州城前次的挫折並未讓同盟會諸人打消念頭，而廣州倪映典之亂，順便清洗了新軍一番後，誤以爲萬事大吉，亦放鬆了有關的緝拿。
香港跑馬地35號這個地方雖然很不起眼，但卻是同盟會總機關——統籌部，所有的指揮中樞和秘密機關均雲集於此。
在統籌部裡擔任部長的是同盟會二號人物黃興，黃興雖然對在廣東發動起義持懷疑態度，但經不起孫中山的一再鼓動再考慮到同盟會上下團結的需要，便轉而表示同意，宋教仁雖然是文人出身，不諳軍事，但對於組織調度頗有心得。在兩人的籌劃之下，各項事物有條不紊地開展着準備工作：500名同盟會會員從日本、南洋、國內等涌來，然後由統籌部利用各種各樣的名義，輸送到廣州秘密機關報到；日本黑龍會方面運輸而來的槍支彈藥，亦由統籌部安排可靠方式偷運入廣州；倪映典起事失敗後，逃亡香港的官兵亦得到了統籌部無微不至的照顧，以免他們爲生計發愁。港英當局根本沒料到在他們的眼皮子底下居然會鬧出如此大的動靜。
當然，光靠宋教仁一人，即便他有三頭六臂也無濟於事，擔任調度課課長的陳炯明在此發揮了極爲重要的作用。陳炯明時年剛剛三十有二，幼時是鄉里出了名的頑童，但由於家道中衰，後來的成長頗爲艱辛，所幸天資聰穎。20時便考中了秀才，27歲時又考入了廣東法政堂。
在法政學堂求學期間，陳結識了在那裡任教地朱執信、古應芬，並且與同學鄒魯交往甚密，這三人此時都已是或明或暗的同盟會員，因此對陳炯明影響頗大，此時的陳炯明雖然仍沒有加入同盟會，但政治立場和思想抱負已經轉而對革命持贊同態度。畢業之後。由於陳在當地頗有聲名。又能言善辯。一舉被選爲廣東諮議局議員。到了此時，陳炯明爲同盟會諸人所重視，在他30歲生日前夕發展爲同盟會會當時同盟會成員唯一一個在議局擔任議員的成員。鄒魯因爲和他是同學，便一直負責同盟會與陳炯明的單線聯繫。
由於陳炯明的公開身份極爲有利，黃興便委託陳炯明創辦《可報》，以軍隊爲主要宣傳對象。每逢報紙出版，就派人儘快送到兵營，名義上對軍人半價，實際上是免費贈送。報上文章，除小部分是陳炯明所寫外，其餘大多數是宋教仁等人的大作，但由於宋教仁姓名比較敏感，在報章署名時。幾乎所有同盟會成員的文章都署名爲陳炯明。
這樣一來。陳炯明地大名更盛，加入同盟會還不到2，已成爲黨內地後起之秀。地位扶搖直上，堪比當日地汪精衛。《可報》在陳炯明的創辦下，不僅成爲革命派思想傳播的輿論陣地，還成爲革命派傳遞信息的有效途徑，每次陳炯明都會安排密碼本，通過獨特的解讀方式，在報紙的文章中隱含暴動的組織信息，通過這個途徑。同盟會不僅牢牢掌握了起義地進程，而且還方便地進行傳遞和溝通，相關策反亦卓有成效。在同盟會諸位大佬的心目中，陳炯明是值得信賴與依靠的“優秀分子”。
按陳炯明的建議，爲了讓革命黨的敢死隊能在廣州城內立足，事先在城內以商店和住戶的名義，設立40多個秘密機關。這些機關通過單線與胡漢民、統籌部發生聯繫，彼此間卻不發生關係，雖然信息傳遞的效果差了點，卻十分安全，能夠避免一個機關被破獲，所有機關都被牽連的局面。也正因爲如此，內政部安插在廣州城地探子一直都沒有發覺異常情況，只把同盟會諸人地雲集看作是廣州城商業發展的必然後果。
