袁世凱的魔爪正悄悄地向吳祿貞伸來，吳祿貞對此當然不可能知曉，而他平日又疏於警惕防範，結果致使慘劇發生。
吳祿貞抵達石家莊後，即以車站票房爲行轅。11月4日扣留向武漢前線運送輜重車輛的成功，當天與閻錫山在娘子關組成燕晉聯軍事宜的順利進行，11月5日，山西民軍又有一營開至石家莊，凡此，都令吳祿貞十分振奮，認爲形勢很好。11月6日晚11點多鐘，吳祿貞飲了些酒以後，正與副官周維楨、參謀張世贗（原任奉天陸軍小學堂總辦，剛調來）二人批閱機密文件時，突然，吳祿貞的衛隊長“馬惠田帶同參謀夏文榮、隊官吳雲章、排長苗得林等四人進見吳，馬惠田說：‘向大帥賀喜！’打下千去，從衣服下拔出一支槍來。吳一見不對，一手拔出槍，從窗口衝到小院裡，跳上牆。馬等連擊，吳腿部中彈，跌下回擊，馬等向外跑去，吳在後面追，走到牆外，伏兵起，頭部中彈倒地死，並喪其元，張世贗、周維楨同時殉難”（劉存善：《山西辛亥革命史》山西人民出版社1991年7月版，第104頁）。一代豪傑，就這樣死於非命。何遂在睡夢中被槍聲驚醒，出來一看，見吳、張、周等被刺身死，當他明白髮生兵變之後，悲慟欲絕，即向山西民軍駐地跑去，後來又受到了倪普香的保護。
對於刺殺吳祿貞的主兇，張國淦的《辛亥革命史料》中，說是袁世凱以重利啖其舊部周符麟下手。周符麟原爲第六鎮第十一協統領，後被吳祿貞撤職，換成了時任第十二協統領的吳鴻昌。周因此懷恨，久思報復。他是東北人，騎兵第三營營長馬惠田也是東北人。吳祿貞在任延吉邊務大臣時，馬惠田即跟隨吳，吳對馬頗爲信任，故令其爲衛隊長。11月5日，周符麟來到石家莊，來後不謁見吳祿貞，便與馬惠田等約集軍官開會，引誘軍官。何遂報告吳祿貞，吳卻說：“不要緊，衛隊長馬惠田是靠得住的”。天黑時陳其採來，也與周等開會。何又報告吳：“危險，要警惕！”吳態度仍安詳，說：“我有何懼”。不知彼等以銀三萬兩給馬，密令其行刺也（《山西文史精選》（1），第45頁）。而閻錫山的回憶錄中則說“據他們說，吳將軍之死，乃清廷以二萬兩銀子買通其部下吳旅長鴻昌所圖，與一般所傳刺吳將軍者爲周旅長符麟有出入”。但從爾後發生的事情上，可以看出，張國淦所言可信程度較大。
吳祿貞的遇害，令閻錫山十分悲傷也無比懊悔。他雖然與吳祿貞只在娘子關“短短一會”，但“吳將軍之英俊豪爽，肝膽照人，料事之確，待事之忠”，在其心中永遠留下不可磨滅的印象。而“此一禍變，使我們阻袁入京之謀成爲泡影，飲恨之深，實非言語可以形容”（《閻錫山早年回憶錄》，轉引自《山西文史資料》第76、77合輯，第53頁）。事實也確是如此，吳祿貞被刺殺後，雖然吳祿貞的副官齊燮元曾帶領一個連宣佈起義，並因此嚇跑了第六鎮禁衛軍的一個旗兵團。另外，當山西方面聞知噩耗後，仇亮、景梅九、姚太素等率兵一部由娘子關連夜出發，於11月7日抵達石家莊後，與何遂、第十二協協統吳鴻昌會商善後事宜中，吳鴻昌在得到了晉軍擔負第六鎮官兵軍餉的保證後，也曾答應了景梅九提出的燕晉兩軍聯合計劃，“還應該繼續實行”的要求，同意了仇亮提出的給張紹曾發電報，請其由奉天發兵，直攻北京，第六鎮爲聲援。