1、隱居草廬，不甘寂寞，頻繁參加社會活動，評論時政，著書立說，構想大同世界和未來中國
閻錫山辭職後的第二天，就由臺北市繁華的中山北路移住到了比較僻靜的麗水街8號，致力著述。
卸任前夕，閻錫山曾打算去日本或美國定居，因爲在臺灣他已無什麼可以留戀的了。政事已無可幹，家事亦已安排妥當。閻錫山與如夫人徐蘭森共生有五子，除長子志恭、三子志信早夭、次子志寬抗戰期間病死於成都，如夫人也於1948年2月病故外，1948年後半年，他已將其繼母陳秀卿，原配夫人徐竹青、四子志敏與其妻裴彬、五子志惠、二兒媳趙秀錦，以及幾個堂弟夫婦等，送至上海，後又轉到臺灣，在臺北設立公館。不久，徐竹青、四子去了美國，繼母則於1949年5月29日在臺北病逝，閻錫山在臺灣也無幾個至親可以牽掛。但是，他出國居住的請求卻未被蔣介石批准，他也就只好留在臺灣了。
在麗水街8號住了不到5個月，閻錫山仍嫌嘈雜，遂於8月中旬遷往陽明山之公館裡81號菁山草廬。菁山地處偏僻，人煙稀少，交通不便，得步行30分鐘才能到達山下的公路。閻錫山在金山山楚一廢棄之種茶地裡着人略加開闢，先是搭建了幾間草廬，後爲避免炎熱和颱風侵襲，又採用中西結合的建築風格，用磚、木、水泥碹了幾孔窯洞。這種建築既防潮溼，防地震，便於通風，又冬暖夏涼，很適宜長期生活於中國北方的閻錫山居住。閻錫山認爲“人性爲土地，既非善也非惡，種什麼長什麼，使人性長成仁義，乃爲種能與種能律問題，須有善種子，亦須有善農夫”（臺灣閻伯川先生紀念會編印：《閻伯川先生紀念集》第124頁），因此爲他的這所居處，起了個“種能洞”的名字，似乎他這個好農夫，要在這個洞裡，以他的好種子來“種能”，和發揮“種能律”的作用，以教化人性致善，格致萬事萬物。他在這裡一住10年，直至1960年去世。
閻錫山雖說隱居菁山後，專事著述，但並非“閉門不出”，而是繼續參加了一系列社會活動，或是出席各種會議，或是接見中外記者，或是對島內外發生的重大問題發表評論。這一方面是因爲閻錫山卸任後，還繼續擔任了總統府資政和國民黨第七屆中央委員會中央評議委員等職務。另一方面是由於閻錫山步入政壇後，曾經歷了清末、北洋政府、國民政府幾個朝代的世事變化，見多識廣，在幾十年的政治生涯中也曾幾度叱詫風雲，頗有名聲，特別是太原戰役中又獲得過“守城名將”的美譽，組織內閣後被稱爲“激流中的勇夫”，所以，他仍未被人們遺忘，依舊有人邀請他，造訪他，而不甘寂寞的閻錫山也就樂此不疲了。
閻錫山曾多次接受邀宴或參加由蔣召集的中央評議委員會會議、資政及國策顧問會議、國民黨中央黨部直屬小組會議等重要會議。對於中外記者的採訪更是來者不拒，有問必答。他曾先後接見過臺灣《大華晚報》、《臺灣電視臺》、《香港時報》，日本的《每日新聞》、《共同通訊社》、《朝日新聞》、《讀賣新聞》、《東京新聞社》、《日本新聞社》，美國的《紐約時報》、《生活雜誌》等報刊社記者的採訪，以及意大利、德國等國的新聞記者。並且還受邀爲臺灣的《民主中國》月刊、《國防叢刊》、《民力月刊》，香港的《天文臺報》、《香港時報》，日本的《太陽雜誌社》，東京《大同雜誌》，美國的《生活雜誌》等刊物撰寫了不少政論性文章。同時，閻錫山還接受各機關、學校和社會團體的邀請，前往發表演說和講話。特別是他卸任後的前三年中，幾乎每月都有單位邀閻去發表講話。如1952年1月12日至17日，在此期間，每天至少應邀出去演說3次。僅14日這一天，從上午9時到下午8時，閻錫山就出席了市政動員會、孫中山紀念會、臺中市教育界第二次座談會、國民黨大會代表臺中聯誼會，並對裝甲兵學校、空軍駐臺各單位人員講話，還參加了臺灣總統府資政孔德成的宴會。一日之內，光顧了8個場合。
