那麼日本列島真的會沉沒嗎？這是一個融合了大陸漂移學說、地球物理學、地質學、海洋學、氣象學、地震學等等的科學論證：
先說地球的內部構造，中心像蛋黃一樣的是地核；周圍像蛋白一樣的是地幔；最外層的是地殼。地核分爲內核和外核，內核是固體，外核是液體，中心壓力三百萬個大氣壓，溫度高達攝氏六千度。地幔也有上層和下層之分，厚度大體是地球半徑的一半——兩千九百公里，其構成物質是橄欖石，與地核分界處有四千二百度，與地殼分界處大陸是六百到八百度，與海洋是最多兩百度。地殼由較輕的陸地板塊和堅硬的洋底板塊構成，厚度最薄，大陸部分僅三十公里，海底僅有5公里，大陸塊通過構成洋底地殼的硅鎂層，像冰山一樣飄浮在地幔上方較硬的板塊上（如同站在一個直徑五十釐米的氣球的零點二毫米的薄膜上）。
再說，由於溫度的差異和物質質量的不同，地幔層會形成對流。猶如氣象學知識，冷暖氣流峰面交集會形成雲和雨，地球地核的不斷膨脹和地幔的對流形成了造山造陸運動，以及大陸漂移。五千萬年間，日本由緊挨着俄羅斯海濱邊疆地區呈筆直走向的版圖，向南移動了五六百公里，彎曲成東北和西南走向弓箭狀的區域。（地球內部的、相對於地震波而言一直被認作固體的地幔，實際上是一種長期處於緩慢對流的物質；日本海溝正好處在大型地幔流上方的太平洋板塊的沉降部；日本列島是跨在地幔流前鋒的鋒面上；列島的太平洋一側由於鑽入列島下面的板塊作用被下拉動，加上來自大陸一側的地幔上升、日本海溝的擴大，使它承受了一種被推向大洋一側板塊之上的巨大力量。於是日本版圖漂移改造了）
最後，地核由於壓力、溫度升高，不斷擴張，引起地幔對流形態變化急劇、不連貫。地幔對流漩渦被分割得很小，這個契機點正是，日本列島在太平洋一側的地幔塊急速縮小，當支撐點沒了。日本也就沉沒了。（像給容器裡的水加熱一樣，溫度低的時候，水面正中有個上升部，周邊有個下降部。形成緩慢的對流；而高溫沸騰時，整個水面都形成升沸點）
因此在電影中，用n2炸藥填滿鑽孔、把將日本大陸拖入海中的洋底板塊炸斷，從而最終制止了日本的沉沒。理論上說，這是不可能的。不過，書也是科幻。
日本人自己寫了日本的沉沒、自己拍了《日本沉沒》，深度解讀日本島國的憂患意識。人說，中國的歷史是一部饑荒史；而日本的歷史，就是一部災難史，在經歷了千瘡百孔的災難後，日本人造就了匪夷所思的讓人瞠目結舌的民族特性。想想日本右翼的所作所爲，也是可以想象的。電影中，有句話比較深刻，“同所愛。同國家，生死與共”。和書裡描述的一致，當得知日本即將1年內沉沒，大多數人認爲最好的辦法就是什麼也不做…這是一種怎樣的精神呢？
其實，如果從日本文化的主體性來看，日本沉淪的主要威脅並不來自文化、政治與經濟，而是來自大自然本身。包括政治經濟文化在內各種屬於人的力量，在巨大的自然變故面前顯得是如此毫無招架之力，人所能做的，就是在有限的時間範圍內儘可能地逃生。毫無疑問。這標明瞭日本作爲島國文明的一種強大的內在恐懼。爲了逃避這種恐懼，日本不得不千方百計地去佔有“大陸資源”，甚至不惜對其他陸地國家和民族實施武力征服和掠奪。
影片結尾，國家救災部門炸斷了拉動日本下沉的地質板塊。終止了災難的進一步蔓延，但日本這個國家卻爲此付出了死亡8000萬人口的高昂代價。我們看到，我們所熟悉的那些代表日本文明的標誌物：東京、大阪、京都、奈良……毫無例外成爲一片死寂的廢墟，爲日本劃定了重建歷史與文明的一個可怕而蒼白的起點。
這就是日本文化的一場惡夢，隨着地震、火山等地質災害的頻繁光顧，這場惡夢將時時伴隨在日本現代社會左右。成爲日本人心目中揮之不去的一幅末世圖景。在劇情中，面臨沉沒的日本不得不向國際社會和周邊大陸國家發出呼救信號，懇求他們接受總數高達2000萬的難民。在影片中，與日本宿怨甚深的中國，與太平洋彼岸的美國一道，慷慨地向日本難民伸出了援手，而在歐洲，日本難民卻招致來自民間的強大抵制。
從釋夢的角度說，這一劇情恰恰可以被被看作是對日本現實國際關係格局隱患的一種象徵和反置。劇情一開始，自信的美國地質權威爲日本提供一個虛假、錯誤的災難預警，以致於日本政府面對突然而至的災難猝不及防。而到劇情後部，歐洲因爲大量日本難民的涌入而爆發反日浪潮。在日本現實政治和國際關係層面，歐美恰好是與日本關係最爲密切的戰略同盟者，爲什麼它們在劇情中卻成了難以依靠的夥伴了呢？
其實，日本人心裡很清楚，歐洲畢竟太遙遠，一旦日本真的陷入生存困境，歐洲往往處於鞭長莫及的位置。二戰時期，日本與德意結成軸心國，不但不能從德意那裡獲得足夠的戰略支援，相反，日本必須恪守軸心國義務，將本已有限的兵力過度投入到東南亞戰區，以致於日本國民產出最終被漫長的戰線消耗殆盡。因此，在歷史上，日本曾爲此維護日歐同盟關係吃過大虧。美國當然也是不可信任的，相比較於美日雙邊關係，美永遠只會把自己的國家利益擺在第一位。並且在日本人心目中，美國一面是天使，另一面卻是最爲兇殘的惡魔，他們在日本扔下的兩顆原子彈，足以讓日本子子孫孫永遠感到如芒在背。
那麼，日本該信任誰？依靠誰呢？影片給出的答案是中國。可這又與日本的政治現實形成了一個明顯悖論。按照目前的中日關係格局，假設日本真的碰到如影片描述那樣的國家災難，中國可能成爲它的戰略救助者嗎？假設中國政府寬宏大量，想必也會盡力爲日本提供必要的救災物資，但是否敢於接納日本難民，恐怕就不是政府能輕易表態的問題了。我們設想一下，假如對日本結怨已久的中國百姓，突然有一天不得不去面對幾百萬日本難民的涌入，他們兩者之間，難道真的能和平相處下去嗎？
所以，唐寧認爲影片創作者還是多少觸及了一些日本現實文化的深層憂患。特別是在反思日本“脫亞入歐”政治戰略和重置日本與亞洲鄰國關係等方面，甚至可以說，藝術家表現出了比某些政客更爲現實，更爲睿智的認知態度。。