保安司令部的編制，取消士兵超加的口糧（仍減至每日斤半），對雷中田、高振邦的兵額，也限制在原有數目上，不許增加。他的這個要求，起初尚能表面上執行，以後由於他自己實力不夠，收編了臨洮張彥明股匪，雷、高即以爲口實，大肆招兵買馬，增糧增餉。他又以親自批領條來控制，也行不通。只好眼睜睜任雷擴編三個師、高擴編幾個大隊。對於機關的裁員，當時因人設事，冗員甚多，但一經摸底，都有來頭，一個也動不得。又轉向中下層職員開刀，用考試辦法，裁汰了一大批，卻轉而造成他們生活無着，形成社會問題，爲輿論所不滿。所以“精兵簡政”，毫無所得。在澄清吏治、用人唯賢方面，他採取考試辦法，並親任主考，以廳長、知名人士“陪考”。他隨口提問，令應考者回答，內容庸俗，形同兒戲。他曾派出四人當縣長，其中二人是他的蒙師，一人是他部下的親戚，一人是馬麟推薦的，都沒經過考試，與“賢”字不相干，因而引起知識界的指責。在團結各族、庶政公開方面，他不僅沒有什麼具體措施，而且也做了些不合乎人情的事。如他就任之初，各坊寺、門宦、部落頭面人物，按少數民族風習前來道喜，他一律拒絕，給以“閉門羹”，結果這些人回去傳說“馬主席不認鄉親”。一次，五泉山東龍口八卦臺建成，馬麟遍請官紳頭面人物吃手抓羊肉，他不但不去參加，而且在給他的請柬上寫“應辦事情很多，哪有閒工夫作此無謂應酬”。馬麟認爲他有意奚落，更加離心離德。孫中山先生紀念週，每月在省政府中山堂舉行一次，這在當時是不可少的由最高長官主持的例會，他一次也沒有主持過。所以他的施政方針不僅形成泡影，而且開罪於人，得不償失。他來蘭時沒帶幹部班底，只帶一個親戚作“內秘書”，二兒馬敦信作內外聯絡員。讓各機關人員照舊工作，以示“大公無私”，但又不肯信任人家，使大部人員不安於位。他爲巴結上司曾向南京送馬，擬給蔣介石4匹，何應欽2匹，張學良2匹，邵力子1匹。派人送到南京，先請示馬福祥審閱致各要人的信件，馬認爲措辭不當，另行改寫。又看所送之馬，經長途跋涉，毛皮乾燥，膘體不肥，已成下駟，無法贈送。馬福祥遂對馬鴻賓大加申斥。馬鴻賓在宦海的波濤中，是一名劣等船工，船的危殆是可以想見的。斯時馮玉祥身在晉南，心存隴上。他爲了反蔣，要先恢復甘肅以至西北這塊根據地，讓雷中田除掉馬鴻賓，“在甘肅做一番轟轟烈烈的革命事業”，並要在漢中的王志遠、邠州的蘇雨生配合行動。他令李世軍到陝甘向雷中田、蘇雨生傳達他的計劃。雷中田有了這個背景，與馬鴻賓的矛盾就無法調和了。而且二人相處幾個月中，關係也越來越緊張。雷中田曾收編了通渭的董老二（惡霸地主）爲地方民團，遭到馬廷賢部的襲擊，雷認爲馬廷賢與馬鴻賓雖然表面上對立，但畢竟都是回軍，難免一個鼻孔出氣；設若兩馬合流，自己便很危險。8月7日南京政府發佈命令，任命馬鴻賓、楊思、譚克敏、馬文車、張維、李朝傑、賈纘緒、水梓、喇世俊爲甘肅省政府委員，以馬鴻賓爲甘肅省政府主席，楊思爲民政廳長，譚克敏爲財政廳長，張維爲建設廳長，水梓爲教育廳長。