此外，閻錫山在其寓所，不斷接見了一些華僑回國觀光團，天主教主教、副主教，日本貿易、株式會社、洋行的代表，美國人士、臺灣島內的國民大會代表、學界知名人士等。來此的臺灣政界要人極其稀少。這是因爲一些與閻錫山有過交往的人，以爲遜位的閻老頭再幫不上他們什麼忙，故不願前往探視，再就是閻錫山過去與蔣介石及其他一些派系爭鬥過，他組閣後，把住國防部長一職不給白崇禧，並且，在不少問題上不能與蔣介石保持一致，官場謹慎人士不願擔嫌與他往來。因此，此後10年，只有蔣介石偕夫人宋美齡來看過他兩三次，陳誠任行政院長後來過一次。陳納德和夫人陳香梅也來看望過一次，倒是閻錫山的舊部徐永昌、賈景德等人不忘舊情，常來拜訪，促膝談心。
閻錫山在各種場合的講話演說都是有所準備，有的放矢，而非空發議論，老生常談。
在蔣介石的邀宴及其召開的會議上，閻錫山所講，主要是對國際形勢的看法，如1953年2月，在蔣介石宴請中央評議委員席上，他就發表了題爲《論美國艾森豪威爾總統的決策》的講話。3月10日，在蔣介石宴請各黨人士及社會賢達席上，他講了《馬林科夫繼承斯大林後蘇聯的政策》。4月10日，在評議委員會上作了《對馬林科夫發動和平的看法》的講話。1956年4月19日，在蔣介石舉辦的宴席上，講了《兩大集團的演變》。此外，閻錫山對於鞏固臺灣，收復大陸，也予以了極大關注。1956年7月17日，他向蔣介石面陳《展開政治進攻奠定軍事收復基礎之意見》，次日，又把“意見”書面搞呈送給蔣。1959年2月15日，閻錫山受蔣約請完成對中國國民黨理論之研究，約5000字，並呈蔣介石。文中主要講述人民直接行使民權與節制資本的功效及其實現辦法。閻說：“山已老矣，爲黨服務，力已不逮，前受鈞座努力理論之命，終欲有以報答也”（《閻錫山年譜》（六），第2536頁）。
在其他一些場合的講話、演說，則主要集中於對國民黨在大陸失敗的經驗教訓的總結，以及如何反攻大陸。如1951年1月23日，應中國國民黨設計委員會講《土地改革問題》時。閻就認爲國民黨在大陸失敗原因之一是沒有解決好土地問題，強調一定要解決生產關係上的勞享問題。9月1日，應革命實踐研究院軍官訓練團邀請，講《我在剿匪戰役中的失敗的經驗》。之後，又在其他場合講《剿匪作戰的經驗》、《平均地權與耕者有其田》等。國民黨既然在大陸慘敗，退居臺灣，那麼，又當如何收復大陸呢？對此，閻錫山自有想法。他在國民黨監察委員會黨部、革命實踐研究院、臺北市第三區黨部基層幹部講席會、國防部總政治部、臺灣省林務局、聯合勤務總司令軍訓訓練班、國防部臺中參議座談會等場合，就先後作了《怎樣收復大陸》、《關於收復大陸及土地問題》、《怎樣勝過敵人》、《收復大陸準備的條件》、《怎樣造成足夠的力量》、《的理論及對時局的觀察》、《復國的前途》等講演。他認爲，要收復大陸，就要實行耕者有其田，節制資本、選訓幹部、放政治於民間幾項辦法。強調主義的收復是收復民心，政治的收復是恢復民信，軍事的收復是展開民衆戰等等。此外，還有一些諸如《的錯誤》、《爲何必敗》等攻擊和的內容，以及《中國文化的真諦》、《人的責任》、《中國政治的瘤根在哪裡》等有關中國傳統文化與社會問題的講演。
