明季士風之轉變，從表層看，首先和明朝政體變換有着直接的因果關係。
明初政體，大體沿漢、唐舊制，但內閣權位並不重，甚至可以說有位無權，只顯尊崇而已。朱元璋開國之後，於洪武十三年（公元1380年）罷宰相之職，分權與六部尚書，以尚書任天下事，而侍朗副之，又以言官如御史等職制衡之，殿閣大學士不過顧問而已。當是時，皇帝獨操天下之威柄，大學士鮮有參決政事，其糾劾由都察院，章奏則付與通政司，平反則有大理寺，此即漢九卿之遺意。軍隊則分五大都督府，而徵調之事歸兵部，外設都、布、按三司，分管兵刑錢穀，其官員考覈則屬府部，故明朝前期以吏、戶、兵三部的職權最重。
然而自楊士奇開始，到嘉靖朝的嚴嵩當政後，內閣大學士的權位日重，最終又統六部尚書於其下，首輔大學士幾可視爲真宰相，惟首輔之下尚有數位大學士，略與分權而已。
至此，明季士風與政體的關係開始體現出來，黨爭也因此大興。往者談及中國思想史，大多注意于思想歷程之轉變；論黨爭者，則多留意於厲害關係等等；言政體者，專注於制度及職官變遷。可實際上，這幾個問題之間有着極緊密的聯繫，不能將其割裂獨立看待，蓋因任何思潮都和當時的歷史大背景有着密不可分的互動關係。
明朝的內閣制度以及票擬製度，雖然可以讓內閣大學士代皇帝票擬意旨，但卻尚需內監遞批紅以確認。由此內閣之權越重則內監之權亦日重，往往內閣大學士需與內監相勾連方能順利辦事，故而朝綱日壞。到劉瑾得寵時，則徹底演變爲內閣亦不得不聽其命，滿朝事體全取決於內監之手，其時民間謂正德爲“坐皇帝”，劉瑾是“站皇帝”、“立皇帝”。之所以會這樣，據《明史》《職官志》說，就是因“內閣之擬票，不得不決於內監之批紅，而相權轉歸之寺人。於是朝廷之紀綱，賢士大夫之進退，悉顛倒於其手。”《明史》《閹黨傳》則進而道：“劉瑾竊權，焦芳以閣臣首與之比，於是列卿爭先獻媚，而司禮之權居內閣上。”正是由於在劉瑾當政時期明朝政體出現了這種巨大的變化，故在這方面學界對劉瑾其人的關注，也一直都高於之前的王振和之後的魏忠賢。
內閣權重導致了內監權重，而原本可以相互制衡的六部又聽命於兩者之下，政治一旦缺失了制度的制衡，那就只能寄希望於主事者的個人品格和能力，以此來決定其處事公正和決策得當與否。這種完全依賴個人能力和品格、缺失制度制衡的政體，自然無法保持公正和利益均衡的一貫性，而首當其衝的問題便是朝中大小官吏的任命及政績考覈。
可用來爲此做註腳的是，在萬曆朝的前十年間，由於有位個人能力極強又十分強悍的首輔，也就是在中國史上都是極其出色的政治家張居正，所以其間矛盾雖然不少，但均被張居正壓制下去。因其個人能力極強，又與太監馮保聯手，同時還得到了後宮的支持，是以單論政績，張居正執政時期的國勢是非常不錯的，可說是明朝繼洪武、永樂之後又一個極爲富強的時期，稱之爲中興並不爲過，甚至可以說相當強盛。
但張居正在位期間，這個關鍵的政體問題並沒有得到妥善解決，那些因此而起的弊端基本都被他極爲出色的個人能力暫時壓制並積累了起來。
在他去世後，他的繼任者基本都是些平庸之輩，於是，問題出現了。
在缺少了象張居正這樣一位有着極強個人能力的執政者後，之前因政體轉變而產生的官吏任命和考察等一系列積累下來的弊端，馬上開始顯現出來，很快就引發了萬曆朝的“癸已京察”“辛亥京察”“丁已京察”等數起大紛爭（3）。
這些紛爭直接可以看見的結果，就是使得朝中門戶黨派之爭大興，綱紀朝風日益敗壞。其門戶當時有以人名稱的顧（天颭）黨、李（騰芳）黨，有以地域劃分的秦黨、南黨、昆黨、宣黨，有萬曆四十年之後大盛的齊黨、楚黨、浙黨等等，而在明季政局中鼎鼎大名的東林黨，也是因“癸已京察”之紛爭而興起的。
有明一代最慘烈的黨爭，自此發端，且愈演愈烈，朝野風氣從此大變。所謂明之亡亡於神宗，如果從另一角度闡釋，也可以說是起自神宗朝的黨爭，在很大程度上導致了明朝的滅亡。
