一切的開始都是在一處深海中，在這裡挖礦公司已經發現的他們需要的東西，那個顯示挖掘什麼鈾礦石之類的情況，結果發現沒有放射性，檢測之後發現這些礦石都衰變了。於是挖礦公司繼續深挖。
在發現了大骨架之後，發現了一個孢子和一個已經孵化並逃脫的穆託的痕跡，這時候帝王計劃小組出擊，控制全場，將挖礦公司的人全部控制。之後帝王計劃中年輕的博士，拿着一張模糊的哥斯拉的照片和大骨架進行對比，並向上級交流。
福特的老爸，喬已經進入電站的時候，發現了剛從電站調查資料出來的年輕博士，兩人不幸撞了一下，看到了博士衣服裡面奇怪的資料和公文包裡，哥斯拉模糊的照片，充滿了驚訝，他想到了自己以前遇到的東西了，也是異常的吃驚了起來了。
喬看到了地波形這一部分，也是吃驚了起來，感覺到周圍的晃動，然後電站地震，福特的母親已經被困。
福特在遠處的外面裡，看着遠處倒下的電站，隱隱約約在煙霧裡看到穆託的觸角，並看到了遠處涌起的奇怪海潮。然後福特父親和福特逃出電站附近，喬用鉛筆隨手畫出了帝王計劃的生物和哥斯拉的大致樣子，福瑞表示這和上課畫的大恐龍很像。
一晃幾個月就過去了，哥斯拉也是躲避了起來，吸收着最新的力量了，但是振動的波形越來越強，喬因爲要取回自己的磁盤被抓，福特從美國去營救。在家裡，喬告訴兒子自己對這些波形的研究，通過回聲定位法，發現了一個東西越來越近哥斯拉，然後表示自己研究生物聲學，發現了一些和他們試着溝通的方法，並用自己製作的工具進行了一個演示，結果馬上就有兩次地震進行回饋，一次是穆託，一次是哥斯拉，這些都是他們掌控的辦法了。
於是喬要回去取回15年前的數據，再次進入隔離區被抓，發現卻沒有輻射很是奇怪，之後遇到了早已經等待好的天網，這些也是他們思考的情況了。
“喬博士，你好啊！你應該是發現了什麼吧！”天網看着喬，微笑的說道了。
“沒錯，我發現了很多的東西了，所以也是我們思考的問題了。”喬看着天網，知道一切也是點了點頭，不想在說什麼了，所以才能去解決這些問題了。
福特得到了喬的消息後，就來到了喬的家裡，結果則發現父親畫的會噴火的大恐龍兒童畫，看了一會，似乎想起了什麼。福特被抓之後送到了原核電的基地，有看到了帝王計劃的穆託，喬似乎明白了什麼，陷入沉思。
天網也是躲避在了周圍，他也是不想讓計劃沒有徹底開始的時候，出現了這裡，所以有些他們都明白的情況了。
喬在車上告訴福特，自己似乎發現有兩個東西在和自己交談，而他們之間也有交流。之後被分開調查，喬講出了自己對於穆託預測，比如他重新要出來，比如他吸收輻射，並認出了15年後的博士，卻因爲穆託成熟要離開的事故而死。
“喬和福特，你們兩個應該快一點離開這裡吧！”天網看着他們兩個，淡淡的說了起來了。
“天網先生，你也是唐納斯先生，讓過來幫助我們的吧！哥斯拉不是壞的，但是那個穆託有非常強大的攻擊力，我們沒有絲毫的辦法去抵抗的。”喬看着天網，嚴肅才說道，也是他們都明白的事情了，所以才能去解決那麼多才情況了。
秦天通過喬和福特，已經瞭解了帝王計劃的內容之後，通過對自己喬和帝王計劃的資料之後，推斷這兩個怪物應該會有爭鬥。顯然之前帝王計劃只能捕捉到哥斯拉的一些細節，包括那張照片，效果和作用都不是非常大的，這個也是他們的考慮了，所以纔是他們思考的問題了。
此時海潮涌起，福特似乎想起了之前小時候看到的海潮，在出現了大體身影之後，覺得十分想之前父親手畫的哥斯拉背影和自己以前畫的兒童畫。
“我們馬上就要找到哥斯拉了，那個神秘的人類，在福特先生那裡了。”周圍調查的人看着天網在這裡，也是相當的吃驚了起來，不知道想要做什麼。
“看着那個叫天網的傢伙，我們也是不要攻擊的，儘量的招攬他，不然也是我們會失敗的原因了，能夠抵抗哥斯拉的存在，絕對是不是那麼簡單的情況了。”對方報告了起來，也是決定了接下來的事情了，所以才能去解決那麼多的情況了，所以一切也是他們思考的問題了。
“對了，周圍發現哥斯拉，我們要不要攻擊呢？”士兵看着周圍出現的哥斯拉，若有所思的說道，顯然也是明白很多的問題了。
“攻擊，馬上攻擊，這個也是我們的計劃了。”對方聽到了哥斯拉的情況，也是一點都不客氣的，他們當然是不知道天網和哥斯拉已經可以交流了，只是單純的以爲哥斯拉要找麻煩了。
帝王計劃小組要攻擊哥斯拉，福特力勸了，認爲哥斯拉是正義的，但是顯然他們可是不是天網，所以根本那樣阻擋的那裡了，所以面對這樣的效果，他們也是異常的吃驚了起來了，所以才能去解決那麼多的問題了。
這是穆托出現了一發電磁脈衝攻擊，所有設備失效，穆託沖天而起，卻被哥斯拉抓住尾巴，穆託反身攻擊掙脫，沖天長嘶。
這時候內華達劇烈的振動，沙漠煙氣沖天而起。穆託越飛越高，哥斯拉後背發起藍光，最後因爲太遠沒有能放出大招。哥斯拉重新入水追擊，美軍與帝王計劃小組交換情報，於是那些士兵們，開始不停追蹤穆託並騷擾，幫助哥斯拉追上。
同時，因爲之前不清楚特性，將母獸關在內華達的基地裡，在聽到長嘶之後，母獸開始瘋狂進食核廢料，進食完之後，母獸越來越大，細胞也開始發光。