5月初9日，農民軍：曹操（羅汝才）、過天星（惠登相）、西營八大王（張獻忠）等七股流寇西逃，盡入四川承宣布政使司。
使得明湖廣總鎮監軍：萬元吉，率軍死守夔州府。
但依舊被流寇們攻陷了夔州府大昌縣，還乘船順着大江（長江）而下，一路炮轟並劫掠沿岸的夔州府首府奉節縣、巫山縣，等地軍民錢糧。
駐守在重慶府的明石柱宣慰使兼二品詔命夫人：秦良玉，親自率領川軍白桿兵北上與明湖廣總鎮監軍合兵，以舟師由夔州府巫山縣上三峽。
流寇十三哨連忙過夔門（翟塘峽）由農民軍：曹操（羅汝才）殿後，負責對付追擊而來的明軍，致使沿岸明軍們遙望距離太遠，只能開炮示威。
流寇們準備渡河西行，但中途被明湖廣總鎮監軍：萬元吉、明平賊將軍：左良玉、明石柱宣慰使：秦良玉、明四川總鎮巡撫：邵捷春，打得匯聚在夔州府奉節縣與翟塘衛一帶。
本來作戰最猛的陝西都指揮使司明軍乃是流寇們的剋星，再加上所部多有流寇降丁，所以作戰起來異常兇猛。
但是明援剿總兵：賀人龍，卻因爲之前明兵部尚書答應賜給他的「平賊將軍」稱號，給了左良玉，因此對於兵部的調令，幾乎不怎麼聽從。
使得流寇：曹操（羅汝才）、過天星（惠登相）等部從夔州府後山抄掠糧食，明軍分守諸隘讓流寇們略無所得。
其中明翟塘衛指揮僉事：羅於莘，還主動出擊，打敗農民軍：過天星（惠登相）於夔州府大寧縣鄭家寨，僅剩下過天星帶領百人逃走。
由於流寇們被明軍圍困，只能往西走過夔州府萬縣下樑山縣，故此明四川總鎮總兵：鄭嘉棟、明翟塘衛鎮撫使：張應元、明夔州府左參將：汪雲鳳，會通明援剿總兵：賀人龍、明陝西總鎮總兵：李國奇，跟在後面追擊流寇。
在派明軍騎兵先行守住山寨，不讓流寇進入，又斬殺了流寇七百人，生擒賊將：自來虎，等七十一人，奪甲仗馬騾無數。
流寇就退到馬家寨羊橋村四處劫掠，被石砫宣慰使司川軍白桿兵趁機圍攻住馬家寨，復斬流寇七百人，刺死賊將：東山虎。
隨後流寇們屯兵在夔州府雲陽縣譚家坪南北兩山，明軍分道並進還入山圍剿。
嚇得南山的流寇們聽聞風聲後，就拔寨先走了，僅留下北山的流寇們出擊與明軍交戰。
明軍以火器在中，士兵在前，迎面而上，流寇們損失慘重，只能以弓箭、火銃反擊，不得已退守山巔不動。
但明軍依舊分兵繞到山後，前後兩軍一起圍攻，打得流寇們竄走山湖澗道。
原本騎馬持火銃射擊的明軍將領們皆下馬，手握兵器進山中殺敵，從龍溪谷追奔流寇四十里地，斬殺流寇四百三十人，導致流寇敗走仙寺嶺。
5月21日，各路明軍會聚在仙寺嶺上，以多發速射火器進攻。
神火飛鴉燒燬流寇大營讓其混亂，在追上去斬殺一千人，陝西承宣布政使司明軍還奪了流寇：曹操（羅汝才）大旗，擒獲流寇：老管隊、副塌天，部分流寇們開始突圍，逃向七箐坎入幹溪山中。
次日午時，農民軍：曹操（羅汝才）、過天星（惠登相）等流寇以翟塘衛水位上漲，不得渡河，便進犯夔州府奉節縣下關城。
此刻明四川總鎮巡撫：邵捷春，立刻檄榜明四川總鎮總兵：鄭嘉棟、明翟塘衛鎮撫使：張應元、明夔州府左參將：汪雲鳳，從夔州府雲陽縣出發。
而明湖廣總鎮監軍：萬元吉，則讓明援剿總兵：賀人龍、明陝西總鎮總兵：李國奇，從官道走雲陽縣尖山巡檢司，以攔截夔州府奉節縣內的流寇。
夔州府後山險隘，而且流寇七位首領連營數萬人，在林間居住不比營帳舒服，再加上酷暑，馬匹汗臭傳至數十里，蚊蟲叮咬農民軍，致使人馬生病。
不得已流寇將領們覺得得分道西行。
由農民軍：曹操（羅汝才）率領；小秦王、上天王、混世王（馬光玉）、一連鶯，這五營走夔州府雲陽縣尖山巡檢司。
而流寇：過天星（惠登相）、關索（劉正國），二營走雲陽縣水碓口守禦百戶所，決定出去之後，在夔州府開縣、新寧縣，一帶集合。
緊接着，明援剿總兵出擊追賊到譚家坪七箐坎，流寇留下精銳死士作爲殿後主力抵抗明軍，但被陝西明軍給打垮了。
明援剿總兵還繼續追擊，翻山越嶺斬殺部分逃跑流寇。
6月14日，明援剿總兵殺到敵營內，正在用膳休息的流寇們疲憊不堪，陝西明軍三路並進，讓流寇們大驚失色。
四川明軍們也趁機撲了上來，各營開始爭搶人頭，斬殺流寇一千二百人、俘虜六百人，赦免俘虜降將：一杆槍、自來虎、伍林，三人納入明軍隸爲先鋒。