萬曆二十一年（公元1593年）的“癸已京察”，是由吏部尚書孫鑨、左都御史李世達、考功司郎中趙南星負責的。
按照明舊制，吏部之權特重，居於六部之首，它負責官員的選授、封勳、考課，而內閣大臣則至多領尚書銜兼殿閣大學士，但不領銓選。然而自張居正開始，吏部開始聽命於內閣首輔，在張居正死後，經過宋壎、陸光祖兩代吏部尚書的努力，終於又奪回了權利，得以繼續與內閣首輔相抗衡，哪怕是在禮儀上也再次回到了平起平坐的時代，譬如道路相遇無須避讓等等。唯一沒有奪回來的權利，是在京察時官員的去留問題上，吏部還是要先告知閣臣，才能上奏皇帝。
孫鑨上任後，一方面試圖奪回原屬吏部現在落入內閣的權利，一方面爲了澄清吏治，於是在顧憲成等人的協助下，和李世達、趙南星一起，不徇私情地罷免了一大批冗官、貪吏，其中有他們自己的親戚，也有各級官僚的門生和親屬，並且將處理結果不經內閣，直接上奏皇帝。
如果只是處罰官員也還罷了，這多少還有點轉圜的餘地。但他們想奪回原本屬於吏部的權利，越過內閣直接上疏皇帝，這就觸及了現在內閣勢力的立足根本，是以他們直接得罪了以首輔王錫爵爲代表的內閣勢力。
經過數個來回的較量，這次鬥爭的最後結果，是以首輔王錫爵爲代表內閣勢力大勝。孫鑨被停俸，趙南星被革職爲民，不少爲趙南星叫屈的官吏也受到謫譴，如高攀龍、顧憲成，另外受牽連的還有李世達、趙用賢、陳泰來、顧允成、于孔兼等不少朝臣。次年，顧憲成終於也被逐出朝廷，遂於家鄉起東林書院，東林黨因此而起。
“癸已京察”不但引發了朝中的門戶之爭，也是東林黨興起之發端，這一事件對萬曆朝及以後的明朝政治格局，有着極其深遠的影響。而“癸已京察”中的主力干將趙南星等人，日後也基本都成了東林黨的主力干將。
萬曆三十九年（公元1611年）的“辛亥京察”，北京的主持者大都是東林黨人，所以齊、浙、楚諸黨遭到了他們的打擊。但南直隸的京察卻爲後來的齊、浙、楚三黨中人所把持，故在南京的東林黨人受到了排斥。正是因這次“辛亥京察”南北兩直隸的形勢不同，科道言官中又形成了依籍貫劃分的齊、楚、浙三黨。
萬曆四十五年（公元1617年）的“丁已京察”，齊、浙、楚三黨勢力大盛，由楚黨的吏部尚書鄭繼之、浙黨的刑部尚書李志和考功郎中趙士諤主持，因此東林黨人在此次京察中幾乎被驅逐殆盡。
其實黨爭並不只是在京察中存在，考覈地方官吏的外察中，也同樣嚴重，只不過因地方官員不如在首都的官員那麼集中，那麼朋黨關係複雜，所以影響沒有京察大而明顯。
通過這幾次京察，朝臣們的黨派歸屬一步步地開始明確和鞏固起來，黨爭之風日盛，幾乎使得朝中大臣都捲入了黨爭，大有不依附於一黨一人，在朝中就無法立足之勢。在《明史》《趙用賢傳》中，對萬曆黨爭之起有如許言說：
自是朋黨論益熾。（吳）中行、（趙）用賢、（李）植、（江）東之創於前，（鄒）元標、（趙）南星、（顧）憲成、（高）攀龍繼之。言事者益裁量執政，執政日與枝拄，水火薄射，訖於明亡雲。
這以後，東林黨人一直到天啓朝纔再次獲得朝政大權，但他們卻和對方一樣，不但不以國事爲重，反將排除異己黨同伐異的行動進一步加大，以至朝野黨爭進入了白熱化階段。
天啓三年（公元1623年）的“癸亥京察”，又輪到東林驍將趙南星來主持。他乘機對齊、浙、楚諸党進行了大規模的清洗，導致此三黨人物爲了自保，不得不聯合起來並依附於魏忠賢門下，終於形成了以魏忠賢爲首、齊浙楚三黨爲輔的明季閹黨，自此開始了魏忠賢閹黨與東林黨人之間的血腥政治鬥爭。
針對天啓三年這次京察中東林黨人的報復行爲，前輩學人謝國楨先生曾道：“天啓三年的京察，趙南星未免作的太辣，但魏忠賢的殘戮，又未免太毒了（4）”，等於雙方各打五十大板，餘以爲謝老斯言甚爲是。