這一命令不僅使連個委員也沒撈到的雷中田更加不滿，也使馬文車醋意大發。原來馬文車一直垂涎財政廳長這個肥缺，而馬鴻賓則以貴州籍的譚克敏是何應欽的人，便於向中央要錢，將財政廳長一職給了譚克敏。於是，馬文車遂與雷中田勾結起來，共同進行倒馬活動。他們也曾向甘肅士紳間活動。有個說法：事變前夕，雷中田到甘肅士紳領袖人物楊思住處密談約一小時。事變後，雷中田生日，楊思贈聯雲：“龍泉太阿，氣味自合；渾金璞玉，福壽所基。”可見是相互默契的。雷中田曾派人與蘇雨生聯繫，商定由蘇雨生設法擺脫楊虎城，直撲寧夏，雷則在蘭州扣押馬鴻賓，一舉推翻馬福祥在甘、寧的統治。不久，蘇雨生因扣留青海購運的物資，抗不發還，楊虎城派兵進攻，蘇即乘機向寧夏轉進。雷中田於8月24日晚上對高振邦、潘振雲說：“蘇雨生撤離邠縣已20多天了，按時間計算，應該早到寧夏了。爲什麼還沒有消息？不要叫人家封鎖消息，讓蘇雨生吃了虧。”於是決定次日動手。25日下午，馬鴻賓進城到省政府辦公，雷得報告後，即下令關閉城門，派他的副官曹某率手槍隊20餘人去捉馬鴻賓，但馬已事先風聞，翻牆逃到城隍廟內隱藏，繼又逃到道升巷某職員家中。斯時蘭州全城戒嚴，崗卡林立，城外槍聲大作。26日中午，街道貼出雷中田的佈告，原文是：
爲佈告事，照得軍閥馬福祥、馬鴻賓夙蓄擴張地盤之陰謀，冀填自私自利之慾壑，矇蔽中央，把持甘政，蔑視全隴漢回蒙番，重興帝國主義，實與先總理革命宗旨大相違背。溯自馬鴻賓攫代甘肅省政府主席以還，所爲罪惡，罄竹難書，舉其大者如：（一）庇匪殃民，（二）把持財政，（三）私運槍械，（四）操縱金融，（五）侵吞公款。已屬罪無可逭，還復招收土匪，且外引馬廷賢率部北犯，擾亂治安。中田駐師是邦，除暴安良，自屬天職。茲遵從中央視察員馬心竹暨陝甘邊防督辦代表趙晚江之協商，重以全省黨政軍學農工各界大義之責請，不得不隨諸父老兄弟之後，先事預防，共維甘局。凡我漢回蒙番同胞，自當一視同仁，無分畛域。除呈報中央外，爲此佈告周知，其各安居樂業，無得自相驚擾，致貽伊戚，切切此布。
透過冠冕堂皇的言詞，我們從這張佈告中可以看出，雷中田此時反馬不公開反蔣；捉馬未經南京政府同意，有馬文車同謀，且有趙晚江（楊虎城的代表）插手。26日清晨，馬鴻賓爲了地方免遭糜爛，自己走上街頭，向警察說明身份，要求見高局長（振邦）。高振邦接到電話，從攻馬鴻賓部的前線趕來，親自將馬鴻賓帶走，安置在道升巷李朝傑廳長家中（後來怕不保險，又安置在警察局內）。而雷中田對馬鴻賓部隊的攻擊，先始於黃河北，經過8小時戰鬥，解除了馬部一個營的武裝，營長馬雲奇受傷被俘；並擊潰張彥明的騎兵部隊。後在小西湖一帶攻擊馬部軍隊，急切未下。馬鴻賓讓喇世俊持其親筆信進行調停，雙方停火，軍事行動暫告一段落。雷、馬即發出通電，改組省政府，推舉馬文車、雷中田、楊思、李朝傑、趙晚江、李克明、陳珪璋、魯大昌、王家曾、喇世俊、馬錫武、慕壽祺、裴建準等13人爲臨時省政府委員；由馬文車兼代省主席、楊思兼民政、李朝傑兼財政、馬文車兼教育、喇世俊兼建設、雷中田任全省保安總司令。