大明覆國軍獨立旅進佔應天府，恢復了大明舊都，白明修也暫時留在南京，而命手下軍隊以團級規模開始打擊附近州府的清軍。南京附近的清軍其實仍有相當實力，江南提督樑化鳳還有三千兵馬在蘇州，還有王之鼎所率兵馬三千在安慶，其他地方零零散散的兵馬多是三五百的規模。而且由於白明修的雷霆手段，江南的八旗兵馬基本上都被他趕盡殺絕，所剩的清軍都是以綠營爲主了。
從白明修接到江南煙雨系列任務，到攻克南京，前後共三十九天，白明修也算是完美地完成了30天內佔領一座江南地區的州府，45天內佔領南京的任務。接下來任務的第三部分，在1663年中前徹底掃平長江以南地區，白明修就沒有那麼着急了，畢竟他已然手上已經有西南五省，浙江已經入手大半，江南也已經攻克南京，剩下的福建、江西和湖廣，真的要拿下，只不過是一兩場戰役的事情。
由於完成江南煙雨系列的第二個任務，白明修獲得了江南民心大幅度增加的獎勵，在軍事上倒不會有明顯的表現，但是在治理上會有比較好的效果。
空蕩蕩的應天府皇城，白明修隨便選了一座宅子作爲自己的官邸。他並沒有打算直接將朝廷理政院從廣州府遷到南京來，理政院也確實準備搬遷了，不過目的地不是南京，而是上海。
開玩笑，白得一座近代城市，從基礎設施到工業廠房一應俱全，再加上對外港口這一得天獨厚的條件，白明修何必捨近求遠，將自己的行政中心放在南京。而且說實話，白明修雖然不太迷信，但定都南京的朝代幾乎都讓人家攻進國都了，兆頭並不好。
他開啓新大明帝國，也無意延續兩京制，選擇在經濟強勢的南方地區，其實並不利於南北融合，所以白明修未來的首都還只能放在順天府。順天作爲政治中心，上海作爲經濟中心，一如自己穿越前那樣佈局。
白明修在自己的官邸喝起了明前龍井，這茶葉還是戰利品，從這座宅子裡面繳獲的。說起來也是讓人悲憤和無奈，這座南京皇城，也就是江寧滿城。白明修已經把滿城裡的旗人全部驅逐走了，他們自然也沒有什麼財產權，所以大量的財產就成了他的東西。不過這些東西本來也都是中原之物，旗人們之前也是從漢人手中搶奪的。他作爲大明太子，從一羣強盜手裡搶回屬於自己的東西，也是應有之意。
“着顧炎武繼續處理以前居住在在皇城附近的應天府百姓，使他們能夠遷居回舊址。”白明修安排左右記事道。他直接安排了顧炎武作爲臨時的應天府尹，處理相關事務。
望着這座已經殘破的皇宮，白明修也是十分感慨。在朱由崧繼位，南明初立的時候，其實南京皇宮就已經非常殘破了，很多宮殿已經坍塌。到清軍攻入南京，將皇宮改成了駐防城，皇城內部的許多宮殿已經遭到了極大的破壞。白明修來看的時候，已經完全想象不到這裡曾經是一座故宮了。
獅姐能夠看出太子殿下作爲這帝國繼承者臉上的哀傷，她走過來，輕輕挽了他的胳膊，說道：“殿下，不用多介懷，畢竟我們正在將帝國奪回。您還打算修繕南京皇宮嗎？畢竟這裡不會是您的首都。”
白明修想了想說道：“不可能大規模修復成原樣了，沒有必要了。畢竟以後應天也不將承擔太多的政治職能，這裡以後就是江南省會，不過畢竟我也是老朱家的子孫，這座皇城內一些重要的主建築，還是要進行一番修復的，以後城市發展了，很多東西都要做重新規劃，講究土地利用的效率，所以我得諮詢諮詢做城市規劃的人才啊。”
白明修稍微調整情緒，說道：“江南軍務仍是首要，我們現在僅靠獨立旅，僅維持吳淞一帶就已經非常困難了，更不要說浙江那邊基本上我就是放給義軍底子的衛戍部隊在做了。不過後續援軍已經快要到了，能夠解我們的燃眉之急。”
白明修自己判定，在江南地區清軍暫時已經不具備發動大規模軍事行動的能力了。這跟古典時代軍隊的動員力是有關係的，在兵力上體現出來，基本上都是明軍在局部存在優勢，更不要提本身戰力的優勢了。白明修的三個步兵師抵達江南後，他就能得到三萬規模的野戰力量，而清軍別說三萬，連一萬的野戰兵力都很難拼湊出來。
之前西南戰事緊急，已經抽掉了不少江浙的兵力前往西南，結果還是被白明修和李定國給端掉了。清軍甚至都沒有得到恢復，白明修就已經帶領部隊殺到了江南，這一切都在清軍的意料之外。清軍兩股比較大兵團，一是李率泰、達素和施琅等人所領的福建兵團，兵力有四五萬人；一是穆裡瑪、洪承疇所領的湖廣兵團，兵力有七八萬人左右。
白明修就是看準了清軍留下身後的真空區，直接跳到了這兩股清軍的背後，攻打江南。雖然裡面有一部分因素是系統亂來給開的限時任務，不過白明修本身也是計劃好了要奪取江南的。
在這個戰略節點上，明軍已經取得了顯著的優勢。白明修現在需要做的，就是快速利用他手中的兵力，擴大戰果。
在大明覆國軍獨立旅攻克南京後第8天，大明覆國軍陸軍第4師、第12師抵達上海，大明覆國軍陸軍第8師已經於早些時候抵達寧波。白明修開始擁有充足的兵力，進行下一步的行動了。
第4師是他在黔西南戰役中帶領的戰功部隊，而第12師更是他近期才大規模招募的僱傭兵三星級王牌部隊。
第4師在抵達後當天幾乎未作休整，直接兵發蘇州，僅有三千兵力的江南提督樑化鳳面對上萬明軍斷絕勝念，居然選擇自刎殉國，蘇州開城投降。很快，蘇南的鎮江、常州、揚州等府盡數被明軍收取，獨立旅101團在一週之內連破太平府（蕪湖）、寧國府（宣城），第12師同浙江的第8師輕取廣德州和湖州府，整個長江下游地區在一個月間就近乎完全落入白明修的掌握之中。