隨後，日本沿海地帶又遭遇了幾次襲擊。日本人很快就學乖了，他們發現襲擊都發生沿海地區，於是立刻加強了巡邏，還在水下佈置了水雷和漁網。其實，徐天寶的水下克隆人軍團不是不能突破這些阻礙，只是徐天寶不願意過早的暴露自己在水下的實力，所以及時下令停止進攻，改爲地面進攻。
於是，滿鐵附屬地的日本移民再一次大規模失蹤，活不見人，死不見屍。一時間，日本民衆談“南滿”而色變，不管滿鐵和政府給予多麼優惠的條件，打死都不移民南滿。負責移民計劃的滿鐵總裁後藤新平收到各方面的詰難，如坐鍼氈。
不過，隨着《日韓合併條約》的簽訂，日本人的不安很快變爲興奮。而徐天寶也因爲東北發生鼠疫大流行而不得不把注意放在撲滅鼠疫上。據後世考證，1910年這場席捲了中國東北，造成六萬人死亡的鼠疫疫情最早發生在俄國，而傳播鼠疫的，最初並不是老鼠，而是旱獺。
20世紀初，人們發明了一種工藝，只要對旱獺的皮毛進行適當加工，其成色堪比貂皮。一時間，旱獺皮成爲世界皮革市場的新寵，價格連年看漲。1910年，每張旱獺皮的售價比1907年猛漲了6倍多。巨大的利潤吸引了衆多中俄商人。他們紛紛招募華工捕殺旱獺。1910年僅從滿洲里一地出口的旱獺皮就由1907年的70萬張增加到250萬張。
旱獺一旦染病就會失明、失聲、行動遲緩，並被健康的同類逐出巢穴。有經驗的獵人一眼就能看出是不是染病旱獺，他們絕不會捕獵有病的旱獺。但闖關東的新移民，卻沒有這樣的經驗。他們往往還會因爲染病旱獺容易捉，而大量捕殺。在東北冰天雪地的原始森林中，獵人們渴了喝一口雪水，餓了就以旱獺肉爲食。鼠疫病毒就這樣，最先由病旱獺傳染給了這些捕獵者。集得十幾張獺皮後，獵人們便寄宿客棧。這些客棧簡陋之極，往往幾十個人擠在一張大炕上。冬天爲了保溫，這裡門窗緊閉，一旦有人感染鼠疫，全客棧幾乎無人能夠倖免。
在1910年春夏之交，俄國西伯利亞就已經發生了疫情，但西伯利亞人煙稀少，居住分散，再加上俄國方面控制嚴密，疫情沒有擴大。出於對自身的保護，此時的沙俄在發現疫情後，並沒有立即通知清政府，也沒有采取任何人道主義的救援措施，而是將約3000勞工關進舊列車的鐵皮車廂，很多人活生生地被凍死在裡面。勞工的住房用具也被俄國人全部焚燬。爾後，俄國人又先後將一萬多難民驅逐出境，並用火車押往長春。這些難民被送往長春後，又遭到了日本佔領者的阻撓，日本人以避免鼠疫傳播爲由，不許難民下車。因此，很多人其實沒有死於鼠疫，而是死於寒冷和飢餓。
哈爾濱，死亡人數5693人！
長春，死亡人數5827人！
奉天，死亡人數2579人！
一時從城市到鄉村都籠罩在死亡的陰影之下，在人們心頭，重重地壓着兩個恐怖的大字：鼠疫！疫情肆虐之處，百業俱廢，民生凋敝，社會經濟生活出現全面恐慌。通過史料記載，焦潤明記述如下：政府強令關閉了疫區所有戲院、妓館等娛樂場所，導致優伶“沿街求乞”，妓女“困坐日久，毫無生路”。在奉天，因鼠疫引發了人們的擠兌風潮。在吉林，因交通斷絕，致使市面乏貨，百姓苦不堪言。在哈爾濱，鼠疫亦影響到大豆等糧食作物的出口。學校因鼠疫流行而停課，工礦停工停產也極爲普遍。
徐天寶連夜把伍連德從天津的藥廠緊急招到奉天，伍連德坐着徐天寶的奔馳專車從天津日夜不停地趕到了新民。一進巡撫衙門，就見巡撫衙門裡人人戴着一個大口罩。
