大規定空襲很快結束，經過簡單統計後，戰報由陳誠報告給楊國雄，“我軍取得了重大勝利，消滅敵人約300架，敵預警系統被基本摧毀，重創敵地面防空系統。我軍損失各型飛機約150架。”此戰主角爲空軍，彙報戰果當然最好是空軍的人，陳誠則是最佳人選。
“很好嗎！”楊國雄說道，“損失是多了點，不過這點損失對我們來說算不了什麼。現在有關鍵是敵人的損失有多少？我們統計的數字是否可靠？”
“統計數字中通常會含有水分，因此我已令人重新檢對。不過可以確信的是敵人的損失不比我方少，經此一戰，敵人失去主動權。”
“馬上總結經驗，準備發起新的攻勢。”
“是！”陳誠很乾脆的回答道，但他猶豫了一下又說道：“我個人建議推遲計劃。”
“爲什麼？”楊國雄的語氣之中毫無不悅之感，相反讓人感到他是在與討論問題。
陳誠非常認真的解釋道：“此戰我軍雖勝，但損失不小，暴露出許多問題。原以爲“鷹式”、“小榭樹”等防空導彈的威脅不大，可它們戰鬥中構成了相當大的威脅，同時對高炮火力的威脅也估計不足，結果付出了許多不必要的損失。不過主要問題還是在指揮通信方面，由於指揮通信能力的限制使空戰中出現了混亂局面，原有指揮方式也不適度應需要。我們需要調整一下空襲方案，不過這就需要一些時間，下一步的作戰計劃爲此應向後推。”
“很好，”聽了這些話，楊國雄顯得很高興，“計劃可以無限期推遲，我們承受不起幾次今天這樣的損失。，不過要快，不能給敵人太多的休息時間。”
原定的後繼空襲計劃被推遲，開始依據已取得的經驗教訓對計劃進行調整。這些事情當然用不着楊國雄本費心，這時他輥想起不久前顏琳來報告說他們取得重大突破，不知現在情況如何了？於是他決定去看一看。
當他來到到網絡信息戰中心時，裡面的人依然在忙碌着，這次風玄由來擔任他的“導遊”。
“說一說你們的進展吧，”楊國雄問道，“剛纔你們不是報告說取得重大突破嗎？”
風玄沒有象軍人那樣立即回答“是”，而是回答道：“沒有問題，請看一看吧！”接着他一邊引導着楊國雄參觀，一邊介紹道：“臺灣人爲了追求所謂‘現代化’，建立了一個名爲“天盾”的計算機網絡指揮系統。他們宣稱它是世界上最先進的通信指揮系統，實現了指揮的‘網絡化’、‘數字化’、‘自動化’等等。我們發現這個“天盾”並不可靠，甚至可以說漏洞百出。”
這時楊國雄插言道：“臺灣的計算機產業好象很發達，其電腦產品行銷全世界，怎麼會製造出不可靠的東西？”
“其實並非如此，臺灣所產計算機主板、硬盤等行銷全世界，還有大批的軟件人才，然而這些東西都與個人電腦有關，而不是大型計算機方面。‘天盾’系統所使用的是大型計算機全部是從西方國家進口的，且屬於民用型。大型軍用計算機纔是真正的高技術，西方國家不會輕易出口。”也許是習慣於平時無拘無束的生活方式，風玄回答問題時並不象別人那樣嚴謹與拘束，“依賴於大型計算機是正常，也是必然的事，必竟計算機的速度快，可是那些民用大型計算機並不適合於軍用。而且使用的軟件系統是美國提供的，臺灣無法自行開發出軟件系統，從某些意義上來說，軟件比硬件更重要。更讓人想不到的是爲了追求系統的先進性，這個系統竟採用了許多不成熟的技術。”
“究其原因，臺灣綜合實力太差中其根本原因。看來一切還是自已掌握的，將自已的安全建立於別人的基礎之上，終究是不行的。對了，你們所說的重大突破是什麼？”
“我們打開了臺灣的資料庫，可能出於管理方便或其它什麼原因，臺灣將許多資料，如地圖、人事檔案等都存儲在計算機內，而且存儲這些資料的計算機屬於‘天盾’系統的一部分。”
“你們有什麼重要的發現嗎？”
“發現的確很多，具體情況正在整理分析中。”
“能介紹一下嗎？”
