隨着曾紀澤的工業越鋪越大，他對民間資本的需求也在與日俱增，而每一次的引資，他都不得不對那些商人們的身家進行詳細的調查和核證，這就使得融資的過程比較冗長。
爲了更多，更程序化的吸引民間資本，曾紀澤在與韓殿甲等人經過商議之後，決定在江蘇衙門中增設一個“商務司”，專職負責政府主控企業的資本協調工作。
商務司暫設三科，一科爲“招商科”，專門負責向民間投資們宣傳政府的相關工業項目，吸引他們的資本流入。
二科爲“審計科”，除了對投資者的安全性進行調查之外，還擔負着另外一項重大的職責，即對各工業企業的財稅賬目等經濟項目的審計調查。
曾紀澤深知但凡有政府涉足到商業活動中，什麼呆賬壞賬，虧空貪污之事總難避免，即使是他管理再嚴格，也不可能完全杜絕下邊人的貪婪。光靠嘴上的說教是不夠用的，曾紀澤建這個審計科，就是爲了從經濟上對企業進行監督，以實際手段查處那些貪官污吏。
商務司的第三科叫作“公關科”，這一科的設立其實與商業沒有半點關係，他作爲曾紀澤幕下直接領導的一個特別的組織，之所以被歸於商務司，只是曾紀澤爲給它找到個掩護的名目。
這個公關科早在曾紀澤來滬之初就已建立，它的職責是專門負責北京朝廷方面的公關活動，說白了，就是向那些有影響力的朝臣們、貴族們、太監們行以重賄，使他們在朝廷涉及有關於曾紀澤方面的決策時，提供有力於他的影響。
其實公關科也可以叫作“行賄科”，曾紀澤來這一手，雖然不大厚道，但卻一針見血的抓住了清廷官場腐敗的本質，手段雖不太光彩，但效果卻是顯著的。
清廷對他這個江蘇巡撫一再的放權，似乎是出於給曾國藩的面子，但這裡頭公關科的作用卻絕不可忽視。不過，代價也是昂貴的，在曾紀澤的私人賬目中，每個月都會有近一萬兩的銀子，撥給了這個見不得光的部門。
商務司成立之後的第一個項目，自然就是造船廠的引資活動，這是一個無論從規模，還是政府重視程度而言，都十分重大的工業項目。商務司向商界方面做了大張旗鼓的宣傳，所收到了的效果也是十分明顯的。截至到三月中旬，招商引資工作已經基本完成，造船廠的總啓動資金將達到兩百萬兩白銀。
曾紀澤的原計劃是，令容閎再聯絡駐美國方面的辦事處，爲船廠購置相關的機器，但他很快意識到自己並沒有那麼多的時間來等待。
依照目前的戰爭形勢，太平天國也有可能連1864年也撐不到就完蛋，那將是一個重大的歷史轉折點，曾紀澤必須在此之前，讓他的造船廠投入生產運營，爲他的淮軍水師源源不斷的製造艦船。
所以，在經過一番考後，曾紀澤決定採用歷史上李鴻章用過的方法，就近在上海收購一家設備齊全的外商工廠，近快的投入轉產就可以開工。
曾紀澤讓韓殿甲去務色合適的收購對象，上海這座東方第一大港，其船舶修造市場本就十分繁榮，計有英國人杜拉普經營的新船塢、莫海德經營的董家渡船塢、霍金斯開設的立祥安順船廠、包義德開辦的祥生船廠，以及美商旗記鐵廠等十餘家船廠。
而上海的船舶市場又是有限的，面對如此激烈的競爭態勢，本就有幾家船廠無意繼續經營下去，有意出售。韓殿甲經過實地考察，經過再三的精挑細選之後，最終選定了旗記鐵廠。
該廠位於虹口租界內，號稱“洋涇浜外國工廠中機器最大者”，韓殿甲在經得曾紀澤允許後，以60000兩銀子的價格，買下了整座旗記鐵廠，其中包括價值20000兩的銅、鐵、木料等材料。除此之外，當時的旗記鐵廠總工程師美人人福斯、8名外藉機械師，以及600多名鐵廠工人都願意繼續留下工作，這些技術型人才無疑於又是一筆巨大的財富。
旗記鐵廠的原來廠址位於美租界內，美國人反對中國在他們的租界內製造軍火，且廠中工匠繁多，屢與洋人發生口角生事。另一方面，爲了能不斷的擴大規模和修造輪船，既需要發展餘地的地界，也必須擇一濱江處。於是韓殿甲申請將鐵廠所有設備搬到了城南高昌廟濱臨黃浦江的地方，圈地70餘廟，重新修建廠房。
在經過了一系列的努力之後，新的企業終於在黃浦江畔破土動工，曾紀澤將這家新生的近代化企業命名爲了“江南製造總局”。
江南製造總局的廠房建設非常龐大，東、西、北三面環爲高牆，正門兩人側以木柵欄圍之。進門中央爲公務廳，東設文案房、畫圖房、總庫房；迤北爲生鐵廠、木工廠；北設大火器廠、汽錘廠、輪船器機鍋爐廠；迤西設炮廠、炮彈廠、水雷廠、鍊鋼廠，西爲汽機廠，西北爲熟鐵廠。局門外至黃浦江邊是一大片空地，有直道通往碼頭。直道東爲長達99米的泥船塢和造船廠，西爲木棧。
江南製造局規模之宏大，所設車間類別之多種樣，在整個東亞都是首屈一指的，曾紀澤在給曾國藩的信中寫道：“機器製造一事，爲今日御侮之資，自強之末。抑兒尤所陳者：洋機器於耕織、刷印、陶埴諸器皆能製造，有裨民生日用，原不專爲軍火所設，妙在借水火之力，以省人物之勞費，仍不外乎機括之牽引，輪鑿之相推相壓，一動而全體俱動，其形象固顯然可見，基理與法亦確然可解。惟其先華洋隔絕，雖中土機巧之士，莫由鑿空而談，逮其久風氣漸開，凡人心智慧之同，且將自發其覆。兒料數十年，中國富農大賈，必有仿造機器製作自求利益者，官法無從爲之區別。
曾紀澤辦江南製造局這樣的大事，雖然是經過了朝廷的允許，但作爲曾國藩的直屬下屬，以及他信賴的兒子，曾紀澤深知沒有得到曾國藩的首肯和支持，事情相辦成是不易的，也是很不妥的。故他向曾國藩寫了此書，力陳其國利害，希望能得到老爹的支持。
曾紀澤在此信中很清楚的闡明瞭自己辦洋務的思想，其一：即軍火工廠除造軍火之外，必須造民用產品。其二：中國人的智慧並不遜於西人，只要能剷除封閉隔絕，對外開放，必能創造性的發展而超過西人。其三，私人投資實業的資本主義發展趨勢，已是天下大勢，不可逆轉。