其中楊思、李克明、喇世俊、裴建準、馬錫武、慕壽祺是甘肅士紳。陳珪璋、魯大昌是地方軍閥，均未來蘭。雷中田、李朝傑、王家曾是國民軍殘餘。趙晚江是楊虎城的代表，不久被人刺殺。雷乘機積極擴充部隊，以潘振云爲“中央陸軍新編第八師師長”。但蘇雨生部進入寧夏，被馬鴻賓部冶成章旅擊潰，失去聯絡，奪取寧夏計劃落空。
扣押馬鴻賓是一個政治信號，它引起各種勢力的反應和鬥爭。楊虎城提出派兵入甘“戡亂”的主張，在國民黨中央的陝人于右任極力促其實現；馬福祥堅決反對陝軍入甘，力主和平解決；馬鴻逵也從泰安致電雷中田主張和平解決，並說“什麼條件都可商量”。馬麟則帶騎兵兩千人撤離蘭州城區，駐紮河口，雖致函雷中田表示願作調人，雷亦覆信歡迎，但開始卻旁觀敷衍。劉鬱芬曾派代表到蘭，表示願回甘肅，但遭到雷中田的斷然拒絕，決斷地表示“他來我走”。雷意希望吉鴻昌來甘。甘肅本省各界上層人士都希望避免戰禍，和平解決。而雷中田、高振邦之間也存在很大矛盾，雷主殺馬，並已下令槍殺了馬部的張彥明。高則偏重於放馬，現雖將馬押在警察局內卻給以優待，他的兒子馬敦信常去探視。雷對此深表不滿，高亦有意避免與雷見面。蔣介石原來認爲馬福祥的力量可以爲他控制西北，至此已發生動搖。但爲制止楊虎城在西北的發展，又想楊、馬並存，互相牽制。馬福祥在南京積極活動，向蔣爲其侄辯誣。並且向報界發表談話，一方面表示聽候中央處理，一方面攻擊雷中田“原系馮玉祥舊部，月前石友三叛變，雷曾受委某軍軍長，此次事變之先與隴東之陳珪璋、魯大昌勾結”。還有挾勢威脅的口吻：“至政變後駐寧夏之馬福壽，肅州、涼州、甘州之馬步青，西寧之馬麟各部，亦不出兵向蘭州前進，惟有聽候中央辦理。”蔣介石於8月30日電雷中田轉馬文車，查詢事變真相，對扣押馬鴻賓斥爲“實屬反叛中央，目無法紀”。馬文車則篡改電報內容後，向省務會議報告。之後，蔣介石又給雷、高來電報說：
甘肅視察馬文車擅作威福，構成政變，將省政府主席馬鴻賓私自扣留，經中央嚴令立將馬主席恢復自由，行使職權，並未遵令辦理。似此壞法亂紀，非嚴懲禍首，何以肅法紀而遏亂萌。電到仰該師長等即將視察員馬文車拿解來京究辦，並遵令轉知馬鴻賓即日召集各委員行使職權。
這封電報其實是官樣文章，意在敷衍而已。以禍首雷中田“拿解”同案禍首馬文車，這不是很滑稽嗎？但蔣介石這時還不想換馬，儘管馬福祥家族爲他守西北守得不那麼好，但他還要用這股勢力挾制諸如楊虎城之類的勢力，不使西北出現一個擁有強力與他對峙的西北王。蔣的這個態度，使馬文車、雷中田慌了手腳，縛虎容易放虎難，自己已坐在熱火爐上，進退不得。