“可以，不過我本人不行，但我可以給你找個人介紹一下。”說道，他把一個正在計算機前工作的瘦子叫了過來，並介紹道：“這是網絡步兵營中的情報分析家‘獨行的狼’。”
“你好！你的名子爲什麼叫獨行的狼？”
“獨行的狼”回答道：“‘獨行的狼’只是我的在網絡中使用的名子，時間長了大家已經習慣於以這個名子稱呼我。”
“那我也用‘獨行的狼’來稱你，可以嗎？”
“完全可以！”
“有什麼重要發現嗎？”
“我剛纔看一些臺灣中山科學院的機密財務報表，發現了一些情況，我個人認爲臺灣不僅在理論上掌握了核武器技術，而且已有能力進行核試驗。”
“你的話我有點不相信，這可能嗎？”
“有關的資料已經交給有關的專家了，相信很快就會有結論。如果臺灣真掌握了核武器，問題就麻煩了！”
這時楊國雄說道：“有什麼麻煩？核武器終究是核武器，不是萬能的，臺灣能否擁有核武器還是一個未知數，既使擁有也不能阻止我們實現統一！”
臨走之時，楊國雄叮囑顏琳等人，“不能放過大好的機會，在不被發現的前提下，儘可能多的收集資料，這些情報將決定整個戰爭的進程！”
解放軍忙於總結經驗教訓以制定新作戰方案，暫時中止了空襲計劃。臺灣方面則因損失慘重，無力主動挑剔，因此整個上午再沒有發生大規模的空戰，只有雙方戰鬥機偶爾交火，現在可以說雙方正在“中場休息”。
臺灣雖然沒有失去一城一地，但形勢不容樂觀。臺軍此前認爲：“僅以防禦而言，臺海空域無法同時容納雙方的全部戰機，最多能容納500架，雙方可同時投入的兵力大體相等，以現有兵力足以滿足這一需要的，對方的兵力優勢則無法得到有效發揮，同時我方還有地面防空火力的支援，所以勝利屬於我們。”並依此結論，臺空軍制訂了詳細的作戰計劃，可是此時的客觀情況要讓人失望了。臺灣地面防空系統受到重創，遠程預警系統被破壞，臺灣空軍更是損失慘重，能夠隨時參戰的戰鬥機數量剛剛達到防禦所需要的最低要求，這點兵力不免顯得有點捉襟見肘，整個地面防空網出現了漏洞。
解放軍主動暫停攻勢，實行“中場休息”，無疑對了臺軍一個喘息的機會。空襲結束之後，臺軍就投入到各機場的搶修中。經過空襲之後，臺灣的各軍用機場受不同成度的損失，跑道上留下了一個又一個深坑，機庫堅固的外殼上也是左一個，右一個洞，爲搶修機場，不僅投入了全部工兵部隊，還徵用了不少民間工程公司。大部分機場的搶修任務很快完成，只有花蓮和臺東機場無法進行搶修。解放軍二炮部隊將這兩個機場當成了靶場，每隔幾個小時就會向這兩個機場發射一枚導彈，結果搶修工作根本無法繼續，誰也不想在隨時有導彈落下的地方工作。
在機場進行搶修的同時，飛機全部分散開了，備用機場、公路跑道等全部投入了使用。由於飛機的損失過大，除全力搶修受損飛機外，封存備用的F-5、F-104等戰機也啓封了，重新投入使用。同時決定重啓IDF生產線，計劃再生產300架IDF-2，IDF的最新改型。
不過這些都是遠水解不了近渴的，損失依然無法得到有效的補充。臺灣空軍依然可以投入戰鬥的戰鬥機不到250架，比前一天減少了一半多；飛行員的損失也相當大，於戰鬥中陣亡或棄機跳傘被俘或受傷，許多優秀的飛行員失去參戰的機會。由於損失較大，部隊的建制完全被打亂了，不得不將幾個中隊臨時組編爲一箇中隊，飛行員相互間都缺少了解，相互配合起來很成問題。
慘重的損失令臺軍上下士氣低落，部隊普遍出現悲觀、失敗情緒。
更重要的是，臺空軍指揮系統失效了。臺灣的遠程預警早已在空襲中被摧毀，只得從美國方面獲取早期預警機情報。由於美國政府尚未就出兵一事作出決定，美軍無法向臺灣提供直接支援，但提供情報等還是沒有問題，但整個情報的傳遞過程過於複雜，需要經過多個部門，把寶貴的時間一點一滴的浪費了。而且美軍提供僅限於預警情報的支持，而不是參與作戰指揮。此時臺灣自身的通信指揮系統無法實施有效的指揮，地面指揮系統在空襲中損失不小，幾個重要的指揮部和通信中心都受到了空襲，雖然沒有造成什麼重大的人員損失，但各種設備，尤其是通信設備的損失很大。這造成臺灣的地面指揮中心無法及時有效的瞭解空中的情況，也無法及時將信息傳遞給空中的飛行員。
