“大禮議”除了表現出士人羣體之學術和價值觀分歧之外，其本質上還是皇權和閣權的政體之爭，也是傳統程朱理學和新興哲學思想代表陽明心學之間的紛爭。
明朝自朱元璋廢宰相以六部尚書治天下，皇權大盛，天下威柄獨操皇帝一人之手，而內閣大學士逐漸復宰相之形，濫觴自英宗繼位，太后有事先請內閣楊士奇等人諮議之時。無論如何，皇帝一人對六部章奏下判斷，過於依賴皇帝的個人品格和能力，僥倖成分太甚。而明中葉前後逐漸成型的內閣制度，則是一套班子在提供決策，且內閣學士至少要人望、學識等各方面都有相當過人之處才能入選，雖然也有不怎麼地的人，但一定是一步步考上來、在工作中鍛鍊上來的，無論如何總勝於把國家大事全寄希望於今上一人之聖明。
嘉靖朝“大禮議”之爭，實質在一定程度上就是皇帝和內閣的鬥爭，而此時的六部和言官清議，則幾乎清一色地站在了內閣一邊，因此形成了皇帝一人獨對內閣、朝臣和言官清議的局面，局面對皇權是相當不利的。
從制度上說，這應該是一個好事，雖然楊廷和等人在此事上並不佔理。
楊廷和內閣當時曾連續四次封還嘉靖的上諭，嘉靖對此無可奈何，始終無法獨斷專行直接下令禮部執行他的意見。
當然，這與當時六部尚書及官吏惟內閣馬首是瞻也有很大關係，倘若如後來萬曆二十一年（公元1593年）癸已京察中的吏部尚書孫鑨一般，府部直接越過內閣與皇帝發生關係，楊廷和內閣很可能就無法與嘉靖對峙這麼長時間。
因爲要找幾個想更上一層樓的府部官員出來幫皇帝說話還是很容易的，而內閣首輔卻已是一人之下萬人之上，除非謀逆，再也上無可上，就只餘名節和權勢了。因此一旦內閣實實在在地掌握了“票擬”大權，想要其讓權而天下爲公，就不那麼容易，尤其是臣強主幼的情況下。所以兩朝老臣楊廷和與他一手擁立的十五歲小皇帝嘉靖之間的這場鬥爭，無論楊廷和出於什麼目的，或想大展宏圖，或想一逞人臣之極，凡此種種都足以讓他與嘉靖去爭奪對政務的決策權。
楊廷和迎立嘉靖之初，如果從爲公視角看，大約是他鑑於前朝時外朝完全不能限制正德，因而希望通過登基和議大禮等手段給嘉靖造成一個既成事實，以內閣和外朝對皇權進行制約。尤其他在四十多天的獨掌大權時期，不但清除了前朝的宦官勢力，還廢除了相當部分正德時期的不合理制度和設置，朝野評價之高一時無雙。在此種情況下，他當然是非常不願意看見再有一個像正德那樣的昏庸皇帝來毀其大好形勢的，因此無論於公於私，他都希望能對新皇帝進行制約，以免又出一個正德。
但是他一手扶立的小嘉靖，還沒進北京，就給了他一悶棍，顯得非常桀驁不馴，拒絕按照他和禮部規劃的程序走。
這不能不讓他感到恐慌：如果這個皇帝又和正德一樣，剛愎自用胡作非爲，那麼當前大好形勢將毀於一旦。因此他與小嘉靖開始了較量，而鬥爭的目的就是獲取權利，內閣制約皇帝的權利。
楊廷和的動機我相信是好的，但他的才具不足卻也是事實，並且就在這個時候充分地表現了出來。
楊廷和一手製定的登基程序遭到嘉靖的抵抗，應該說是出乎他意外的，因此他很可能沒有多想，也沒認真做準備，就順勢藉機發作，帶有很強隨意性地選擇了與嘉靖本身及其父母身份有關這麼一個極敏感，又非常傷害嘉靖個人感情的問題來發作。
