整整一天時間，南京城終於恢復了平靜，勤王大軍得到了足夠的賞賜，心滿意足，甚至是感恩戴德地回去了，只剩下一萬餘名正規軍，分成數路，監視控制着全城，保衛着核心的機關重地。
三巨賊潛逃，現在，又知道了一個盧九德，張由鬆立刻吩咐，要江南的各州縣緝拿。然後，派遣騎兵，八百里加急，向河南山東的各軍將領通報，要他們放心駐軍，安然對敵，不必掛念江南的叛亂。
北伐大勝，江南平叛再勝，使張由鬆的政治和軍事威望，達到了空前未有的高度。也使他的野心，開始膨脹起來。
他要迅速地整頓江南，清除所有反對勢力，徹底安定團結後方，然後，傾注強力，向北進攻。“戰爭，勝利，不過如此。”
三天時間，南京徹底地安定下來，這三天，張由鬆不敢馬虎，再不敢去李香君的香巢裡溫柔，也不敢去找任何一個美人兒，以爲他知道了盧九德參與叛亂的消息以後，異常震驚，對身邊的每一個人都產生了焦慮。
盧九德曾經屬於他的親信呢。
“他是被脅迫還是主動參加的？必須要搞清這個問題，這是關鍵，有的時候，叛亂勢力強制別人隨從，或者打着別人的名義。我們要謹慎從事，免得冤枉了好人。”
對於盧九德的事情，張由鬆派遣了許多人去追查，在南京城裡的錦衣衛隊，凡是明着的，都被馬士英等人逮捕殺害了，暗着潛伏的人，才勉強保留了性命，他們畢竟是專業的情報員，對許多情況都有了解。
在武英殿裡，張由鬆召開了第一次南京變亂後的朝臣會議，發現這兒的朝臣，明顯減少了四成，這些人，都是或多或少參與叛亂的人，不是逃亡就是自殺了。
“皇上！皇上！微臣慚愧，慚愧啊。”史可法跪在殿下，痛哭失聲，他單薄的身體，更加削弱了，臉上鬍子拉渣，形容枯萎。
“起來起來，史愛卿，立刻起來，給朕起來！”張由鬆端坐在大殿上，熱情地招呼他。
“皇上，臣有罪，臣不敢起來！臣萬死難辭其咎！”史可法的沉痛是必然的，作爲留守大臣，你沒有鎮住南京城，自己也成爲階下囚，這是瀆職罪。
“好了好了。”張由鬆從殿上的寶座上下來，走到了史可法的跟前，將他攙扶起來：“史愛卿，只要你是一個忠臣，這就夠了！至於馬阮二賊的叛亂，南京震動，這都是天數，命運，我大明國家合該遭遇此二賊者，與你關係是有，但不大！”
史可法激動啊，他差一點兒就見不着皇帝了，在叛亂初起時，他就被馬士英阮大鋮一黨人重點關照的對象，將其突擊逮捕，一直關押着，在愧疚和沮喪之中，他開始了絕食抗爭，已經絕食多日。
“可是，罪臣懇求皇上，懲罰罪臣，罪臣心裡，才能稍微安分些！”
史可法的態度，幾乎是整個大明留守臣子們的心態。軍事統帥徐允爵，也跪在殿下，不敢擡頭，當張由鬆點他姓名時，他一個勁兒說：“臣死罪，臣死罪！”
這幫人確實笨蛋，有軍隊，有最先進的武器裝備，有大明都城的最高權利，居然被人家馬士英，阮大鋮等全部給抓了？
這些大臣，還是很強硬的，堅決不從叛亂，而他們的名聲太高，馬阮二賊又不敢殺害，只能無限拘禁，另外還有一批大臣，在人家的脅迫下，被迫做了僞臣，現在，都在那邊跪着等皇帝處分呢。
其實，這幫人的真心，並不懼怕，因爲他們聽到了皇帝的處理意見，知道要從寬，所以，一面痛哭流涕地表示懺悔，一面將自己如何被迫的情況講了出來。
