次日，朱由檢下了早朝，起駕東廠。
東廠，即東緝事廠，大明特權監察機構、特務機關和秘密警察機關。成祖朱棣於永樂十八年(1420年)設立東緝事廠(簡稱東廠)，由親信宦官擔任首領。地點位於京師東安門之北。 後來，錦衣衛與東西廠並列，活動加強，常合稱爲"廠衛"。 東廠權力在錦衣衛之上，只對皇帝負責，不經司法機關批准，可隨意監督緝拿臣民。
東廠的首領稱爲東廠掌印太監也稱廠公或督主，是宦官中僅次於司禮監掌印太監的第二號人物。通常由司禮監中排名第二或者第三的秉筆太監擔任，其官銜全稱爲"欽差總督東廠官校辦事太監"，簡稱"提督東廠"。現在當然是外出抓人抄家的魏忠賢擔任。
東廠的屬官有掌刑千戶、理刑百戶各一員，由錦衣衛千戶、百戶來擔任，稱貼刑官。除此以外，設掌班、領班、司房四十多人，由錦衣衛撥給，分爲子醜寅卯十二顆，顆管事戴圓帽，着皁靴，穿褐衫。其餘的人靴帽相同，但穿直身。
具體負責偵緝工作的是役長和番役，役長相當於小隊長，又叫"檔頭"，共有一百多人，也分子醜寅卯十二顆，一律戴尖帽，着白皮靴，穿褐色衣服，系小絛。役長各統帥番役數名，番役又叫"番子"，又叫"幹事"，這些人也是由錦衣衛中挑選的精幹分子組成。
東廠不僅在機構及人員配置上精幹合理，而且在偵緝行動上制訂了相當嚴密的制度。如每月初一東廠都要集中佈置當月的偵緝工作，廠役在東廠內抽籤決定所負責的地盤。在文獻記載中可以發現，東廠廠役的工作種類都有特殊的名稱。例如監視朝中各部官員會審大獄及錦衣衛拷訊罪犯者名爲"聽記"，在各處地方官府訪緝者名爲"坐記"，還有某位官員有何舉措，或某城門捕得要犯，胥吏記錄上報東廠者名爲"打事件"。
東廠的職能是"訪謀逆妖言大奸惡等，與錦衣衛均權勢"。一人掌理，委以緝訪刺探的大權。起初東廠只負責偵緝、抓人，並沒有審訊犯人的權利，抓住的嫌疑犯要交給錦衣衛北鎮撫司審理;但到了明末，東廠也有了自己的監獄。
很多穿越者都會在這裡改革一下，搞出一個三權分立，取消東廠的審訊、關押權力，而交由大理寺、刑部等，看起來很有道理，但是“三權分立”說得好聽，其實不過是互相掣肘，如果要想監控其是否違法違規，不過是派幾個密探、臥底而已。
東廠的偵緝範圍非常廣:一、朝廷會審大案、錦衣衛北鎮撫司拷問重犯，東廠都要派人聽審。二、朝廷的各個衙門都有東廠人員坐班，監視官員們的一舉一動。
東廠監視政府官員、社會名流、學者等各種政治力量，並有權將監視結果直接向皇帝彙報。依據監視得到的情報，對於那些地位較低的政治反對派，不經司法審判，東廠可以直接逮捕、審訊;而對於擔任政府高級官員或者有皇室貴族身份的反對派，東廠在得到皇帝的授權後也能夠對其執行逮捕、審訊。
東廠入內即擺設大幅岳飛畫像，提醒東廠緹騎辦案毋枉毋縱。
這些都是很好的制度，朱由檢自然不會畫蛇添足，他也不會在魏忠賢還在外面給他賣命時，就對東廠大動手術。沒有必要，而且得不償失。朱由檢絕對不會明擺着做出激怒某些利益集團的事的，黑鍋一定要別人背，他作爲大明皇帝，只需要不時施之以恩德、收買人心就可以了。
就像資本家爲了更好剝削無產階級，總是會僱傭職業經理人，讓他去管理，這樣所有的矛頭都會指向管理層，而不是資本家自己。內卷纔是資本家喜聞樂見的。
所以，朱由檢只是重申了一下東廠的原則、目的、機構文化，畫一下大餅，然後讓他們爲完善或者說改善目前的情況獻言建策。這樣就可以轉移矛盾了，冤有頭債有主，要怪就怪出主意的人啊！當然，朱由檢可不會玩卸磨殺驢這一套，這麼好用的靶子、智囊當然要人盡其才！又提拔了幾個有真才實幹的人才，把一些無能之輩丟去進修，到時由他親自考試，通過後再委以重任。
這樣，朱由檢就基本掌握了東廠。
這時候已經沒有西廠了，所以朱由檢從東廠出來，就擺駕錦衣衛。