在這個問題上，楊廷和顯然產生了嚴重的判斷錯誤，因爲對嘉靖來說，自己的身份和父母的身份問題，可以肯定是一定會耿耿於懷的，也幾乎不存在認輸罷休的可能性。因此楊廷和顯然選錯了發作的事端，隨後他又錯誤地使用了一系列政治手段，終於激起了朝中部分非內閣勢力的言官們的強烈反感和反對，導致了這場鬥爭的最終勝利者是嘉靖，而楊廷和關於內閣權利架構的努力，則因此被徹底地瓦解了。
嘉靖在左順門廷杖“哭門”大臣，標誌着嘉靖和內閣勢力的徹底決裂，並且明確表達了他要將內閣納歸於皇權之下的決心。
這同時也顯示了在當時政治制度下，實際內閣和外朝對皇帝的制約是相當薄弱的。在此我們需要充分認識一個問題，那就是嘉靖朝雖然客觀上是內閣權勢的發展時期，但這是由於嘉靖不熱心政治致力於禮制、修道，將日常事務交由內閣辦理導致的，絕非是內閣對他的制約真的有多大，只要看張璁之後的內閣首輔如夏言之不得善終，權勢大如嚴嵩父子也一樣隨時可以被殺、被逐，就可知道這是個殘酷的事實。
總之，只要嘉靖對內閣有猜忌，那麼內閣的大限就到了。事實上，在嘉靖、萬曆之後，明朝再也沒有出現過如“大禮議”時楊廷和內閣對嘉靖，萬曆時“爭國本”那種對皇帝進行牽制和激烈抗衡的狀況。
其實閣權和外朝對皇權的制約，其存在基礎是非常薄弱的，因爲它只僅僅存在於皇帝對這種制約制度認可的前提下，一旦皇帝翻臉不認，這種脆弱的平衡馬上就會被徹底打破，之後便江河日下一發不可收拾。
又所謂一朝天子一朝臣，這滿天下確實也未必只有這幾位能做內閣去打理政務，像“大禮議”後的新興勢力張璁所主持的內閣進行改革並有所作爲，使嘉靖朝前期的政治與正德時期相比清明甚多的狀況，就是一例。因此皇帝一旦翻臉，大不了把不服氣的朝臣換一輪就是，至於換上去的人能力、品格好壞，那就要看皇帝的個人嗜好和大家運氣好不好了，幸虧張璁內閣是不錯的，倘若換成後來嚴嵩那樣的內閣，其後果可想而知。
獨斷專行，始終是皇權制度的重心所在。
“大禮議”事件的後果，也並不僅僅是閣權的敗退，其後果之複雜，我想應該說超出了當時人的想象。當然，這對當時人來說，是一個無法企及的高度，而現在我們可以很幸運地憑藉那麼多年來的思想進步和積累，站在一個他們達不到的高度以現代眼光回過頭去，從容地審視這一切。
嘉靖以十五歲的年齡繼位，還沒進北京和皇宮，就遭遇了內閣和朝臣的一系列打擊，即位以後的三年多時間裡，又被迫一直反覆糾纏於“大禮議”，而恰恰這些都是當時極爲看重的人倫孝悌觀念，再加當時嘉靖的父親去世不久，這位十五歲的孩子對母親及祖母之親情依賴，還有爲父親一宗繼香火的責任等等，突然將被大臣們強制剝奪。幾乎可以肯定，大臣們這種因政治利益而炮製出的扭曲得近乎畸形的所謂“禮制”，以及內閣勢力和言官清議給他的巨大壓力，嚴重傷害了嘉靖的個人感情。
在這種狀態下爆發出來的的左順門廷杖大臣事件，從表面看，它是“大禮議”之爭的終結，其後嘉靖威福自操，在他的授意和默許下，新興內閣勢力對“議禮”諸臣基本都進行了報復（或者說是政治需要的新舊內閣勢力更替）。
