唐朝的誘降陰謀雖未得逞，但起義軍內部卻分裂了，領導人起內訌了，還怎麼在一起指揮啊，不如分家算了。
王仙芝與尚君長（尚讓的兄弟）率三千餘人繼續轉戰湖北，黃巢帶領兩千餘人北上，兩位首領分道揚鑣。
877年正月，王仙芝率軍在南方攻陷了湖北的大城市鄂州(武昌)。而黃巢也不甘示弱，率軍在北方攻陷山東的鄆州，竟然還殺死天平軍節度使薛崇，接着又再次攻陷沂州。
天平軍節度使的治所在鄆州，薛崇從875—877年擔任節度使，正好是王仙芝起義的時間，薛崇是一位文臣，史料對於薛崇其人的記載很少。作爲一名節度使，一般不太容易被殺死的，估計他對農民軍的快速作戰能力估計不足，也或許是作爲文臣主官，不願意溜之大吉，想保持忠義之名。
山東是朝廷的重兵所在地，黃巢可不敢掉以輕心，弄不好就會損兵折將啊。他想起來了在嵖岈山還有一支起義軍在那裡住着呢，於是，黃巢就自潁州（阜陽潁州區）、蔡州（新蔡縣一帶）向西，在嵖岈山與尚讓會合了。
這會合後，黃巢的實力有所壯大了，畢竟在北方的環境才更適合他啊，繼續招兵買馬。
可王仙芝在南方就沒那麼幸運了，孤軍南下，難以立足，也沒有當地的幫手，手下人總是想殺回去，王仙芝只好再度率軍回師北上。王仙芝、黃巢二人吵是吵鬧是鬧，可關鍵時候那還得做兄弟啊，誰也離不了誰，他們又合兵一處。
七月，王仙芝、黃巢合兵進攻宋州（商丘市），唐朝的平盧、宣武、忠武三道兵馬都趕來交戰，但官軍還是戰敗，增援的兵馬其實還是不夠多，原招討使宋威也被圍困於宋州城內。
朝廷又派出右威衛上將軍、潁州刺史張自勉，率領七千名忠武鎮的軍士來救援宋州，這個張自勉倒很賣力，也很有軍事才能，他真打敗了起義軍，起義軍二千餘人被殺，被迫從宋州撤走。
張自勉雖然打了勝仗，但宰相王鐸、盧攜向皇上建言，企圖讓張自勉接受宋威的管轄。
另一宰相鄭畋卻說：“宋威與張自勉本來就不和，互相有怨言，如果張自勉服從於宋威，必將被宋威找藉口殺害。宋威毫無軍事指揮才能，屢次被草賊打敗，此次如果不是張自勉在崔安潛的忠武軍幫助下前來解救，宋州城就被攻破了，請陛下罷免宋威招討使之職，解除兵權。”
王鐸、盧攜毫不相讓，二人共同在唐僖宗面前指責鄭畋，請求罷免鄭畋的宰相職務。鄭畋一氣之下，要回四川老家養病。唐僖宗見兩方互不相讓，就折中一下做一回和事佬，全部不批准。
宋州兵敗後，起義軍再次分兵，這合在一起說不定哪天被一鍋端啦，還是分頭進軍吧。當然，也許又是意見不合才分兵，現在無法得知。
九月，王仙芝率原班人馬再度南下，尚讓跟隨王仙芝轉戰南方。這支農民軍攻陷安州（湖北安陸縣），又攻陷隨州，這裡的官軍好像不經打，還擒獲隨州刺史崔休徵。離隨州最近的是山南東道節度使李福，這裡也稱襄州節度使，李福可不想自己的地盤丟失，就派遣兒子李小福率兵救隨州。但不幸的是，他的兒子不經打，在陣前戰死了。
李福想爲兒子報仇，上奏朝廷請求援兵，朝廷倒是派兵了，令左武衛大將軍李昌言率領陝西鳳翔的五百騎兵前來。王仙芝擅長游擊戰術，得知官軍有援兵，又轉兵向南，攻打郢州（鍾祥縣）、復州（天門縣）。
襄州的治所在今湖北襄陽，襄陽古城是兵家必爭之地，也是中國歷史上最著名的古城建築防禦體系之一，自古有“鐵打的襄陽”“華夏第一城”的說法。襄陽古城共有六座城門，即西成門、文昌門、震華門、臨漢門、拱宸門、陽春門。
此時的唐朝廷爲了保護襄陽，也派援軍前來，忠武軍大將張貫率四千人與宣武軍一起增援襄州，但張貫卻害怕農民軍的威名，從小道經過申州、蔡州逃歸原籍。唐僖宗大怒，立即給忠武節度使崔安潛、宣武節度使穆仁裕下詔書，要求他們約談張貫等人，督促其再次趕赴襄州救援。
黃巢這次分兵後沒有留在北方，也率軍南下，進入湖北的東部，先攻打蘄州（黃岡市蘄春縣）、黃州。曾元裕的官軍還在這裡，此前他屯兵不打，招討副使的官職也被張自勉搶走了，這次他不敢再躲在軍營裡看別人打仗了。
曾元裕的兵力不弱，與黃巢的這一仗，官兵打贏了，起義軍被斬首四千級。黃巢南下遭遇了重大挫折，手下的兄弟們都抱怨不該來南方，由於作戰失利，黃巢也不知道南方哪裡能生存下去。大家一商量，覺得還是老家好，南方不是自己的根基，無奈又率軍向北返回中原。
黃巢北上，一路從湖北殺向河南，其實是連打帶逃啊。轉眼到了這年（877年）十一月，他找準時機攻先陷了匡城縣（新鄉市的封丘縣與長垣縣一帶），隨後又攻陷濮州。唐僖宗又想起了穎州刺史張自勉，讓他率軍隊前往堵截。
這時候要提到一個人，家住宋州（商丘市睢陽）的朱溫，他在這一年投入黃巢軍中，他的哥哥朱存也加入了起義軍。朱溫在家鄉的時候不喜歡勞動，以勇猛自居，總想展示自己的強勢，但鄉里人多數對他這樣遊手好閒的人很反感。
但朱溫這樣的人加入軍隊後，特別是在戰亂年代，他的弱點反而變成了長處。自古戰亂出英雄，時勢造英雄，朱溫在軍中倒是作戰勇猛，敢於衝鋒在前，因此很快就做了小隊長。每次攻入州縣城記攻勞的時候，朱溫殺的人和獲得的戰利品都是名列前茅，黃巢一直對他刮目相看。朱溫也因此不斷的升職，慢慢地從偏將、牙將、副將或裨將。