如果說黨爭開始只是純粹的政見和價值觀分歧的話，那麼到後來則徹底淪爲了全然不顧天下國家的意氣之爭、利益之爭、個人恩怨之報復，無論是東林黨還是齊浙楚三黨，都莫不如此。此種情形一直保持到明亡，甚至明亡之後還在繼續，直到清康熙年間才被消滅。
需要重點指出的是，東林黨人對萬曆朝之後士人和官場風氣之敗壞，需要承擔相當的責任，即使不是全部，最少也要承擔一半以上的責任，我的這種指責，就是基於因東林黨人而起的這一系列京察事件（雖然萬曆二十一年癸已京察時尚未有明確的東林名號，但其中主持人正是因此於二十二年起了東林，癸已京察的骨幹幾乎就是東林骨幹，以後的幾起京察大紛爭又多由東林黨人出手而起，故有此說）。
因爲明代官吏的大計——也就是京察和外察，在萬曆之前是件極爲嚴肅的事情。雖然其考覈過程並不是非常之嚴格和規範，但無論清官、冗官、貪官，都莫不視被考覈察典點名批評爲終身洗之不去的人格及政治污點，這在當時政治和風評上都是極嚴重的問題，所以人人凜然，廉恥之心常在，因此它既是一種他律，也讓官員們因此而自律。
然而從“癸已京察”起，到“辛亥京察”和“丁已京察”之後，在大計中被點名彈劾者，幾乎人人都知道是因黨爭而致，與被彈劾及被計官吏的品格和政績幾乎再無什麼關係，所以實際上京察和外察已全然失去了正常的評判標準職能，徹底淪爲了一件黨爭工具，甚至可說是成了黨爭的代名詞，士大夫官僚們也因此徹底失去了對大計的那份尊崇，再也不把大計當一回事，其凜然及廉恥之心自然也蕩然無存，故而吏風日壞。
在《明史》《選舉志》中，對萬曆朝黨爭及“辛亥京察”“丁已京察”所產生的嚴重後果這樣說到：
弘、正、嘉、隆間，士大夫廉恥自重，以掛察典爲終身之玷。至萬曆時，閣臣有所徇庇，間留一二以撓察典，而羣臣水火之爭，莫甚於辛亥、丁巳，事具各傳中。黨局既成，互相報復，至國亡乃已。
在這個問題上，無論東林黨人當初的主觀動機如何，後來對峙雙方的格局又如何，可最終出現了這樣一種客觀結果，我認爲身爲引發和加劇這種狀況的東林黨人，是斷斷難辭其咎的。
另外，如《明史》所言，這些紛爭除了引發黨爭，還使朝中“言事者益裁量執政，執政日與枝拄”，一向負有糾察風氣、彈劾官吏之責的御史和六科給事中等言官們時時抨擊**，與以內閣、內監爲代表的執政方勢同水火，在政治上形成了極爲清晰的對立格局：“初，言路爲（張）居正所抑，至是爭礪鋒銳，搏擊當路。……自是言官與**日相水火矣”（5）。而吏、戶、兵等府部勢力則時而自成一派，時而搖擺不定，因時因利因人而定，爲兩者之間一股時明時暗的勢力。
不過這種言官裁量執政，與**日與枝拄的局面，雖然不排除有意氣相爭不顧大局的時候，但也使明代言官在大多情況下，尤其是中葉和晚明初期，得以秉持了難能可貴的士人氣節，而當時的言官清議也基本代表了當時的社會輿論和民意，有相當數量的言官不畏生死仗義直言，乃至以身殉道，如歷經萬曆、光宗、天啓數朝在天啓時被魏忠賢迫害慘死的御史左光斗、楊漣等人，便是其代表人物。
正因爲相當部分言官和清議在某種程度上代表了一定的民意和社會輿論，並且敢於仗節直言的言官們又往往有着相當良好的個人品格和素養，因此普遍爲民間所推崇，其清望也日益高漲，到了最後，言官和清議又反過來開始影響官吏甚至內閣大學士的任命。如崇禎朝的周延儒，就是被當時有“小東林”之稱的“復社”在野勢力推上了首輔之位；崇禎四年（公元1631年）明軍兵敗遼東大淩河，後來的兵部尚書陳新甲時任寧前兵備僉事，因此被坐削籍，巡撫方一藻、監視太監馬雲程惜其才，均上書請留，朝廷以爲可，然而陳新甲卻道：“臣蒙使過之恩，由監視疏下，此心未白，清議隨之，不敢受”（6），凡此等等皆可體現當時言官清議之威力。
只是言官中一樣會有趨炎附勢及無恥之輩，因此言官清議雖大體爲持節之論，也未必全都是好的；又清議之力既然日盛，自免不了有厲害，有厲害就有黨派，有黨派也就開始了黨爭，於是言官清議最終不免還是多少變了點味道。