按照明朝寶船廠的工匠們給出的意見，所謂的馬船，實際上就是將馬廄搬上大船，在比較空船大船甲板上修建很多並排的馬廄，以方便安置牛馬。同時，又隔開牛馬，防止它們之間相互爭鬥。
在船上建馬廄的要領就是——方便清掃糞便……
所以，船上的馬廄，往往都是修在船邊沿。負責清掃的人，甚至不用進入馬廄，直接用長柄的掃帚和鐵鍬，將牛糞和馬糞剷起，然後扔進大海即可。然後，如果天氣不冷的話，還可以用海水沖洗下馬廄裡的地板，以清除異味和蒼蠅滋生的可能。
學到了這個經驗後，紐約長島造船廠的工匠們，就在船上頂層甲板四周一圈內側修建了大量的馬廄，將空間利用到了極致。
不過，在修完後，他們發現——中間的空間浪費了……
爲了提高運輸量，造船廠使用的是500噸級的大船，是由北海國戰艦爲模板改裝成的。
其尺寸和北海國戰艦差不多，都是40米長10米寬的經典4比1蓋倫船造型。而且，是雙層火炮甲板那種。當然，沒放火炮。
10米的甲板寬度，而單列式馬廄長度一般也就2米多長，一般在2.2米以內。如果只在甲板兩側修建靠邊的馬廄，那麼，中間五米多的地方就空下來浪費了。
經過造船匠們的集體商議，最終他們在中間位置又增加了一排單列式馬廄，用於安置牛馬。至於牛糞和馬糞的清理，則安排一天清理兩次。至於中間位置的馬廄甲板的清洗，造船工匠們經過反覆討論，最終確定了修一個甲板上的排水溝的計劃。
他們將中間一排馬廄的甲板墊高，然後在兩側修了專門的排水溝。這樣，沖洗甲板時，水就順着排水溝流走，並通過專門的地點流入大海。這樣，就避免了甲板中間這一排馬廄在沖洗甲板時容易導致積水的問題了。
這樣一來，40米長的甲板，按照1.5米的單列式馬廄的寬度，一排可以修26或27個馬廄，三排就是80個。
而牛馬船的模板是擁有雙層火炮甲板的500噸級戰艦，因此，兩層火炮甲板都改造成三排馬廄後，總共能裝載160匹馬，或者160頭牛。
至於船上的船員，則住在底艙，或者船上的艉樓裡。因爲運輸牲口的牛馬船不追求速度，所以船上修了艉樓，作爲船長和高級船員的住處。畢竟，底艙比較悶氣，一般是給低級水手住的。而船上的食物和牛馬的飼料，一般也放在底艙。
不過，爲了擔心牛馬得壞血病，在航行途中，牛馬除了吃乾草料外，牛馬船還會在固定的地點停靠，在岸上收集一些青草和樹葉，餵給牛馬，以給他們補充維生素C。
不過，從波斯到歐洲本土，主要經過葡萄牙人的勢力範圍，只有莫桑比克沿海是和馬林交好的西班牙人的勢力範圍。所以，在停靠點選擇的問題上，馬林還需要和葡萄牙人扯皮一番。
但是，現在絕對不是和葡萄牙人商議登陸補充青草地點的好時機。因爲，馬林目前和葡萄牙人幾乎鬧翻了……
……
被“傑克船長”打劫後，那艘倒黴的葡萄牙香料運輸船狼狽地返回了里斯本，並在葡萄牙掀起了軒然大波。
“傑克船長”的話，幾乎明裡表明了他的來歷——受到馬林的指使……
畢竟，馬林的運輸船在亞速爾羣島被劫的事情，里斯本的葡萄牙大貴族圈子都心知肚明。現在出了這事，擺明了就是馬林在打葡萄牙的臉了。
要知道，在葡萄牙，香料貿易把持在葡萄牙王室和幾家大貴族手裡，普通小貴族都插不上手。但決定葡萄牙命運的，恰恰就是這些大貴族。
馬林之前報復席爾瓦家族，其實那些大貴族們都知道，但都樂得看笑話。反正，損失的又不是他們。
但馬林這次行動，直接把目標對準他們，他們頓時不樂意了，而且憤怒了……
除了馬林的朋友科英布拉公爵豪爾赫.德.倫卡斯特雷因爲當初和曼努埃爾一世爭奪王位而被踢出香料貿易核心圈子外，葡萄牙幾乎所有大貴族都在印度香料貿易中分了一杯羹。馬林指使海盜搶劫香料船，基本就等於得罪了所有葡萄牙大貴族。
事實上，馬林一開始也不想節外生枝，得罪那些葡萄牙大貴族。但是，這次葡萄牙朝野對魯伊.席爾瓦假扮海盜行爲的默許，讓馬林感到憤怒。
而馬林最擔心的，就是這幫傢伙會默許那些沒能參加到印度香料貿易中的葡萄牙小貴族，組織海盜船，去打劫北海國商船，甚至，覬覦美洲殖民地。而這一點，以葡萄牙大貴族們的尿性，是可能性非常大的。
畢竟，歷史改變了。在馬林的影響下，葡萄牙並沒有像原本歷史上那般去開發巴西。這樣一來，就有很多葡萄牙中小貴族的利益得不到滿足。
而印度香料貿易，又被死死地把控在葡萄牙王室和大貴族們手裡，那麼，葡萄牙中小貴族想要獲取利益，只能從其他方面想辦法了。
魯伊.席爾瓦假裝海盜洗劫北海國運輸船的行爲，在葡萄牙並不是什麼秘密。畢竟，魯伊.席爾瓦得手後，船上的貨物也需要銷贓。一出手，整個葡萄牙大貴族圈子就清楚了。
但他們都選擇了默不作聲，甚至還暗中鼓勵。因爲，這幫葡萄牙大貴族們也知道，他們自身吃相太難看，沒法分潤利益給那些中小貴族。他們若是能自己找到生財之道，大貴族們也樂見其成。至於誰是受害者，關他們什麼事？
正是因爲這種態度，徹底激怒了馬林——既然你們無視我的利益，那就別怪我不客氣了！
所以，儘管看起來有些不智，馬林還是下令“黑珍珠號”襲擊了屬於葡萄牙大貴族禁臠的香料船，以提醒那些自大的葡萄牙大貴族——老子不是那麼好惹的！
但是，這麼做，也的確捅了馬蜂窩。北海國和葡萄牙王國的關係，開始惡化了……
這事傳開後，那些利益相關的葡萄牙大貴族們就都憤怒了。很多人開始叫囂——派艦隊進攻北海國唯一的港口埃姆登港，給馬林一個極爲深刻的教訓……