中國方面的變化日本人是看在眼裡的，由於日軍早就將中國視爲亞洲最大的對手，所以很早就開始了針對中國戰爭的佈局。作爲日軍侵華的排頭兵，日軍的情報部門對於中國軍政界的滲透十分厲害。
儘管在接手國民政府的軍政大權之後，陳鋒對國民政府的軍統部門、原第八戰區的情報機關以及延安方面的情報部門進行了資源整合，在此期間揪出了大批的敵僞特務.即便是如此，陳鋒依然堅信在國共雙方的內部依然有大量的日僞間諜特務。
事實上也正是如此，從重慶發出的軍政命令很快日本方面就會聽到一些風聲，雖然有些時候只會探的一絲一毫，但是這卻讓中國方面的很多事情不再成爲秘密了。
隨着瞭解的越多，日本方面越是驚訝越是擔心。他麼雖然成功刺殺了老蔣和閻錫山，但是中國卻沒有像他們想象的那樣亂起來，雖然早先時候前線的軍隊有過一些混亂，也致使中國各個戰區損失了不少軍隊和地盤，但是日軍攻佔重慶，徹底消滅中國政府的企圖落空了。
更讓日本方面感到噁心的是，他們做了這麼多的努力，最後最大的受益者竟然是死對頭陳鋒。這位中國的抗日名將塞北地區最大的軍閥竟然從一躍成爲了中國的領袖，力壓親日派將領何應欽。
而陳鋒上臺後迅速重拳出擊，在短短1個月內就收服了中國境內的大小軍閥，順利結賬了中國的軍政大權，九四式一向與國民政府不對付的延安方面也表示願意接受重慶的領導，這着實讓日本人感到吐血。
距離老蔣身亡已經足足3個月了，在這3個月內中國方面雖然全線後撤了幾百公里，但是卻站穩了腳跟，而且還迅速完成了大整編，新成立的十一大戰區正以令人瞠目結舌的速度發展。
1942年3月20日，日本政府和大本營在東京的皇宮召開聯席會議。會上信任陸軍大臣東條英機代表陸軍方面遞交了對華作戰的形勢評估報告，根據這份報告，日軍大本營判斷中國的軍事力量至少達到了500萬，其中陸軍佔了總兵力的95%。
另外，中國方面的經濟在快速回復，社會秩序也在恢復。中國政府似乎與美國政府以及蘇聯政府達成了某種協議，美蘇兩國似乎正在有計劃地對中國的工業基礎進行改造，根據情報部門得到的可靠消息，中國政府準備在四川的攀枝花、河南安陽等地建立數十個大型鋼鐵廠，而原本就擔任中國政府最大的兵工廠的漢陽兵工廠正在接受改造。
這一切的一切無不昭示着一個令人擔憂的問題。中國政府的國力正在快速增長。中國國防力量也在快速提升。這對於大日本帝國來說是無法容忍的挑釁，因此大本營陸軍部認爲有必要在中國戰場全線對華發動一場大規模的戰役，如果能一舉擊垮陳鋒政權那固然是好的，如果不能。那麼也可以在一定程度上阻礙其發展。
東條英機的報告在日本國內迅速引起了震動，原本自從日均成功刺殺老蔣之後，駐華日軍連續攻佔了大半個湖南，又將第四戰區的軍隊趕出了廣東，這讓日本高層看到了一個錯覺，那就是攻佔中國全境指日可待，沒想到事實竟然是這樣的，因此很多人同意大本營提出的戰略設想，集中兵力對華作戰。
然而就在這個時候海軍部提出了反對意見。由於大日本帝國突然將主要病理調回了中國戰場，所以給南太平洋戰場上的美英殘軍以喘息的機會，經過小半年的休整，現在美國陸海軍正在源源不斷地從美國本土調往澳洲，原本被重創了的美軍太平洋艦隊也得到了補充。再加上南太平洋地區的那支神秘的中國艦隊，這給南太平洋地區的帝國陸海軍造成了巨大的威脅，必須立即予以剷除，不然的話很可能影響大日本帝國的安全。
對於海軍部提出的反對意見陸軍部雖然也很贊同，美軍在南太平洋地區軍事實力的快速增長確實令日本陸軍感到擔憂，但是陸軍方面確認爲美國雖然正在積極組織力量準備反攻，但是由於美軍在太平洋上的軍事力量基本上已經被摧毀了，所以短時間內根本就不可能發動哪怕一次小的戰役，所以理應先解決中國戰場上的戰事。
然而海軍部卻認爲正因爲美軍暫時沒有反擊能力，所以才應該發動對新幾內亞以及澳洲的進攻，因爲按照海軍部的預計，發動對盟軍在南太平洋地區最後據點的進攻只需要抽調12個師團的兵力，耗時不會超過4個月，就能一句解決後患。
反之，如果按照陸軍部的計劃，針對中國政府進行全面戰爭的話，以陳鋒所部的戰鬥力和兵力，這場戰役絕對不是短時間內結束的。如果等中國戰場上的戰役結束了之後再發動對澳洲的進攻，那時候的澳洲很可能已經羽翼已豐，再想消滅恐怕沒有現在這麼容易了。
