關於繁衍迅速而移動較小的動物與植物，如之前已經看到的那樣，我們有理由來推斷，其變種起初通常是地方性的；這種地方性的變種，只有等它們被改變和完成到了相當程度，才能廣泛分佈並排擠其親類型。根據此種看法，在任意地方的某個地質層中想要看到任意兩個類型之間的全部早期過渡階段的概率是相當小的，原因是持續的變化被看做是地方性的，也就是侷限於一個地方的。大部分海產動物的分佈區域都是很廣的；而且我們看到，在植物中，最常出現變種的往往是散佈範圍最寬的；因此，對於貝類和別的海產動物，那些散佈範圍最寬的，大大超出現知的歐洲地質層界限的，通常最容易先出現地方變種，末了纔出現新物種；所以我們在任意某個地質層中發現過渡性階段的可能性又極大地變小了。
最近福爾克納博士提出的一種更重要的觀點，得出了相同的結論，即每個物種發生變化的時間，儘管用年代來計算是久遠的，然而與它們未發生任何變化的時期相比，或許還是短暫的。
應該記得，在今天可以用中間變種相連接的兩個類型的完整標本是特別少的，這樣除非在很多地方蒐集到很多標本之後，幾乎不能證實它們屬於同一個物種。但在化石物種上極少可以做到如此。我們可以提出幾個問題，比如說，在某一未來時代地質學家可不可以證實我們的牛、綿羊、馬和狗的各個品種是從某一個或者某幾個原始祖先遺傳下來的，又如，生活在北美洲海岸的一些海貝事實上到底是變種呢，還是所謂的不同物種呢？一些貝類學者把它們歸爲物種，與它們的歐洲代表種不一樣，而另一些貝類學者只把其列爲變種，提出這些問題之後，我們可能就可以最好地理解不可能用衆多的、細小的、中間的化石連鎖來連接物種。只有探查了化石狀態的無數中間級進之後，將來的地質學者才能證明此點，但他們基本上是不可能成功的。
持物種擁有不變性觀點的作者們不斷地強調地質學沒有供給任何連鎖的類型，在下一章就會看到這種說法絕對是錯誤的。就像盧伯克爵士所說的，“諸物種都是別的相似類型之間的連鎖”。倘若我們拿一個包含二十個現存的和滅絕的物種的屬作爲例子，假設有五分之四滅絕了，那麼大家都會認爲殘存的物種之間相互間將會變得相當不同。倘若這個屬的兩極端類型偶然地滅絕了，那麼這個屬將更不同於別的相似屬。地質學研究揭示出來的是，以往曾經存在過無限數目的中間級進，它們如同現存變種那樣的細微，而且連接了差不多全部現存的和滅絕的物種。但不應該期盼能夠做到這樣；不過這卻被不斷地提出來，作爲否定我的觀點的一個最重要的不同意見。
通過一個想象的例子總結一下上述地質記載不完整的各個原因，還是有意義的。馬來羣島的大小大致與從北角到地中海以及從英國到俄羅斯的歐洲面積相等；因此，除美國的地質層以外，其面積與所有多少確切調查過的地質層的整個面積差不多。我絕對同意戈德溫奧斯汀先生的觀點，他以爲馬來羣島的現狀（它的無數大島嶼已被廣闊的淺海分隔），基本上能夠表現以前歐洲的大部分地質層正在進行壘積的狀況。在生物方面馬來羣島是最豐富的地區之一；但是，倘若把所有曾經生活在那裡的物種都收集起來，就會發現它們在代表世界自然史上會是怎樣的不完整!
