回到歸綏之後，馬錚當即召集全軍區高級軍政幹部開會，明確了今後一段時間軍區的任務，將部隊訓練和休整當做了今後最主要的任務來抓。
其次軍區要調一部分警備部隊到延安參加大生產會戰，並且還要加大對邊區經濟的支援，保證大生產會戰的勝利。另外，軍區還要不惜一切代價組建新部隊，爭取在兩年的時間內將軍區的部隊擴編到六十萬以上。
會後馬錚又向黨中央以及八路軍總部發了一封請求電報，請求黨中央和八路軍總部能向綏察軍區提供一大批軍政幹部，支持綏察軍區的新計劃。
對於馬錚提出的兩年內綏察軍區兵力達到六十萬的目標大家都抱有懷疑的態度，畢竟現在綏察軍區上報延安軍事委員會的部隊人數爲28萬，距離六十大軍還有32萬之多，不管是主席還是朱總指揮都不認爲馬錚能在兩年內組建起一支六十萬大軍。
但是儘管如此，黨中央還是答應了馬錚的請求，將陝甘寧邊區留守兵團參謀長曹裡懷、政訓處主任莫文驊在內的125名軍政幹部調任綏察軍區，具體職務由綏察軍區黨委幹部討論決定。
由於調動不是一兩天就能完成的，尤其一部分幹部隸屬於新四軍，現在還在皖南打游擊，沒有一兩個月這些軍政幹部是無法趕到歸綏的，所以趁着這段時間部隊還可以好好休整一番。
此時整個綏察軍區都很消停，並沒有什麼大的戰事，除了大戰之前撒出去的那幾支特戰隊還在敵佔區與日軍玩躲貓貓之外，就只剩下調往東北地區的那個步兵旅還在同關東軍在大山裡交火，剩下的部隊都窩在自己的地盤上舔傷口，畢竟前段時間的大戰各師旅都損失不小。
安頓好北方的事情之後，馬錚隨即動身南下，並於9月22日抵達山東聊城，回到了山東軍區。
此時的山東軍區也已經完成了整合，儘管部隊還是那麼多，三個師六萬餘人，但是經過一年多的磨鍊和戰鬥，所有部隊的武器裝備都完成了統一換裝，清一色的三八式步槍和新式軍裝，看起來頗有一股子精銳的意思。
而且在謝文生等人的主持下，沂蒙山區裡的兵工廠也建起來了，儘管只能生產步槍和簡單的彈藥，並不能生產火炮，但是產能都還不錯。
鑑於部隊現在控制的地盤還是太小，而且魯西和魯南之間的通道並不是很安全，隨後馬錚召開軍事會議，效仿綏察軍區，將整個山東軍區劃分爲魯西、魯南、魯中以及膠東、渤海五個軍分區，隨後除了將山東獨立師一旅留守沂蒙山區後，其餘的部隊分別被派往各個軍分區開闢根據地。
與此同時，馬錚又從整個軍區抽調了15個連和22個排，以連排爲單位開赴各地獨立發展。還是那句話，多大的能力座多大的椅子，一年的時間，誰能將部隊擴編到團誰就是團長，要是擴編到了旅那就是旅長。
馬錚這邊遊刃有餘，發展勢頭良好，相比而言日本方面就要悲慘得多了。
從40年年初到現在這大半年的時間日軍一共進行了兩次大戰，一次是長沙會戰，另一次則是針對馬錚所部的大掃蕩。結果呢？勝券在握的的長沙會戰在最後被國民政府逆襲成功，損兵折將不說，在國際上還大大丟了一次臉。
針對馬錚所部的戰鬥也一樣，除了在冀中的八路軍那裡找到了一些自信之外，其餘各個戰場都是一敗塗地，要不是關鍵時刻岡村寧次明智了一把，恐怕駐山西第一軍現在已經被馬錚所部除名了。
這不，戰爭剛剛結束，日軍大本營就迫不及待的對侵華日軍進行了大調整大換血！經日軍大本營研究決定：“將新編成的第42、43師團調入中國。並分別將第42師團編入第21軍；將策43師團編入第11軍。將大本營直轄的第5師團編入第21軍。命令該部立即從天津乘船出發，在海市島三亞港登陸集結。”