凡是真心跟馬阮二人乾的，知道皇帝是個精明強幹的人，眼裡揉不得沙子，早就竄了，死了，這幫能來的人。都屬於當時騎牆的傢伙。
“哈哈哈哈！”張由鬆在沮喪沉悶的氣氛裡，忽然哈哈大笑。
羣臣驚駭，莫名其妙。甚至猜測，皇帝是氣極而笑，說不定，立刻就有人倒黴了。
“吃一塹，長一智！經過這一場大事變，諸位文武大臣，一定能夠清醒起來，壞事也是好事嘛。，”張由鬆向羣臣表示，自己處理此事的原則是，從寬發落，任何人，只要放下武器，都可以保住性命。他還講述了原因，此事一結，所有的叛亂勢力遭受沉重打擊，再也無力反抗了，只有從寬，才能夠迅速安定人心。
講了很多好話，對淪爲階下囚的笨蛋大臣們，進行了一番慰問，勉勵他們好好幹。
馬阮盧李四人，是叛亂的主心骨，潞王則是名義上的共主。對於如何處理他們，張由鬆徵詢了大臣的意見。這一回，大臣們都牛叉起來。
“皇上，除惡務盡，此前，就是因爲皇上仁慈，對於馬士英，阮大鋮，李本深等的處置太過寬容，這些人，不思悔改，把皇上的善良皇恩當成了軟弱！”
“應該將大逆之人，明正典刑！”
“潞王爲首惡啊！必須除之！”
現在，史可法，姜曰廣，高弘圖等人，還有錢謙益等，都活躍起來。紛紛以受害者自居。要求對敵人進行殘酷清算。
張由鬆沒有太多的答覆，轉化了話題，要求重建南京城的秩序，特別是行政機關的正常運轉等，對於部分的缺額官員，進行了補充，部分官員得到了提升。對於南京的城防，做出了新的安排，對於所有的瀆職官員，進行了適當的懲罰，比如，史可法降薪金，徐允爵降爵位，國公一氣降成了伯爵，這些東西，都屬於過場，虛榮一類，誰都知道，不是關鍵。
這一場變亂，雖然把張由鬆搞得非常被動，可是，不幸之中的萬幸是，馬士英和阮大鋮還沒有大開殺戒，如果將南京城殺得血流成河，才更象政變。
朝臣都還在，皇宮的美人都安然無恙，張由鬆辛辛苦苦搜刮的金銀財物等，被叛亂軍用了兩千萬，其餘的三四億還在，也算僥倖。接着，張由鬆又跑去了軍工企業，將那些被俘的軍工企業的技術人員都解救了，也安排了。這些人見了皇帝，愧疚得趴在地上，再也說不出話來。
最後輪到解決潞王的問題，本來，張由鬆是要赦免他的，誰知道，他自殺了！
張由鬆趕到了潞王被監禁的地方，只見他已經渾身顫抖，臉色青灰，“潞王？潞王，你傻呀，你爲什麼要自殺？”
張由鬆抓住他的手：“潞王？”
潞王仰躺着，因爲背後有被子墊起，可以半臥，他因爲見着了皇帝，而激動不已，顫抖的嘴脣，話語已經不是多清晰了：“皇上，臣罪該萬死！”
“你？潞王啊，其實，這事情都怪馬士英和阮大鋮，他們是報復朕，要顛覆朕的江山，至於你，不過是他們的傀儡，你就算有罪，朕也能原諒！你這又是何苦！”
對於政治的殘酷性，張由鬆沒有多深切的閱歷，就是這次，馬阮二人，也沒有惡毒報復，否則，張由鬆肯定是另外一個脾氣了。
“臣有罪，臣。”潞王臨死，才向張由鬆透露，他確實將皇宮裡的幾個美麗宮女挑選出來，招進自己的宮裡享受了。“臣懇請皇上，不要株連臣的家人！”
潞王死得很痛苦，他服的藥不是多正規地道的藥，害得他延續了一天時間。
這一天時間，張由鬆陪伴在他的身邊。