相比之下，解放軍的損失也不小，但這點損失還可以承受，依然保持着數量優勢，戰鬥結束後不久，有2個師的航空兵部隊被增派到了一線，使戰機總數恢復到了戰鬥前的水平。由於早晨取得的勝利，心中充滿了必勝的信心，昨天的失落情緒早已不知去向，現在士氣高漲，精神狀態極佳。
解放軍並沒有閒着的意思，一面加緊調整作戰方案，一面派出偵察機對臺灣實施空中偵察。臺灣方面對於不斷出現的偵察機是無可奈何，原來這些偵察機都是殲偵-8。它由殲8早期型改裝的偵察機，保持了殲-8高空高速的特點。由於遠程預警系統被破壞了，因此殲偵8只有在接近臺灣島時才能被發現，能留給臺軍實施攔截的時間就不多了。
殲偵8在飛越臺灣上空時，飛行高度經常達到萬米以上，這個高度越出了臺灣方面在空襲中得以保存下來的地面防空武器的最大射高。能夠達到這個高度並有機會實行攔截的，只有戰鬥機。然而令臺灣飛行員頭痛的是，解放軍總要進行大量的佯動後，讓人無法預先知道偵察機何時從何處衝來，採用什麼航線，目標是那裡。而且這時殲偵8的飛行速度多達2倍音速以上，這個速度不僅令臺灣飛行員難以適應，也使其飛越危險區的時間很短，常常是臺灣戰鬥機還沒有來得及攔截，殲偵8已經返回安全區。更可怕的是，解放軍經常以偵察機爲誘餌，引誘臺灣的戰鬥機出戰，然後加以伏擊，這讓人防不勝防。
7月13日下午3點，“中場休息”結束！經過精心準備之後，解放軍的新一輪空襲開始了！
解放軍二炮部隊最先“發言”，數十枚巡航導彈競相出擊，緊接數枚老式地地導彈騰空而起。二炮部隊準備繼續“清理庫存品”。空軍的戰機開始起飛。這一切沒有能躲過美國人的眼睛，美軍空中預警飛機時刻注意着臺海上空的每一個變化。
美國人的情報一送達臺軍指揮部，戰鬥警報即隨之發出，於是臺灣各機場都響起了戰鬥警報聲，飛行員迅速登機，起飛迎戰。臺灣空軍所有能夠參加戰鬥的戰鬥機立即緊急起飛，臺灣飛行員雖有決一死戰的決心，但心情與昨天相比已大不一樣。今天早晨的慘敗在臺灣飛行員心中留下了很深的陰影，悲觀、失敗的感覺早已佔據了飛行員的內心世界，正如一位飛行員對當時的回憶那樣：“大家的士氣低落到了極點，笑聲早已消失了，當空襲警報響起時，除了拼命一戰之外，我什麼都不敢想了。”
正當臺灣空軍戰機緊急起飛之時，解放軍二炮部隊的地地導彈就到了，萬幸的是全是些老式地寺導彈，精度極差，沒有一枚擊中重要設備，而且數量很少，一個機場只落下一、二枚。這時機場上並沒有停放多少飛機，飛機都是從機庫內直接衝向起飛跑道，中間並不停留，同時人員多已進行了掩體。導彈攻擊造成的損失很小，甚至可以說是毫無戰果，但目的已經達到，導彈攻擊成功的製造了混亂，整個起飛過程受到了不小的影響，也給對手造成很大的心理壓力。
與此同時，解放軍戰機已越過海峽中線，如以前那樣，臺軍戰鬥機立即迎上來，不同的是這次迎戰的戰鬥機數量明顯少了。
