然是大逆不道。“必須予以嚴懲，絕對不能含糊。”
“可是，皇上，您素有仁君之名，百姓官員都對進寄予厚望，希望能夠迅速平定福建，若是嚴懲，必將使戰鬥長期下去，閩浙廣海疆萬里，鄭芝龍若不勝，可以遠走海外，又有在東南一帶爲禍害，騷擾我大明，使東南永難安定！”這是張煌言擔憂的。
“朕自然知道，然後，國家要強大，必須有強權！連內賊都不能除者，何奢言恢復山河？”張由鬆惱火了。
說白了，也不是張由鬆多有原則，而是他對鄭芝龍這個禍害不對眼兒，天生反感。
“皇上，只有儘快結束南方戰亂，纔有實力北顧中原啊。”黃宗炎提醒道：“南方三王之亂，都是枝節，只有中原爭奪，纔是天下逐鹿，興亡關鍵。”
“不錯，可是，樹欲靜而分不止，此間惡賊，遲早滅之，今日早滅一日，則百姓早得一日福氣，朕何不爲民請命，剪除此賊？”張由鬆道：“後患不除，必爲所傷，鄭芝龍狼子野心，非人臣之數，朕早就看了出來，”
“皇上，那，鄭成功爲您的義子，素來小心謹慎，循規蹈矩的，又在北方抗擊靼子有功，現在被鄭芝龍賺回安平，該如何處置？”陳子龍提出了這個問題，他希望利用鄭成功的關係，提醒皇帝改變政策。
這是一場政治大辯論，張由鬆也談不上過高明，但是，對於原則問題堅決不鬆口：“好，說得好，鄭芝龍的兒子鄭成功者，亦爲朱成功，爲朕的養子，朕很喜歡他，他從小就學習儒家經典，性情淳樸，對朕忠心耿耿，可是，朕不能因爲他的緣故，就輕易地赦免了其父的大罪，”
“皇上，兩廣的桂王，尚在叛亂之中，如果赦免唐王和鄭芝龍，或可令桂王束手就範，我朝廷可不戰而恢復嶺南之地，不亦快哉？”張煌言道。
張由鬆看着他的臉，“可是，朕赦免了魯王，唐王是否收手？鄭芝龍又是否服罪投降？”
“皇上，這，”
這一場辯論，皇帝頑固不化，堅持高壓政策，並且希望高壓政策可以威懾東南，使所有的異己勢力都受到震撼，以後不敢輕舉妄動。而羣臣則是權宜之計，希望省時省力，先穩住鄭芝龍再說，本質沒有區別，只是手段方法不同而已。
若干年後，大家在評論這一點兒時，感慨地說：“皇上高瞻遠矚，堅決拿下鄭芝龍，雖然使我官軍略有損失，消耗時日，然，自此國家一統，不復有海匪張狂之舉，可謂快哉。”
張由鬆當然不會盲目自大，是根據形勢做出的判斷，北方的諸軍已經在河南山東堅決地抵抗了清軍的大舉進攻，還使清廷的攝政王多爾袞的精銳部隊損失慘重，雖然黃河被敵突破，可是，清軍被明軍的大炮轟得死傷極多，不得不撤退了，可以說，北方的形式好轉，才使張由鬆有了安定南方，一勞永逸的思想。
“那好，既然皇上執意要平鄭芝龍，臣等也無話可說，臣等都願意追隨皇上，討伐鄭賊！”陳子龍，顧炎武，黃宗羲兄弟，張煌言等紛紛表示。
“哈哈哈哈，也許，朕不須帶領卿等勞師遠征啦！”張由鬆哈哈大笑，顯示出過人的從容。
“什麼？”大家都愣了，你要重辦鄭芝龍，又不想勞師遠征，難道，人家鄭芝龍是泥捏的會怕你呀？
張由鬆覺得，這些歷史上的大名人，果然有才能，但是又很有侷限，否則，在歷史上，他們就不會那麼慘敗於清廷，毫無建樹了。
“朕有一策，可以讓鄭芝龍自滅，我官軍不廢勞力，諸位愛卿。你們猜測如何？”張由鬆充分調動地顯示着自己智商的優勢。
大家都傻了，怎麼也想不到方法，七嘴八舌講了半天，最後，都被張由鬆否決。
“皇上，您明示啊。”
張由鬆站起來，從容不迫，輕鬆悠閒：“朕以爲，聲明以嚴懲鄭芝龍，授權以鄭成功，”
一片驚呼，面面相覷。
“朕必定懲罰鄭芝龍，而宣佈委任鄭成功爲福建巡撫，鄭成功生性忠厚，可謂朕的忠臣，如此，則鄭芝龍自然要退避，或者逃竄於海上，倭國臺灣等，或者至於呂宋，並不敢搗亂其子所在治所，此時，鄭家勢力，也可安然求存，不會窮兇極惡。”
張由鬆的話引起了大家一片爭議之聲，可是，到了後頭，大家越討論越覺得皇帝的招數高明，簡直是妙不可言。
“皇上如此，即是嚴懲了鄭芝龍，決不罷休姑息，所以，維護了國家制度尊嚴，任用鄭成功，則是功過分明，只以人才來論刑賞，更增明君仁望，且，此換湯不換藥之法，可以使鄭家勢力下各官兵，得以安心，不再抵死抗命，而今鄭成功雖然得了大權，一來生性仁弱，二來，要維護家族利害，自然要死命效忠皇上，此舉者，一舉多得也，果然比臣等赦免鄭芝龍之策高明多矣！”陳子龍激動地說，也博得了大家的一致點頭。