日本的海陸軍向來都是爭鋒相對的，一方說是向東一方說是向西，誰都不肯後退半步，這一次也一樣。聯席會議進行了整整一天，海陸軍方面誰也沒能把誰說服，反而使的整個皇宮裡火藥味愈加的濃郁了，要不是有天皇在場的話，陸海軍方面很可能已經動上手了，反正這樣的事情他們已經幹過不止一次了。就在雙方僵持不下的時候，一個意外事件打破了平衡。
1942年3月20日晚，美國派出由16架轟炸機組成的編隊，由吉米.杜立特中校指揮對日本本土包括首都東京在內的幾座城市展開轟炸。飛機從距東京1200公里處從航空母艦上起飛，最後降落在中國。
空襲給日本造成50人喪生；252人受傷；90幢建築受損或倒塌。受轟炸的包括日本柴油機制造公司，日本鋼鐵公司第一鋼鐵廠，三菱重工公司，交通部變電所，國家纖維服裝公司，橫濱製造公司倉庫，名古屋飛機制造廠，1座軍工廠，1所海軍實驗室。1個機場，1個臨時軍火供應站，9幢電力大樓，6只大油罐，1家服裝廠，1間食品儲藏倉庫，1家煤氣公司，2家其它公司，名古屋第二臨時軍用醫院，6所小學和初中執行任務的。
這次空襲給日本方面造成的損失微乎其微。但是卻震驚了日本的朝野。因爲在此之前。有能力對日本本土進行轟炸的只有中國陳鋒所部的超級戰機。根據日本方面對比擊落陳鋒所部戰機的殘骸發現，陳鋒所部使用的是一種超級龐大的新型轟炸機，這種轟炸機翼展和機長都達到了驚人的三十多米，杭城更是超過了6000公里。可以輕鬆從中國東部城市起飛，並且在東京滯空兩小時再返回中國。
對於這種強大的轟炸機日本方面是無能爲力，只能不斷地擴大警戒半徑，作被動防禦。但是沒想到出了中國以外，竟然遭到了美國戰機的轟炸。更令人本方面感到難堪的是，通過對比吉羅德美軍戰機，他們發現美國飛行員駕駛的不過是最普通的b-25b米切爾中型轟炸機。
這種中型轟炸機的性能一般，美國完全可以在短時間內集結數千上萬架，要是讓美國方面摸索到了規律。到時候集中幾千架這種戰機對日本本土經行空襲的話，那簡直是一場不亞於關東大地震的大災難，因此日本朝野一致決定先對美軍發動進攻，徹底打掉盟軍在南太平洋上最後一個據點，同時日本海軍尋機奪取中途島。爲攻佔夏威夷羣島做準備。
1942年3月下旬，日軍決定向西南太平洋推進，奪取新幾內亞島的莫爾茲比港和所羅門羣島的圖拉吉島，以掌握該地區制海權和制空權，切斷美國通往澳大利亞的海上交通線。
3月25日，日本第4艦隊司令井上成美海軍中將派高木武雄海軍中將率領“翔鶴號”和“瑞鶴號”航空母艦及重巡洋艦2艘、驅逐艦6艘從特魯克島出發，原忠一海軍少將率“祥鳳號”輕型航空母艦和重巡洋艦4艘、驅逐艦1艘從拉包爾啓航，掩護登陸船隊駛向目標。
但是日本方面不清楚的是，他們的這次行動早已被美軍得知了。美軍截獲日軍行動情報後，美國太平洋艦隊總司令尼米茲海軍上將命令弗萊徹海軍少將率第17特混艦隊在珊瑚海阻擊。
美軍太平洋艦隊第17特混艦隊是由2艘航空母艦、5艘巡洋艦、9艘驅逐艦組成，並且配以144架艦載機。
次日上午，“約克城號”航空母艦艦載機襲擊圖拉吉島外海日本艦隊，擊沉驅逐艦1艘和小型艦艇數艘，日本艦隊隨即開始在該地區進行搜索反擊，珊瑚海海戰爆發。
27日，日本“翔鶴號”和“瑞鶴號”航空母艦艦載機擊沉美國油船和驅逐艦各1艘。同時，美艦載機攻擊日軍登陸船隊和護航編隊，擊沉“祥鳳號”航空母艦。同一天，日本派出可以夜航的飛行員駕駛27架魚雷機和俯衝轟炸機轟炸美航母，因迷航損失15架，又有8架被f4f-3“野貓”戰鬥機擊落。
28日上午，雙方航空母艦編隊在200海里距離上出動艦載機羣展開激戰。美軍出動飛機約70架次，對高木艦隊發動攻擊。“瑞鶴號”航空母艦逃進雷雨區，免遭襲擊；“翔鶴號”航空母艦中彈，失去作戰能力。日本出動飛機約90架次，對美艦發動攻擊。“列剋星敦號”航空母艦中彈沉沒，“約克城號”航空母艦被擊傷。美國損失飛機約70架，日本損失飛機約100架。
此戰，美國海軍被擊沉一艘大型航空母艦列克星頓號、一艘油輪、一艘驅逐艦、65架飛機、死亡543人，另一艘航母約克城號受傷；日本海軍損失一艘輕型航母、69架飛機、死亡1074人、另一艘航母受傷。從數字的角度，日本海軍顯然取得了珊瑚海海戰的戰術上的勝利。但是，接下來發生的事情卻讓日本海軍剛剛取得勝利的喜悅小時的無影無蹤。