6月9日，黃興緊急從廣州趕至汕頭，同孫道仁密議。
黃興雖然在補給問題上選擇了退讓，但是不代表他在福建歸屬問題上讓步。
黃興此行目的爲組建福建軍政府，推選孫道仁爲都督。都督府在汕頭成立，10日舉行都督就職典禮。黃興代表同盟會授予孫道仁都督印信，文爲“中華軍政府閩都督之印”。孫道仁接印，宣誓就職。
同時，黃興令孫道仁將全鎮新軍彈藥集中至騎兵第十標，立即回師福州奪取福建總督府，完成對福建的控制。
孫道仁接受黃興的建議，畢竟他現在已經是名義上的福建都督了，師出有名。
第十鎮步兵三十七至四十標新軍的彈藥和口糧全部收繳，發放給騎兵第十標。這樣騎兵第十標便有了4個基數的彈藥和口糧，可以迅速回師福州。
下午第十標火速從汕頭出發開赴福州。
但是黃興想出這招時已經晚了，當孫道仁率第十標騎兵抵達福州時，粵軍已經佔領了福州。
早在龍嘯卿收降清廷海軍時，他已經做出利用薩鎮冰的海軍掩護粵軍海軍陸戰隊突襲福州的作戰部署了。
8日，龍嘯卿發出密令：教導總隊王遠云爲攻閩前敵總指揮，薩鎮冰、陳博謙爲艦隊和陸戰隊指揮，於當晚返回福州馬尾軍港。
此時，駐紮在馬尾軍港的福建水師還不知道薩鎮冰等已經易幟投靠廣東軍政府。薩鎮冰謊稱已經全殲廣東海軍，請福建水師和馬尾基地炮臺將領們喝酒慶功，將他們盡數誆騙至軍艦上扣押。
薩鎮冰等閩系海軍將領們開始分別勸降他們，經過一個多小時的勸說誘降，大部分福建水師將領和炮臺守衛接受了投降條件。小部分人反對但是已經左右不了大局了。
投降的福建水師將領們命令各自軍艦上的部下們易幟反正加入革命，而投降的炮臺守將們則掩護粵軍海軍陸戰隊進入馬尾軍港各個炮臺，輕易奪取了炮臺控制權。
晚上10點左右，粵軍已經控制了整個馬尾軍港，福建水師的元凱、超武、靖海、泰安、鎮海、登瀛洲、楚材等老式巡洋艦和炮艦，以及張、軍兩隊魚雷艇紛紛升起彩虹旗易幟投降。
馬尾軍港已經應列強們的要求被廢除停用，除了船廠外已經沒有什麼像樣的軍事設施防禦了。也正因爲如此，所以清末海軍因爲沒有基地而在只能在上海高昌廟和浙江象山重建海軍司令部和軍事基地。
控制了馬尾之後，廣東海軍沿着閩江逆流而上，直搗福州城區。
9日凌晨，王遠雲指揮粵軍海軍陸戰隊向于山發起總攻。陳耀明率領百靈鳥大隊，以“保護領事館區和外僑”等名義，迅速並佔領銀元局、釐稅局等金融機構，控制福建資金，同時對領事館區的列強軍隊和巡捕房保持警戒。
凌晨3點左右，王遠雲率隊攻入于山，並控制了于山各個交通要道和山隘險地。
于山俯瞰福建將軍樸壽的老巢旗營，爲必爭之地。旗軍疏於防範失此先着，成爲困守一隅之局。加上福州將軍樸壽所部八旗捷勝兩營主力已經在黃岡溪全軍覆沒，此時老巢內不過八百餘人留守，且羣龍無首。
而粵軍海軍陸戰隊原有500來人，加上薩鎮冰北洋海軍陸戰隊1000餘人合併進來後，總計1500餘人，又佔了地勢，兵力強大銳不可當。
9日拂曉5時，號炮鳴響，王遠雲都督左路軍，陳紹寬代爲都督右路軍，左右開弓開始進攻福建將軍署。
黃鐘英代爲總督陸戰隊炮兵，6門57步兵炮集中火力轟擊福建將軍署，旗軍巡防營死傷頗多。
早上六點半，旗人巡防營勢不能支，士無鬥志，在城上豎起白布降旗，上書：“將軍出走，停戰議和。”
王遠雲命手下人通知旗軍“他們的將軍樸壽已死，拒絕議和”。
粵軍置之不理，繼續炮擊。
早上7點20分時，清軍傷亡慘重，又在於山天君殿前門的標杆上，掛一面白布陣旗，上書：“請求停火，願將全部繳械乞降。”
戰至此時，福州留守巡防營四百餘人投降，粵軍突襲福州成功。
上午8點，王遠雲率軍進入總督衙，並按照龍嘯卿的密令立即組建福建軍政府。
閩浙總督松濤本欲逃往福州日本領事館，豈料粵軍早有防備，陳耀明的百靈鳥大隊將松濤抓捕押回總督府。
王遠雲拿槍頂着松濤的腦門心，告訴他只有兩條路可以走，一是立即幫助粵軍召集福建諮議局議員們開會支持粵軍對福建的佔領。王遠雲表示可以繼續推松濤爲福建總督，否則第二條路便是他扣動扳機。