空戰從一開始，臺灣空軍就處於明顯的劣勢。數量處於絕對劣勢，也談不上什麼質量優勢。還有信息不靈使臺灣飛行員得不到有效的指揮，只能依據指軍中心提供的簡單信息來判斷情況，談不上什麼整體配合。臺灣飛行員發現原先那種強調遠程交戰的觀點並不合實際情況，許多在理論上可行的戰鬥方案，在實戰中並不實用。由於沒有及時可靠的情報支援，他們無法先對手起飛，搶先佔據有利位置，往往等他們起飛迎戰，解放軍機羣已越過臺灣海峽，他們處於非常不利於的位置。對於視距外的遠程交戰來說，搶佔有利的位置並不是決定勝負的關鍵，可是臺灣海峽太狹窄了，只要幾分鐘雙方就會相遇，留給飛行員確認情況、判斷、決定，以及鎖定目標、發射導彈的時間就非常的有限了。往往進行一輪遠程導彈攻擊之後，就要進入近距格鬥戰，甚至遠程導彈剛剛發射，就必須進行近距格鬥了。可對於近距格鬥戰來說，搶佔有利位置是決定勝負的關鍵一條。先行起飛的飛行員可以採取先向東飛，與對手拉開距離，然後再轉向實施攻擊，這樣可以多發射幾枚遠程導彈，可對於最後起飛的飛行員來說，一起飛就要與對手開戰，根本沒有搶佔有利位置的機會和時間。
爲加強防空能力，臺灣特意以“高雄”號爲首的一支艦隊開入臺灣海峽，希望利用艦上的防空導彈和雷達加強防空力量。“高雄”號是臺灣擁有的最先進的軍艦，屬於從引進的4艘“基德”級戰艦中的到貨的第一艘，也是唯一的一艘，其餘的幾艘還沒有交貨。
“高雄”號正與4艘“成功”級護衛艦組成一個編隊，正低速度在離海岸線不遠的地方遊蕩，這是“高雄”號艦長梅軍輝作出的決定，他認爲這裡水淺，大陸的潛艇是不到這裡活動的。潛艇被臺灣海軍認爲最危險的對手，必須時刻提防潛艇，尤其是臺灣附近海域出現潛艇蹤跡之後，提防一點還是好的。此時他的心情可謂中憂心重重，原來美國人答應提供的新式雷達和新導彈還沒有到貨，現在該艦裝備的依然是建成時裝備的SPS-48E型三座標雷達和“標準”防空導彈，按理說這種雷達的性能不錯，只是有事沒事就出故障，今天沒出故障，可是面對天上的數百架飛機，雷達很快就不分敵我了，結果只發射了幾枚“標準”導彈就再也不敢輕易發射了，不擊中己方戰機比擊落敵機更重要。令人生氣的是，發射的幾枚“標準”導彈無一命中目標，檢查原因時，纔是他們太急了，沒到“標準”導彈的有效攻擊半徑就發射了導彈，這時梅軍輝才發現自已有點太緊張了，於是告誡自己不要再緊張了。
“報告，發現敵機靠近！”雷達兵報告道，他剛剛混亂的雷達屏幕上發現了情況。
“多少架？距離？飛彈準備！”機會又來了，梅軍輝一邊詢問，一邊下達了命令。
“12架！距離72！”距離還有72公里，還不到“標準”防空導彈的有效射程，梅軍輝再次告誡自已不要心急。
梅軍輝正耐心等待時，可是雷達兵報告道：“敵機返航了！”
“什麼？”糟了！敵機發射完導彈返航了！“小心飛彈！準備發射干擾彈！”梅軍輝馬上意識到了問題，急忙下達了命令。
果不其然，不久雷達就發現正在接近的導彈，這到沒有讓他感到心驚，讓他心驚的是，導彈的數量太多了，雷達顯示的是“一大片”，分不清數目。實際上接近的反艦導彈總數是48枚C802，由12架“飛豹”攜帶，每架4枚C802，這些“飛豹”在距“高雄”號100公里的地方發射了導彈，然後返航了。
面對如此多的導彈，沒有人不會心驚。如何對付正以接近音速的速度飛來的導彈？艦上的“標準”導彈屬於早期型號，不具備反導能力。干擾彈發射了！可惜只有幾枚導彈上了當，大部分子導彈依然飛向預定的目標，原來這些導彈的制導系統經過了許多改進，性能提高了不少。近防炮開火了，“高雄”號上裝有2座6管20毫米近防炮，可要對付這些幾乎是同時到達的導彈，可謂是杯水車薪，“高雄”號上的近防炮僅僅擊落了2枚來襲導彈，一枚反艦導彈就擊中了“高雄”號，165公斤的半穿甲彈頭輕鬆地擊穿了艦體，然後在艦體內爆炸。對於這艘萬噸級的戰艦來說，一枚C802導彈所能造成的破壞是有限地，可接下來又有4枚C802導彈擊中了“高雄”號，如此打擊是“高雄”號所無法承受地。
