當國民軍準備在河南和湖北方向發動全面進攻的時候，國民軍在國內其他方向的部隊也沒有閒着，隨着陳敬雲再一次強調肅清私人武裝和土匪對於國內穩定的重要性，沒有到河南和湖北前線參與作戰的國民軍野戰部隊包括那些地方守備團再一次展開了轟轟烈烈的打擊土匪和私人武裝的大規模行動，尤其是對國民軍新佔據的地區包括直隸、東北地區更是採取了嚴厲打擊的手段。
這些打擊土匪和私人武裝的行動雖然遠不如正規作戰規模龐大和激烈，但是也不算小了，單單是東北第十軍下屬的各部隊出動營級以上規模的行動就已經超過了二十次，打掉的土匪或者私人武裝數以萬計。其中的國民軍第十軍下屬的第二騎兵師，也就是吳俊升的部隊已經從東北向蒙古方向開進，準備肅清蒙古的一些武裝勢力，與此同時黃安源的第一騎兵師也已經離開了直隸境內，向着外蒙古方向進發，這兩個騎兵師雖然一開始是打着肅清土匪的意思，但根本目的確實爲了打擊外蒙古的獨立勢力，第一騎兵師的進軍方向可是直奔庫倫。
辛亥革命後，外蒙古的藏傳佛教活佛格魯在這場中華動亂中叛亂成立‘大蒙古國’並自立爲‘日光皇帝’這背後自然離不開俄羅斯的支持，此次獨立並沒有被清廷和後續的北洋政府所承認。清廷當時是沒有力量去平叛，而袁世凱的北洋政府成立後也是一門心思想要平定南方諸位軍閥，而外蒙古則是被袁世凱放在了後頭，原因也簡單，因爲外蒙古本身是沒有什麼實力的，要解決外蒙古問題實際上還是要看俄國人的意思。如果俄國人下定了決定要保住這個‘大蒙古國’憑藉當時袁世凱的力量根本無法順利的收回外蒙古，所以就準備先拖着等解決了國內的陳敬雲和唐繼饒等人後再處理這個事情，不然的話在大軍還在南方和國民軍進行決戰的時候還去招惹俄國人，實在是一件不理智的事情。
不過袁世凱沒有想到，北洋軍竟然會失敗！
北洋軍和國民軍在爭奪國內中央政府的決戰中落敗，而取勝的南京中華共和國作爲現今中國內唯一的中央政府，這外蒙古`獨立一事自然也就落在了陳敬雲頭上。
陳敬雲可沒有袁世凱那麼多顧忌，加上北洋這個大敵已經被徹底擊敗，至於剩下的那些湖北等地軍閥雖然也礙手礙腳，但是已經無法阻擋國民軍的強勢崛起，這種時候國民軍也有了一定的條件收復外蒙古了。
當然，陳敬雲也沒指望着現在就收復外蒙，他現在只是派遣了騎兵部隊進入內蒙古方向，肅清土匪和鎮壓內蒙古方向那些蠢蠢欲動的蒙古王公們，同時也是爲了不久後收復外蒙古而做準備，而這個不久後指的自然是一戰爆發以後。
現在嘛，黃安源和吳俊升的騎兵部隊主要任務還是肅清那些土匪以及私人武裝。
國民軍在東北、直隸以及山東、安徽等地區進行着這輪聲勢浩大的清剿行動時，作爲配合力量的各個地方守備部隊也是出力衆多，自從去年國民軍對地方守備團進行擴編以後，國民軍的地方守備部隊已經不侷限於在每個省的兩到個重大城市各部署一個守備團，而是進一步深入到中小城市當中，在小型城市設立守備連，在中型城市設立守備營，這些新增設的守備部隊加上原有的守備部隊，讓各省的守備部隊數量進一步增大。
實際上，增加的這一部分守備部隊某種程度上是爲了取代那些被打擊取消的地方武裝以及私人武裝，畢竟之前國民軍的守備團都只部署在少數幾個大城市裡，而那些小城市，縣城之類雖然也成立了警察，但是很多縣都會自己組織民團、保安團之類的武裝組織。陳敬雲把這些武裝給撤銷並清剿了後，自然要補充上守備部隊駐紮當地，要不然當地民衆就會失去保護，只靠那幾個警察可無法有效的維護當地的社會安定。
以安徽爲例子，安徽已經是編成了一個五個團的守備部隊，這些部隊分散部署在大中小城市當中，總兵力也是接近八千多人了。當然了，別看人數不少了，但是指望着他們和敵軍進行野戰那是不現實的，這些守備部隊更多的是類似武裝警察的存在。
在這場大規模清剿活動中，北京的李繼民也沒有閒着，雖然北京周圍沒有什麼大規模土匪，甚至連大規模的私人武裝也沒有，但是這不代表着李繼民就沒事做。
