西安之戰前夕，張獻忠狡猾地逃竄，進入了四川境內，這個傢伙，善於打游擊戰，之前就和崇禎時代的明軍戰鬥了很多次，一會兒投降，一會兒再反叛，沒有一點兒人品，部隊的官兵，也飄忽不定，時而數十萬，時而只有幾百人，反正，只要明朝末年有的是社會動亂，有的是窮困潦倒，有的是流離失所，就有的是士兵。
在西安城中，張由鬆俘獲了多名大西軍的將領，。數百名官員，這些都是張獻忠在最近的兩年時間裡，因爲皇帝的讓步才發展起來的，張由鬆親自接見了這些官員，安慰了一番，要求對他們進行審訊，鑑別，之後則予以安排。
基本上，沒有懲罰任何人，甚至許多官員的級別都有所提升呢，只是任官的地點被修改了，不少人調離了西安，陝西。
就這樣，這些戰俘還是萬分感謝皇帝陛下，因爲他的寬宏大量地政策，使這些人有了生存之機會。
一是寬大，二是摻雜“石子”，使大量的明朝官員和陝西的大西軍官員夾雜在一起任用，張由鬆很輕鬆地就擺平了陝西。整個陝西迅速平定。
事情到了如此地步，大明官軍的非凡戰鬥能力已經暴露無遺，大西軍的抵抗已經失去了意思，張獻忠儘管先知先覺，也不過是逃得暫時的一條小命，所以，在四川北部山巒之中的他，驚喜中沮喪，驚喜的是自己臨機決斷的逃跑，沮喪的是已經慘敗了。
明軍各路大軍聚集起來，向四川進軍，此時，調集了在湖北一帶養精蓄銳好幾年的地方藩鎮力量左良玉的部隊，要求他增援十萬軍隊，西進討伐四川的張獻忠，並且約定了時間，明軍的主力從陝西河南一帶分路突擊，進入了四川，一面要尋找張獻忠的主力決戰，一方面，還要防止張獻忠狗急跳牆，反過來突擊到河南湖北等地區，反正這傢伙這樣乾的事情不少了。
在川北，利用特殊的山巒地形，張獻忠還派遣了部分部隊進行了抵抗，但是，在明軍的巨大火力之下，顯得螳臂當車，可小可憐，迅速地被摧毀了。
明軍這時候，在南京囤積了不少的武器彈藥，還在北京城郊外建立了新的軍火工業，所以，武器彈藥絕對不會少。源源不斷的彈藥供應，使明軍有了底氣，動不動就朝着大西軍的陣地猛轟，轟得大西軍的部隊根本沒有抵抗的可能性。
經過一系列戰鬥，明軍突破了障礙，進入了四川的腹地，接着，以皇帝的名義，號召所有的官民都起來迎接官軍，幫助官軍，驅逐大西軍的部隊，迫使其投降。這是一個政治總動員令。這一動員發出，本來就忍辱負重的四川官員，百姓，紛紛起來，遙相呼應，在很多的州縣，都建立了自己的軍隊，和大西軍的政權和設置的官員開戰。大量的大西軍的地方政權被摧毀。
無論如何，四川的情況還是不錯的，沒有那麼多的階級矛盾，也就缺乏支持張獻忠政權的主流思想和人員，很多人在之前張獻忠佔有四川的時候，都很憤怒，畢竟，這是個賊啊。正統思想還是很濃郁的。
大量的明軍將領，地方民團，或者文人書生，就有的四川官員，紛紛揭竿而起，響應王師！
很快的時間裡，明朝的忠義反正部隊，就有了二十多萬人，控制了絕大部分的地區，張獻忠的部隊勢力範圍，只能侷限在成都附近。
張由鬆軍數路逼近了成都，還沒有展開大包圍，就被張獻忠發現了危機，他率領自己的親信部隊一萬餘人，轉身就逃了！
