那些東林黨人對馬、阮攻擊的另外一說，則是指控馬士英和阮大鋮爲了對應“逆案”，蓄意製造“順案”和東林黨人針鋒相對，借北都之難來迫害東林黨人。
事實上這又是一句不盡不實之語。
阮大鋮起復後，確實對東林和復社人士進行了報復，就目前資料來看，他確實企圖掀起所謂的“順案”來進行報復，但最後卻因被馬士英所阻，這個企圖沒有成功。
其實阮大鋮真正想報復的，是南中《防亂公揭》一事中的幾名發起人，而後來他也確實對這些人採取了行動，像陳貞慧、侯方域、周鑣，包括黃宗羲在內的一批人，都被他抓的抓、殺的殺。但是他們這些人，並非全是因投靠李自成的所謂“順案”被下獄，象陷害侯方域等人的罪名是在左良玉起兵後，說他們試圖聯絡左良玉做內應，弘光朝真正因爲投靠大順軍被殺的，就只有光時亨、周鍾、武愫三人。
要說起來，這三人也確實人品不怎麼地，尤其是那位光時亨，熟悉崇禎朝掌故的人我想十之**都會說殺得一點都不冤枉，殺得好。而周鍾給李自成上勸進表，將崇禎辱罵得一塌糊塗，武愫被李自成拜爲防禦使，說到李自成時爲避其名諱，將其名字寫爲“字丞”等等，都查有實據，殺他們還真是一點都不冤枉，更別說馬士英最後還化解了阮大鋮這一企圖。而和周鐘有牽連的周鑣之死，則原因比較複雜，也算是一樁公案了，我們留後再說。
因此終弘光一朝，根本就沒興過什麼“順案”，至於說馬士英和阮大鋮一起搞順案，更是無稽之談，純粹屬於污衊。
阮大鋮得勢後，大約先後策劃了三次比較大的對東林系人士的報復行動，一次是企圖掀起“順案”，另一次則是想借“南渡三案”中的“僧大悲案”牽連東林，第三次便是借左良玉東下內訌之事而發作。
但是，馬士英雖然爲報恩起復了阮大鋮，可他並不想與東林勢成水火，誠如顧誠先生所說，他是很想和東林，尤其是東林的頭面人物聯手“造成衆望所歸、和衷共濟的局面”的。是以正是在他的阻擋下，阮大鋮的前兩次報復計劃均未能得逞。如前所引杜登春所說：“復社中失節者（即在北京降大順者）貴陽陽加嘆恨，陰爲矜憐，悉欲置末減”，誠爲當時實情，而“大悲”一案，阮大鋮已捏造了十八羅漢、五十三參、七十二菩薩的名單，準備牽連東林復社人士，最後還是由於弘光和“馬輔士英亦不欲，故止誅大悲（39）”，是以此兩次均未能起大獄。
至於第三次借左良玉起兵發，蓋此事不但涉及阮大鋮，更危及到了弘光帝和整個弘光朝的安危，故阮大鋮得以成功，但牽連的主要是“防亂公揭”中的一些爲首人士，如陳貞慧、侯方域、黃宗羲等，並沒有大規模地血洗整個東林黨，且此行動也很快因清軍入侵、弘光被俘而告終，沒有掀起真正的大風波。
黃宗羲等東林——復社黨人，於弘光朝之記載和評論上，多有此類不盡不實之舉，他們出於門戶之見、爭權失敗後之怨念以及個人恩怨等等各種原因，採取製造假材料、散佈謠言等各種手段，從各個方面對弘光帝本人以及馬士英等人進行了一系列攻擊，甚至在人死後還依然不放過，竭盡污衊之能事，其行爲和影響是相當惡劣的。
東林黨人之所以攻擊弘光與馬士英，並非是因爲什麼馬士英要翻“逆案”、製造“順案”，也不是什麼忠奸之爭，所有的一切，全是因爲他們先前在“定策”事件中的全面失敗而起。
弘光帝登基以後任用參與“定策”的馬士英、阮大鋮以及四鎮武將等人，使東林黨人一方面對弘光心懷恐懼，擔心弘光報復萬曆時期與東林的過節以及先前“擁潞”之事，一方面又對馬士英等人由於“定策”一事平步青雲而心懷嫉妒和不屑，可他們又不敢就此和弘光正面衝突，因爲一來確實沒任何理由可以針對弘光發難，二則他們自己心中也心虛得很，所以把怒火和妒火一古腦兒全都傾瀉到了馬士英頭上，抓住起用阮大鋮之事大做文章。
同時，他們雖然無法直接對弘光發難，但卻又採取各種手段，明裡暗裡地造謠說弘光和老福王妃的身份有疑，以此暗示弘光繼位的合法性，並借“假太子”等“南渡三案”煽動朝野人士對弘光和馬士英等人的不滿。這其中，又尤以黃宗羲爲最，其他如林時對、錢秉鐙、金堡等人則緊跟其後，推波助瀾。顧誠先生在《南明史》中曾對“南渡三案”之真僞和影響，專門做了考據和詳細論證，有興趣者不妨去查閱一下，在這裡我就不重複贅述了。
黃宗羲等人的這一系列行爲，在當時社會上掀起了軒然大波，尤其在南京以外，影響極大，說得嚴重一些，甚至可說直接影響到了弘光朝的存亡。
當時在長江上游擁兵自重的左良玉，本就對四鎮的提拔過速有所不滿，而朝中部分東林黨人又想依靠左鎮來對抗定策四鎮將和馬士英，因此不但不爲大局着想對其進行安撫，反而一再推波助瀾，使得左良玉借“假太子”等案頻頻向南京**及弘光本人發難，甚至發展到後來，左良玉爲了躲避與大順軍主力的決戰，乾脆以“清君側”爲藉口順流東下，開始與南京**進行武裝內訌，這直接導致了弘光朝被清軍和左軍兩面夾擊，兵力部署顧此失彼。在黃得功等一線戰將被調去抵抗西面的左良玉部後，北面的清軍一路長驅直入輕易攻入南京，致使弘光朝一朝傾覆，這其中，東林——復社的部分人士是斷斷難辭其咎的。