賊軍的小舢板和小漁船靠近上來，同明軍的小舢板混戰在一起。雙方先是遠遠的以弓箭對射，但賊寇損失慘重，明軍水師卻幾乎沒有遭到什麼損失。明軍水師身上披着以木片或竹片覆蓋在絲綢上製成的鎧甲，這些甲若是在陸戰中防護能力不佳，可是在水戰中，這些鎧甲卻能很好的給水師官兵提供保護，而且穿着竹片和木片製成的鎧甲，水師官兵不慎落水，不僅不會被鎧甲的重量帶進水底淹死，反而還能提供浮力。
李國棟的淮軍水師還裝備了另外一種鎧甲：藤甲，但水師的藤甲同他的馬槊騎兵裝備的藤甲又不同，水師藤甲使用的不是昂貴的貴州藤所制，而是普通的老藤製造，而且不用桐油浸泡過，所以也不容易被點燃。
即便是在大船上的水師官兵手裡也有一副刀槍不入的藤牌，防護能力自然遠勝於賊軍水師。
一副木片或竹片製造的鎧甲以及以老藤打造的藤甲都不便宜，打造這樣的一副鎧甲，需要耗費大量工時，因此賊軍所謂的水師，根本就不可能配備上這些鎧甲，賊軍水師本來就不是正規水師，都是臨時招募江邊長大的村民、漁民、水匪和會水的流民組成，李自成和馬守應都不可能給他們的水師配備上鎧甲。
無任何防護能力的賊軍水師對上明軍水師，結果不用說也知道，明軍水師小舢板上射去的箭矢是箭箭到肉，中箭的賊兵紛紛慘叫着倒下，或是一個跟頭栽進水中。而明軍水師官兵往往中了好幾支箭矢，仍然可以開弓射箭。
施琅拿起單筒望遠鏡，看着前方江面的激戰，他突然喊道：“沒有人管住賊軍火攻木筏了？傳令下去，讓快船衝去，燒燬賊軍木筏！”
親兵發出旗語信號，一艘艘快船以施琅的旗艦爲中心，結成了陣型，向賊軍的木筏殺去。
“準備炮彈。”施琅喊道。
快船上的火爐燃着熊熊爐火，有的炮手們把三磅實心炮彈放進火爐內，有的炮手則把定裝藥包裝入炮膛，再把一塊木板塞進去，頂實了。然後有人用火鉗夾起已經燒得通紅的炮彈，把炮彈放入炮口，再以鐵釺頂到底。因爲有一塊厚木板阻隔，燒紅的炮彈不會引爆火藥。
距離賊軍的火攻木筏近了，當只剩下不到百步的時候，施琅下令：“開炮！”
一艘艘快船船艏的火炮吐出火舌，燒得通紅的炮彈飛出炮口，準確的擊中賊軍火攻木筏。通紅的炮彈擊中木筏上的柴禾堆，鑽入柴禾堆內，打得柴禾紛紛飛散，灼熱的炮彈點燃了澆了火油的柴禾，立即引燃熊熊烈火。
快船隊衝過之後，江面上留下無數起火的木筏。
“撞上去，燒燬他們！”一名賊軍水師將領聲嘶力竭的吼叫。
三艘火攻木筏向施琅的快船衝來，施琅臨危不亂，鎮定自若的指揮水手操舵，憑藉着快船的速度優勢，輕鬆躲過了賊軍的火攻木筏。當施琅的座艦從一艘尚未被點燃的火攻木筏邊上擦肩而過的時候，快船上射下一排火箭，那艘木筏當即燃起熊熊烈火。
又是一艘火攻木筏向施琅的快船衝過來，快船船頭的三磅炮射出一枚燒得通紅的炮彈，點燃了那艘火攻木筏，但木筏仍然向快船衝來。
快船靈活的轉身，避開了火攻木筏的衝撞之後，賊軍的火攻木筏就再也無法追上這艘快船，燃起熊熊大火的火攻木筏順流往下游漂了一段路程之後，就被燒得散了架。