然而我們有種種理由能夠相信，在我們假設壘積在那裡的地質層中，馬來羣島的陸棲生物肯定被保留得非常不完整，被掩埋在那裡的嚴格的海岸動物，或生活於海底**岩石上的動物，不可能有太多並且那些被掩埋在礫石和沙中的生物也不會存續很長時間。在海底沒有沉積物壘積的區域，或者在壘積的速率上無法保護生物體免於腐化的區域，生物的遺骸便無法保存下來。
富含各類化石並且其厚度在將來時代中足以持續到就像過去第二紀層那樣漫長時間的地質層，在羣島中通常只能產生於沉陷時期。這等沉陷時期相互會被超大的間隔時期分開，在此間隔期內，地面可能維持靜止可能持續上升；如果持續止升，陡峭海岸上的含化石的地質層，將會不停地被海岸作用所破壞，其速度幾乎等於壘積速度，就像我們現在南美洲海岸上所看到的情形那樣。在上升時期，就算在羣島間的寬廣淺海中，沉積層也不容易壘積得很厚，或者說也不容易被其後的沉積物所遮蓋或保護，所以不可能存留到遙遠的將來。在沉陷時期，生物滅絕的概率很大；在上升時期，可能會涌現相當多的生物變異，然而此時的地質記載更不完整。
任何羣島全部或者部分沉陷與一起發生的沉積物壘積的長久時間，能否超過同一物種類型的平均連續時期，是值得懷疑的；這種偶然存在的情況對於任何兩個或兩個以上物種之間的所有過渡級進的存留是必不可少的。倘若這種級進，沒有整個被存留下來，過渡的變種看起來就如同是很多新的儘管緊密相似的物種。每個沉陷的長久時期還可能由於水平面的震動而被打斷，同時在如此漫長的時間裡，也可能產生細微的氣候變化；在這種情況下，羣島的生物將遷徙，這樣在任意一個地質層裡就無法保留關於其變異的緊密連接的記錄。
羣島的大部分海產生物，如今已經超出了其界限而散佈到數千英里之外；如此類推，能讓我們確信，主要是這些分佈廣泛的物種，即便其中分佈廣泛的只有一些，最常形成新變種：這種變種起初是地方性的也就是隻侷限在一個區域內，然而如果它們獲得了任意決定性的優勢，即如果它們進一步變異和改進時，他們將逐漸地分散開去，並且排擠掉親緣類型。當這種變種重回家鄉時，由於它們已與之前的狀態不一樣，即使其程度或許是十分細微的，並且由於它們都在相同地質層的略微不同的亞層中被看見，遵照許多古生物學者所依循的原理，這些變種基本上會被歸爲新而相異的物種。
倘若這種觀點有一定程度的真實性，我們就無權希望在地質層中發現這種數目無限的、差異細微的過渡類型，而根據我們的學說，這些類型，曾經把所有同羣的以往物種與現在物種聯結在一條不僅長並且分枝的生物連鎖中。我們僅僅應當探查比較少的連鎖，而我們的確探查到了它們——它們相互之間的關係有的遠一點，有的近一點；而這種鏈鎖，儘管曾經是極緊密的，倘若在同一地質層的不同層次中被發現，也會被很多生物學者歸爲相異的物種。我直言不諱地說，倘若不是在每個地質層的早期及後期生活的物種之間缺乏無數過渡的鏈鎖，而對我的學說造成這麼重大的威脅的話，我將想不到在保留得最完整的地質斷面中，記錄仍然是這樣的少。
全羣相似物種的忽然出現
在某些地質層中物種全羣忽然出現的事實，曾被一些古生物學者——像阿加西斯、匹克推特及塞奇威克——認爲是反對物種可以遷徙這一觀點的致命異議。倘若被列爲同屬或同科的許多物種的確會同時產生出來，那麼這種觀點對於把自然選擇作爲根據的進化學而言，確實是致命的。因爲按照自然選擇學說，全部從同一祖先遺傳下來的一羣類型的發展，必然要經歷一個十分徐緩的過程；並且這些祖先必然在其變異了的後代出現以前很久就已經存在了。然而，我們往往過高地估計了地質記載的完整性，而且因爲某屬或某科未在某一階段不曾看到，就錯誤地推斷它們之前在那個階段也沒有出現過。