“隨後又將新編成的獨立混成第17、18、19旅團調入中國，並分別將獨立混成第17旅團編入第12軍；獨立混成第18旅團編入第13軍；獨立混成第19旅團編入第11軍。”
“1940年9月17日，大本營撤銷第21軍戰鬥序列，成立華南方面軍及第22軍，並將其編入中國派遣軍戰鬥序列。隨後，華南方面軍奉命脫離中國派遣軍戰鬥序列，調歸大本營直屬。”
經過上述調整，至9月底，侵華日軍在華駐軍達到了27個師團、21個獨立混成旅團、戰車集團、1個飛行集團。其戰鬥序列如下：
中國派遣軍總司令官煙俊六大將、總參謀長板垣徵四郎大將。司令部依然設南京。下轄華北方面軍、第11、13軍、第3飛行集團。
華北方面軍司令官岡村寧次大將，參謀長笠原幸雄中將。下轄第1、12軍和第26、10、110師團、獨立混成第7、8、15旅團，電信第5聯隊、華北氣象部、第2野戰鐵道部、中國駐屯憲兵隊。
第1軍司令官筱冢義男中將、參謀長田中隆吉少將。司令部設在河南新鄉，下轄第36、37、41師團、獨立混成第5、9、16旅團、戰車第8旅團、野戰重炮第8旅團、山炮第5旅團、高炮第2聯隊！
第12軍司令官飯田貞固中將、參謀長本鄉義夫少將，司令部設濟南。下轄第21、35、獨立混成第6、10旅團、戰車第9旅團、野戰重炮第9旅團、山炮第6旅團、高炮第4聯隊。
第11軍，司令官阿南惟幾中將，參謀長青木重誠少將，司令部駐漢口。下轄第3、6、13、33、34、39、40師團、獨立混成第14、18、20旅團。
第13軍司令官酒井隆一中將，參謀長櫻井省三少將，司令部設上海。下轄第15、17、22、116師團。獨立混成第11、12、13、17旅團。
第3飛行集團集團長木下敏中將，司令部設北平，下轄第1、第3飛行團。
除了軍事上的調整，日本政府還對政府內閣成員進行了調整，由於對外政策的不斷失誤，導致日本與周邊國家的關係日益緊張，因此近衛首相於9月20日同陸海兩相進行協商，認爲有必要對內閣成員進行大規模的調整，尤其是主管外交的外相松岡，於是決定總辭職。
第二天夜，第二屆近衛內閣實行總辭職。
隨即天皇再次命令近衛公組閣，於是9月22日成立了第三屆近衛內閣。新內閣的外相是前任商工大臣海軍大將豐田貞次郎，新內閣的大部分成員是前任內閣的閣僚，只有三名除外。
9月25日新政府同大本營舉行了首次聯席會議，在這次具有首次碰頭意義的會上，陸海軍統帥部長向政府提出了新的要求。
首先是關於目前帝國所應採取的國策原則，在之前的御前會議傷決定的《適應形勢演變的帝國國策綱要》中已經明確規定。根據上述《綱要》制定的各項對內對外政策，需要迅速貫徹。
特別是關於目前正在執行中的對法屬印度支那的軍事措施，統帥部要按既定方針妥善地加以實施。爲此，希望政府的各項施策也要緊密地予以配合。
對於爲應付目前緊急事態而開始進行的對南方的戰備，決不允許怠慢和拖延。對此當然確信政府能夠恪守既定方針，但仍願藉此機會再次要求切實有力地實行之。
其次是關於日美邦交的調整，代表大本營的陸海軍統帥部希望始終堅持既定方針，特別希望不違背三國軸心精神，貫徹執行其措施。