施琅的蜈蚣快船避開了火攻木筏的攻擊，往上游航行了一段距離。他發現，有不少火攻木筏被小舢板和快船漏過去了，正往下游己方的大船隊漂去。他大喊一聲：“轉向，去追賊人的火攻木筏！”
蜈蚣快船轉向，順流而下的同時，船上的槳手拼命的划着槳，追趕那些正往下游漂的火攻木筏，蜈蚣快船上的火炮和火箭輪番射擊，把一條條火攻木筏打得起了火。
還是有幾條倖存的火攻木筏躲過了明軍水師的小舢板和蜈蚣快船的獵殺，往下游逆流而上的明軍炮艦衝去。
“下來的火攻船不多了，你只管去對付賊人的戰船。”中軍旗艦上的施福令人給兒子發出信號。
僥倖逃過獵殺的賊軍火攻木筏只剩下七艘，就這幾條小船，根本就別想靠近淮軍的戰艦。隨着施福一聲令下，一艘艘大型戰艦橫了過來，舷側對準了正往下游漂下來的火攻木筏。
“沉住氣，沒有我的命令，誰都不許隨便開火！”施福大喊道。
賊軍一條火攻木筏往施福所在的中軍旗艦猛衝了過來，距離越來越近，站在船尾舵樓上的李國棟都看得心驚肉跳，施福卻沉住氣，沒有下達開火的命令。那條火攻木筏越來越近，當距離只剩下兩百步的時候，施福才一聲令下：“開炮！”
“開炮！”下層火炮甲板內，炮兵軍官傳達了施福的命令。
舷側打開的炮門內，突然噴出一排火光，右舷的十五門十二磅紅夷大炮同時開火，就像是一排閃電劃過江面。
賊軍火攻木筏上的賊兵，眼睜睜的看着前面閃爍過一排炫目的火光，接着就看到炮彈向自己的木筏砸來。還沒等那些賊兵看清楚，所有的炮彈全部擊中這條火攻木筏。炮彈打在火攻木筏上，柴禾紛紛飛了起來。穿過了柴禾堆的炮彈砸在木筏上，火攻木筏當即散架，澆了火油的柴禾紛紛落進水中，江面上只剩下一堆碎木頭片和漂浮的柴禾。
第二艘火攻木筏撲了上來，李國棟的中軍旗艦來不及裝填炮彈，但甲板上的水手們以斑鳩腳銃遠距離射擊，打得操縱木筏的賊軍水兵紛紛落水，距離近了些，大船上射下一排火箭，點燃了火攻木筏，接着戰艦全速往前衝，無人操縱的火攻木筏從艦艉漂流而過，在江面上熊熊燃燒，不久就燒成了一堆碎片。
另外幾條賊軍的火攻木筏，也全部被淮軍大型戰艦打成了碎片，沒有一條能夠靠近大型戰船。
李國棟指着被摧毀的火攻木筏對施福說道：“施將軍，賊軍的火攻船居然都能衝到我們大船跟前了，若不是我們小船擋了他們一下，說不定今天我們就會損失幾條大船。”
施福笑道：“這長江上作戰，同大海作戰還是有不少不同之處。江面上，賊人的火攻船可以順流而下撞擊我們，若是到了海上，即便沒有小船保護，賊人火攻船也休想靠近我們的大船。”
李國棟哈哈大笑：“幸虧今日施將軍指揮得當，否則即便我軍有大型炮船，恐怕也要損失慘重啊。”
“過獎了！”施福連忙躬身行禮，“卑職也只是粗通水戰，僥倖遇上賊人不善水戰，更兼伯爺水師將士服從命令，行動統一。由此可見，若是說陸上作戰，恐怕無人能及伯爺。”
消滅了賊軍的火攻木筏之後，賊軍再無能夠威脅到淮軍水師的船隻。淮軍水師以十二艘大型戰艦爲核心，帶着一羣快船和大量小船，殺得賊軍水師船隻紛紛逃竄，江面上只留下一堆堆破碎的木板和浮浮沉沉的人頭。