爲了徹底地擊敗張獻忠，張由鬆大量地任用了大西軍的戰俘將領，給與其兵馬和待遇，並且保證，以後要繼續任用他們，給出了明確的官位和任職地點，象艾奇能，李定國等將領，都封爲遊擊將軍或者參將一類的，官職不多高，但是，他們才確信這是真實的，於是，帶領部隊，向着張獻忠的地方追逐。
張由鬆的要求是，儘量向張獻忠要求，迫使他投降。而不是徹底地消滅他，這樣，所有的張獻忠原部將們，就沒有了那麼多的心理負擔和道德愧疚感，做起事情來，相當努力勤奮。
明軍先後在數個城市發現了張獻忠的蹤跡，立刻追趕，。但是，都被這個游擊戰的高手躲避了，這傢伙將不對全部武裝成騎兵，一日一夜數百里，在四川的東部一帶的山地裡穿梭。
張由鬆改變了辦法，開始在四川，湖北一代設立了治安戰的綜合指揮部，命令在四川地帶的州縣都駐紮明軍，因爲武器裝備的改進，明軍的單位戰鬥力得到了增強，所以，只要有千人的部隊駐紮下來，一個縣城就有了絕對的安全。到了後來，張由鬆繼續武裝部隊，增加迫擊炮和步槍和彈藥，結果，在四川東部一帶的明軍，往往一個營四百多人，就能夠牢牢的堅守住一個縣城，加上對縣城百姓的動員，張獻忠軍根本沒有任何機會。
張由鬆軍一面大量駐紮軍隊，一面堅壁清野，將大量的百姓都暫時地請到了城鎮中居住，斷絕可能的張獻忠軍的給養資源。
張獻忠軍曾經夜襲某縣城，結果，三千餘人的張獻忠軍，冒充明軍官兵，突然襲擊，打進了城中，依然沒有佔到便宜，一百多名明軍利用炸彈，三門飛雷炮，兩門迫擊炮，三十杆步槍，在半個小時的時間裡，利用炸彈燃燒起來的火焰爲照明，將張獻忠軍的三千餘人，打得大敗。擊斃了大西軍三百餘人，擊傷二百餘人，就連張獻忠本人都負傷了。
張獻忠在游擊戰的過程中，數次進攻明朝的縣城駐軍，但是，都沒有站到任何便宜，甚至，使自己的部隊越打越少，最後，只剩下了一千人。
這一年的七月，張獻忠的殘兵敗將襲擊萬州，希望能夠狠狠地撈上一筆，取得物資補充，可惜，在拂曉前的襲擊，雖然破了城防，卻誤入了陷阱！
明軍在此，有一個千人的地方民團的忠義軍，有正規軍一個團，千二百人，迫擊炮十門，步槍八百餘支，結果，明軍在開始的倉促應戰的不利情況下，依然合圍了張獻忠軍，張獻忠軍的官兵，奮勇作戰，也只是將他們的統帥，所以的西營八大王給勉強留出一個逃生的機會。
萬州之戰，張獻忠只剩下了三十騎兵。
這時候，李定國上前，遭遇了他，向他表示了皇帝的意思，於是，在反覆考慮了以後，這個桀驁不馴的梟雄，終於地低下了瘋狂的腦袋。
張獻忠投降朝廷，朝廷宣佈了大赦，並且封賞爲大西王，封地在四川西部的藏族地區邊緣，只有一個縣城，其餘的事情，你自己想辦法，反正，給你一條生路，也算是對你手下投降的十萬官兵的面子了。
張由鬆沒有接見張獻忠，知道後者狡猾成性，未必敢來見自己，就由李定國出面，監督他帶領部下，轉移川西地區了。
其實不管四川西部還是雲南一帶，或者甘肅青海，都是邊緣地區，在缺乏足夠人力資源的情況下，你頂多也就是一個野心勃勃的土司，出不了大彩頭！