司馬睿南方建東晉
在八王之亂的時候，中原戰火紛飛，民不聊生。爲了躲避戰亂，北方的世族大家以及百姓紛紛南遷，司馬皇族的人也去了不少。西晉滅亡之後，北方被少數民族政權所佔領，形成了“十六國”；在南方的世族大家，便擁立司馬皇族的人，重新建立了晉朝政權，被稱爲東晉。東晉第一位皇帝，名叫司馬睿。
《晉書》記載，司馬睿是司馬懿的曾孫，他爺爺叫司馬伷，是司馬懿的第四子。司馬伷緯武經文，很有作爲，參加過伐吳戰爭，立有大功，被封爲琅邪王。琅邪，在現在山東臨沂一帶。
司馬睿的父親叫司馬覲，承襲了琅邪王的爵位。司馬覲比起他老子來，可就差遠了，不僅沒有什麼作爲，甚至連老婆紅杏出牆，他也管不住，三十五歲時就死了。
司馬覲的老婆，名叫夏侯光姬，小名銅環，是夏侯淵的曾孫女。夏侯光姬聰明漂亮，卻喜歡找情人，尤其與一個姓牛的帥哥打得火熱，而且生下一個兒子。
《晉書》說，當初，有一本流傳很廣的讖書，叫《玄石圖》，上面有“牛繼馬後”的預言，說司馬氏的天下，將來要由姓牛的人繼承。司馬懿聽了，自然很鬧心。這是個大事，司馬懿又請來星象術士管輅進行占卜。管輅是山東德州人，是歷史上著名的術士，被後世奉爲卜卦觀相的祖師爺。管輅占卜的結果，與《玄石圖》完全相同。司馬懿不得不信，心情更加鬱悶。
從那以後，司馬懿對姓牛的人格外警惕，生怕他們日後會篡權，爲此害死了不少牛姓人。司馬懿手下有個著名將領，叫牛金，爲他出生入死，立下許多戰功。司馬懿怕他將來對子孫不利，便借飲宴之機，把他毒死了。可是，天下姓牛的人太多了，司馬懿怎麼能提防過來呢？更令司馬懿沒有想到的是，他的孫媳夏侯光姬，竟然與一個姓牛的小吏私通，生下了司馬睿，司馬睿當上了東晉皇帝。
由此看來，司馬睿實際上是牛氏血脈，與司馬氏並沒有血緣關係，“牛繼馬後”的預言應驗了。所以，歷史上有很多人，都戲稱司馬睿爲牛睿。明朝著名思想家李贄，就直接稱東晉爲“南朝晉牛氏”，而不稱司馬氏。
關於“牛繼馬後”的故事，不僅《晉書》有記載，史籍《魏書》以及《容齋隨筆》、《賓退錄》等也有描寫，大概不會是空穴來風。不過，也有人說，這是北方胡人爲了詆譭東晉的正統性，故意編造的謠言，似乎也有可能。事情已經過去兩千年了，真相難以搞清，我們姑且仍將司馬睿作爲司馬氏子孫吧。
公元290年，司馬睿的父親司馬覲去世，他繼承了琅邪王的爵位，當時，他只有十五歲。同年，司馬炎也去世了，傻皇帝司馬衷繼位，西晉王朝隨即開始混亂，先是賈南風禍亂朝廷，後來就是八王之亂。
司馬睿當時住在洛陽，他由於年輕，又無職權，因而沒有參加初期的八王之亂。在動盪險惡的政治環境中，司馬睿採取恭儉退讓的態度，注重交結士人，獲得名士嵇紹和不少文人的好評。特別是，司馬睿與琅邪人王導成了好朋友，王導日後對他幫助很大。
在長期的皇族大混戰中，司馬睿後來終於沒能獨善其身，他的琅邪國與東海國相鄰，於是，他倒向了東海王司馬越。
公元304年，八王之亂進入高潮，司馬越率軍討伐司馬穎。二十九歲的司馬睿，被任命爲左將軍，隨軍出征。結果，司馬越大敗，逃回東海國，司馬睿卻做了俘虜。萬幸的是，不久他就逃了回來。
司馬睿逃回洛陽後，王導勸他說，洛陽是個危險的地方，不宜久留。於是，司馬睿就帶着家眷，與王導一起，回到了他的封地琅邪。
後來，司馬越積蓄了強大力量，帶兵西去洛陽，打算奪取朝廷大權。司馬越覺得司馬睿可靠，任命他爲平東將軍，鎮守後方。因此，司馬睿沒有去洛陽，免去了刀兵之災。
公元307年，漢趙政權迅速崛起，成爲西晉大敵，而西晉王朝仍然內鬥不止，混亂不堪。王導意識到，西晉政權已經無藥可救了，遲早會被滅掉，中原將要大亂，於是，他多次勸說司馬睿，拋棄眼前的利祿，到江南去避難。
司馬睿聽從了，向朝廷謀取了出鎮江南的職位，渡江南下，去鎮守建康。王導攜帶家族全部人口，也跟隨遷居江南。琅邪王氏是大家族，在東晉初期發揮了重要作用。司馬睿是皇族中最早南遷的，等到後來皇族和中原百姓大批南遷的時候，司馬睿已經在江南站穩了腳跟。
公元311年，漢趙軍隊攻陷洛陽，俘虜了晉懷帝。中原局勢動盪不安，中原百姓大批涌入江南避亂，據史籍記載，人數比例達到十之六七。王導勸司馬睿乘機招攬人才，收買人心，以圖大業。
公元316年，漢趙軍隊包圍長安，晉愍帝投降，西晉王朝宣告滅亡。王導和堂兄王敦等人，抓住時機，周密謀劃，準備在建康重建晉朝政權，擁立司馬睿爲帝。
公元317年，在王導和王氏家族扶持下，司馬睿建立政權，史稱東晉。當時，由於晉愍帝還活着，司馬睿稱爲晉王，第二年，晉愍帝死訊傳來，司馬睿就正式登基稱帝，被稱爲晉元帝。司馬睿讓王導行使丞相職權，任命王敦爲大將軍。
司馬睿雖說是東晉開國皇帝，但能力一般，並無雄才大略，再加上聲威不夠，勢單力薄，特別是，東晉政權實際上是由琅邪王氏策劃建立的，琅邪王氏勢力龐大，所以，司馬睿必然會大權旁落。在東晉建立初期，以王導、王敦爲首的王氏家族控制了朝廷，形成了“王與馬，共天下”的局面。
這表明，東晉政權從一開始建立，基礎就是不牢固的，以至於後來叛亂不斷，長期處於風雨飄搖之中。