田中軍吉帶着他的部下們來到了南京城外的臨時戰俘營裡，看守戰俘營的鬼子軍官是他在士官學校時的同學向野櫻田。他對向野櫻田問道：“向野君，你這裡關押着多少戰俘？”向野櫻田回答道：“今天剛剛統計過，一共有5867人。”田中軍吉接着問道：“那這些人一天要消耗掉多少糧食？”向野櫻田回答道：“按最低的標準算，也得1000斤糧食。”田中軍吉面色猙獰的看了一下遠處的俘虜們，然後惡狠狠的說道：“我們幹嘛要浪費這麼多的糧食來養活他們呢？依我看倒不如殺光他們，把糧食節省下來，給我們大日本皇軍吃！”向野櫻田吃驚的說道：“田中君，私自屠殺戰俘是違反軍紀的，師團長是不會放過你我的。”田中軍吉安慰着說道：“向野君，你就放心吧，師團長絕對不會責罰你我的，因爲師團長也在爲戰俘的問題犯愁呢！”向野櫻田將信將疑的問道：“你不是在騙我吧。”田中軍吉認真的回答道：“我怎麼會騙你呢！在剛纔的慶功會上，師團長親口對我說的。”向野櫻田考慮了一下，然後說道：“那好吧田中君，我們一起動手吧！”
一陣急促的哨聲傳來，凶神惡剎的鬼子兵們把國軍俘虜們驅趕到了一起，染後成半圓形將俘虜們圍了起來。在田中軍吉和向野櫻田的命令下，鬼子用機槍和步槍朝國軍戰俘們射擊。在短短的10分鐘之後，5000多國軍弟兄們就都倒在了血泊裡。鬼子們怕這裡還有生還者，就端着上好刺刀的步槍走進了屍堆裡，搜尋着還活着的人。5分鐘後，田中軍吉命令士兵把煤油澆在屍體上，開始毀屍滅跡。
田中軍吉和向野櫻田對戰俘的處理方法，被谷壽夫得知以後，谷壽夫只說了句“下不爲例”就沒有了下文。田中軍吉和向野櫻田見師團長默許了他們的做法，就更加肆無忌憚的開始屠殺戰俘了。16日清晨，田中軍吉和向野櫻田驅敢着1萬多名戰俘，來到了長江邊上的下關碼頭上。不一會，田中軍吉和向野櫻田就下達了射擊的命令。重機槍、輕機槍、步槍圍成半圓陣，對着江邊的大羣俘虜猛烈的開火，將俘虜們完全置於彈雨之下。各種槍支齊射的巨響和俘虜羣中傳來的垂死呼號混合在一起，讓長江邊上變成了地獄。田中軍吉覺得用軍刀殺人實在是太慢了，於是他讓士兵給他搬來了一箱手雷，他不斷的把手雷投進俘虜羣裡，看着那些被炸的四分五裂的俘虜們，田中軍吉的臉上露出了魔鬼般的微笑。許多鬼子軍官也紛紛效仿田中軍吉的做法，嘗試着這種新的屠殺方法。
許久之後，鬼子們停止了射擊，田中軍吉怕這裡還有沒死的戰俘，一旦讓沒死的戰俘逃了出去，那麼這次屠殺俘虜的事情就會傳出去的，如果被國聯得知了，就會成爲國際問題的，所以必須要作到萬無一失。田中軍吉帶着部下們在江邊忙活了好幾個小時，在屍體堆裡不斷的搜索着活人。直到全部確認完畢後，纔在屍體上澆上了煤油，放了一把大火後才揚長而去。
第6師團處理戰俘的方法被日軍各部隊紛紛效仿，16日夜裡，第16師團在南京城外的幕府山下，一次性的屠殺了5萬多國軍戰俘，用來毀屍滅跡的大火足足的燃燒了2天2夜。經過3天以來的大規模屠殺，國軍戰俘們已經被鬼子們徹底的處理乾淨了。但兇殘成性的鬼子們並沒有罷手，他們開始對南京城內的難民們展開了屠殺。一時間，南京城裡的難民們就成爲了鬼子屠刀下的冤魂。
12月18日，日軍在南京搞了個盛大的入城儀式，以慶賀他們佔領中華民國的首都。在慶祝儀式上，日本上海派遣軍司令官鬆井石根宣佈，取消軍紀3天，讓大和武士們在敵國的首都好好的放鬆一下。當鬼子兵們得知這一消息後，立刻就興奮得如同野獸一般的嚎叫起來。而對於南京城裡的中國人來說，災難將再一次的降臨到他們的頭上了。
當鬼子向南京的難民們舉起屠刀的時候，南京城內的一羣善良而又充滿正義感的西方人，向南京的難民們伸出了援助之手，他們高舉着紅十字大旗，成立了一個又一個的難民營，用他們西方人的身份和影響力來保護那些無助的難民們。
