流求和登州雖然都在李愔的管轄下，但卻有一個明顯的區別，那就是流求並不是大唐的領土，確切的說，這裡應該是李愔的私人領地，完完全全的屬於李愔。可以說他想怎麼搞就怎麼搞，誰也管不了他，如此一來，李愔就不必再像登州那樣束手束腳，只能在大唐體制內進行改革。
王安回來之後，李愔的第一件事就是確定流求大島的官方名稱，流求這個名字雖然不錯，而且認同的人也比較多，但是卻有一個歧義，那就是在流求大島以北有一條島鏈，也就是後世的琉球羣島，不過在大唐這個年代，也被人稱爲流求，也就是說，在大部分漢人的眼中，後世的臺灣島和琉球羣島是一個地方，這顯然是一個認知上的錯誤，所以爲了區別這兩個地方，李愔決定將臺灣這個明朝纔出現的名稱提前，定爲流求大島的官方名稱。
中原王朝的統治者都有亂改地名的惡趣味，一個地方從古至今，可能有不下七八個名稱，因此李愔將流求改爲臺灣的舉動在王安和燕北這些詩書人看來，也是很正常的事，況且李愔還拿出了正當的理由，所以倒也沒有人反對，以後李愔治下的所有官方文件中，統一用臺灣代替流求這個稱呼。
名稱確定下來後，接下來就是行政區域的劃分了，臺灣全島的面積雖然不小，但頂多也就比大唐的一些上州面積大一些，所以最後還是將臺灣定爲州一級的行政區域。下轄着臺北、臺南、臺東、澎湖等數個縣，這些縣名稱雖然和後世的一樣。不過每個縣的面積卻要大的多，畢竟現在島上人口極少，大部分都是荒蕪之地，根本沒必要劃分的那麼精細。
行政區域劃分過之後，接下來就是律法的實施，這點根本沒有什麼困難，大唐的律法就已經很不錯了，拿過來修改一下就能用。關鍵的則是官員的任命。和大唐一樣，臺灣的最高行政長官依然是刺史，不過現在這個刺史之位還沒有合適的人選，那個崔巍雖然表現不錯，但在臺灣這個地方卻沒什麼資歷，若是貿然提拔成刺史的話，恐怕會讓陸青手下的人不服。所以最後還是由李愔暫時兼任臺灣刺史，然後任命崔巍爲別駕，李愔不在臺灣的時候，就由他代理刺史之位。
其實說起來李愔在近兩年內，估計很少時間會來臺灣，所以崔巍這個別駕幾乎就是刺史了。不過只要沒有正式任命，就不會引起別人的嫉妒。
臺灣的治所暫時定在基隆市，刺史府就是李愔暫時居住的地方，另外刺史之下的司功、司倉、司戶等曹也一應俱全，縣級的行政機構也幾乎沒什麼太大的變化。不過在整個臺灣的行政機構中。李愔卻做出一個根本性的改革，那就是消除了官與吏之間的差別。
所謂官。有品級者纔是官，從一品到最低等的九品爲止，每一品又分爲正與從兩級，而自四品以下，每一品又分爲上下兩等，也就是說，大唐的官員一共有三十級，每一級與上下兩級都是差別極大，可謂是等級森嚴。不過李愔感覺這樣的分級制度實在是太麻煩了，乾脆把那些正、從、上、下等全都給去掉，只剩下一品到九品這九個級別。
而除了上面的正式官員外，一個行政機構想要運轉起來，就需要另外一個不是官員的官員，那就是吏，說起吏這種官府裡的工作人員，就不得不說一下封建王朝的行政系統，以大唐爲例，最小的行政單位就是縣，縣裡設有縣令、縣丞、主簿和縣尉，加在一起也就四個有品級的官員，可是一個縣想要運轉，四個人肯定不行，所以就要進行招募，其中一些文書、六房管事之類的人，就是所謂的吏了，地位相當於後世的那種中低級公務員，衙門裡辦事的主要就是這些吏員。
只不過吏與官不同，官是朝廷任命的，俸祿也是由朝廷發放。可是吏就不一樣了，吏是由地方官自行招募的，最多也就是再向吏部報一下就行了，中央政府根本管不到這些，而且這些吏的俸祿也是由地方官發放，與中央朝廷並沒有太大的關係，頂多中央朝廷會默許地方官截留一部分的稅收，做爲這些吏的俸祿以及其它一些行政費用。
可是如此一來，很容易就會出現貪污腐敗的現象，後世的明清兩代貪污成風，很大一部分原因就是因爲地方官對稅收有截留的權力。另外吏在政治上也頗受歧視，比如和商人一樣，後代不能參加科考等等。