在一切的情況中，只有積極性的古生物證據，才能夠全部信賴；而消級性的證據，像經驗所頻頻指出的，是毫無意義的。我們總是不記得，整個地球比起被探查過的地質層的面積，是多麼的巨大；我們還會忘了物種羣在遷移到歐洲的古代羣島和美國之前，可能在別的地方已經生存了很長時間，並且已經逐漸地繁殖了。我們也未恰當地考慮到在我們的持續地質層之間所經歷的間隔時期——在很多情況中，這一時期也許要比每個地質層壘積起來所耗費的時間更漫長。這些間隔內可以提供有充足的時間使物種從某一個親類型繁衍起來而這種羣或物種在此後形成的地質層中如同忽然被創造出來一樣地產生了。
這裡我要重複一遍之前曾經說過的話，就是某種生物適應一種新而特別的生活方式，比如空中飛翔，可能是要花漫長且持續的時間的；這樣，其過渡類型往往會在某一個地方存續很長時間；然而，倘若一旦這種適應獲得成功，且少部分物種因爲這種適應比其他物種獲取了很大的優勢，那麼只要很短的時間就能形成很多分支類型來，這些類型便快速地、廣泛地分佈於整個地球。在對本書的傑出書評裡匹克推特教授評價了早期的過渡類型，並用鳥類作爲佐證，他無法看出假設的原始型的前肢的持續變異會帶來什麼好處。然而看一下“南方海洋”上的企鵝：這些鳥的前肢，不是就介於“既不是真正的手臂、也不是真正的翅膀”這種情況的中間狀態嗎？而且這種鳥在生存競爭中成功地佔據了其地位；因爲其個體數量是無限多的，並且其種類也是相當多的。我並非假設此處所看到的就是鳥翅所曾經經歷的真正的過渡級進。然而相信翅膀或許可能有益於企鵝的變異了的後代，讓它先變成如同大頭鴨那樣地可以在海面上拍打，最後能夠從海面飛起而在空中滑翔這一點又會有何特殊的困難呢？
現在我略舉幾個例子，來證實上述觀點，並且指明在假設整羣物種曾經忽然形成一事上我們多麼容易犯錯誤。甚至在匹克推特有關古生物學的傑出著作的第一版（出版於1844—1846年）與第二版（1853—1857年）之間的一個如此短暫的時間內，有關幾個動物羣的最初形成與消亡的結論，就發生了很大的變化；而第三版或許還需要作更大的修改。我可以再說一個熟知的事例，在前不久發表的某些地質學報告中，都說哺乳動物是忽然形成於第三紀的。但目前已知的含有豐富哺乳動物化石的堆積物中的一堆是產生在第二紀層的中段的；並且在靠近這一大紀早期的新紅沙岩中找到了真正的哺乳動物。
居維葉向來認爲，在第三紀的任何層中猴子都未出現過；然而，現在在印度、南美洲和歐洲已經在更古的第三紀的新世層中找到了其滅絕種。如果不是在美國的新紅沙岩中存在被偶然保留下來的痕跡，誰敢假設在那個時代最少有三十種不同的鳥形動物——有些是很大的——曾經生活呢？而在這種岩層中沒有找到這種動物遺骸的一個碎片。前不久，某些古生物學者認爲所有鳥綱是忽然形成於始新世的：然而如今我們知道，按照歐文教授的權威觀點，在上端綠沙岩的沉積時期確實已存在一種鳥；更近一點的，在索倫何芬的鮞狀板岩中找到了一種奇特的鳥，即始祖鳥，它們有着蜥蜴狀的長尾，尾部的每節長着一對翅膀，而且羽毛上長有兩隻發達的爪子。沒有任何近代的發現比此發現更強有力地證明了，我們對於地球上古老的生物，知道得是多麼的少。