現在，我們還得回過頭來說說廣州。
一九二二年六月十五日深夜，粵軍高級將領在鄭仙祠召開緊急會議，決定發動軍事政變，驅逐南方政.府大總統下臺。
有史料記載：在這危急關頭，“陳炯明在惠州派秘書陳猛蓀持他的親筆信勸止葉舉，……信大意說南方政.府出兵北伐如果能勝固好，如其失敗，他以陸軍部長身份暫將部隊調返東江訓練，做充分準備，到時仍可收拾殘局。陳猛蓀持信送到鄭仙祠。葉舉閱後，當着陳猛蓀的面將信擲落地上，說陳炯明不知軍事，還說:回東江哪裡找吃的？叫陳猛蓀回報陳炯明，事情已不容不發……陳炯明怒不可遏地把茶盅也打碎了”。
國民黨主政後的正史，都認定這次叛亂是陳炯明策動的。軍事政變是發生了，也是陳的部屬所爲，但說這次軍事政變是陳炯明策動的，可能有待覈實。
陳炯明固然是個人品極佳，威信很高的人，他身邊也從不缺少死忠之士，可也有控制不了局勢的時候。
一九二二年六月十六日凌晨，葉舉開始行動。但他並不想置南方政.府大總統於死地，只想將其逐出廣東，所以在開炮前讓人打電話給其透露了消息，讓他趕快離開。
很多資料在描寫南方政.府大總統逃離總統府時有多兇險和機智，很可能有誇大的成分。
軍事政變方在舉事時提出的要求，也正是前面蔡元培等人所提出過的，請南方政.府大總統兌現他與徐世昌一齊下臺的諾言。
南方政.府大總統離府後，粵軍圍攻，要求守軍投降不遂，而開“土炮三響嚇之”。 南方政.府大總統登上軍艦後，南方海軍宣佈和軍事政變軍開戰。
在江西前線北伐的各軍，從六月二十日後，就不斷接獲南方政.府大總統蒙難的消息。
二十三日接南雄電，知軍事政變方翁式亮、楊坤如部已經佔領韶關，追擊大本營的人員，胡漢民已離韶關。
前線總部召開軍事會議，會中有兩種主張：其一主張仍繼續前進，先克南昌、九江，再行應付粵事；其二主張立即回粵，助孫平亂。
二十七日，胡漢民馳至贛州，報告廣州變亂情形，軍心爲之激憤。
當晚再開會議，許崇智、李福林、朱培德即決議回師討賊。議定以粵軍第二軍、滇軍（朱培德部）、福軍（李福林部）及粵軍第一師（梁鴻楷）回粵，分由大庾，信豐向粵境南雄前進。
其他各軍則暫駐贛境，病中的李烈鈞留守贛南。
不料，回師行動一開始，粵軍第一師梁鴻楷抵達信豐後，竟不依照原訂計劃，連夜向三南方面退入連平，潛歸惠州，與陳炯明會合。
第一師是鄧鏗所手創，北伐入贛後和許崇智等部共同作戰，戰功卓著，是一支勁旅。這支部隊忠於鄧鏗，也忠於陳炯明。
梁鴻楷反水後，胡漢民主張尾追，先肅清東江之敵。
因已約定滇軍爲右翼，許軍與福軍擔當正面合攻韶關，許崇智則主張徑向韶關回師。認爲經東江至廣州路遠，孫被困兵艦上應急赴援爲宜。如果去追樑軍，福軍獨任回師之責恐力不能勝。而滇軍因不知內情，容易形成猜疑。
胡漢民同意了許崇智的主張，於是繼續向韶關進兵。
七月二日北伐軍許崇智、李福林、朱培德、黃大偉諸部皆入粵境，自南雄、始興直指韶關。
攻韶計劃是：
（一）以滇軍朱培德全部由江口渡河經仁化向韶關進攻。
（二）以李福林全部沿河左岸，經周田大橋、長壩、黃浪水向韶關進攻。
（三）以第二軍之許濟、孫本戎、謝宣威等由火山、大塘方面向韶關進攻。
其他部隊爲預備隊，另以第九旅黃國華部由三南方面攻翁源。
出師時同立誓約：“三軍一致，誓同生死，擁護孫大總統，平定粵省之亂，如有異心，天誅地滅。”
許崇智自南雄馳電給孫：“陳逆叛變，圍攻公府，令人切齒痛恨。北伐各軍業已集中南雄，指日進攻韶關，誓必討平叛逆。朱培德總.司.令所部滇軍尤爲奮勇，業已開拔前進，想叛軍不足當其一擊也。”
許崇智電報到孫手中時，海軍方面卻又有不穩的消息。
民國十一年七月九日，先頭部隊與陳軍開始接觸，展開激戰。
陳軍自佔領韶關後，前進部隊僅至大橋爲止。以韶關及芙蓉山，帽子峰及河東蓮花山一帶高山之險要形勢爲防線，修築堅固工事，佈滿鐵絲網，以抗回師的北伐軍。