徐天寶也不例外，一見到伍連德，徐天寶便急切地問道：“東三省爆發了鼠疫，應該是從旱獺身上傳出來的，現在已經死了一萬多人，伍大夫有沒有信心撲滅疫情？”
這時候，東三省總督錫良也風塵僕僕地趕到了新民，一進門便大聲叫道：“伍大夫來了沒有，伍大夫來了沒有？”
伍連德向錫良行禮，“我就是伍連德，拜見總督大人。”
錫良看了看伍連德，也不客套，便說道：“時間緊急，伍大夫，本官就不和你客套了，要錢、要人、要拆屋子燒房子，你儘快開口，我給你一道手令，誰敢阻攔你，或者託三阻四，看我怎麼收拾他。”
徐天寶也說道：“伍大夫，振華公司附屬醫院有名叫支文秉的大夫，是霍普金斯醫學院畢業的高才生，另外，還有一些自願參與和朝廷聘請的外國醫生，比如法國醫生曼斯萊博士、英國醫生嘉森、日本醫生守川歆顯等。他們會和你一起去滅災。”
伍連德皺了皺眉頭，說道：“幫手多是好，可到時候誰說了算？”
錫良脫口而出，“當然你說了算。有什麼事情，有徐撫臺扛着，徐撫臺扛不住，還有我錫良呢。”
伍連德向二人拱了拱手，說道：“兩位大人這麼信任我伍連德，那我伍連德只有赴湯蹈火、肝腦塗地了。如鼠疫不滅，我伍連德卻不回來。”
爲了發現東北大鼠疫的流行根源，1911年1月，伍連德在哈爾濱建立了第一個鼠疫研究所。而當時中國的醫療衛生條件是極其簡陋的。從醫療技術上說，當時中國通曉西醫的人才極爲稀少。普通的診治技術、實驗設備更是無從談起，甚至起碼的驗屍和解剖實驗，都不爲法律所允許。從民衆來說，由於科學知識的缺乏，民衆對傳染病的觀念也十分淡薄，更不知如何預防，仍循有舊的生活習慣。因此伍連德等人此次遠赴東北疫區，不僅擔負着抗擊人類第一號烈性傳染病的重任，而且要克服落後的醫療衛生條件，還要用科學的方法與一些固有民俗做頑強抵抗。
通過對醫學界已有成果的研究和深入疫區分析病例，以及徐天寶事先的點播，伍連德少走了很多彎路，很快便確定了1910年東北大鼠疫鼠疫菌的貯存宿主是旱獺，並弄清了鼠疫桿菌能通過飛沫傳播。爲了防止醫護人員感染鼠疫，伍連德在徐天寶的幫助下，給每個醫護人員都配備了加厚的二十四層紗布口罩，有效地減少醫護人員的風險。
伍連德把東北的鼠疫確定爲“肺鼠疫”，提出“肺鼠疫”的結論和防治方法後，一開始並沒有被日本、法國、俄國等國鼠疫專家順利接受。法國籍的北洋醫學堂首席教授梅尼1911年1月2日到達哈爾濱，曾要求由他代替伍連德來擔任東北防疫的統管，他不聽伍連德的建議，仍然按照防治腺鼠疫的老經驗，在哈爾濱的醫院裡，梅尼未加任何防護地檢查了四個病人。11日，梅尼教授就去世了，顯然他是被傳染了。
這個轟動事件，使伍連德的方法被推廣開來：病人送往鼠疫醫院，接觸者被隔離，所有人佩戴加厚的口罩（後來被稱爲“伍連德口罩”），調動軍隊封城，切斷交通，以及焚燒屍體。整個防疫局勢被扭轉了
伍連德的疫情控制手段嚴格而刻板，規矩雖然複雜，但運行良好。他的方法開始實行一個月內，哈爾濱的鼠疫死者累計達到三千四百三十一人，最嚴峻的一天死亡一百八十三人。一個月後，到了1911年3月1日，死亡人數下降爲零。
這場鼠疫攻堅戰共調集士兵、警察、醫生和其他勤雜人員近三千人，借用俄國鐵路局的120節車廂以及學校等設施，犧牲醫務和其他服務人員297人，歷時7個月，一場疫區範圍從滿洲里到北京、天津、濟南的抗擊鼠疫的鬥爭，取得了最後成功。
