在江西會師的太平軍爲數衆多，一撥接一撥逃出江浙血腥的戰場。大羣大羣的太平軍掠過這個不幸的省份，絕望，粗暴，充滿仇恨。有的走到了湖南邊界，但湖南人是太平軍的剋星，他們不敢貿然進入該省，終於回掠，朝福建奔去。
左宗棠在江西當過3年主要的守護神，但近年來他一心一意驅趕企圖返回江浙的太平軍。現在他們正在永遠告別這個戰場，人數遠遠超過了他曾奉命抗擊的敵軍。如果他獨力肩負着這個使命，他會去攔截那些敵軍，但他現在是一位總督，他要集中全力肅清浙江。或許他還感到自己已跟曾國藩分道揚鑣，更願意獨自照顧自己的總督轄地。何況他已另建了供給基地，對他而言，江西的重要性已不如從前打仗的日子那麼生死攸關。
鮑超的任務是阻止太平軍從皖南逃走，但他無法完成這個任務。他是一名出色的戰士，但他的水平侷限於率部衝鋒陷陣。傳說鮑超先前在他的家鄉四川是個流浪漢，生活絕望。有一天他走進一家飯店，叫了一頓大餐，打算在吃完之後服毒自盡。飯店夥計察覺他的企圖，把盛有毒藥的杯子從他手中敲落。鮑超只得作罷，痛哭失聲。飯店老闆可憐他，見他孔武有力，問他爲何不去從軍。他給了鮑超一筆小錢，送他上路。鮑超接受了建議，入伍從戎，靠着勇氣和拼搏當上了將軍，但他連自己的名字都寫不全。
左宗棠做了兵力部署，阻止逃跑的太平軍進入浙西，同時加緊攻打湖州。他把敵軍趕出了安吉，在整個夏季逐步完成了對湖州的包圍。威廉斯說，湖州的太平軍兵力接近10萬人，拼死抵抗湘軍和淮軍的攻擊。湖州的城牆之外有一圈堅固的防禦工事，攻擊部隊必須攻克一道又一道壁壘。直到7月底，官軍才徹底合圍。8月8日、9日和14日，左宗棠對湖州城南的防禦發起猛烈的進攻，都被守軍擊退，損失慘重。《年譜》作者說，14日的進攻失利以後，攻擊部隊沒“氣”了，也就是失去了呼吸。任何熟悉這一地區8月份天氣狀況的人，都能想象到左軍的痛苦經歷。但是左宗棠毫無呼吸不暢的頹相，命令部隊繼續進攻。
8月17日，新一輪進攻開始，持續10天之久。法中聯合軍的大炮起了極大的作用，對攻擊部隊的幫助無可估量。富陽、杭州和湖州的戰鬥使左宗棠對大炮刮目相看。27日，湖州城內多處起火。1864年8月28日，左宗棠以雷霆之力奪佔湖州。威廉斯說，大約有一半守軍逃走了。［21］他們逃到廣德，然後南下江西。天王的兒子和繼位者洪福瑱，或者說二世天王，跟隨他們同行。不出左宗棠所料，廣德起了幫助太平軍逃走的作用，當最後一批太平軍離開江浙時，它才被敵軍放棄。
7月19日，也就是在湖州易手6周以前，對南京的長期圍攻有了一個血腥的結尾。據說湘軍攻克該城時屠殺了10萬太平軍。天王終於意識到他的事業已經無望，於6月1日召見幾名親信，詢問他們中國歷史上是否有過皇帝被生擒的先例。沒人回答他這個問題。於是他服毒自殺，幾小時後嚥氣。波爾格說，他服下的毒藥是金葉。他被秘葬在宮殿地下，他的兒子，一名16歲的少年，被擁戴爲天王。這個消息沒有公佈，因爲擔心天王的死訊會引起恐慌。