錦衣衛是大明軍政蒐集情報機構，前身爲太祖朱元璋設立的"拱衛司"，後改稱"親軍都尉府"，統轄儀鸞司，掌管皇帝儀仗和侍衛。洪武十五年(1382年)，裁撤親軍都尉府與儀鸞司，改置錦衣衛。
作爲皇帝侍衛的軍事機構，錦衣衛主要職能爲"掌直駕侍衛、巡查緝捕"， 從事偵察、逮捕、審問等活動。也有參與收集軍情、策反敵將的工作，如在萬曆朝鮮戰爭中收集了大量的日軍軍情。
所以朱由檢來錦衣衛做的，基本和東廠一樣。
除此之外，朱由檢特意讓他們挑選善於隨機應變的加以培訓，然後派往野豬皮那裡，收集情報、離間、策反他們。
錦衣衛首領稱爲錦衣衛指揮使，一般由皇帝的親信武將擔任，直接向皇帝負責。可以逮捕任何人，包括皇親國戚，並進行不公開的審訊。這裡，朱由檢也不打算更改，用後世碼農血淚經驗來說，就是如果一個程序能跑，哪怕沒有腿，如果你不理解，那就不要隨便改動它！
錦衣衛首先是皇帝的侍衛親軍和儀仗隊，由將軍、校尉和力士組成。將軍初名"天武"，永樂時改稱"大漢將軍"，選取體貌雄偉、有勇力者充任，作爲殿廷衛士。校尉、力士揀選民間身體健康、沒有前科的男子充任，校尉掌管鹵簿、傘蓋，力士舉持金鼓、旗幟。
平日裡沒有朝會活動時，各衛親軍分別值守皇城四門，唯獨錦衣衛將軍在午門外晝夜守衛，總共100人。午門是宮城的正門，可見錦衣衛地位之高。
皇帝在奉天門御門聽政的時候，錦衣衛堂上官一員侍立在御座西側，負責傳旨。錦衣衛將軍一百二十九人與千戶二人、百戶四人，分別守護在丹陛、御道、金水橋以及奉天門廣場的各個門前。此外還有錦衣衛校尉五百人，排列在午門內外，負責鳴鞭及執掌儀仗。
每年正旦、冬至、萬壽節三大朝會，錦衣衛與其他親軍一起承擔侍衛和儀仗職責。儀仗隊伍共有四千人餘人，其中錦衣衛多達一千五百人。朝會期間距離皇帝最近的就是錦衣衛，隨時侍奉左右，聽候調遣。
每當皇帝因祭祀或巡遊而出宮時，錦衣衛也要在駕前扈從。他們有的負責沿途巡視，有的負責在鑾蹕與京城之間傳報消息，有的在駕旁侍騎，傳奏御輦的起落。
所以爲了安全起見，朱由檢還加重一套獎賞制度，對於那些能夠及時發現威脅、異常的予以獎勵。並給所有小旗及以上官員配發望遠鏡。
"巡查緝捕"是錦衣衛區別於其他各朝禁衛軍的特殊之處，負責偵緝刑事的錦衣衛機構是南、北鎮撫司，其中北鎮撫司是洪武十五年添設，專理皇帝欽定案件。成化元年，增鑄北鎮撫司印信，一切刑獄不必關白本衛。北鎮撫司擁有自己的詔獄，可以自行逮捕、刑訊、處決，不必經過一般司法機構。
南、北鎮撫司下設五個衛所，其統領官稱爲千戶、百戶、總旗、小旗，普通軍士稱爲校尉、力士。
作爲皇帝的貼身衛隊，爲了保證皇帝的安全，錦衣衛必須防患於未然。他們於是時時出動，刺探可能威脅皇權、危害朝廷的行爲和言論，並捉捕和審訊嫌疑人。他們的這項任務被皇帝特許，並逐漸演變爲軍事特務的職能。
鑑於此，朱由檢特意強調了讓他們想辦法提高專業素質，增加效率。
洪武時期，因爲錦衣衛有非法凌辱、虐待囚犯的行爲，朱元璋下詔焚燬錦衣衛刑具，廢除了他們的這項職能。成祖朱棣登基之後，恢復了錦衣衛的所有權力，並有所加強。他設置了北鎮撫司，專理"詔獄"，可以直接逮捕和拷問犯人，刑部、大理寺、都察院這些司法機關無權過問。憲宗成化年間又增鑄了北鎮撫司印信，一切刑獄專呈皇帝，毋須通過指揮使轉達，使錦衣衛北鎮撫司成爲皇帝直轄的司法機構，權力達到極致。負責偵察、緝捕的錦衣衛官校稱爲"緹騎"。由於權力缺乏限制，他們爲了邀功請賞而羅織罪名，不擇手段地擴大牽連範圍，製造的冤假錯案不勝枚舉。
對此，朱由檢除了另派臥底、監察，也沒什麼辦法，不過他是皇帝，自然不需要自己想辦法，於是仍然令人獻計獻策，擇其善者而從之，進一步完善了錦衣衛。
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