伍連德注意到，那一年的春節，東北中國居民遍地燃放鞭炮，人們相信鞭炮對撲滅鼠疫顯示了神奇的威力，還有中國人相信吸食鴉片可以抵禦鼠疫。中醫生意特別興隆，但是31個登記的執業中醫師，17人死於鼠疫。
就在伍連德和中國上下齊心剿滅鼠疫的時候，日俄企圖藉此在東北繼續擴大侵略地盤，因而準備隨時對清政府的防疫工作進行干涉。日本和沙俄先後照會滿清朝廷，說要排除醫療隊進入中國，保護自己在中國的僑民。爲了保護醫療隊的安全，又需要配備一定比例的軍隊隨行。
徐天寶立刻從黑皮那裡調取了後世關於這次鼠疫的全部資料，集中挑選出了能夠證明這次鼠疫完全是由於沙俄政府不負責任的行爲而引發的資料，隨後將他們發到全世界的知名報刊媒體，同時也在中國國內的報紙上頭版頭條進行刊登。
由於東北出了日本和俄國的移民之外，也有大批歐美移民感染鼠疫而喪命，所以消息一出，一時間國際輿論譁然，全世界的唾沫星子都朝俄國老毛子臉上噴去，罵得老毛子灰頭土臉，只能放棄了所謂的特遣醫療隊計劃。
而日本人顯然比老毛子要狡猾的多，且說在早在1908年，唐紹儀赴美商談中美德三國同盟事宜期間，日本人就從中作梗。日本則以各種官方會晤和社會活動將唐紹儀拖了一個多月，利用此段時間，拼命與美國秘密和談，向美國做出重大讓步，換取美國對日本在華既得利益的承認，打擊中、美、德三國同盟。待唐紹儀從日本脫身前往美國時，已是11月中旬。此時光緒帝和慈禧太后突然先後去世。唐紹儀等遵守國喪百日內不剃鬚發的規定，抵達華盛頓時鬚髮蓬亂、齷齪不堪，給美國人留下了極壞的印象。時西奧多•羅斯福任滿下臺，加上日本攪局，美國放棄了結盟建議。
雖然結盟前景暗淡，德皇還是決定在1910年冬或1911年春派皇儲到中國訪問，進行最後的努力。清廷對此格外重視，將新落成的攝政王府邸作爲德國皇儲行館，並修葺杭州行宮以備德國皇儲遊覽西湖之用。日本擔心德皇儲訪華會重提中、美、德結盟的倡議，所以極力加以破壞。他們重金收買歐美各國記者，大肆宣傳中國"家家有老鼠，人人都吐痰"，稱在中國很容易染上鼠疫、肺癆或其他傳染性疾病。這些報道使德皇心生疑惑，皇儲訪華之事一拖再拖，到1911年春，宣佈改派亨利親王前往。
中、美、德三國結盟最終成爲泡影。
不過，此時此刻，距離1911年的10月已經剩下不到6個月了
1911年4月3日，滿清帝國的最後一個春天，清政府撥款10萬兩平庫銀，在奉天（瀋陽）召開了中國歷史上第一次國際學術會議，總結剛剛撲滅的、導致6萬人死亡的中國東北大鼠疫，11個國家的33名鼠疫權威和傳染病專家出席，至4月28日結束，爲時26天。在這次世界矚目的“萬國鼠疫研究會”上，擔任會議主席的是出生在馬來亞的華僑醫生伍連德，他是抗擊東北鼠疫的總指揮，以“鼠疫鬥士”名揚世界。
趁着開會的檔兒，徐天寶輕車簡從地離開了新民，秘密前往河南洹上村，準備參加袁世凱五十三歲的生日。
徐天寶坐着火車到了洹上村站，一下車，袁世凱早就派人在車站迎接了。徐天寶坐上馬車，一路來到袁府，穿過了花廳之後，直接到了後花園。在後花園裡有一座涼亭，袁世凱端坐其中，三個身穿北洋新軍軍服的中年軍官正站在袁世凱的身邊。
他們不是別人，正是號稱北洋三傑的段祺瑞、馮國璋和王士珍。