進入北京城後李繼民手下的第一軍就是全面控制了北京城，鑑於北京曾是北洋政府的首都以及城內聚集了大量前清遺老遺少和北洋的重要人物，所以李繼民一進入北京後就是根據南京的命令進行了大規模的控制和清洗。
除了一開始就投誠的部分北洋軍官和將領外，大批北洋官員和軍官被逮捕，其中一些具備了重大影響力的雖然不能公開抓捕但是也被軟禁了起來。
除了肅清北洋殘餘外，李繼民也是的毫不猶豫的派兵進入了紫禁城並把溥儀給趕到出來並讓溥儀遷居到另外一處住宅並被軟禁了起來。、
此時可不是李繼民擅自專斷，而是來之於陳敬雲的命令，雖然當初辛亥革命時南北和談達成了優待清皇室的條款，但是陳敬雲又不是袁世凱，當初答應給清皇室優待的是袁世凱可不是他陳敬雲，陳敬雲可不想都民國了，紫禁城裡還有着一小羣人天天坐着皇帝的美夢，更不想清皇室的影響力持續下去最後讓日`本人找到什麼機會弄一場滿洲獨立之類的事情，後世裡的僞滿洲國陳敬雲是絕對不會讓他再一次出現的，如果不是怕影響不好他都要下令讓李繼民把溥儀直接殺了了事，免的他長大後被日`本人利用。可是終究沒能做出這樣的事情來，倒不是陳敬雲心軟，而是直接光明正大的把溥儀這小孩子給殺了容易造成惡劣影響。
爲了達成把溥儀趕出紫禁城並肅清前清以及北洋殘餘的效果，調查局的陳彩親自前往北京指示調查局展開工作，僅僅是數天時間裡調查局就已經是拿出了一大堆證據，把溥儀等一羣前清皇族和民國元年在東北地區爆發的宗社黨叛亂結合了起來，大肆指責前清皇族意圖叛亂復國。事實的真相到底如何已經不重要，重要的是李繼民當天就是把溥儀從紫禁城裡趕了出來，並軟禁逮捕了一大批前清餘孽。
緊接着南京共和政府宣佈廢除前清優待條例，紫禁城收歸國有，並準備改建爲國家博物館，並宣佈到時候任何遊客只要支付參觀門票，誰都可以去龍椅上坐一坐，而且不分人狗。
此時讓一大羣滿清餘孽痛哭疾首，大罵陳敬雲這個叛臣賊子，不過也沒見他們真正爲了溥儀而上吊自殺或者是硬是往國民軍士兵手中的槍口上撞過去，一個個只能嘴巴上叫嚷着，報紙上罵着，不過說不準這些人心裡還猶豫着等紫禁城改爲了國家博物館後，自己是不是也花點門票去參觀參觀然後坐一坐那龍椅呢？
除了解決紫荊城和溥儀外，李繼民還讓手下的部隊配合着陳彩手下的調查局在北京城內進行了大規模的清洗活動，大量反對南京共和政府以及反對陳敬雲的人士被逮捕然後以各種罪名被槍斃，其中用的最廣泛的罪名就是“叛國罪！”
說起來叛國罪這個詞在民國初年的這幾年來用的相當廣泛，孫文、黃興、宋教仁等人頭上都盯着這麼一頂帽子，而南京共和政府的一大羣人也是被袁世凱帶上了叛國罪的罪名，陳敬雲、沈綱乃至鄭祖蔭這些都是有着這麼一頂帽子在。而同樣的，陳敬雲也給毫不示弱的給大票的北洋待上了叛國罪的罪名，袁世凱自然是最大的一個。不過段祺瑞和黎元洪等人主動投降，讓大批的北洋人得以免除了叛國罪的罪名，甚至不少人都直接進入了南京共和政府中任職，比如北洋內閣裡的財務部總長周學熙、這人在段祺瑞籌劃着投降時就是立即贊同，並且拉攏了大批政府內的重要官員加入其中，所以在國民軍進入了北京城後，爲了初步穩定北京城的局勢，加上段祺瑞和黎元洪都準備去南京見陳敬雲並且到南京任職，而李繼民也不能讓北京一直處於軍官狀態，爲此陳敬雲就邀請這個在北洋諸多投降官員中有着巨大威望的周學熙擔任北京特別市的市長，負責安定人心。
周學熙崛起了，也有些人頑固不化而被國民軍以叛國罪的逮捕並槍斃，不過更多的則是躲入了租界裡頭，比如內閣總理趙秉鈞就是找了個機會溜出了北京城，然後潛入了天津租界。
而不管怎麼說，北京城現在已經是掌控在國民軍的手中，等李繼民把北京城肅清的差不多了，南京共和政府籌劃已久的北巡也準備開始了，五月十五號，陳敬雲的專列從南京北站出發，準備沿着津浦線北上巡視，將會途徑安徽蚌埠、江蘇徐州、山東濟南最後抵達北京。