由15位外籍人士組成的“南京安全區國際委員會”和以美國聖公牧師梅奇爲主席的17人組成的“國際紅十字會南京委員會”擔負起了拯救難民的重任。安全區成立後，中方嚴格遵守協議。中國軍隊在撤離南京之後，不但不準武裝士兵經過安全區，而且還派出憲兵部隊，防止潰兵混入安全區裡。因此，在日軍攻入南京之前，偌大的安全區內，秩序井然有序，難民們都扶老攜幼，排着長隊進入了“國際安全區”。2天的時間內，就有30萬難民逃進了安全區內。30多萬人擠在這麼一塊狹小的地區裡，人潮擁擠，不難想象，何況許多難民都儘可能的攜帶着財物和用具，一時間，馬路上，走廊裡，到處都擠滿了難民，堆積着各色各樣的東西。難民們都以爲這下終於可以躲過鬼子的魔爪了。然而，這些善良的人們連同那些具有正義感的洋人們，都忘記了此時此刻的鬼子們，早已經變成了一羣毫無人性的兇殘的野獸了，安全區怎能限制得了野獸那兇殘的慾望呢？！
早在幾天之前，鬼子的炮彈就光臨過安全區，炸死炸傷了多名難民，安全區第一次籠罩上了一層恐怖的氣氛。然而，真正恐怖的事情還在後面呢！12月13日一大早，被大家推選爲國際委員會主席的大胖子雷伯就起牀了，這位已經70多歲的德國西門子洋行的代理人，穿上筆挺的咖啡色西裝，戴了一頂黑色的呢子禮帽，手裡舉着印有安全區徽章的旗子，微笑着招呼他的委員們站好，去迎接攻入城內的鬼子們，履行他們國際委員會的職責和義務。在安全區的大門口，他們遇到了一小隊鬼子。這些鬼子兵們有的在馬路上站着，貪婪地看着六朝古都的街景，有的作在路邊，擦着寒光閃閃的刺刀。
雷伯迎了上去，用標準的英語對鬼子們說道：“hellot！”鬼子兵們都驚訝的看着這個大鼻子的洋人。一個鬼子軍官走到了雷伯的面前，他聽完翻譯的話後，從身上的皮質挎包裡拿出一張南京地圖來，並讓翻譯給他指點安全區的位置，還用鋼筆作了記錄。鬼子的地圖上根本就沒有標明安全區的範圍，但鬼子軍官卻說道：“請放心，我們會遵守國際公約的！”雷伯聽了翻譯的話，感到鬼子們還是通情達理的。於是他就又說明了一個情況：“剛纔有一些解除武裝的中國士兵進了安全區，我希望貴軍站在人道立場上，拯救他們的性命。”翻譯把雷伯的話用日語講給了鬼子軍官聽，鬼子軍官只說了一句：“知道了。”就離開了。
自從12日深夜中國軍隊的那場毫無組織的大潰退後，許多無法過江逃生的國軍士兵們，一看突圍無望，便紛紛丟下武器換上老百姓的衣服，逃進了安全區裡避難。可是，成千上萬的軍人倉皇之中到哪找那麼多的便衣啊？埋藏武器就更顧不上了。因此，失魂落魄的國軍官兵們只好找到什麼就穿什麼，也不管是男裝還是女裝了。一時間，安全區涌入了大批穿得花花綠綠奇形怪狀的青壯年，人們一眼就可以看出是化了裝的軍人。他們的槍械雖然藏了起來，可是其餘的軍用品，像隨身攜帶的軍毯、軍裝、綁腿帶和公文包等，這些東西都來不及隱藏了，只好隨手丟棄在街上。因此，在安全區的四周，一堆一堆的軍用品隨處可見。雷伯下令僱人清理這些軍用品，他們雖然已經盡最大的努力在清理了，可是已經來不及了。14日，第6師團的巡邏隊在安全區附近的民宅裡發現了大量的槍支。緊接着，第16師團的巡邏隊又在安全區附近的金陵大學裡搜到了武器和彈藥。這一下，鬼子就找到了進入安全區的藉口了，他們立即想國際委員會提出不承認安全區的存在，國際委員會的雷伯先生據理力爭，但是，鬼子們根本就不理他，強行派武裝士兵進入安全區，抓走了幾千名躲進安全區內的國軍士兵。鬼子把那些國軍士兵捆成了一串，耀武揚威的把他們押出了安全區，紅十字旗幟在血紅的太陽旗下顯得那樣的無力。當晚國際委員會主席雷伯先生在日記中寫道：“來不及逃出去的士兵都避到安全區來要求保護。我們忙着解除他們的武裝，表示他們繳槍後就可以保全生命。可是抱歉得很，我們失信了。不久，他們就被日軍槍殺了。我對此事實在是無能爲力了，但願那些士兵的靈魂不要來怪罪我就好了。”