後來遠在大陸的“老上級”趙繼統給他去了一封信，點明他“威勢震主”，應知居高思危之道，把諜報大權推給蔣經國。
彭孟緝這才慢慢開了竅，在一次謁見蔣介石時，謙稱自己德薄才淺，不堪膺此重任，懇請另薦賢能如經國先生，來“臺灣情報工作委員會”。就此，蔣經國正式接管諜報機構。
蔣氏父子當然視彭孟緝爲功臣，待他甚厚，後晉升其爲一級上將，國防部長等職。
在利用彭孟緝“清道”的同時，蔣介石父子對付毛人鳳的另一招，是重建“總統府機要室資料組”，“資料組”主任自然是蔣經國（趙繼統以前擔任的工作）。
這樣，藉助“資料組”，蔣經國統轄臺灣諜報系統的合法性有了保障；藉助“臺灣情報工作委員會”，蔣經國又有了統轄臺灣諜報系統的實權，蔣經國便成了名副其實的臺灣“特務頭子”，同年7月又擔任中國國民黨中央改造委員，正式了進入國民黨的決策層。
將保密局“收歸國有”。用什麼手段能達到這個目的？遵從“旨意”，緊跟其腳步的老特務鄭介民向他獻了一計：開辦訓練班，召訓新生及複訓保密、內調兩局現有幹部；在此基礎上，將兩局人員混編，以打破兩局長期以來的半敵對狀態，建立現代諜報體制，結束私人割據的局面。
這是對諜報系統的根本改革，也是對毛氏的“獨立王國”的根本動搖，此事非同小可，蔣經國豈敢擅自決定，必須蔣介石點頭。而要蔣介石點頭，並不是一件容易的事。
毛人鳳敗退臺灣後，曾向一個密友透露過自己的做官秘訣全在忍、等、狠三字。人說毛人鳳像龜，取的就是他能屈能伸的性格。別人當衆搧他耳光，毛人鳳微笑自若，蔣介石脫下鞋幫往他臉上亂打，毛人鳳說這是領袖的愛戴，心字頭上一把刀，毛人鳳堅信忍能避禍，也能爲升官發財鋪好路徑。
可不知爲什麼，原先一直不插手保密局的內部事情的蔣經國開始三番五次的找毛人鳳的事情，毛人鳳內心十分不滿。除了蔣經國，蔣介石也經常找毛人鳳的麻煩，一是因爲蔣介石兵敗，如今偏居一隅，內心肯定十分失落，二來毛人鳳雖然一直跟着戴笠幹事，但其實只是個打下手的，有些事情根本不熟悉，這讓本就火大的蔣介石看起來更是氣憤，天天教訓毛人鳳，毛人鳳兩面受挫，內心鬱悶之極。
毛人鳳迫切想要改變在蔣介石心中的地位，他手下的杜長城給毛人鳳出了一個餿主意，讓毛人鳳去綁架蔣經國，然後去找蔣介石索要鉅額贖金，毛人鳳在出面救援，最後救出了蔣經國，這樣不但教訓了蔣經國，而且還可以改變在蔣介石心目中的形象，一舉兩得，毛人鳳覺得甚是在理，一拍腦袋就答應了。
杜長城算是一個知名人士，曾在四平戰役中立有“戰功”。國民黨逃離大陸時，杜任國防部技術總隊隊長，負責破壞各種設施，阻滯解放軍前進；抵臺初期，在“保衛大臺灣”的口號下，技術總隊又設計出在海水中遇敵自動升起爆炸的多種**，備受毛人鳳讚賞。
毛有意提攜杜長城，想進一步委以重任。就在杜長城準備開始實施計劃時，蔣介石在臺灣開展了“反腐敗鬥爭”，號召大家互相揭發，懲處貪腐。毛人鳳馬上來了一個先下手爲強，他舉報了老對手鄭介民太太借建設防空工程之機貪污工程款。
都是特務出身，鄭介民豈能讓毛人鳳搞鬼，他馬上點出了毛人鳳夫人向影心，由此牽扯出了杜長城在 “海上大爆破”軍演預算中，身爲國防部技術總隊長亂造預算，用以購買黃金孝敬毛人鳳夫人向影心。
結果人贓俱獲，杜長城等一干人等被捕。蔣介石大筆一揮，撞上“廉政風暴”的杜長城就要被槍決了，趕緊向蔣經國密報了此事企圖保命。
蔣經國得知毛人鳳要綁架自己，而且還要暗殺自己，於是跑去告訴了蔣介石。蔣經國是蔣介石唯一的兒子，蔣介石一聽立馬火冒三丈，找來了毛人鳳，毛人鳳自然百般解釋，蔣介石一是拿不出證據，而且大陸那邊的特務結構還需要毛人鳳指揮，所以也不好拿他怎麼樣，將毛人鳳一頓訓斥之後，讓他即日整改軍統，再有這樣的話傳到他這立馬斃了毛人鳳。
蔣介石還在“軍演預算”的卷宗上用紅筆在呈文正面的名單上打個括號，批示“一律槍決”。杜長城及涉案（意圖綁架案）的另一個毛氏親信胡凌影沒能逃過此劫，成了蔣經國的槍下鬼。
這件事讓毛人鳳嚇出了一身冷汗，不但要頂着巨大的壓力工作，而且還沒有任何好處，隔三差五還要被蔣介石數落，慢慢的，毛人鳳的身體垮掉了，病急亂投醫，毛人鳳找到了一個江湖神醫，給他開了各種靈丹妙藥，毛人鳳吃了以後病情越來越重，以爲患了癌症。
這讓毛人鳳更爲害怕，只好去醫院做檢查，但因爲長時間服用江湖神醫的“靈丹妙藥”，毛人鳳的腎臟已經嚴重衰竭，只得跑去美國治病。
蔣經國趁機開始進行情報改組，建立現代諜報體制，保密局改組爲不再肅諜與保安的情報局，隸屬中華民國國防部。毛人鳳仍爲首任中華民國國防部情報局局長，官拜二級上將，基本上已無實權。
從美國治病歸來的毛人鳳，整日惴惴不安，原先只是一個小病，慢慢成了大病，沒過多久毛人鳳撒手人寰，鬱鬱而終，在這期間，蔣介石一直對他不聞不問，也許還是對毛人鳳綁架蔣經國的事情耿耿於懷。
1956年10月14日，毛人鳳因病去世，時年58歲。毛人風死後，鄭介民想起了趙繼統的一次通信中，趙提到：“不要跟（蔣）夫人太接近，總統是很忌諱這一點的，毛人鳳早晚會死在這上面。”