9月上旬，甘肅士紳劉爾炘，聯合千人發表《告雷中田利害書》，大意是：你們把馬鴻賓扣住，想做主席，恐難坐穩，若因此而挑起一場回漢之爭，你們有何能力以善其後？這一政治炸彈，更使雷中田等心神不安。高振邦已更快地轉向，進一步向馬鴻賓表示好感。這時，臨時省政府委員楊思、李朝傑及青海代表馬崑山等也出面調停，雷中田提出三個條件：（1）馬鴻賓私宅財物的損失，概不補賠；（2）下命令叫馬駐在靖遠、新城兩地的隊伍一律繳械；（3）馬自行電中央辭退委員、主席職務。馬回答得主動而乾脆：（1）不要補賠，只要蘭州和全省人民無損失，本人私產無甚關係；（2）所部繳械命令當由我下，服從與否，不能保證；（3）辭職一層，何用他提，本人從來未嘗如此厚顏。但雷接到此一答覆，也無表示，調停擱淺。馬麟又到新城調停。馬鴻賓的第七師提出：“要臨時省政府的負責人和馬鴻賓主席同時辭職，馬鴻賓恢復自由後，省政府主席由第三者擔任。”雷中田雖表示同意，但“第三者”一時很難選出來。最後馬麟以其名義向南京發電報，請把馬鴻賓調回寧夏。但電文發出後，未見答覆。
誰也沒想到，這時卻跳出來一隻復甦的死虎！蟄居四川的北洋軍閥吳佩孚，大概看到變亂中的甘肅有機可乘。忽然以遊覽爲名，攜帶妻子兒女，以及殘部200多人，打起“興總司令”的招牌，由川入甘，經過文縣、武都、成縣，一路招搖撞騙，10月8日到天水，受到霸佔天水的馬廷賢的歡迎。吳佩孚委任馬廷賢爲“騎兵警衛軍總司令兼隴南護軍使”，還委了大批廉價的軍、師、旅長、顧問、參議之類。蘭州聽到吳要到來的消息，在對吳的態度上有分歧，據熟悉內幕的李世軍回憶：馮玉祥堅決主張殺馬驅吳，雷中田聽命，但高振邦卻相反。因高及其部下與吳有歷史關係，想利用吳這塊招牌緩和各方。而且甘肅地方軍閥陳珪璋、魯大昌和馬麟都不願馬文車、雷中田成功，又怕馮玉祥重來，所以要迎吳。雷中田等在這種情況下，也不得不迎吳，於是連忙籌備歡迎大典，撥款2萬元，爲之設“吳上將軍行轅”。11月7日，吳抵蘭州，文武軍警列隊歡迎，紛紛送上名片，將吳接入“行轅”，稍事休息，即以一輛東洋車將馬鴻賓接來。馬向吳提出要回防地安頓部隊，吳滿口答應，並且說：“在走以前，我打算讓你和雷見見面，甘肅的事還得你來主持才成。”據在場隨行人員說，順手也給了馬一個委任狀，但馬並沒有看。並嘆息說：“這時候還搞這種名堂！”第二天，馬、雷在吳處會面，雷連連說：“很對不起主席。”吳則和稀泥，說什麼不打不成交，說什麼“將相和”。最後調停的具體辦法是：放馬鴻賓出蘭州，其部隊回寧夏；由吳擔保，對雷不作軍事行動。吳於9日下午歡宴各界要人，特邀馬鴻賓參加，宴席上馬鴻賓說了幾句譏諷的話：“馬進士的後人是良民，沒有反過，今後仍不做非法的事。”雷中田當場神色不安，但對釋馬又有悔意。有人向馬通了消息，當晚馬向高振邦提出出走的安全問題，高以此去西關一帶都是他的人，絕對保證。午夜3時多，馬鴻賓乘1輛轎車出西門，直奔新城，到了他的部隊裡，纔算脫險，被扣總計77天。之後報上發表了馬鴻賓的公開啓示，檢討了自己主甘以來及此次事變中的揪心六事之後說：“至於以後甘政，惟望蘭波（雷中田）與心竹（馬文車）兩兄，視民事爲家事，愛民身如己身，則賓之退讓，庶有代價。”