隨後由大明延綏總鎮榆林衛秦軍鐵騎走在前頭，降將們提議是否派人刺探軍情？明四川總鎮巡撫就讓明利州衛指揮使：李仲興、明保定府總兵：高光榮，率輕騎先行。
再由明援剿總兵：賀人龍、明陝西總鎮總兵：李國奇，在後面潛伏大軍跟進。
待前面兩位明將進入霧山峽谷中，流寇伏兵們立刻在山間放箭推滾石，這兩位明將戰也連忙躲在石頭旁邊，下令士兵們架起火器反擊。
在打到最激烈的時候，明援剿總兵、明陝西總鎮總兵及時率軍趕來，一舉包圍了霧山山谷，徑直選擇平地架炮轟炸。
炮聲傳遍山谷四周，衝鋒之際斬殺流寇五百人，生擒賊將：渠山虎，等十六人。
唯有農民軍：曹操（羅汝才）率領精騎二千人逃走，但部下將領已被俘虜四十人，斬殺不算、精銳殆盡狼狽東逃與四營匯合，敗走夔州府大寧縣山中。
之後農民軍：過天星（惠登相）、關索（劉正國），走夔州府開縣屯兵南壩裡。
而關鍵時刻明援剿總兵：賀人龍，在得知流寇：曹操（羅汝才）東逃之後，居然率部在夔州府開縣撤兵，還北上陝西承宣布政使司西安府！
只剩下明四川總鎮總兵：鄭嘉棟，繼續率領諸將連營追擊流寇，在夔州府開縣觀音山，追逐流寇北逃二十里到臨江巡檢司，又斬首流寇二百人。
其中明翟塘衛鎮撫使：張應元，還窮追流寇至夔州府新寧縣豆山關，遇到流寇數百騎兵，擊殺二十騎。
其餘流寇騎兵皆大呼卸甲投降，農民軍將領：託天王、常國安，兩人主動請降，才讓明軍停止射擊。
明軍們則下令讓流寇將領：常國安，本部抓住農民軍：地虎，讓他上書給農民軍：過天星（惠登相）勸他投降。
但是流寇：過天星（惠登相）卻不信，還回信道“必須託天王親自到，方可相信，乃降也。”
被俘之時流寇：地虎，不堪受辱自盡。
關鍵時刻農民軍：高守達，親率麾下二百騎兵前來投降，趁着明軍招降之際，使得流寇：過天星（惠登相）連忙逃跑，明軍則以降將：常國安，爲川軍先鋒。
接着農民軍：過天星（惠登相）西走，諸軍拔營追逐至夔州府萬縣武寧巡檢司外，流寇騎兵三千人見到明軍不戰而逃，被明翟塘衛指揮同知：高守遠，率部卒在前衝鋒陷陣，讓流寇們陣角大亂。
不得已流寇只能派出騎兵出戰，卻多數陷在泥潭裡，被明軍們趁機射殺，還追奔流寇二十里，一路上血流成河，稻田裡全部是鮮血，各軍共斬首流寇一千七百人，擒住流寇將領：流金錘、金狗兒，奪馬騾三百匹，致使農民軍：過天星（惠登相）、關索（劉正國），二賊東奔夔州府達州。
降將明開縣遊擊將軍：常國安，開始立功，在前負責驅逐流寇，與川軍、湖廣明軍並進，斬首二百人奪其流寇軍營。
流寇們一直逃奔到夔州府梁山縣袁壩驛，才設伏在溝澗中和林間二十里。
次日，明翟塘衛鎮撫使：張應元，四處轉戰又令明開縣遊擊將軍：常國安、明達州守備：高守達，繞到山谷之中搗亂其糧倉。
讓流寇們大怒，直接出伏兵與明軍交接。
明開縣遊擊將軍深知流寇戰術，故此能夠突出重圍，殺敵墜落山澗共斬殺九百人，獲得盔甲弓矢無數，生擒農民軍：滾地狼，等一十七人，還招降流寇；楊旭、一隻虎、可天虎、關索（劉正國）等四十人。
其餘流寇從夔州府梁山縣袁壩驛東逃開縣，之後到達高城裡。
明軍諸將們則分營出戰，由明四川總鎮總兵：鄭嘉棟，統領中軍、明翟塘衛指揮僉事：羅於莘，統領左軍、流寇降將明鄖陽府右參將：楊旭、明鄖陽府守備：一隻虎，兩人各自統領右軍與流寇交戰於城下。
明軍三路夾擊，使得流寇們繼續兵敗東走夔州府大昌縣。
7月13日，農民軍：曹操（羅汝才）、小秦王、上天王、混世王（馬光玉）、一連鶯，等流寇連營盤踞在夔州府大寧縣。
明湖廣總鎮監軍：萬元吉，則在夔州府鎮守，他派遣了流寇降將明夔州府守備：劉正國，及羅汝才部流寇降丁明奉節縣遊擊將軍：伍林，入羅汝才軍營內招降。
但是交談中農民軍：曹操（羅汝才）卻以〈香油坪之役〉他斬殺了明湖廣總鎮副總兵：楊世恩、明荊門州左參將：羅安幫，爲由認識恐怕兵部不赦？
便決定攜帶劉正國東走，揚言要去荊州府夷陵州，親自乞撫於明兵部尚書？
這讓農民軍：金翅鵬，對羅汝才的說法有些懷疑？又擔心他率先降明之後，兵馬會被他所合併？便先發制人與農民軍：小秦王，一起先去向明兵部尚書投降。
看着詐降計劃失敗之後，氣得農民軍：曹操（羅汝才）當即就殺了降明的叛徒明奉節縣遊擊將軍：伍林，嚇得另一個叛徒明夔州府守備：劉正國，連忙往東逃到巫山縣。