閻錫山除了這些社會活動外，他山居10年的時間裡，其主要經歷還是著書立說。至去世前，共撰寫了3000多萬字的文章，平均每年著述30萬字，共出版著作近20部。
卸任前的閻錫山曾對人說過：“我有個宿怨，是想把我與人的談話及對他們的判斷供給社會”，“貢獻給世界”，以“加強的空氣與力量”（《閻錫山年譜》（六），第2434頁）。一直反對並與鬥了大半生的閻錫山，對於他及其國民黨在大陸上的失敗，自然是耿耿於懷，於心不甘的。因此，雖然他垂垂老矣，復國已“力不能逮”，但對和進行口誅筆伐倒還是能夠多少地加強一些“的空氣與力量”的。爲此，閻錫山不僅在各種場合對和進行種種攻擊，並將其對國民黨恢復大陸的希望寄託於一些論著之中，如《怎樣勝過敵人》、《恢復大陸與土地問題》等，但就其內容而言，大多是他過去在大陸時和到臺灣後常談的老調。此外，他通過對中國傳統與社會問題的研究，還撰寫了《中國文化的真諦》、《中國政治文化與人生》、《孔子是什麼家》、《我對孔子的認識》等著述。在這些著述中，閻錫山不僅把他的“中的哲學”思想貫徹其中，說中國文化的真諦是“中”，它是理欲統一、心物一體的文化，是不左不右、不前不後，不過不不及三交十字的共同點。而且認爲中國的衰弱，並非由於儒家教人在自己本身上用功，向內而不向外，勤於人事，忽於物理所致，而是因爲中國自以爲大而無敵，政治上實行的又是父傳子的家天下制度的結果。在人生的問題上，他說，人生的目的是愛己、成己、化己，人生的任務是愛物、成物、化物。化物而盡其性，是人之責任，若重物而輕心，就會導致心物分離，心不能正物用，物不能表心效，結果就會以心遂物，物長人慾，人慾橫流，理性不展，致人多邪心，羣多私謀。醫救之道，端在啓發人心上之慈惠之德性，樹立世界上主張公道之力量，使人皆互親，仇恨不結，國皆相讓，爭奪不興，人與人間，國與國間，得到正常關係，進於大同世界，登人類於安和。對於孔子，閻錫山一直十分崇拜，他說“孔子刪詩書，定禮樂，釋易象，作春秋，以集中國人道之大成”，“孔子是個仁學、仁教、仁政家，爲宇宙萬事立極，爲人道萬物立中，孔子是個無時間、無空間的聖人，宇宙間再無超過孔子的聖人”。
在這些著述中，比較而言，閻錫山在《大同之路》、《大同世界》和《三百年的中國》這三部書中花費的精力最多，也是最能反映閻錫山晚年思想的大部頭理論著作。僅《大同世界》與《三百年的中國》兩書，就共計118萬字，（前者50萬字，後者68萬字）。
閻錫山爲何要花如此大的心血撰寫這幾部書？對於《大同世界》，他在《我寫此書的動機、心懷、目的、希求、企盼、原則與所本的人情事理》代序中，說是“欲變世界的毀滅爲安和”。因爲在他看來，今日安和世界的唯一憑依，是物質原子彈，但物質原子彈僅能消除戰爭的力量，不能消滅戰爭的因素。“欲消滅戰爭的因素，須有一顆政治原子彈”。這就是“大同主義”。由於大同主義可去除人與人、國與國間一切的矛盾，這樣便可消除了戰爭的因素。而用物質原子彈，即使能得到暫時的安和，也是在毀滅大半人類之後。大同主義政治原子彈，“不只不毀滅人類，且可爲人類建立永久的安和與幸福”。