軍械的偷運同樣採用了障眼法，這些假託商業設立地秘密機關開設了不少出賣假髮的商店和染料店，子彈往往密藏在假髮內或裝染料的錫罐裡，而槍支同樣藏匿在從南洋進口的木料中，數十支粗大的木材中夾雜着一捆槍支，絲毫不引人注意，即便要查，木材沉重異常，要想搬動十分困難。內政部雖然也接到數起報告，但一查之下大都不了了之。兼之珠江口本身走私行爲極多，很多走私行爲背後都有洋商的影子，內政部也好，當地的海關監察也好，都沒有如此魄力徹查。
在幾個月的時間裡，革命黨通過這種老鼠偷運的方式，將人員物資紛紛運進廣州城，就等端午節發難的那一天。
似乎一切都在有條不紊地進行，不惟香港的統籌部異常滿意，就是黑龍會和隱匿在日本的孫文都期盼着端午節的大手筆。京師裡的伊藤和川島受到鼓舞，忙不迭地加緊了行動的步驟。維新三年的春季，表面上看一片風平浪靜，各省的治安都較去年有不同程度的好轉。但就在眼皮底下，一場狂飆突進的暴動已在悄然醞釀。廣州城的官吏更是不知道自己已坐在了火山口上。
在這場盲人騎瞎馬的危機中，唯有一人的頭腦比較清醒——這便是鎮壓了倪映典叛亂的廣東水師提督李準。李準是廣東的風雲人物，素來查捕革命黨最爲兇悍，同盟會諸人亦視之爲眼中釘肉中刺，千方百計欲除之而後快。但李爲人極爲謹慎，計謀又多，運且更好，革命黨前後近10次刺殺，無一次成功，刺殺之人反而悉數斃命。在當時的同盟會內部，被黃興等稱之爲第一號敵人，在傳統的辛亥革命史中，李亦被描繪爲“反革命急先鋒”、“革命派面臨的最兇惡的敵人”。
但同是這位老兄，在維護國家主權方面亦不含糊。當時英國曾多次竄入南海非法測量，掠奪海洋資源。外務部雖然屢
。但英方仗着“堅船利炮”一直置若罔聞。維新元官兵170人，乘“伏波”、“琛航”二航前往西沙查勘，探明島嶼座，並逐一命名，勒石於珊瑚石上，大書“廣東水師提督李準巡閱至此”，升黃龍帝國旗並鳴炮。宣告西沙羣島爲中國領土。回廣州後。李準著《廣東水師國防要塞圖說》。並奏請朝廷開發西沙。
後來李準又巡航東沙羣島，發現日人私自侵入東沙島，開採鳥糞，捕撈海產，並修築碼頭、軌道、廠房等，隱然有長久佔據之勢，他便徑向日本領事抗議。日人乃退出東沙島。稍後，李準再巡西沙，勘查島礁，鑿井造屋，並協助定居漁民放養家畜、捕撈海產以示固守島嶼海疆之決心。李準當時在水師提督府親自舉辦了一個南海諸島展覽會，展出巡海照片、地圖、及南海珍貴海產等，堪稱近代中國第一次嚴肅意義上的海防教育活動。這等功績，比我們今日保釣不啻於強上百倍？
但李準地功勞一直要到紅朝1974年.|:《人民日報》、《紅旗》雜誌發表文章予以認可。用李準勘察西沙的種種歷史遺檔來證明西沙自古就是中國領土，並將西沙羣島中一個小島用李準名字命名。
當然在革命派眼中，維護這些“爾小島”的國家權益之事與他們毫無干系。他們只知道千方百計置李準於死地。從馬來亞歸來的同盟會會員溫生才痛感於“同志爲李賊戕害”，決定暗殺李準爲同志們報仇。
418，李準等一干軍界要人從督張鳴歧的總督府開完會後陸續返回寓所。李準的寓所與時任廣州副都統孚琦的寓所在同一方向，故而兩人開完會後一同前行。由於廣東身處是非之地，暗殺較多，兩人隨身均有數十人的親衛隊貼身保護而行。