以及發令先斷南北鐵路兩段，以阻清兵南下，而解武漢革命軍之圍的提議，讓何遂擬妥即發。同時，仇亮還提出由吳鴻昌集合第六鎮官兵，自己則集合山西民軍，爲吳統制舉喪，並誓師北伐，吳鴻昌也沒說別的。看上去，繼續實行燕晉聯軍的計劃，似乎還有轉機。可是，當會商完畢，時已垂暮，雙方分頭去集合部隊時，景梅九對吳鴻昌說：“兵貴神速，若乘此機北上，大事可成！”而吳卻說了句：“怕我們的兵開不動！”（景梅九：《罪案》北京京津印書局1924年版，第222—223頁）結果，他趁何遂去發電報之機，帶着部隊向灤成開去。燕晉聯軍由此完全結束，阻袁入京之謀也終成泡影。
事已至此，仇亮、景梅九隻好命令士兵將幾百箱槍彈炮彈、幾十包大米都裝上貨車，運往娘子關。第二天，楊彭齡又到石家莊尋找何遂，並同他一起把吳祿貞和張世贗的屍體運到娘子關臨時埋葬。同時，將通往娘子關的鐵路破壞掉一段。第六鎮中的同盟會員何遂、孔庚、王家駒、劉越西、李敏、倪普香等人，也隨之轉入山西。
吳祿貞與閻錫山發起組織燕晉聯軍，及其阻袁入京的宏圖大略，是中國辛亥革命史上的一個重要事件。雖然曇花一現似的僅存在了7天，但它卻充分反映了吳、閻二人與其他革命黨人爲實現“同盟會”誓言的堅定意念和革命信心。它沒有成功，並且是以悲劇的形式而告終，這確實令人痛惜，然而，其中的原因與結果，更令人深思。
對於聯軍失敗的原因，有論者認爲是“山西民軍當時力量薄弱，未能乘亂增兵進佔石家莊，扼京漢路而阻袁世凱北上，進而再圖攻取北京”（李茂盛等著：《閻錫山全傳》（上），第115頁）。這個說法不無道理，但是，事情並不這麼簡單。即使山西民軍當時勢力雄厚，乘亂增兵石家莊，也未必能夠扼守京漢，阻袁北上。因爲，繼武昌起義後的山西起義，已然引起了清政府的極度恐慌和不安，必然竭盡全力阻止事態向不利於己的方面發展。清廷急令吳祿貞署山西巡撫，揮兵進駐石家莊，正是爲此而採取的一個重要部署。再從武昌起義後國內形勢來看，全國起義的省份還是少數，尚未形成很大氣候，在北方的形勢更不樂觀。當時的清政府還掌握着相當雄厚的軍事實力。清廷急調袁世凱進京出任內閣總理大臣，及其向武漢前線大批輸送軍械彈藥，也正是想要控制整個局勢和向革命反撲的。袁世凱和清廷謀刺吳祿貞，就是其採取的一個重要行動。因而，在此情況下，要想孤軍奮戰，奪取勝利，顯然是不可能的。掌握重兵的吳祿貞正是從全局考慮，才主動提出與閻錫山組織燕晉聯軍的。
既是聯軍，其雙方的聯合行動就必須是密切配合，協調一致。在這方面，可能是事情緊急，時間倉促，吳祿貞與閻錫山雖然商定了阻袁入京的大政方針，閻錫山在吳祿貞走後，也派了一營人馬開赴石家莊，可是在如何協作配合，卻沒有作出更爲具體可行的計劃。這也從一個側面反映出了吳、閻二人對形勢的過於樂觀，而吳祿貞對屬僚的勸告不以爲然，終致遇刺身亡，正是因此所發生的一個悲劇。尤其值得指出的是，身爲第六鎮統制的吳祿貞，志向確實不凡，膽識也屬過人，但他在對第六鎮官兵結構和成分複雜性的認識上，在組織革命力量的骨幹，進行思想發動和消除隱患這些方面的工作上則顯得不夠。