日本航母上派出的艦載攻擊機也損失慘重，總共有204架各型艦載機被擊落，佔到艦載機總數的一半多。當然這筆買賣還是滑算的，因爲它們總共擊沉了28艘美國軍艦，以及200多架美軍戰機。這個戰果很豐碩，186架日本艦載機才值多少錢？按6萬美元一架計算，才一千萬美元出頭。但是美軍戰艦和戰機的價值就遠遠超出這個數，至少是二十倍。
三個小時後，美軍特混艦隊總算把兩千多落水的艦員全部救了起來。但是他們也跟日本海軍聯合艦隊第二路縱隊的主力遭遇了！現在雙方的力量差距太懸殊了，日本方面有四艘大型航空母艦，還有近百架艦載機可以作戰。1艘大和級戰列艦，2艘大型巡洋艦，24艘驅逐艦，8艘潛艇。
美軍第79特混艦隊只剩下除了2艘主力航空母艦，還有阿衣華級戰列艦2艘，巡洋艦4艘，驅逐艦10艘，潛艇8艘。拳師號航空母艦隻能以8節的速度航行，完全成爲了海上的一塊靶子。不但如此，美軍第79特混艦隊已經沒有一架艦載機可用，完全失去了制空權。
戰鬥首先是日軍的艦載機再度襲來，同時水下的潛艇也開始戰鬥。
戰後不少日本人都覺得二戰中日本的潛艇部隊確實戰績太少了，本質上還是潛艇性能和人員的作戰使用兩方面造成的，特別是對潛艇的不合理使用。日本在二戰中的潛艇使用和它的盟友德國比起來是相差甚遠，不是用潛艇去攻擊美國的商船，而是直接在戰區與美國的軍艦進行交戰，結果自然是當成美國驅逐艦的活靶子了。
日本人的潛艇在性能上和美國人的潛艇還是有不小的差距，所以戰鬥一打響，日本的潛艇就開始被美軍潛艇擊沉。第79特混艦隊的“鼓魚”級艇擁有作爲“艦隊型潛艇”具有的更高航速和更大航程，鼓魚級潛艇雷達偵察距離爲3026米，聲納探測距離爲3600米，就是說聲納距離比雷達距離更遠。當鼓魚在水面上行駛時，是雷達先點亮水面軍艦。
它們最先與日本艦隊遭遇，因爲它們要負責航母編隊的防禦，所以就在航母編隊外圍三十到五十海里的地方活動。這些美國潛艇最早發現日本的艦隊逼來。其中一艘ss-198號潛艇最先發現了日本人的潛艇，它立即向艦隊司令部報告了這一情況，並判斷日本航母編隊主力就在附近。
這一發現倒是爲美軍第79特混艦隊贏得了一點準備時間。日本人的兩波空中攻擊過後，斯科特少將最擔心的就是日本航母艦隊再發動空中襲擊，還好日本人的艦載機沒有來，也許是日本人正在做準備吧。不過現在雙方既然已經相距不遠，那麼一場大海戰就不可避免了。
斯科特少將命令所有的潛艇都前出，伺機偷襲日軍艦艇，最好是能夠幹掉日軍的航母。
得到命令的ss-198號潛艇立即對日本人的潛艇發動突然襲擊。只用了一枚魚雷，就讓日本人的潛艇沉入海底。
美國潛艇的艇長們在首次與敵艦接觸時多半過於謹慎，這可能是來自攻擊敵水面編隊的危險性被過分誇大的原因。由於一旦被擊中就意味着滅頂之災，美國艇長們總是在足夠安全的水下深度和足夠遠的距離上用水聲探測器尋找目標，這種攻擊往往很難奏效。美國潛艇前幾次與敵艦遭遇均來自100英尺深度以下的聲納接觸，艇長們沒人願意打破長久以來的作戰定勢而上浮到潛望鏡深度或浮出水面展開攻擊。這樣，部署在珍珠港的11艘美國潛艇的首次戰鬥巡航僅取得擊沉4艘敵艦的戰果。
不過現在他們也學會了用最好的辦法來偷襲日本人的艦隊。他們很快就幹掉了外圍的日本潛艇，對於美國潛艇來說，日本人那些潛艇部隊完全就跟傻瓜一樣。
日本潛艇在技術上有其自身缺陷和戰術運用失當，單純追求輸出功率，使自行研製的柴油機噪聲巨大，美軍聲納人員稱：日本的潛艇航行如同敲着大鼓行進。日本海軍對潛艇沒有合適戰術，發揮的作用有限，只按固定思維將潛艇用於進攻防守嚴密的美軍艦隊。所以日本的8艘潛艇在很短的時間內就被美國潛艇幹掉了！
發現這一狀況，角田少將急忙命令艦隊裡的驅逐艦前出，搜索美軍的潛艇並將其擊沉。因爲對日本航母編隊來說，現在對他們具有一定威脅的就只有美軍的潛艇了。對於美軍的水面戰船，角田少將一點都不擔心，他會用大和級戰列艦還有其他軍艦上的大口徑艦炮讓美軍軍艦最終全部沉入太平洋海底。況且，他還有艦載機部隊。
日本的航母上，艦載機們又做好了準備。整個編隊全速航行，向美軍艦隊逼近。一架架99艦爆和97艦攻再次起飛，準備進行第二次空襲，現在它們不需要擔心來自空中的攔截，因爲美軍的艦載戰鬥機已經全部完蛋了。飛行員們只需要注意不被美軍軍艦上的防空炮火擊中就可以了。
驅逐艦們也開始在航母編隊周圍尋找美軍的潛艇，雙方的最終決戰馬上就要開始。
突然，日軍艦隊裡的加賀號航母艦體底部發出一聲強烈的悶響，整個艦體都抖動了一下，艦員們都驚恐無比！原來是一枚美軍潛艇發射的重型魚雷擊中了加賀號的艦尾底部。這一枚魚雷威力頗大，直接就把加賀號的推進系統摧毀了，加賀號上的艦員們頓時感覺正在全速航行的航母一下子就慢了下來，失去動力的加賀號只能漂在海面上了，就連正在起飛的艦載機也掉了兩架。
現在艦員們最爲擔心的是美軍潛艇繼續向他們發射魚雷，不過他們的擔心馬上就變成了現實。這艘美國潛艇發現了日軍航母，艇員們都興奮得不行，只要能夠擊沉日軍的航母，他們的艦隊就還有希望。所以當第一發魚雷把加賀號擊中，並讓其失去動力後，他們又發射了第二枚和第三枚魚雷。