雙方接戰後，右翼滇軍佔領白虎坳、黃岡嶺、雞公嶺等要地，迫近韶關外之帽子峰；中路李福林部迫近流塘、下長壩一帶，向高地之陳軍施行攻擊；左翼許崇智部孫旅迫近東錫窟前背一帶。
許崇智部第九旅黃國華及何梓林兩部，連佔魯溪、壩子圩等處，十九日佔領獅子嶺及翁源城。
陳軍方面急調援軍支持，因有粵漢路運輸之便，增授迅速，而北伐軍則水陸交通均不便，翁源失守。二十日，許軍張民達部經過苦戰，再度收復翁源，但又失守。
二十四日，黃大偉部集中始興，到達翁源前線，三度攻克翁源。
火山方面戰事亦極激烈，北伐軍久戰疲勞，前線頗有動搖之勢，許崇智親自進駐火山。二十四日，北伐軍猛烈攻擊，大破陳軍，陳軍全線向大塘韶關方面總退卻。北伐軍乘勢追擊。
二十七日許崇智部左翼進佔蓮花山陣地向韶關車站猛攻，陸旅向馬壩方面進攻，另一支進佔大塘、羌在街之線。湘軍第七混成旅旅長陳嘉祐馳援，助攻陳軍。
正當回師的北伐軍節節勝利時，由贛返粵的原屬第一師梁鴻楷部陳修爵團，突然陣前倒戈，由馬壩向北伐軍左翼陸旅進攻。
陸旅久戰兵疲，不能支持，首先退卻，於是牽動全線。各部遂總退卻。
二十九日，韶關方面北伐軍失利後，翁源方面亦被陳軍擊破，全線搖動。
湘軍陳嘉祐所部三旅，一旅在火山，其餘兩旅在周田、仁化。尚未加入陣線，亦連帶退卻。
七月三十日，各軍退至始興縣屬之江口，才收容部隊，重加整頓。陳軍已追擊至長岡、水南、水口等處。北伐軍獲知翁源方面亦告失敗，於是自江口退卻。
八月三日，退至贛邊的南雄。
黃部第九旅退至虔南、贛軍賴世璜部退至信豐、李明揚部退大庾、李福林部一支退仁化，一支退南雄。
滇軍朱培德部、湘軍陳嘉祐部因河川阻隔難以退入南雄，向湘桂邊境退卻。
當時李烈鈞人在南雄，主張各軍全部退桂林。
許崇智因爲在福建有延平王永泉的關係，以及多年和福建的淵源，堅持退福建。
結果分道揚鑣，許崇智軍、李福林軍及黃大偉部偕同退福建，李烈鈞之贛軍、朱培德之滇軍、陳嘉祐之湘軍退往湘邊，李烈鈞則赴上海養病。
八月四日，南雄爲陳軍所佔。
回師討逆的北伐軍全盤失利、南雄失守的消息傳到座艦，南方政.府大總統召集各艦艦長及重要幹部會議。
大家認爲：贛南失陷，南雄不保，前方腹背受敵，戰局當然惡化。總統株守省河，有害無益，還是離開這個困窘之地，別圖發展爲上策。
南方政.府大總統接納了大家的建議，決定離開廣東去上海。派人通知各國領事後，原訂計劃是乘搭商輪，但英國領事表示可派炮艦摩漢號護送去香.港，便改乘英艦。
南方政.府大總統離開廣東後，八月十五日，陳炯明回到廣州任粵軍總司令。
八月十四日上午，英國皇后號郵輪駛抵上海，南方政.府大總統在吳淞登陸，上海各團體代表等候岸邊，歡迎者約數千人，場面很熱烈。
十五日南方政.府大總統發表護法宣言，全文如下：
“六年以來，國內戰爭，爲護法與非法之爭。文不忍艱難創造之民國，隳於非法者之手，倡率同志，奮鬥不息。中間變故迭起，護法事業，蹉跎數載，未有成就，而民國政.府，遂以虛懸。國會知非行權無以濟變，故開非常會議，以建立政.府之大任，屬之於文。文爲貫徹護法計，受而不辭。就職以來，激勵將士，出師北向，以與非法者戰。最近數月，贛中告捷，軍勢遠振，而北軍將士，復於此時爲尊重護法之表示，文以爲北軍將士有此表示，則可使分崩離析之局，歸於統一，故有六月六日之宣言，願與北軍將士提攜，以謀統一之進行。
“不圖六月十六日，護法首都，突遭兵變，政.府毀於炮火，國會遂以流離，出征諸軍，遠在贛中，文僅率軍艦，倉卒應變，而陸地爲變兵所據，四面環攻，益以炮壘水.雷，進襲不已。文受國會付託之重，護法責任，繫於一身，決不屈暴力，以失所守。故冒險犯難，孤力堅持，至於兩月之久，變兵卒不得逞。而軍艦力竭，株守省河，於事無濟，故以靖亂之任，付之各處援師，而自來上海，與國人共謀統一之進行。回念兩月以來，文武將佐，相從患難，死傷枕藉。故外交總長伍廷芳，爲國元老，憂勞之餘，竟以身殉，尤深愴惻！文之不德，統馭無方，以至變生肘腋，咎無可辭。自兵變以後，已不能行使職權，當向國會辭職，而國會流離顛沛之餘，未能集會，無從提出。至於此次兵變，文實不知其所由起。據兵變主謀陳炯明及諸從亂者所稱說，其辭皆支離不可究詰。謂護法告成，文當下野耶？六月六日文對於統一計劃，已有宣言，爲天下所共見。
