此時劉裕顧不得長途跋涉的疲勞，先說出一番話來鼓舞士氣：“將士們，妖賊逼近，如果在此城得逞，就會兵臨京師。到時你們是做賊民還是賊奴？無國哪有家。與其失身於賊，不如盡忠爲國。死也不失爲一條好漢。惡賊孫恩每攻下一城，燒殺搶掠，姦殺女人，將嬰兒挑於槍上爲戲，種種惡行罄竹難書。即便降賊也未必有好下場。願與我誓死共守城的，拿起兵器。想投降的，我現在打開城，給你們半刻鐘的時問，出城者我絕不阻攔。”半刻鐘內無一人出城。
劉裕知道將士們可以一戰，便關上城門。敵人帶上攻城梯開始肉搏攻城。劉裕沿城牆四周來回巡查。弓箭、木石紛紛而下，賊兵倒下一撥又一撥，在城下堆積的屍體越來越厚，但攻勢絲毫不減。守城兵士已傷亡不少。孫恩知道此戰異常重要，他不借任何代價都要拿下，使妹夫盧循帶領督戰團在後督戰，退者立斬，因此賊衆拼死前攻。
賊衆連攻七日，城守已不足三千。劉裕心想照這樣下去，恐怕會同城俱沒。若全部出城，拼死一戰或許有萬一的可能改變局勢。正準備集合隊伍時，他發現敵軍有一將處在麾蓋下，據胡牀而坐，指揮攻城，自以爲處於矢石攻不到的範圍，意氣甚驕。劉裕斷定這一定是位重要將領，心說我若將他拿下再出城攻擊，豈不是勝算更大。
於是劉裕操起神臂弓，搭箭瞄準，“嗖”地一聲直奔敵將。那敵將豈能料到劉裕天生神力，發現了也毫不在意。不想這一箭正中眉心，瞬間倒斃。劉裕隨後打開城門，率衆出城。持刀領先，當前者被斬殺無數。羣賊本就懼怕劉裕，主將孫義又死，在晉兵的奮命衝擊下開始敗退。督戰團本來還想阻止賊退，但在大規模的敗退下已經不起作用。驚懼的賊衆開始攻擊督戰團。整場戰爭演變爲大潰洮，先登陸攻城的這數萬賊兵竟一時鳥散。當時孫恩剛剛登陸不久，就傳來了敗散的消息，內心驚懼不已。聽聞自己愛弟孫義被射殺後，更是心灰意冷。想想這幾年的辛苦經營毀於一旦，數萬衆爲幾千人所敗，萬念俱灰，便開始撤退。
劉裕正追敵，忽報有一隻軍隊趕來。“一定是我方援軍！”劉裕言道。果然，劉牢之親率五千精兵前來相助，他們緣山沿江邊追邊殺。來不及上船赴水的，跳崖的，數不勝數。到處都是一片悽慘哀嚎聲。孫恩正自逃向船，劉裕已經靠近。他不識孫恩，但看着孫恩衣飾奢華，一定是位重要人物。便一邊砍殺一邊前逼“妖賊休走，看刀！”眼看刀就要落下，逃避不及，想不到孫恩有一隨從猛地向前一推孫恩，擋在孫恩之後，自己捱了那一刀。而孫恩就勢一個滾翻靠近江岸，在部下的接濟下狼狽上了船。劉裕急忙彎弓搭箭，一箭中其手臂，抽箭再射時，敵船已經遠去。敵船由江入海，順風南行。劉裕想這賊糧食短缺了遲早會登陸，就緣海在陸上跟隨。敵一登陸，劉裕就立刻進擊。孫恩一路逃，劉裕一路追，孫恩的船隻與兵力日漸減少。
十一月，孫恩到達臨海城時，兵力己不足二千，大小船隻數十艘。這天東北方向又忽起颶風，飄沒了好多船隻，剩餘沒被覆沒的大部分均被風吹趕到岸邊撞壞。賊衆不是跳海死，就是上岸被劉裕所殺，所剩無幾。孫恩苦笑道：“不想我皇帝沒做成，今日要做水鬼了。”妹夫盧循說“留得青山在，不怕沒柴燒。近海岸多山，地形崎嶇，我們殺出去，先找地隱藏起來。然後慢慢收集離散兵士，定有東山再起之日。勝敗兵家常事，劉邦百戰百敗，最終擊敗項羽，成爲帝王！你不可辜負了英雄之身啊!”孫恩說道“我十餘萬衆傷亡殆盡，終難再舉！罷了罷了。項羽兵敗烏江後不歸江東，今日我亦絕不上岸。你好自爲之吧。”言畢赴海而死。盧循與姐夫徐道覆帶領數十手下拼命逃出，藏了起來。至此賊亂告一段落。劉裕此番立了大功，皇帝令其做了下邳太守。
數月後的一天，忽有部下來報，說有通緝犯前來自首。劉裕一看是沈林子沈田子兄弟數人。沈氏本是三吳大姓，投身於孫恩，作戰時大部分死於戰陣。孫恩死後，沈淵子、沈雲子、沈田子、沈林子、沈虔子五兄弟帶諸幼子僥倖逃亡，成爲朝廷通緝的要犯。沈林子與諸兄等家屬十餘人晝藏夜出，竄伏山草，無所投身。沈林子時年十四，向哥哥沈田子等說道“我們家族託身孫恩，本想其能成爲一百姓明主。誰知其所聚皆流氓無賴之徒，所到之處燒殺搶掠無惡不作。家族既不幸失身於賊，百餘口人慘死鋒刃，我們又被朝廷通緝，處處躲藏，這樣的日子我過夠了。諸兄可見過白頭賊乎？素聞劉裕將軍軍政嚴明，所到之處於百姓一無所犯。我們不如投身於他。若其應允，我們便建功立業爲家族雪恥。”
沈田子等聽後甚爲動心，於是五兄弟一行前來投靠劉裕，來至廳前，爲衆軍士聚刃所圍。劉裕出見，沈林子說道“妖賊擾亂，我們父祖諸叔，同罹禍難，實是家門之不幸。自劉將軍起兵以來，伐惡旌善，百姓稱頌，是有道之師，今日謹率家族數口，歸罪請命。若將軍不饒，我等甘就斧鑊。若蒙將軍不棄，我們願拜在將軍麾下，做陣前先鋒，效命沙場，洗刷家族之恥辱。”劉裕見其言辭懇切，少年之人竟能說出如此一番話來，也讓他甚爲驚訝，便將他們收入了軍中。
劉裕做下邳太守這段期間，彭城等處的很多遊俠豪傑輩都來投靠劉裕，劉裕也傾心結交。丁旿就是其中一位。
接下來，講講劉裕平定桓玄之亂的故事！