松濤本想着不管王遠雲什麼條件他都答應，只要留他一條老命即可。豈料王遠雲稱粵軍願意支持他繼續擔任福建總督，這令他大喜過望。
雖然松濤明白他不過是一個傀儡都督，不過是龍嘯卿借他的手先行穩住福建局勢並控制福建的手段，但他還是點頭同意了。
王遠雲收回手槍，松濤立即開始工作。
從來沒有過的超高效率，松濤不到半個小時便召集齊了福建諮議局和福建工商聯總會的所有要員來總督府開會。
會議上，王遠雲、薩鎮冰等人宣佈福建成立革命軍政府，推舉松濤爲福建都督，表示出願意維持現狀的誠意。
這樣，王遠雲等人的提議立即獲得福建各界人士的支持，一次性通過了推舉松濤爲福建都督的決議。
上午10點，松濤正式就職福建都督，並通電全國宣佈福建獨立，同時福建都督府頒佈安民告示出榜安民。由於只是福建省的暴利機關權利更迭，又粵軍直接控制，其他部門正常運作，因此秩序井然，民衆沒有受到兵災戰亂影響，一切正常。
截止下午3點，福建省各地紛紛改易旗幟，升起各式各樣的彩虹旗表示支持福建軍政府。
龍嘯卿目前正在大力培養嫡系行政人員，但是僅僅可以維持廣東省的行政管理，根本無力接管福建政務，因此纔會授意王遠雲扶植松濤這個傀儡都督，通過它控制福建各地官員們，這樣完成對福建的整體控制，等待日後有了更多的嫡系行政管理人才後再替換這些舊官僚們。
當孫道仁的騎兵趕到福州後，大局已定，他這個都督虛銜也沒了。
革命黨最大的問題是沒有自己軍隊，革命軍不代表是革命黨，他們大多數只是爲了有好生活，爲了軍餉而起來造反。
因此當革命成功後，革命軍的軍餉穩定了後，他們便不再聽革命黨的指揮，而是效忠給他發軍餉的政府。
很顯然，龍嘯卿在這點上看的無比透徹。
孫道仁的騎兵剛剛抵達福州，王遠雲便指使松濤進入孫道仁的騎兵軍營，要求孫道仁服從福建軍政府的命令，改換彩虹旗。
孫道仁知道這是粵軍在奪他的兵權，不肯答應，表示他已經是中華民國任命的福建都督，拒絕加入被龍嘯卿控制的福建軍政府。
然而，他的部下們卻是認爲革命已經成功，要爲自己考慮。他們都是福建本地人，自然要加入福建軍政府了，而孫道仁所謂的湖北成立的中華民國政府又不給他們發餉，自然不同意。
孫道仁見手下人譁變，氣憤無比，同許崇智一起憤然離營。
這樣，第十標騎兵加入福建軍政府。而松濤本想繼續拉攏他們，以爲自己靠山，豈料孫道仁剛走，王遠雲便帶着大筆軍餉進入軍營。
對於清末新軍來說，有奶便是娘，頓時宣佈接受王遠雲的領導。
對此，松濤只是無奈的苦笑一番。粵軍格外重視兵權，他看起來是休息再得到兵權了，還是老老實實的當他的總督吧！
孫道仁本欲回到汕頭，那裡還有他的第十鎮其他軍隊。
然而，當他回到汕頭後，第十鎮已經被粵軍改編爲第第十鎮參謀官，也是同盟會成員，如今已經脫離同盟會加入民生黨，並取代了孫道仁成爲師長。
孫道仁氣得要死，大罵彭壽鬆沒有義氣，但已經無濟於事。最讓他生氣的是黃興也在汕頭，竟然沒有看住軍隊，讓龍嘯卿多了去。
對此，黃興同樣苦笑。爲了奪取福建，黃興將第十鎮的其他各標士兵的彈藥和口糧收歸第十標使用。結果第十鎮各標餓肚子，而粵軍把持補給，趁機策反彭壽鬆。
彭壽鬆是第十鎮參謀長，威望甚高，不甘心久居孫道仁之下，因此投靠了龍嘯卿。
當黃興安撫各標新軍時，彭壽鬆並當着全軍的面直接脫離同盟會，並指責黃興和孫道仁等同盟會成員不顧第十鎮兄弟們的死活。
彭壽鬆的突然倒戈，讓黃興陷入了萬般尷尬之地。由於孫道仁和許崇智都不在，第十鎮官兵們爲彭壽鬆馬首是瞻，黃興對他們沒有影響力，結果在彭壽鬆的鼓動下，第十鎮新軍接受廣東軍政府改編易幟，成爲第十二師。
孫道仁要求黃興找龍嘯卿討回公道，可惜黃興一來指望粵軍北伐不能得罪，二來他和龍嘯卿有協議，如今龍嘯卿控制了福建，革命黨不可以再插手干預福建軍政。
這樣一來，孫道仁無法奪回他的軍隊，跟黃興大吵了一架後，帶着許崇智前往湖北參戰。
而黃興嘆口氣，直接返回廣州，準備繼續督促龍嘯卿北伐。