後來等到亞雷斯塔·克勞利正式的和日本政府簽訂了協議後，學園都市破土動工，超能力試驗也變得公開起來，而這個地方也就漸漸的被人們遺忘。
直到後來，這裡成爲大量被遺棄的超能力者處置場所。
超能力開發有失敗的風險，而一旦失敗，結果將會是不可逆轉的。爲了掩飾這一切，所有超能力開發失敗的人都會以各種各樣的理由消失。然後他們的身體則會被保存在這個地下實驗室建築羣內成爲研究樣本。
而藉助這些已經成爲了植物人的超能力者進行廣泛的人體試驗，有一個部門在這裡開發出了能力體結晶，最後在陰差陽錯之下，製造出超越人類想象的思考結晶體-賢者之石。
但是在亞雷斯塔·克勞利的故意掩蓋下，這項技術被掩埋進了歷史的垃圾堆中，無人知曉。
而這個地下實驗室也處於半廢棄狀態。
不過最近一段時間，這裡迎接了一位新的客人。
他就是垣根帝督！這位曾經的學園都市排名第二的超能力者因爲遭受了無法恢復的重創，所以被送到了這個地下研究所內。
這些研究員將垣根帝督的身體放入培養槽內，使用營養液維持他的生命活動，然後利用電流刺激來激活他的超能力，讓垣根帝督成爲了未元物質的產生器。
一開始，這項計劃進行的非常順利，依靠這種間接操控，他們讓垣根帝督製造出了大量具有特殊性質的材料。
這些材料對於學園都市的科技開發具有重大的作用。
不過漸漸的，事情出現了變故。原本已經徹底昏迷喪失意識的垣根帝督居然甦醒了過來，發現自己成爲了無法行動的癱瘓病人，而且自己的身體還在外面那些研究人員的控制下不停的製造着未元物質，垣根帝督憤怒了。他們這些研究員完全不把垣根帝督當人，而是將他成了一個製造機器。
憤怒，失望，各種情緒五味雜陳，垣根帝督的內心開始向黑暗的深淵滑去，他仇視那個將他打成重傷的女子，他更對學園都市的背叛痛恨不已。自己是爲了學園都市，爲了理事長亞雷斯塔·克勞利的命令而戰鬥的。結果卻莫名的成爲了一名棄子，甚至連最基本的人權都被剝奪了。現在的他只是一個物品罷了。
憤怒的垣根帝督詛咒這這個世界，詛咒着學園都市。
在垣根帝督的惡毒的詛咒中，有一天，事情出現了轉機。一個莫名的聲音出現在他的耳邊，在他的心底喃喃低語。
就從那一天開始，垣根帝督掌握了將未元物質轉化爲自己身體一部分的方法，他使用這個方法重新修復了自己已經徹底粉碎的肋骨，恢復了自己的四肢，讓他重新站了起來。
破關而出的垣根帝督帶着仇恨血洗了整個地下研究室，並盜用了學園都市的機械甲蟲設計，使用未元物質大批量製造這種機械甲蟲來進行復仇！
那些附在機械甲蟲身上的滯空回線被成功的帶回到這個地下實驗室中，隨後星野看到的就是一個恐怖的機械蟲巢。
經過了這些未元物質的改造，這些機械甲蟲似乎擁有了一種另類的生命形態。巨大的機械母蟲不停的吞噬周圍的物質，然後產出一個個覆蓋着金屬光芒的蟲卵。
僅僅數個小時後，這些蟲卵就孵化出了一隻新的機械甲蟲。
到了現在，整個蟲巢裡已經有了大約數千只金屬甲蟲，分別爲銀色，紅色和黃色。似乎這些母蟲可以根據對方的能力來生產出具有獨特抗性的新型甲蟲。
而垣根帝督就坐在一隻巨大的母蟲身上，眼神冷冽的看着這些返回的機械甲蟲說道：“嘿嘿，居然混進來一個奸細，既然來了，就不要走了！”
說完，垣根帝督就兩眼發出一股黑芒，很快，在垣根帝督的命令下，大量的機械甲蟲將這裡圍的水泄不通。數組黃色外殼的機械甲蟲聯動在一起，釋放出超高壓的閃電，將星野製造的滯空回線徹底摧毀。
感受到自己偷偷佈置的滯空回線被摧毀，星野臉色頓時變了變。他剛纔沒有看錯的話，那個人的確是垣根帝督。只不過此時的他怎麼看都給人一種不太正常的感覺。現在的垣根帝督就像黑化了一般，令人感到恐怖和扭曲。而且這是時候的垣根帝督，能力大幅進化，居然能夠依靠召喚未元物質製造出數量驚人的機械甲蟲起來。這在原來是不可想象的！
暗自壓下自己心中的疑慮，星野準備先搞定眼前的事情。至於垣根帝督的異狀，自己還需要時間來研究。畢竟對方躲在深達百米的地底，在那種地方，就是星野都不敢保證能夠全身而退，所以現在不是找垣根帝督麻煩的時候。
將注意力轉回了御阪美琴和神裂火織兩人，現在兩人爭得的是不相上下。本來兩人在之前的鬥嘴中就互相視對方爲勁敵。雖然趕走了那個奇怪的機械甲蟲，但是這並不代表她們能夠和睦相處。相反，她們兩個現在誰也說服不了誰！
在御阪美琴的眼中，神裂火織和史提爾就是綁架茵蒂克絲的人販子。
但是他們卻說，他們的所作所爲都是爲了茵蒂克絲好。在茵蒂克絲的大腦裡面存儲了十萬三千本魔道書，如果不定期清除她的記憶，茵蒂克絲就會因爲腦容量爆炸而死亡的。
聽到這種人被信息撐死的說法，星野不由得有些好笑的說道：“神裂火織，史提爾，是誰告訴你人類的大腦有儲存極限的？你們真的有做過調查嗎？你們知道人類的大腦能夠儲存多少知識嗎？”
聽到星野的話，兩位科學白癡神裂火織和史提爾面面相覷，然後不經大腦的說道：“大概十萬三千本書籍？”
“暈倒！”聽到兩人的答案，星野只好以手掩面，爲兩人的無知感到好笑。
就連他這個對於人類大腦潛能不太關注的外行人也知道，人類大腦的潛能近乎是無限的，根本就不是區區十萬本魔道術能塞爆的。
可是偏偏這些魔法側的人還真相信了。
不過對於這兩位對科學有極度偏見的傢伙，只有事實才能勝於雄辯！
星野需要向她們證明，茵蒂克絲的大腦遠沒有超出極限！只有這樣雙方的才能消除雙方的矛盾。