李準騎着一匹黃馬，本來被衛士們簇擁在隊伍當中，有說有笑地與琦並轡行走。但走到半路，李準突然感覺眼皮跳了好幾下，似有要事發生，但又說不上是什麼大事。按說平常人遇到這麼點心神不定，必然付之一笑，不以爲意，但李準在多次刺殺餘生之時，早已練就了一副敏感地神經，既然覺得氣氛不對，腳底下地步子就有了躊躇。
但不對歸不對，街面上望過去並無別地異常，而且兩人都有幾十人的衛隊保護，若是連一點點神經質都要拿出來計較一番，李準也丟不起這個臉。於是，他急中生智，換上一副愁眉苦臉的眼神，走了兩步，用手捂着肚子說：“唉呦，肚子突然疼得厲害，大概吃壞了，要趕緊去方便一下。”
若是碰到熟人搭話李準停下來說不定孚琦也會在一旁聊幾句天，但現在對方既然肚子不舒服要找地方“疏通”，他就不方便等了，便道：“要不趕緊送你去看醫生？”
“不敢勞大人大駕，只先去方便一番。”
“那你老哥保重，我先行一步。”
“好好，抱歉，抱歉。”李準一邊致歉，一邊朝着有廁所的地方奔去，回頭用眼一瞥孚琦，對方便在衛士的簇擁之下先走了。
那曉得走出了不到200，溫生才忽地從巷子裡衝了出來，他見孚琦騎着高頭大馬，又有衛士簇擁，心道必是李準無疑，二話不說，掏出手槍便是“啪啪”兩槍，孚琦在馬上一陣搖晃，終於栽倒下來斃命了。
到了這個時候，衛士們才從目瞪口呆中清醒過來，一擁而上，將溫生纔拿下。此時李準正好裝模作樣方便出來，聽到槍聲便知道大事不好，一問才知道刺客的目標是衝着自己而來，這一番算是又僥倖渡過。
溫生才一死，《可報》便刊登了事情經過，並對刺殺孚琦之舉公開表示讚揚。督本來對《可報》就很感冒，但因爲是諮議局議員所辦，平日苦於沒有把柄而奈何不得。現在逮住機會，便以“恐莠言之亂政，禁邪說之惑人”爲名目，勒令《可報》永遠停版，同時在廣州城搜捕“刺客餘黨”。
這個時候，廣州城滿街都已經是刺客餘黨了，探子再不中用，多少也能探出消息。廣州城謠言四起，幾乎所有的證據、證言都說革命黨人要在端午節舉事，張鳴岐聞言大驚。急忙命令李準調巡防營二營入城，以其中三哨守衛觀音山高地。
陳炯明、胡漢民聞訊大驚，認爲在廣州城已有戒備地情況下，舉事應該慎重考慮，堅決主張緩期——實際上是打算取消行動。但參與同盟會敢死隊的林時佺等人卻堅決反對，要求提前發動。黃興再三思考，決定採納陳炯明等人緩期的意見，並拍電報給孫中山：“省城疫發，兒女勿歸家。”暗示廣州行動有可能推遲。
但林時佺找到黃興，慷慨激昂地表示：“花了海外華僑這麼多錢，費了這麼大的經歷，南洋、日本、內地同志不遠千里而來，決心拼搏一番，事到臨頭還要一緩再緩，怎不令人喪氣？倘若緩期之後情況不利而不能再行發動，豈不成了騙局，更坐實了‘空頭革命’攻擊，堵塞了今後革命之路？再說，巡警現在已經挨家挨戶在搜查戶口，這麼多革命同志和有關軍械岌岌可危，難道就束手待擒？革命總是要冒險的，幹也是個死，不幹也多半是個死，爲什麼要退縮呢？倒不如用我們的犧牲作宣傳，振奮人心，激勵後來者。現在形勢緊急，有進無退，只有迅即發動的佈置，萬無緩期之理！請三思！”這一番話說得黃興熱血沸騰……