公元881年正月，唐僖宗的車駕自興元出發，準備前往成都，陳敬瑄獲知消息後，趕到鹿頭關（德陽市境內）迎接唐僖宗。唐僖宗出發十幾天後，到達綿州，東川節度使楊師立前來拜見，寒暄一番後，唐僖宗繼續前進。
直到正月二十八日，唐僖宗的車駕到達成都，由於成都沒有宮殿，就在節度使府住下，組成臨時小朝廷。
唐僖宗在成都安頓下來後，開始大規模的調動兵力，準備反攻長安。他賜詔書給鄭畋：“凡軍隊將士赴難討賊有功者，可以先行賞賜官職，再後報朝廷。”
這個放權給鄭畋授予的官職沒限制級別，實際上是沒有限制，是代替皇上任免官員。
唐僖宗還寄希望於廣陵的淮南節度使高駢，多次派遣使者催促他出兵討伐黃巢，但這個高駢不知道是此前被嚇破了膽子，還是想繼續觀望，始終不肯奉命出兵。
唐僖宗加封淮南節度使高駢爲東面討賊都統，也頒詔書給高駢：“凡轄區內的刺史及諸將，討賊有功者，有權可先授予自監察御史到散騎常侍級別的官爵，再向朝廷奏報。”大致相當於從正八品到從三品的官職。
唐僖宗加封的人還不少，樞密使楊復光被任命爲京城西南面行營都監。河東節度使鄭從讜也加封兼侍中，屬宰相級。
鳳翔節度使鄭畋積極拉攏人，他勸以前的朔方節度使唐弘夫、涇原節度使程宗楚，共同討伐黃巢，二人也想亂世中分一杯羹，都帶兵前來。鄭畋奏請以程宗楚爲副都統、唐弘夫爲行軍司馬。
此時的唐僖宗毫不吝嗇官職，大力封賞，鄭畋被重新封爲同平章事，再列宰相之列。
此前因江陵兵敗被貶爲太子少師的王鐸，也被加封爲守司徒兼門下侍郎、同平章事。西川節度使陳敬瑄也加封同平章事。這宰相級別的官員可真多。
河東監軍陳景思此前剛被任命爲山西代北監軍使，奉命徵兵，結果還不錯。
陳景思也率領沙陀族酋長李友金，以及薩葛部落、安慶部落、吐谷渾部落的兵馬，前來支援攻打長安。
當他們走到絳州，正要渡過汾河時，絳州（新絳縣）刺史瞿稹對陳景思說：“草賊勢頭正盛，不可冒進，不如先回代北招募更多的兵前來。”陳景思同意了，瞿稹就與陳景思一起回去招兵，竟然十幾天就在代州一帶招募了三萬人。
這時的黃巢也逐漸看清形勢的變化，準備向唐軍發起主動進攻，不能讓軍隊在長安“享福”了。但他既要阻擋山西、陝西的官兵，還要防止湖北荊州、襄州地區的官兵前來增援。
於是，黃巢分兩條線部署作戰。第一條線，派大將朱溫領軍隊前往河南鄧州一帶。三月初三，朱溫攻陷鄧州城，活捉鄧州刺史趙戒，隨後留駐在鄧州，阻截南方的增援官兵。
第二條線，黃巢派尚讓、王播率五萬人前往鳳翔，攻打鄭畋，這裡是官軍暫時的大本營。此時的農民軍打進了長安城，驕傲情緒瀰漫，尚讓認爲鄭畋是文人不懂軍事，因此沒有太當回事。
尚讓的大意輕敵帶來了什麼後果呢？先看看鄭畋是真麼佈陣的，鄭畋既然要與農民軍死戰，必然也做了充分準備，因此，他知道此戰對唐朝小朝廷是非常重要的。
鄭畋與此前召來的唐弘夫、程宗楚兩位節度使研究對策，決定以逸待勞，採用伏擊戰術。
岐山縣東有一個龍尾陂，是地勢較高的土坡，幾萬農民軍浩浩蕩蕩而來，前鋒張歸厚走在前面，遠遠就看見有幾千名官兵在龍尾陂的高岡上佈陣，但陣形散亂。
張歸厚一陣冷笑：“這書生果然不懂兵，讓一羣散兵遊勇在這裡等我們。”沒多久，這羣官兵從高岡上衝下來，還沒交戰就往後而逃，農民軍大膽追趕，後面的大隊人馬都進入溝裡，主帥尚讓在旌旗護衛下騎馬走在後面。
突然，兩邊戰鼓齊鳴，無數的官兵吶喊着從溝的前後殺出，堵住了農民軍的退路。尚讓一看不好，中了埋伏，馬上命令後隊變前隊，準備撤軍。
前有涇原節度使程宗楚，後有朔方節度使唐弘夫，山崗上有鄭畋率領的弓箭手，雙方展開激烈的廝殺。農民軍雖然人數衆多，但畢竟深入險境，進退兩難，將士都比較焦躁，紛紛奪路而退，自然處於下風。大批官兵守住溝口，農民軍多次衝擊，死傷慘重。
雙方激戰大半天，都打得精疲力盡，最終，農民軍保護着尚讓等主將衝出溝口，向長安撤退。官兵乘勝繼續一路追殺不停，農民軍死傷二萬多人，屍體丟棄在路上長達數十里，終於逃歸長安。
龍尾陂之敗的消息對農民軍的震撼很大，影響了士氣。
而長安城內百姓也並不是都歡迎農民軍，因爲農民軍曾經在城裡大肆搶劫和殺人。
有人在長安尚書省大門上塗寫詩句，嘲弄起義軍的此戰失敗，尚讓看見後勃然大怒，下令把當時在尚書省的官員和軍士全部挖去眼睛，把他們倒懸掛門前。又下令搜尋長安城中會寫詩的人，總共抓到三千餘人，全部處死，長安城內又一次哀鴻遍野。
龍尾陂之戰後，黃巢的形勢不利。各藩鎮雖然歸降黃巢了，但其實都還是由原官兵主將把守，換湯沒換藥。
很多唐朝的舊臣都跑到成都覲見唐僖宗，藩鎮們仍然向成都進貢，成都的勢力漸漸增強。
鄭畋趁機又傳檄天下各籓鎮，合兵討賊。一些表面上歸順農民軍的各鎮主帥本以爲唐朝就此完蛋了，現在見有人挑頭了，認爲有機可乘，紛紛反水，都想爭搶圍剿農民軍的功勞。
河陽節度使諸葛爽就是反水的官軍主將，他上表到成都，願意迴歸唐朝廷，唐僖宗大喜過望，詔令他仍然擔任河陽節度使。但黃巢沒精力征討他。
還有宥州刺史拓跋思恭打着勤王的旗號，蒐羅了党項、胡族數萬兵馬，來到鄜州（陝西富縣），與鄜延節度使李孝昌會盟，聲稱共同討伐農民軍。鄭畋爲了拉攏拓跋思恭，奏請他代理夏綏節度使。（宥州的治所在內蒙古鄂托克旗南境內。）
而奉天（陝西乾縣）鎮使齊克儉此前在潼關外被農民軍打敗，現在也派人到鄭畋這裡，表示效忠唐朝廷，找農民軍報仇雪恨。