山本和南雲在中途島作戰後廣受指責。批評意見認爲山本違反了軍事作戰"集中兵力"的基本原則，而且作戰計劃過於複雜。但也有意見指出盟軍也實施過複雜程度不相上下的作戰而且獲得成功，並將失敗的原因歸咎於美軍破譯日軍密碼，在事先已對山本的計劃洞若觀火。但若山本沒有駁回南雲提出的在空襲前先進行偵察的的請求，便可以抵消美軍破譯密碼並埋伏航母所獲得的優勢。
趙繼統此次旗幟鮮明的站在了山本和南雲的一方，他聲稱作戰計劃和指揮都沒有問題，其根本原因是因爲作戰計劃和密碼本的泄露！說明對方已經成功的策反了我方高級將領或者尾崎秀實、中村功之流，這是帝國軍人的恥辱！中途島之戰敗乃是人禍非戰之過！
隨即在日本國內展開了一場轟轟烈烈的甄別行動，同時美國**也承認在日本高層隱藏着一位代號“白頭鷹”的反法西斯鬥士，併爲其頒發了一枚“國會金質獎章”（美國最高的平民榮譽，受獎者可以不是美國公民。直到戰後才真正頒發給趙繼統。同時頒發的還有一枚傑出總統自由勳章，是爲了表彰他在整個對日作戰中做出的卓越貢獻，使之成爲第一個獲得兩枚美國最高的平民榮譽勳章的中國人），一時間，海軍軍令部內人人自危，就連趙繼統這位按說接觸不到密碼本的陸軍參謀人員都接受了審查。
中途島戰役的失敗阻礙了日軍的推進，但日本海軍仍擁有相當實力，還有重新獲得主動權的機會。他們制定了“FS作戰”試圖佔領薩摩亞羣島和斐濟以便切斷澳大利亞與美國的聯繫，如此一來便可削弱道格拉斯·麥克阿瑟上將和他的美澳聯合部隊所帶來的威脅。於是，山本和他的對手歐內斯特·金海軍上將都將注意力轉向瓜島上的機場。陸軍方面6月份南方軍在席捲東南亞後，對盟軍的反攻放鬆了警惕，認爲主要由日本海軍兵力就可以對付。
爲此確定，南方軍採取守勢，除配備確保安全和用於外圍作戰的兵力外，抽出餘部轉用於中國大陸，並同時與國內部隊的改編，復員等革新軍容措施相結合，以保證戰略上的機動性。預想抽調的主要兵力有:近衛、第2、第4、第5師團回日本;第33、第38師團、第3飛行集團一部到中國關內;第48師團復歸臺灣;第66師團等部去中國滿洲。
這一抽調計劃後來由於趙繼統的阻止，沒有完全實施。實際調出的僅第4師團、第3飛行集團和若干軍直屬部隊(主要是技術兵種，大部分返回關東軍)而已。日本軍隊經過過甲午戰爭和日俄戰爭，而從這兩場戰爭中日本人很莫名其妙地把戰爭和戰鬥給混淆了起來，認爲只要取得一次關鍵戰鬥的勝利，整個戰爭就算勝利了，這就是日本陸軍和海軍共有的"決戰"概念。
從太平洋戰爭開始以後，日本人就一直在尋找這種"決戰"的機會，這次大家都確認了這個瓜島就是日美決戰的舞臺，日本只要贏得了瓜島，美國鬼畜就必須低下頭來乖乖和大日本帝國談判。陸軍出身的東條英機不滿趙繼統總是讓陸軍成爲海軍的附屬，老是配合他們作戰，將趙繼統一頓臭罵，結果兩個人從作戰室裡出來之後，又好得跟一個人似得了。
趙繼統計劃將日軍佔領的亞洲和太平洋地區島嶼變成一座座永不沉沒的“航母”，利用岸炮和岸基航空兵爭實現陸軍海戰之先例，屆時缺少航母的海軍將淪爲陸軍的運輸隊和輔助火力，而陸軍航空隊（日本沒有獨立的空軍）的飛機配比率也將大大提升，最重要的是軍工製造和軍費配比度也將大大提高。大型艦艇的建造時間是三到五年，而同樣的時間和資源建造一個幾千門的重炮陣列綽綽有餘···
東條英機被他說動，主要是陸軍要壓海軍一頭的想法起了作用，暫緩了調兵進入中國戰場的行動。同時趙繼統還和三本五十六合作了一個“伊（い）號作戰”，即將閒置（航母補充編隊）和訓練用的艦載航空兵全部調至拉包爾一帶的陸上機場，和岸基航空兵一起發動空中攻勢，重點攻擊所羅門羣島南部和新幾內亞島東部美軍飛機和軍艦。
不過日本海軍第三艦隊的下層軍官激烈地反對這個作戰計劃，甚至第三艦隊司令部的參謀們也不贊成這個計劃。但是小澤治三郎（日本海軍首屈一指的航空戰專家。以航母爲中心的特混攻擊艦隊正是他的首創，11月，接替南雲忠一出任第三艦隊司令）沒有反對過，聯合艦隊司令部裡也沒有過任何有關“い號作戰”的爭論，就是說聯合艦隊司令部的參謀們是支持這個決定的，畢竟在無法迅速補充航母的情況下，艦載航空兵也得需要大量的補充、訓練和攻擊練習。
於是在趙繼統的撮合下，日本陸軍和海軍搞起了轟轟烈烈的“永不沉沒的航母”計劃。不過，該計劃的始作俑者已經將破解之法“跳島戰術”送至美國海軍五星上將哈爾西以及其參謀長布朗寧以及擔任美國遠東軍總司令的麥克阿瑟等人的案牘之上。
“在己方兵力有限的情況下，進攻的部隊不脫離空軍的掩護，沿着前進的中軸線向幾個重要目標的外圍做跳躍式進攻，即‘蛙跳戰術’。該戰術的應用，是建立在強大的海空軍力量(尤其是制空權)的基礎上的，而且必須有充足的物質保證。這也符合戰爭的基本要點之一:以最小的代價換取最大的戰果。”
於是美國放任日本浪費人力物力大肆修建機場和岸炮陣地，在1943年6月至1944年9月裡，盟軍沿新幾內亞海岸成功地實施了十幾次兩棲登陸，繞過日軍堅固的防守據點，目標直指菲律賓的棉蘭老島。徹底粉碎了日軍的“永不沉沒的航母”計劃，大大節省了美軍的人力和物力，以低代價獲得高成果，成爲軍事史上的一個典範。