“高雄”號水線下的艦體雖然沒有受到破壞，沒有大量進水，但艦上燃起了大火，火勢已無法控制，很快軍艦就失去動力。“不必救火了！快點搶救傷員！準備棄艦！”梅軍輝無奈地下向全體艦員達了命令，可是火勢太大了，最終還是有部分被困在機艙內出不來了，然而沒有機會再救他們了，大火正向彈藥庫蔓延，隨時有發生大爆炸的可能。“棄艦！”他下達了最後的命令，於是艦員放棄了救援行動，紛紛棄艦逃生了。當梅軍輝登上了救生艇，最後望一眼他的軍艦時，他禁不流下了眼淚，不僅他，所有的艦員都流淚了。最後他不忍心再看下去，將頭轉向其它方向時，他發現整個艦隊都完了！4艘“成功”級護衛艦都被擊中了，正在下沉，水面上都是等待救援的人。這時他的身後突傳來了一聲巨響，“高雄”號的彈藥庫爆炸了。
臺灣失去了它最好的軍艦。如此慘重的損失，讓臺灣海軍再也不敢將大型軍艦開入臺灣海峽，全部主力艦不是躲在港口內，就是躲到遠離大陸的外海。
完成臺灣海峽“大清掃”之後，解放軍的攻擊機羣再次對地面目標實施轟炸。此前巡航導彈已“光顧”過臺灣防空部隊的陣地，這次依然如上午那樣，臺灣方面還是沒有有效的攔截方法。
雖然巡航導彈的攻擊令臺軍地面防空部隊損失不小，但地面防空火力依然不弱，甚至較之於早晨有不少加強，看來臺灣方面加強了機場等重要目標的防空力量。但這次防空部隊顯然有點猶猶豫豫的，不敢輕易開火。原來在上午的戰鬥中，臺灣的地面防空兵多次誤將己方飛機擊落，超過10架戰鬥機被自己人擊落了，這讓本就處於兵力劣勢的臺灣空軍無法承受。臺軍指揮官嚴令防空部隊在未確定敵友之前不得開火。爲避免誤傷，防空部隊變得猶猶豫豫的，誤傷的事確實是少了，但許多戰機也因此失去，許多次臺灣飛行員將對手引進了己方地面防空火力的範圍內之後，可是地面防空部隊不是不開火，就是太晚了。
這次解放軍吸取了上午的教訓，改變原來的空襲方案，大量使用反幅射導彈攻擊臺軍的防空雷達。直到在上午的戰鬥中受到反幅射導彈攻擊之後，臺軍才發現解放軍使用的反幅射導彈遠比想象的先進，這纔想起如何防禦反幅射導彈的問題，此前對此一直沒有真正重視過。按常規的方法，雷達突然關機，可以擺脫反幅射導彈的跟蹤，這是一種最原始的方法，對於裝有記憶裝置的反幅射導彈無效，除非雷達關機後立即機動，可惜臺灣裝備的雷達機動能力太差。實施干擾也是好辦法，可惜臺灣準備不足，能夠使用的方法都很簡單，實際效果非常不理想。結果臺軍雷達不是關機，就是被摧毀，使許多防空導彈無法使用；只有高炮還能用，不過也因炮瞄雷達無法使用，只能實施人工瞄準，效率大爲下降。
不依靠雷達制導的“毒刺”等型號的導彈被大量的使用，不過這些導彈存在着射程短的問題，對於高空目標無能爲力，好在解放軍對地攻擊的主角是強-5，所以還是很適用的。然而強-5絕不是靶機，強-5憑藉着優異的低空突防能力，對目標實施了猛烈的攻擊。飛機噪音一直令人頭痛，降低噪音已成爲飛機設計的一大趨勢，然而解放軍飛行員將噪音變成一種“武器”，當飛機從超低空，以儘可能高的速度飛過時，那噪音得讓人受不了，巨大的噪音中許多人的耳朵流出了血，更不要說由此產生的心理壓力，心跳加速、呼吸困難、動作也慢了，甚至犯錯誤。面對突然從地平線上冒出的強-5，許多人還沒有準備好發射手中的“毒刺”導彈，強-5早已投完彈，消滅的無影無蹤了。
爲給潛艇部隊的活動提供方便，臺灣海的反潛機航空兵基地被列入重點打擊的目標，其實這有點多餘，臺灣海軍的反潛航空兵第一大隊的S-2T反潛機能飛的只剩下8架，至於新採購的P-3反潛機，只有8架交貨，現在能飛的只剩3架；第二大隊的反潛直升機能飛的也不多了。