至於閻錫山何以要寫《三百年的中國》一書，他在《我寫此書的動機》中說：“古人的冤苦今又重演，則較古人爲甚。今人的冤苦後人重演，恐較今人尤甚。我寫《三百年的中國》，是爲古人鳴冤訴苦，爲今人除冤去苦，爲後人防冤消苦”。他對寫作兩書的目的雖然說法不同，但卻有着內在的聯繫，即都是爲今人後世着想的，只不過前者是立足世界，後者是面向中國的。因此《大同世界》從1952年開始動手寫作，1956年夏完成初稿後，閻錫山沒有即時付梓，而是想等在此時纔開始構想的《三百年的中國》寫出後（1960年初完稿），一併付梓面世。不幸的是，《三百年的中國》剛剛脫稿不久，閻錫山即去世，兩部書稿的整理修改工作，只好由後人來做了。
從閻錫山對自己撰寫的《大同世界》與《三百年的中國》的目的的表白上來看，並無什麼可多指責之處。即使他在這兩書中所“希求”、“企盼”的一些東西，諸如在《大同之路》中所說的什麼“大是世界，同是一致，大同就是世界一致”，“去國與國的矛盾使之大，去人與人的矛盾使之同”，“使國與國關係上得到安和，人與人生活上得到互助，共享大同的幸福”，“大同的景象，不是單純的求政治上得到真正民主，尤其身份上去階級的不平，在生產上去剝削的不平，國際上去國與國的不平”，“無種族貧富智愚之別，視人皆爲同胞；一切制度，皆公平合理，一切施爲，皆成已而成人”（閻錫山：《大同之路》第12—15頁），在《大同世界》中所謂的：大同主義必須達到三個目的，即“優裕人的生活”，“美善人的關係”，“正確人的歸宿”等等。在《三百年的中國》中，說什麼“建設的目的是建設長久繼續不斷的富強文明大同的新中國”，“自強是立國的根本，交國是立國的方策。交國的根本是方策，是作世界各國的盟友，不作世界各國的損友，以正義人道，爲交國的依據。以大國文明國的風度，持謙信和睦的態度，交以道，接以禮，厚望而薄來，嘉善而矜不能，敬大國而尊小國，扶弱國助貧國”等說法，以及他對仁政、人道、自由、博愛，甚至對“中庸”的一些解釋，也並無不對，在字裡行間，似乎閻錫山充滿了對世界和人類的關愛，對中國未來三百年美好前景的企盼。
但是，只要結合他在撰寫這兩部書時世界形勢和中國當時的實際，就不難發現，閻錫山致力寫作這兩部書的真正意圖是什麼了。
第二次世界大戰後，以蘇聯爲首的社會主義陣營迅速發展壯大，成了可與西方資本主義陣營相抗衡的強大力量。中華人民共和國成立後，不僅馬上加入了社會主義陣營，而且經過對農業、手工業和商業的社會主義改造後，社會主義制度基本形成，正在社會主義的道路上向前邁進。一向仇視和的閻錫山，自然是極不情願看到這個現實的。因爲這個現實實際上顯示了運動在世界的蓬勃發展和社會主義制度在中國的勝利，這不能不使閻錫山深感恐懼和不安，但這個現實又是任何人改變不了的。對此，閻錫山既感到無可奈何，卻又於心不甘。他也清楚，僅用一些粗俗的咒罵詆譭是無濟於事的，不如另僻溪徑，把他在二三十年代就醞釀並宣揚的大同主義、公道主義、中的哲學等等，加以系統化、理論化，編撰成書，奉於世人，讓人們知道，只有他的這些主義纔是“真理”，才能救世界，也才能使未來的三百年的中國變得富強文明起來。因此，可以說，閻錫山寫這兩部書的真正目的，是要用他的主義來消弭甚至取代，用他的世界觀來改造世界，改變中國的。