實質上，這些舉動顯然使嘉靖開始嚐到了甜頭，在心裡充分認識到了皇權的巨大威力，並讓他在對大臣們無可奈何幾年之後，突然發現了一個能隨意對大臣們泄憤及報復的手段。對一個十幾歲的年輕人，一個初、高中年齡的半大孩子，在承受了三年多可以肯定的屈辱、壓抑及憤怒後，突然發現手中握有無可匹敵的巨大權利會導致什麼結果，幾乎已不言而喻。
因此，嘉靖杖殺朝士之數量，獨步有明一朝，朝臣雖朝服亦不免冠帶受辱，所謂“中年刑法益峻，雖大臣不免笞辱。……公卿之辱，前此未有。……四十餘年間，杖殺朝士，倍蓰前代”云云，並非毫無來由。我相信這不是他天性所致，無論如何，不能把責任全推給他一個人去扛，楊廷和以及“議禮”的諸臣，不管其起始主觀動機如何，客觀結果就是他們至少要對此種後果，要承擔一半甚至大半責任。
需要提一下的是，嘉靖對使他全家得遂心願並出了大力的張璁，還算一力維護有始有終，在張璁死後，他也表現出了對張璁較深的感情，再聯繫嘉靖堅持爲父母爭名份的舉動，這多少讓人感受到了嘉靖身上的複雜和矛盾之處，但正是這種複雜而矛盾的人性的表現，一下就使他的形象生動了許多，多了很多作爲一個人，而不是一個政治符號的內容，這又不得不讓我生出了頗多感嘆。
不過話說回來，即便是這樣，張璁中途還是有三次致仕和一次罷官。
這固然與張璁的剛直性格有關，但也說明了嘉靖經此一役後，對朝臣和權臣都一直是處在一種猜忌和不放心的狀態中，他甚至可以因爲彗星出現而去懷疑朝中有大臣擅權，從而導致張璁的去官離職。
這起事件對嘉靖個人的影響，還可以自他此後熱衷於禮儀制度，對孝悌人倫等問題極爲重視等行爲看出來。記錄了“大禮議”全過程的《大禮集議》，後來被他賜名爲《明倫大典》，而議禮則成了嘉靖朝一個顯著政治特點，乃至於嘉靖有“議禮皇帝”之稱。
只是禮儀制度再複雜也有盡頭，且禮制本無外生死喜喪而已，再複雜也有限。
很多年後，當嘉靖發現皇家和世俗禮儀再沒什麼可以他研究時，便轉而去研究虛幻的、可以無窮盡進行下去的道家禮儀，並因此對道教發生了濃厚興趣。
到最後，嘉靖終於成爲了一個成天穿着道家服裝的練丹皇帝。我想，這其中有相當部分原因，是拜那些大臣們搞出來的“大禮議”之賜。
另外需要說明的是，明代著名的思想家王陽明在這場鬥爭中，雖然種種原因沒有直接參與“大禮議”之爭，但他卻是一直站在嘉靖、張璁這一方的，他“先王制禮，皆因人情而節文”的思想，爲其弟子支持嘉靖和張璁、桂萼等人的主張提供了理論依據，而他的弟子之一就是張璁派的大將席書，其他弟子黃宗明、黃綰、方獻夫等也都是張璁派的骨幹力量，他本人也明確對此事表過態，在《王守仁全集》卷十二所載的《與霍兀厓宮端》一書中，他曾這樣說道：
往歲曾辱《大禮議》見示，時方在哀疚，心善其說而不敢奉復。既而元山亦有示，使者必求復書，草草作答。意以所論良是，而典禮已成，當事者未必能改，言之徒益紛爭，不若姑相與講明於下，俟信從者衆，然後圖之。其後議論既興，身居有言不信之地，不敢公言於朝。然士夫之問及者，亦時時爲之辯析，其在委曲調停，漸求挽復，卒亦不能有益也。後來賴諸公明目張膽，已申其義。
“心善其說”“意以所論良是”云云，已可十分明確地知道他的態度了。事實上，後來也有相當多的學人們認爲，這場新舊士大夫集團之爭，也是新興王學及正統朱學之爭。