這次臺灣的主要港口也被列入攻擊目標名單，不過出於登陸作戰以及戰後的臺灣重建工作的考慮，攻擊部隊接到了不得破壞港口設施的命令，只要求他們擊沉幾隻船，將港內的其它船隻“嚇”走。爲了執行這一僅將“船隻趕走”的任務，2架“飛豹”對高雄實施了攻擊，每架“飛豹”對高雄港內船隻各發射了2枚C701反艦導彈，這時港內停留着的因各種原因而沒有離開的商船象靶子一樣，導彈發發命中，4艘商船被擊中，可惜C701反艦導彈的威力較小，沒有一艘船被擊沉。
與此同時，另2架“飛豹”對臺灣的另一個大港基隆港發動了攻擊，攻擊也是成功的，不過這次有點意外，一艘船被擊中後發生爆炸，那是一艘天然氣運輸船，而且當時是滿載的，導彈引爆了船上的所裝載天然氣，製成大爆炸，。爆發聲可謂“驚天動地”，港口附近的許多房屋的玻璃被爆炸聲震破了，人們可以從很遠的地方看到爆炸所形成的煙柱。好在，除天然氣運輸船上船員全部遇難外，沒有製成太大的傷亡。此次爆炸事件又爲西方指責中國提供了一個好藉口，理由是中國破壞自然環境。
高雄港與基隆港受到攻擊的消息產生了巨大的影響，許多正前往臺灣的船隻調頭了，還留在臺灣的船隻也紛紛離開了，臺灣的海運因此受到了巨大的影響。
解放軍還對臺灣的電力系統發動了攻擊，攻擊的目標不是發電站，而是輸變電系統。這些目標很容易從空中用肉眼發現，進行攻擊也很容易了，效果也好，只要摧毀幾根輸電線杆或變電站就可以讓至少一條輸電線路中斷。電力是現代文明的動力，大規模停電除對士氣有影響外，對臺灣經濟的影響更大，對臺灣輸變電系統的攻擊行動被一位西方經濟學家稱爲：“這幾乎要了臺灣經濟的命！”
佔數量優勢的解放軍採取輪翻作戰，一批戰機的油料和彈藥消耗的差不多了就返航，由另一批戰機接替其任務。而臺灣的戰鬥機則只能在戰鬥的間隙找個機會在附近的機場或公路跑道上降落，然後立即隱蔽起來，以免受到來自空中的攻擊。由於沒有新的兵力接替來它們的任務，天空很快被解放軍控制了。
經過連續2個多小時的轟炸，解放軍確信任務已經超額完成之後，才停止轟炸，激戰隨之結束。雖然這一次，解放軍付出的損失也不小，但與所取得的戰果相比，還是微不足道的。
13日中午時分，“海龍”號正在潛望鏡深度低速潛航，艇長葛新正通過潛望鏡觀察着水面上的情況。現在他要做的是最終確認目標，聲納不久前發現一大型目標正向他們駛來，可潛艇的聲納可以確定船的位置、航速等情況，要確定船的國籍等，只能用人的肉眼。他終於看清楚，那是一艘大型集裝箱貨船，從船身上的標誌看，那是中國遠洋運輸公司的船，通過與資料的核對，進一步確認這一點，並且知道該船的船名爲“黑河”，是往返於中美之間的定期貨輪，屬於可攻擊的目標範圍內。經過仔細的偵察，他確信附近還沒有解放軍的艦隻或飛機，於是決定實施攻擊。
“黑河”號的幾位船員正在船甲板上聊天，這時一位船員突然大叫到：“那是什麼？”並且用手指明着左弦外的海面，其它幾位船員順着他所指的方向望去，發現不遠處的水下有一個東西，看上去象一條“魚”，但後面帶有不太明顯的航跡，它正高速衝向“黑河”號。
“黑河”號船長正好從這裡經過，他也跟着望去，當過海軍魚雷艇艇長的他，馬上大叫道：“魚雷！”
可惜發現的太晚了，他的話音剛落，船就被魚雷擊中了。只聽着一聲巨響，隨之整個船體就發生了劇烈的震動。突然之間發生的變化使船員們有點驚慌失措，不過大家很快就恢復了清醒，當即組織了自救。魚雷擊中了貨船上的一個已經空了的機油艙，爆炸形成了一個幾米寬的大口子，並造成船體內部多處破裂，使大量海水灌入船內。經過努力“黑河”號得救了，但由於動力機艙被淹，船失去動力，只能浮在水面上。情況穩定之後，清點了一下人員，發現全體船員都在，只有幾個人受了輕傷，這時船長才輕了一口氣。對於受魚雷攻擊一事，他確信是臺灣潛艇所爲，因爲在這個時候能發動攻擊的只能是臺灣潛艇。此時的他非常後悔，因爲他不應該忘記戰爭已經開始，不應該麻痹大意，即便這裡遠離臺灣。實際上無論是誰都可能犯與他相同的錯誤，因爲誰也不想到臺灣的潛艇會出現在這裡，這裡距離戰場太遠了，這距大陸海岸線只有幾十海里，上海市距此已經不遠了。