“文受國會付託之重，雖北軍將士有尊重護法之表示，猶必當審察其是非與誠僞，爲國家謀長治久安之道，豈有率爾棄職而去之理？陳炯明於政.府中爲內務總長，陸軍總長，至兵變時，猶爲陸軍總長，果有請文下野之意，何妨建議，建議無效，與文脫離，猶將諒之。乃兵變以前，默無所言，事後始爲此說，其爲飾詞，肺肝如見。按當日事實，陳炯明於六月十五日，已出次石龍，嗾使第二師於昏夜發難，槍擊不已，繼以發炮，繼以縱火，務使政.府成爲煨燼，而置文於死地。蓋第二師士兵，皆爲湘籍，其所深疾，果使謀殺事成，即將歸罪，以自掩其謀，而兼去其患。乃文能出險，不如所期。始造爲請文下野之言。觀其於文在軍艦時，所上手書，稱大總統如故，可證其欲蓋彌彰已！謂陳炯明以免職而修怨，葉舉等以飭回防地而謀生變耶？無論以怨望而謀不軌、皆爲法所不容，即以事實言之，文於昨年十月，率師次於桂林，屬陳炯明以後方接濟之任。
“陳炯明不惟斷絕接濟，且從而阻撓。文待至四月之杪，始不得已改道出師，於陳炯明呈請辭職之時，猶念其前勞，不忍暴其罪狀，仍留陸軍總長之任，慰勉有加，待之豈雲過苛？葉舉等所部，已指定肇、陽、羅、高、雷、欽、廉，梧州、鬱林一帶爲其防地，乃輒率所部，進駐省垣，騷擾萬狀。前敵軍心，因以搖動，飭之回防，詎雲激變？可知凡此種種，亦非本懷，徒以平日處心積慮，惟知割據以便私圖，於國事非其所恤，故始而阻撓出師，終而陰謀盤據，不惜倒行逆施，以求一逞。誠所謂苟患失之，無所不至者。且即使陳炯明之對於文積不能平，至於倒戈，則所欲得而甘心者，文一人之生命而已，而人民何與？乃自六月十六日以後，縱兵淫掠，使廣州省會人民之生命財產，悉受蹂躪，至今不戢。且縱其兇鋒，及於北江各處，近省各縣，所至洗劫一空。人民何辜，遭此荼毒！言之痛心。向來不法軍隊，於攻城得地之後，爲暴於一時，已犯天下之大不韙。今則肆虐亙於兩月。”
“護法以來，各省雖有因不幸而遭兵燹，未有如廣東今日所處之酷者。北軍之加兵於西南，軍紀雖馳，有時猶識忌憚。龍濟光、陸榮廷駐軍廣東，雖嘗以騷擾失民心，猶未敢公然縱掠。而此次變兵，則悍然爲之。聞其致此之由，以主謀者誘兵爲變時，兵怵於亂賊之名，憚不敢應。主謀者窘迫無術，乃以事成縱掠爲條件，兵始從之爲亂。似此煽揚凶德，汨沒人道，文偶聞野蠻部落爲此等事，猶深惡而痛絕之；不圖爲此者，即出於同國之人，且出於統率之軍隊，可勝憤慨！文夙以陳炯明久附同志，願爲國事馳驅，故以軍事全權付託。今者甘心作亂，縱兵殃民，一至於此。文之任用非人，誠不能辭國人之責備者也。此次兵變，主謀及諸從亂者所爲，不惟自絕於民國，且自絕於人類，爲國法計，固當誅此罪人；爲人道計，亦當去此蟊賊。
“凡有血氣，當羣起以攻，絕其根本，勿使滋蔓。否則流毒所播，效尤踵起，國事愈不可爲矣。以上所述，爲廣州兵變始末。至於國事，則護法問題當以合法國會自由集會，行使職權爲達到目的，如此則非常之局自當收束。繼此以往，當爲民國謀長治久安之道。文於六月六日宣言中所陳工兵計劃，自信爲救時良藥，其他如國民經濟問題，則當發展實業，以厚民生，務使家給戶足，使得休養生息於競爭之世。如政治問題則當尊重自治，以發舒民力。惟自治者全國人民共有共治共享之謂，非軍閥託自治之名，陰行割據所得而藉口。凡此犖犖諸端，皆建國之最大方略，文當悉其能力以求貫徹。自維奔走革命卅餘年，創立民國，實所躬親。今當本此資格，以爲民國盡力。凡忠於民國者，則引爲友，不忠於民國者，則引爲敵。義之所在，併力以赴。危難非所顧，威力非所畏，務完成中華民國之建設，俾國民皆蒙福利，責任始盡。耿耿此誠，惟國人共鑑之。”