南京陷落時，忠王李秀成堅守王宮，直至最後一刻。他設法將小皇帝帶出險境，殺開一條血路，逃到城外。他們在鄉間流浪了一陣，相互離失，忠王被捕。他被押到曾國藩的大營關了幾天，在此期間他寫了那篇著名的《太平天國始末》，俗稱《忠王自述》。8月7日，曾國藩下令將他處死。傳說是曾國藩讓他自殺的，然後砍下他的頭顱，做一做表面文章。
小天王逃往廣德，然後到了湖州。［22］他跟湖州的太平軍殘部一起逃出，南下江西。9月24日，他險些在玉山被捕，最後於1864年10月25日在江西邊界石城附近的柳溪村被席寶田的部隊抓到。按照古代的習慣，犯有僭越罪的囚犯都要押解北京處死，但天王二世是在南昌被處決的，據說是因爲朝廷爲了照顧曾國藩的感受而做出的安排。
天王二世洪福瑱從南京逃脫的事件，標誌着曾國藩與左宗棠的最終決裂。
在攻克南京的大屠殺發生以後，曾國藩接到報告，說小天王已被殺死。曾國藩信以爲真，於是具折向皇帝報告了小天王的死訊。幾天以後，左宗棠接到諜報，說小天王已經逃進湖州。左宗棠認爲可信，向朝廷報告了這一消息。左宗棠的奏摺否認了曾國藩的報告。曾國藩讀了左宗棠的奏稿，怒不可遏，認爲左宗棠意在破壞他的聲譽，以便向皇帝邀寵。他寫奏章痛斥左宗棠，堅持說小天王洪福瑱已經喪命。曾國藩的回覆是對左宗棠的反擊。
左宗棠讀了曾國藩的反駁奏摺，怒火中燒，寫了一篇長長的奏疏加以反駁，從湖南到南京一路指責，把他對曾總督積累的怨憤統統傾瀉出來。這是一份措辭過火的文件。天子無疑很高興看到帝國之內兩位最優秀、最強有力的漢人失和，尤其因爲兩人都是湖湘子弟。左宗棠的奏章表明瞭他對曾國藩的態度，而皇帝覺得這兩個男人絕對不可能聯起手來惹麻煩，於是圓滑地勸他們忘掉這件事情。然而雙方一直沒能忘懷，這件事中止了兩人之間的交往。
可是，現在小天王已被抓到，充分證明曾國藩宣佈他的死亡是過於急切了。［23］爲了不再增添他的尷尬，天王二世被處死在南昌。
像李鴻章那樣隨和的人絕對不會用這種方式來跟曾國藩作對。他會聽任歷史記載洪福瑱死於南京，也可能私下裡小心翼翼地向曾國藩指出他的失誤，這樣就能贏得永久的感激。但是左宗棠的天性中沒有圓滑的一面。他直言無隱，決不害怕跟任何人辯論是非曲直，不論對方的地位多高。何況曾國藩向他的自尊射來的無數利箭已令他痛苦不已。對於正在崛起的湖南幫而言，這是一個非常不幸的事態，他們的兩位最偉大的領袖之間形成了永久的隔閡。這對李鴻章沒有任何傷害，他已經靠着在圍攻南京末期的圓通處事贏得了曾國藩的感激，於是他迅速躥升。他成爲安徽幫的領袖，他的這個集團在19世紀最後的20年中佔有主導地位。
大批的太平軍在江西集結。儘管南京已經易手，江蘇、浙江和安徽的太平軍已經肅清，但這場農民運動遠未壽終正寢。左宗棠幫助楊嶽斌出任了皖贛軍隊的總司令，劉典成爲他的副手。楊嶽斌在曾國藩最初組建的基本隊伍中只是一名編外軍官。他在操控戰船方面表現出出類拔萃的本領，以水師統帥而聞名。他不是學者，但他膽識超羣，也有指揮才幹。他在江西屢屢戰勝太平軍，收復了贛北的大片區域，被拔擢爲陝甘總督。從編外軍官到總督，這在大清帝國是空前的紀錄。