這時一位船員發現有一隻船正向“黑河”號高速駛來，船長立即舉起潛遠鏡望去，同時下令道：“準備發信號，通知來船這裡危險，讓他們馬上離開。”
副船長聽了，問道：“爲什麼？我們需要救援！”
船長聽了不以爲然，一邊用潛遠鏡觀望着，一邊回答道：“敵人的潛艇可能還在附近…。”可他說到這就突然停了，過了一會他說道：“不用發信號了，那是我們的軍艦。”
正高速駛來的是導彈護衛艦539艦，“黑河”受到攻擊時，該艦就在“黑客”以北不遠的地方，當時該艦正在進行改裝之後的海上試航，以測試艦上的新裝備。
此時“海龍”號還潛伏在附近。葛新確認魚雷擊中目標之後，等了半天見沒見貨船沉沒，於是他下令再發射一條魚雷，可在艇員準備發射魚雷的時候，他回想起一戰時，德國U21潛艇連續擊沉三艘英國巡洋艦的戰例，於是他想使當年的歷史再演。
當他把想法告訴艇員時，不禁有人問道：“你是不是瘋了！”
葛新說道：“也許這是瘋狂的想法，但這是可行的。這樣接近上海，對我們來說應該是危險的地方，可從目前的情況看，解放軍在這一帶疏於防範，也許這正應了‘最危險的地方，也是最安全的地方’這句話。現在貨船動不了，估計經過這裡的船一定會停下來救援它，那時我們再將它們擊沉不是很好嗎？如果來的是一艘軍艦不是更好嗎？”
於是“海龍”號就潛伏下來了，不久“海龍”號的聲納兵報告道：“發現一個目標！”這是539艦的鏍旋槳發出的聲音，此時539艦正全速前進。
聽了報告葛新非常高興的說道：“機會來了！準備戰鬥！”
539艦長邵節沒有急於實施救援，而是下令準備搜索敵潛艇，對此隨艦參加測試的專家邱維加感到不解，於是問道：“爲什麼不馬上救援？”
艦長邵節回答道：“不是我不想救援，而是擔心敵人的潛艇還在附近，一旦我們停下來救人，那麼我們就成了活靶子了。”
“我想敵人的潛艇已經走遠了，不然它不會讓貨船還浮在水面上。”
“從接到報告到我們到達這裡沒有用多長時間，在這段時間內它走不了多遠。甚至可能就埋伏在附近，正等着伏擊我們。所以我們要找到它，然後擊沉它。”
“雖然我不是軍人，不太瞭解戰術上的問題，但我想這樣可能性是存在的，我們的確不能大意。”
“可惜這次試航艦載直升機沒有隨艦出海，看來只能依靠你們研製的新裝備了。”
“請你對我們的新設備放心！如果它在附近，就一定能找到它。”
他們所說的新裝備是一種新式水下探測雷達，剛剛裝上539艦，可是艦上沒有人能熟練的操作這樣新裝備，所以由研製單位請來了幾位專家來傳授技術並參加這次試航。雖然這幾位專家是來傳授技術的，不過現在他們成了戰士，負責操作這種新裝備。
搜索了一會之後，邱維加叫道：“好象有點不正常，是不是機器出了故障？”說着把同行的技術員叫了過來，可是技術員檢查了一下後，回答道：“不是，設備沒有問題。”
這時一旁的邵節過來看了一下，下令道：“注意一下，這可能就是目標！重新掃描一下！”
很快邱維加就報告道：“好象是，不過還不能確定。”
過了一會，邱維加大叫道：“沒錯！這就是目標！”
邵節聽了非常高興，於是下令道：“準備攻擊！”
“反潛火箭裝填完畢！”
“準備發射！”
“發射準備完畢！”
“預備！”
“放！”隨着一聲令下，艦上的反潛火箭炮發射了，反潛火箭彈一發接着一發的飛向遠處的目標。可就在這時，艦上的聲納兵聽到了魚雷發出的巨大噪聲，原來此時“海龍”號也瞄準了539艦，幾乎在539艦發射反潛火箭彈的同時，發射了一條魚雷。
