雙方在南都東門外展開了一場大混戰。
不過這裡的混戰並沒有持續多長時間，總兵官焦廷便得知西路軍和路軍全都潰敗的消息，太出乎意料了，形勢急轉直下，焦廷臉色聚變，他預感到滅頂之災來了，不敢再戰的他只好下令撤兵，京營兵隨後追殺，劉良佐的三路大軍很快會師了。
會師的地點當然是他們臨時的營寨，但是鄭洪逵、劉肇基和江陰三公並沒有因爲他們逃回營寨而停止追殺，六萬京營兵加五千御營早兵合一處了，按照朱由崧旨意，這次不全殲判軍決不收兵。
由於是始料不及的大潰敗，潰敗地點離他們營寨的距離又近，以至於劉良佐的三路大軍來不及安排斷後的人馬，已經敗逃到營門口了。
劉良佐帶兵多年，現在又貴爲倡平伯，當然不會犯低軍事錯誤，此時營寨當然安排有幾千守營的兵將，不過這些看家的兵將此時也懵了，因爲他們劉大帥的人馬跟後面追過來的京營兵連在一起了，弓弩和銃炮自然無法使用，只得衝出去接應。
短兵相接，他們自然佔不了風。原來他們僅有幾千人，劉良佐的大軍敗局已定，豈豈是區區幾千人的看家兵能挽回得了的？因此，這些看家守寨的兵將只得跟劉良佐那些出去攻城的三路大軍一起往回敗。
結果，劉良佐的人馬逃進營寨了，朱由崧的京營兵和御營兵將也追進營寨，拼殺仍然在繼續，在外面抵擋不住，到了自己的營寨裡，劉良佐的人馬照樣抵擋不住，京營兵將根本不給他們喘息的機會，只要不棄械跪地投降的，一律殺無赦，劉良佐的人馬甚至站不住腳，只得棄寨而又逃。
京營兵和御營的兵將仍然緊追不放，顧不得許多的劉良佐只好捨車保帥了，讓總兵官焦廷帶領本部人馬留下來斷後，在衛隊的保護下，劉良佐打馬如飛，帶着一部分人馬倉皇逃命。這麼從寨一走一過，劉良佐發現身邊跟來的兵將銳減，
但是這次沒跑出遠，劉良佐不跑了，滔滔大江橫斷了去路，來時有戰船，七萬多人馬過江後，他還留下一個衛的人馬在這裡看護戰船，這是他的江退路，也是用於接應隨後支援他們的清軍，可是他發現江岸邊連一隻船也沒有了，那五千人馬也是屌蛋精光。
嚇得魂不附體的他縱馬來到江邊一看，岸邊有斑斑的血跡，還有幾處凌亂的斷刃殘旗，很明顯這裡不久前發生過一場激戰。
幾千人馬和幾百條戰船這樣憑空消失了？劉良佐大驚，飛馬了一處高坡，手搭涼棚往對面觀看，今天天氣格外晴朗，能見度也高，這裡江面也不算太寬，大江對面一覽無餘。
劉良佐很快發現，他的戰船不知什麼時候全都開到江北岸去了。排得整整齊齊的戰船，全是兵馬，由於離得遠，兵將的面目看不太清楚。
這時有人給他遞來一支單管望遠鏡，這下看清楚了，這些戰船是他的不假，但戰船早已經換了主人，他的幾千兵將被分散在一條條戰船，全都成了被人看押的俘虜。
看押這些俘虜的正是朝廷的兵將，有幾張熟悉的臉劉良佐還認識，那是曾經的操江水師誠意伯劉孔昭，還有曾經的南京兵備道魏國公徐爵。這兩員主將旁邊，還有一員年輕的武將，看其穿戴派頭，官職也不小，只是他不認識。
劉良佐不知道，這員年輕的武將正是鄭鴻逵本族的兄弟鄭彩，這也是歷史名人了，小夥子年輕有爲，現任操江水師僉都御使。
原來，劉良佐率七八萬人馬分三路殺來，操江水師也早接到朱由崧的聖旨，開始時的旨意也是不可浪戰，放賊人進來。因此，在這樣的聖意下，劉良佐的人馬跟操江水師交手了，一萬操江水師一接觸即潰，驅散了操江水師，他們才得以順利地渡江。
然而好景不長，劉良佐的人馬渡過大江後，只剩下五千多人馬在此看護戰船，其餘的主力殺到南京城下去了。這邊劉良佐的主力剛一走，按照朱由崧的計劃，徐爵、劉孔昭和鄭綵帶着水師營又殺回來了，五千多人馬趕緊應戰。
但這次他們發現，操江水師剛纔那一戰完全是在裝慫，現在真本領使出來了，劉良佐這五千人馬根本不是操江水師的對手。
原因是現在的操江水師今非昔，操江水師提督換成了魏國公徐爵，他繼承了祖徐達的幹練，南京兵備道劉孔昭輔助之，他繼承了祖劉伯溫的睿智，加由鄭彩擔任技戰術總監、顧問，鄭彩跟鄭鴻逵一樣也是海盜出身，對水練兵衝殺很有一套，因此三個人同心戮力，短短的兩個月將這一萬名水師打造成了一支水霸師。
只是朱由崧讓他們扮豬吃老虎，起初的假敗潰逃他們有些不解也有些鬱悶，本來能打勝非要裝敗，武將軍兵難免有些壓抑，但隨後的放手一搏，敵人出乎意料地慘敗，這落差感令他們體會到了此種戰法獨特的爽感。
一場毫無懸念的激戰，短短半個小時結束，劉良佐的五千人馬除一部分被斬殺在江心船頭外，其餘的還剩下近兩千人被包圍，只得舉手投降。
遵照旨意，徐爵等人沒殺俘虜，而是把他們分散地看押在戰船，稍打清掃戰場之後，把這些戰船全部開到江北岸，這一招等於斷了劉良佐的江退路。接下來不用水師們再動手了，只須在江對岸觀望即可。
劉良佐看明白後，心裡徹底涼快了，此役他必將輸得血本無歸。
這時身後塵土大起，伴隨着震天的喊殺聲由遠而近，朝廷的京營兵鋪天蓋地而來。
這麼一會兒的工夫，劉良佐留在營斷後人馬已經被收拾了，那名總兵焦廷負隅頑抗，被鄭鴻逵斬於馬下，餘者全部投降，營寨被京營兵控制，鄭鴻逵留下陳明遇和馮厚敦處理敵營事務，帶着閻應元往江邊追來。
前有大江攔路，後有追兵咬住不放，再看身邊這些殘兵敗將，短盔少甲，滿身血污，狼狽不堪，連掛彩的算至多不超過一千人馬了，來時的三路人馬可是七萬餘衆啊，短短的一天時間內，竟然潰敗至此，賴以後盾的清軍果然沒有蹤影，連跟他從一個娘肚子裡爬出來的兄弟劉良臣此時也杳無音訊。
面對滔滔的大江無語東流，這位軍閥大佬不由得仰天長嘆：“蒼天無眼啊，爲何要亡我劉良佐啊！”