蔣益澧從湖州追逐太平軍南下，與來自浙江的幾支勁旅協同作戰，於1864年9月18日在徽州包圍了3萬敵軍，促使他們投降。在從敵軍整編過來的部隊裡，有7000枝外國製造的來複槍。在整個秋季，太平軍逐漸被趕出江西，涌入福建。劉典帶領他的8000名湖南兵和大批江西部隊推進到贛閩邊界，配合左宗棠平定福建。左宗棠很快意識到，福建有很多麻煩在等着他。在攻佔湖州之後，他立刻開始從陸地和海上向福建調兵遣將。陸軍奉命在延平集結，走海路的部隊奉命開往福州和泉州。
左宗棠請求朝廷解除他兼任的浙江巡撫一職，因爲他要全力對付福建的太平軍。他推薦蔣益澧出任巡撫，楊昌浚升任布政使——任命很快就下達了。他着手打理該省的財政事務，整頓厘金。厘金是官員們現在最歡迎的稅種之一，貨物只要交付了關稅，在該省任何地方都可免除再次徵稅。他免除了所欠的賦稅和捐輸，確定了一定期限免除人頭土地稅的標準，以鼓勵那些在荒廢的土地上恢復耕種的人們，並且重新調整了該省的鹽稅。
爲該省恢復元氣採取的措施正在着手製訂，爲指導官員而制訂的綱領也在準備之中。攻佔杭州城後的幾天內，他就開始醫治城內的戰爭創傷，修復街道、橋樑、溝渠和公共建築。在經歷了多年空前的破壞之後，恢復該省是一個艱鉅的任務，左宗棠要給他們樹立一個榜樣。他堅信，大力促進遭破壞地區的恢復工作，會給百姓一種安全感，政府必須採取措施贏得百姓的信任，使他們感覺到付出的努力不會白費。他在浙江巡撫任上起草的最後幾份奏摺，其中一份寫道：他認爲政府的開源比節流更爲重要，在行政運作中人比法律更爲重要。［24］
攻佔杭州以後，皇帝老闆獎賞左宗棠一件令人羨慕的“黃馬褂”，也可以說“黃夾克”。在浙江征戰結束時，他被封了“伯”，這個稱號大致相當於西方的伯爵。攻佔南京之後，曾國藩被封了“侯”，或稱侯爵。他弟弟曾國荃和李鴻章也封了“伯”，並賞戴雙眼花翎。這後一項榮譽沒有給予左宗棠，直到1年多以後，他已在福建和廣東肅清太平軍，他才獲此殊榮。
註釋：
［1］《太平天國野史》，第3卷，第63頁。
［2］《年譜》，第2卷，第44頁。
［3］《年譜》，第2卷，第46頁。
［4］《年譜》，第2卷，第45頁。
［5］《年譜》，第3卷，第1（a）頁。
［6］《年譜》，第3卷，第3－4頁。
［7］黑爾：《曾國藩與太平天國》，第259頁。
［8］《年譜》，第3卷，第8（a）頁。
［9］《年譜》，第3卷，第8（a）頁。
［10］《年譜》，第3卷，第9（b）頁。
［11］《年譜》，第3卷，第14（a）頁。
［12］《年譜》，第3卷，第11（b）頁。
［13］《年譜》，第3卷，第13－14頁。
［14］《年譜》，第3卷，第15（b）頁。
［15］黑爾：《曾國藩與太平天國》，第260－261頁。
［16］《年譜》，第3卷，第288－289頁。
［17］《年譜》，第3卷，第18－19頁。
［18］《清朝野史大觀》，第8卷，第74頁。（應爲第7卷，原注有誤。——譯者）
［19］《年譜》，第3卷，第22（a）頁。
［20］波爾格：《簡明中國史》，第303頁。
［21］《中央王國》，第2卷，第621頁。
［22］《年譜》，第3卷，第25（a）頁。
［23］《清朝野史大觀》，第7卷，第74頁。
［24］《年譜》，第3卷，第29（a）頁。