雖然539艦立即躲避，但最終還是被魚雷擊中了。好在這條魚雷沒有爆炸，不過它在539艦艦身上製造了一個大洞，製成大量海水灌入艦內，經過全體艦員努力，最後軍艦保住了，而且還能依靠自身動力前進，當然只能是低速的。
此時“海龍”號的情況可不妙了，當它發射完魚雷，539艦發射的反潛火箭彈也到了，反潛火箭彈就在“海龍”號附近爆炸了。這時該艇本身的問題曝露出來了，生產廠家爲降低成本，在製造過程中，對原有的設計進行了改動，使該級潛艇原本並不強的防護能力變得更低。爆炸很容易就使“海龍”號出現多處漏水，更糟的是該艇存在預備浮力太小的弱點。艇員盡了最大的努力，可情況還是越來越糟，最後不得不緊急上浮，很快“海龍”號就衝出水面。上浮時，葛新相信攻擊他們的軍艦已經被擊沉了，可是聲納損壞了，使他無法確定魚雷是否命中目標，但他相信魚雷一定會命中目標。事實上魚雷的確擊中了目標，只可惜沒有爆炸。當他發現539艦並沒有被擊沉之後，他不得不下令投降了，因爲在水面上潛艇無法與水面艦艇對抗。
不久葛新見到了邵節，邵節稱讚葛新道：“你是一個優秀的潛艇指揮員！”
“謝謝你的稱讚！可我不明白你爲什麼能發現我？當時我確信你們的聲納不能找到我們。”
“聲納的確沒有發現你們，我們是用新式水下探測雷達發現你們的。”
“原來如此！這是天意！”
“這怎麼能說是天意？”
“如果你沒有發現我，那我的攻擊一定會成功。如果魚雷爆炸了，你們一定會被擊沉，那樣我就可以安全的從水面上逃走。如果預備浮力能大一些，我就不用上浮了，而你已經受傷了，無法再追我了，我就可以從水下逃走。這些不是天意是什麼？”
對於539艦被“海龍”號擊傷一事，經過一番調查之後，得出的結論是：“這一次經典的戰鬥！539艦長及其艦員的表現都無可指責，那條魚雷是不可能被躲開，多次計算機模擬結果也證明了這一點，同時“海龍”號艇長及其艇員的表現也是無可指責的。葛新和邵節都是優勢的艦長！”
受傷的539艦也依靠自身動力返航，再次進入造船廠，開始了長達3個月的大修，除修復戰損外，還進行了大改裝。被俘獲在“海龍”在539艦艦員的幫助下，補好漏洞，阻止繼續漏水，避免了沒沉的危險，然後在解放軍艦艇的護衛下，依靠自身的動力航行駛入上海軍港，然後與539艦一起進入造船廠開始大修，在大修期間“海龍”號迎來大批參觀者，上海市民爭先參觀這開戰以來，最大、最重要的戰利品，同時也迎來大批中國技術人員，他們是來研究的目的是研究該艇及艇上設備的，爲此“海龍”號差一點被肢解。經過6個月的“大修”後，該艇再次被編入潛艇部隊，艇名依然爲“海龍”，只不過已改掛“八一”軍旗。
與“海龍”號被俘獲相比“海虎”號的結局要慘許多。“海虎”號出航不久就被我軍的一艘正在巡邏的潛艇發現，此後“海龍”號的一舉一動就都處在解放軍的監督之下，而“海虎”號對此還一無所知。“海虎”突然南下的舉動引起南海艦隊的注意，尤其是開戰之後，南海艦隊即調集大批反潛兵力，準備圍剿“海虎”。13日早晨，圍剿“海虎”的戰鬥開始，直到這時“海虎”才發生自已陷入包圍之中。“海虎”號的性能不錯，人員素質再高，所以多次擺脫困境，甚至絕境，然而它始終無法衝出包圍圈。對於此次圍剿“海虎”號的行動，解放軍被其視爲一次難得的“練兵”機會，因此調集了絕對優勢的兵力參與圍剿，不象進行一次戰鬥，而是進行一次訓練。最終“海虎”被擊沉於香港以東南約100多海里的地方，時間是14日6點34分。
至此，臺灣海軍損失了僅有的兩艘作戰潛艇，只剩下兩艘只能用於訓練的老式潛艇。數年前，美國人答應提供8般潛艇給臺灣，可惜訂購的潛艇還處於建造中，一艘也沒有交貨。再加上，當時以“高雄”爲首的艦隊全軍覆沒，實際上臺灣海軍已受重創，從此基本上退出戰鬥。