他既沒有形成以其爲核心的革命骨幹力量，也沒有培養訓練出一支可以依靠的革命隊伍。正由於缺乏對部隊的整合、整頓和有效地控制。因此，當形勢順利時尚可跟隨大流，而一旦發生意外變故，就很容易瓦解，甚至背叛。他的第六鎮下轄兩協，除第十一協編入第一軍正開赴武漢前線外，第十二協下轄的兩個團，有一個是第六鎮的，另一個是禁衛軍的，也是監視吳祿貞的。而屬六鎮的這個團（標統）的團長曹進和三等參謀方本仁是反革命的，正是這個團奉命向山西進攻的。只是由於十二協參謀何遂有意安排，才使該團三個營分散於三處，失去了進攻能力。當吳祿貞遇刺後，由於沒有一個核心力量和一支靠得住的隊伍，所以，對尚可挽救的局面卻未能予以挽救，吳鴻昌率部而逃，使燕晉聯軍的最後一線希望也化爲泡影。吳鴻昌率部撤往灤城縣後，發現山西民軍並無大部隊進佔石家莊，他怕清廷追究其臨陳脫逃的罪責，遂於第二天即11月8日又率部返回石家莊。這似乎可以證明若山西民軍力量雄厚，是可以乘亂增兵石家莊，阻扼京漢，阻袁北上，進攻北京這一推論是能成立的。然而，即使山西民軍大部隊進駐石家莊，因而吳鴻昌不敢冒然率部返回，那麼，清廷難道就不會調遣其他部隊進攻石家莊嗎？面對南方革命的興起和山西革命勢力的發展，它怎可能放棄這一處於南北交通要衝的戰略重地呢？就在吳鴻昌向清廷謊報其“復佔石家莊”的當天，清廷便“當即派段祺瑞前往查辦”（張國淦：《辛亥革命史料》第208頁）。段祺瑞爲袁世凱的得力干將，又是內閣重要成員，清廷派他前往石家莊“查辦”，可見其對石家莊的重視，而段氏前往“查辦”的目的，也是顯而易見的。
總之，對於燕晉聯軍及其計劃失敗的原因，應當將其放在當時的歷史條件下進行全面地考察分析，不可取其一面，而不及其餘。辛亥革命是一場要推翻幾千年的封建制度，開闢新時代的偉大革命，革命和反革命兩種勢力之間的鬥爭必然是十分激烈殘酷而又曲折複雜的，只有從這個時代大變局的前提出發，才能夠對其中所發生的一些事情的前因後果，作出比較符合實際的結論。
5、面對清軍的大舉進攻，進行頑強抵抗，閻錫山率部轉戰於綏包一帶
“燕晉聯軍”的失敗，對山西革命形勢造成了極大不利，清廷很快便調遣重兵對已是孤立無援的山西民軍，發起了兇猛的進攻。
山西民軍本來就處境艱難，在軍事方面，閻錫山當選都督後雖然把山西民軍改編成了4個旅，但實際上還是原來的兩標人馬，也就是兩個團，所以當初閻錫山只能向娘子關派去一個營駐守。面對清軍即將開始向山西的大舉進攻，閻錫山等人竭力募兵練軍，並議定成立一個敢死軍，由楊彭齡任司令（因其未到職，遂由被任爲參謀長的何遂統領），敢死軍士兵多爲洪洞、趙城一帶的青年，因爲這些地方民風強悍，善於戰鬥。可是由於敢死軍實際上只有一團人的數量，因此，將其排連營長均提升一級，排長稱連長，連長稱營長，營長稱團長，另外，還有楊彭齡編練的新編混成旅等。孔庚到達太原後，閻錫山任命其爲高等軍事顧問，後來又委其爲“朔方興討使”，率兵一部，進軍大同。但總的來看，山西民軍的力量仍相當薄弱。