李愔一開始還真不知道古代的官和吏還有這麼大的區別，直到在登州做刺史時，才慢慢的搞清楚其中的差別，當時他就想對這種現象進行改革，可惜登州畢竟是大唐的領土，他雖然是皇子，但也依然沒辦法改變這麼大一個國家的政體，所以只得作罷，直到現在有了臺灣這麼一個完全屬於自己的地方，他才終於可以放開手腳。
首先，李愔將官與吏的俸祿發放權全都收回，統一由齊王府發放，對吏的招募也由齊王府統一招收，同時也消除了對吏的一些歧視政策。另外最重要的是，李愔以臺灣讀書人少爲由，將官員的選拔方式也做了改變，不再學習大唐的科舉制，則是直接從吏中選拔官員，打通了吏與官的升遷渠道。
其實大唐也有由吏升遷到官的做法，而且還有一個專門的名稱，叫做流外入流內，流外就是指吏，流內就是指官，其實就是從體制外進入體制內，只不過這種情況比較少而，而且由吏升爲官的人也受到極大的限制，比如有些官職無法擔任，不能進入三品等等，可以說頗受歧視。不過現在倒好，李愔直接將吏升官做爲一種主要的選拔機制了，雖然這讓崔巍等一些傳統官員有些不滿，但因爲大唐也有先例，所以倒也沒有堅持反對。
由吏中選拔官員的好處是，提拔上來的官員大都有基層工作經驗，熟悉自己的本職工作，不會像那些死讀書之人，做官之後根本不知如何行政，還要向身邊的吏員請教。當然了，這樣做也有一些缺點，比如可能會造成官員的文化水平不一，而且也容易結黨營私等等。
對於這種情況，李愔也做了相應的準備，那就是在臺灣設立一個全新的機構，這就是臺灣都察院，院長由楊暕推薦的那個陳宮擔任。其實說新也不算新，這個都察院的功能其實和大唐的御史臺差不多，都是監督考查官員之用，只不過它的功能更加單一，只有調查取證權，想要抓人的話，必需交由刺吏批准，再由專門的機構去執行，而這又牽扯到另外一個新的部門，那就是警察院。
前面已經說過，行政機構中的吏也由齊王府統一任命，不再由地方官招募，而除了吏之外，還有衙役這個特殊的階層。吏雖然沒有品級，但好歹也是正式的官方人員，而衙役則不同，幾乎是屬於賤民一類，與奴婢的地位差不多。只不過他們身上的責任卻一點也小，身負着治安、收稅、徵糧等等繁雜的工作。
對於這個特殊的階層，李愔做的改動更大，直接將衙役最大的工作職能，也就是治安職能剝離出來，專門在基隆成立一個警察總院，每個縣裡設有分院，統一管理全島的所有警察，這些警察身負治安的職能，分院的院長雖然名義上是縣令的下屬，但卻有獨立執法權，甚至若是接到刺史簽署的逮捕令，可以直接將治下的任何人當場拿下，包括縣令本人。其中警察總院的最高長官稱總長，與都察院的院長平級，僅在別駕之下，現在暫時由楊暕推薦來的朱猛擔任。
其實說到底，李愔成立的都察院和警察院，就是將行政權和司法權分離開來，與一州六曹之中的法曹形成一個完整的司法機構，而之所以讓陳宮和朱猛分別擔任兩院的最高長官，也是爲了與崔巍和陸青這些原班人馬形成牽制。本來李愔還想成立法院的，不過後來一想，臺灣的才只是一州之地，本來就有法曹，若是再設立一個法院的話，權利就有些重合了，所以只是加強了一些法曹的職能，等日後地盤擴大了，再設立更高一級的司法機構也不遲。
司法權和行政權的分離，導致原來政府機構的權利都有了或大或小的改變，其中有不少部門的權利都被消減了許多，若是放在大唐那種政治機構成熟的體制內，肯定會遇到無窮的阻力，而臺灣這裡本來就是一窮二白，甚至原來在陸青治理之下，好多機構根本沒有成立，所以李愔上面的那些改動，並沒有遇到什麼太大的阻力，也只有崔巍和那些被流放來的官員提出一些異議，不過全都被李愔壓服下去了。
行政和司法的事搞定之後，接下來就是軍事方面的改革，這可是一件重中之重的大事，爲此李愔還特意將陸青、虎力和周龍三人叫到一起，一連商議了幾天之後，最後終於有一個大概的結果。