在財政方面，太原起義當天藩庫被搶後，軍政府曾臨時發行了一種軍用券，以維持市面，但它信用不佳，任軍政府政事部部長的景梅九從娘子關回到太原後，爲籌措經費提出了向富豪借款的辦法，閻錫山、趙戴文等皆以爲此法可行，於是在排出祁縣、太谷、平遙等富商巨賈的名單後，即由李大魁（字梅峰）和姚太素（字守貞）率學生軍一隊先到祁縣渠本翹家去借。渠父正要閉門謝客，學生軍在其家門口放了幾下空槍，渠父畏懼，表示願意幫助軍餉，雙方商談中，李大魁提出要借百萬兩，經討價還價，渠父答應借給白銀40萬兩，第一次先解20萬兩到太原（民國成立後，山西當局以省銀行股票予以歸還），由此不難看出當時山西軍政府財政的窘迫狀況。在此情況下，要想抵擋清軍的進攻，顯然是十分艱難的。
吳祿貞遇刺被害的第二天，清廷即派段祺瑞前往石家莊查辦，其意圖顯然是要向山西發起進攻。面對驟變的不利形勢，閻錫山一面派南桂馨赴陝向革命軍求援，並派軍政府參議、太平縣（今襄汾縣）舉人董桂萼赴晉南招撫，派李苑林、胡行赴晉北招撫；一面派常樾、賈德懋到石家莊向段祺瑞疏通，因爲賈德懋與段祺瑞爲師生關係，派他前往自然要方便一些。行前，閻錫山還讓景梅九以他的名義給段祺瑞寫了一封信，勸段與黎元洪爭功，希望其“能一張吾漢幟而媲美於千古”。然而，段祺瑞不僅拒絕了閻錫山的要求，反而向賈德懋提出了要閻錫山取消大都督名義；將革命軍分散，歸陸軍各鎮管轄；將新任山西巡撫接至省城到任等無理要求。常樾、賈德懋當即表示反對，會談未取得任何結果。之後，沒過3天，11月12日，袁世凱便致電奕劻、那桐、徐世昌，飭令駐防奉天的曹錕第三鎮先行開赴北戴河一帶侯調。11月14日，清廷又派渠本翹爲山西宣慰使，進行誘降活動，渠奉命後即致函閻錫山，勸諭以和平解決。閻錫山也於11月24日覆函渠本翹，願在太原共商和平之策，但並未實現。因爲袁世凱已下決心要除去山西民軍這個肘腋之患。11月15日，又任命張錫鑾爲山西巡撫，率曹錕第三鎮開往石家莊，準備進攻娘子關。同日，清大同鎮總兵王德勝也致電內閣，建議“新撫帶隊經行大同，與張、綏互爲聲援，規復較易，……雁門關現爲我有，從此進兵，**，省城唾手可得。省城既得，娘子關不戰自降”。
清廷步步緊逼，大兵壓境，形勢十分嚴峻。山西民軍趕緊商議對策。景梅九向閻錫山提出：“袁奴遠交近攻，欺人太甚！惟有一戰，不可退讓，勝則長驅北上，敗則分兵南北，另作計劃”（景梅九：《罪案》第235頁）。閻錫山贊同此議，即任命喬煦爲前敵司令，率原第八十六標一、三兩營增援娘子關，隨後，閻錫山偕趙戴文、馬開菘亦到娘子關督戰。喬煦到達後，據守娘子關正前方之乏驢嶺，張煌率部據守娘子關右前方雪花山，舊關亦由張煌部駐守，娘子關則由敢死隊、學生隊駐守。
12月9日，清軍向娘子關發起進攻，兩軍展開激戰。清軍只所以拖延了許多時日方纔發起進攻，是因爲曹錕第三鎮中的一些軍官不同意鎮壓革命，有的離曹而去，有的被曹撤職，曹錕不得不予整頓，所以，到11月24日才由奉天出發，開往石家莊，12月8日，由石家莊出發，晚上十一點鐘抵達井徑。民軍四五百人曾趁夜襲擊，雙方激戰二時許，民軍退守乏驢嶺，因此，娘子關之戰，實際上於12月8日即已開始。