明朝七俠晚年時，後金已建立多年，明朝內憂外患，明朝閹黨之亂，袁崇煥大將軍被冤殺，後金賄賂遼東大將，後聚兵進攻明軍，從而大勝，遼東失守，後金於公元一千六百三十六年，改國號爲清，大清帝國建立，清軍兵至山海關，明朝國內，義軍四起，李自成的義軍步步爲贏，所到之處，明軍潰敗，北京危矣，後金進攻山海關。公元一千六百四十四年李自成攻入北京，崇禎帝在北京煤山自縊，明朝滅亡。此時，明朝七大宗師已死多年，明朝七大宗師的有法力、會神功、會法術的徒弟爲天下蒼生，不在飽經戰亂之苦，天下早日太平，百姓安居樂業，率領門衆投降大清。明將吳三桂降清，領清軍入關，大清大軍與李自成的大順朝大軍在北京一帶決戰，大清大軍大勝，大順朝軍隊大敗，後撤出北京，清軍入主北京。明朝七俠死後二十年，大清、南明、大順、大西四國並立。清軍休整完後，清軍兵分三路南下，一路由阿濟格率領，追殲李自成大順軍；一路由多鐸率領，消滅南明武裝力量；一路由豪格率領，殲擊張獻忠起義軍。但同時又做了三路大軍圍殲大順軍的戰略部署，同時阿濟格和多鐸鉗形攻勢夾擊大順軍，豪格則緊追不捨，面對明末清初最強悍的八旗兵和明朝最精銳的吳三桂鐵騎，李自成和大順軍不到三個月就瓦解潰散。李自成及其餘部轉戰河南、陝西等地抗擊清軍，不幸於公元一千六百四十五年在湖北通山九宮山上被當地農民拿鋤頭鋤死了，大順朝滅亡。清軍陸續擊敗弘光、隆武、紹武等諸政權。陸續擊敗弘光、隆武、紹武等諸政權。公元一千六百六十二年永曆帝被殺，南明覆滅。公元一千六百八十三年，清軍攻佔臺灣，南明滅亡。
大西大順二年（1646年），清兵擊敗李自成大順軍，兵鋒直抵漢中陽平關，與大西政權對峙。張獻忠於西京召集大西軍高級將領會議，着手抗清兵事部署。強調萬一自己犧牲，指定張可望爲繼承人，同時確定了大西政權將實行“聯明抗清”的國策。7月，獻忠親率大西軍六十萬主力開赴川北抗清前線，設御營於西充鳳凰山。11月，大西軍廣元守將、都督劉進忠叛降清兵，並獻計突襲大西軍西充統帥部。同年12月，清兵依劉進忠計，冒險深入西充鳳凰山，襲擊了張獻忠。獻忠不幸重傷墜馬被俘，旋即犧牲。清兵乘勢總攻，數十萬大西軍猝失最高統帥，導致全軍失去統一指揮，各部建制被打亂，措手不及，全線敗退，倉促突圍，損失慘重。
此時，大西的重鎮重慶，已被明殘餘勢力、明平蜀侯曾英乘虛率軍攻陷。大西軍主力於重新集結後反不如曾英兵多。但大西軍迅即回師，哀兵義憤，以少勝多，一舉收復重慶，號稱擁衆二十萬的曾英部明軍隊頃刻瓦解，曾英中箭死去。同月，獻忠一妻臨產，張可望、張定國、張文秀、張能奇等四將軍於綦江“與衆同盟輔孤”，但生下的是遺腹女，且即死。衆人遂依獻忠生前所囑，擁推張可望繼任爲大西軍政權最高領袖。大西大順三年（1647年）正月，張可望率大西軍主力出川，擺脫了清兵，轉兵貴州，“所過民皆安堵”。途中，於遵義桃源洞處決了在大西政權主政四川三年中，犯有嚴重錯誤並負有重要責任的左丞相汪兆齡，同時處死了對張可望等主政軍中起實際掣肘作用的張獻忠皇后，整飭了內部紀律，確定並重申了堅持西南、聯明抗清的主導方針，實現了在不利形勢下的主動戰略轉變，並形成了新的以張可望爲首之下的四將軍領導體制。張可望等四將軍也在此時恢復了各自的本名——孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇。
同月，大西軍橫渡烏江，於2月擊破明守軍，直下貴陽，復分兵長驅攻略雲、貴各地。同月，獻忠義子、大西定北王兼定北將軍艾能奇犧牲，孫可望以部將馮雙禮接掌原艾能奇所部人馬。4月，大西軍迅速進兵，平息了“稱兵二十萬”的雲南蒙自土司沙定洲的叛亂，粉碎了以明黔國公沐天波爲首的明勢力的頑抗，並迫降了沐天波，掩有了雲、貴兩省全境。但同時，大西軍對貴州的統治並不穩固。主力部隊入滇後，打着明旗號的明在四川境內的殘餘勢力即乘虛侵佔了貴州的部分地區。同年8月，大西軍政權以昆明爲首府，改原“大順”年號爲“興朝”，併爲張獻忠建立世廟，追尊其爲“太祖高皇帝”，同時，制天子鹵簿、定朝儀、鑄九疊印，並着手編寫“太祖本紀”、撰修大西國史。
新的政權的組織形式類似“三架馬車”，仍以孫可望爲最高領袖，尊爲“國主”；大西安西王李定國、撫南王劉文秀改以“安西元帥”、“撫南元帥”的名義輔政，君臣間彼此以“兄弟”相稱。重新調整任命了內閣、六部等的組成官員，在安西元帥李定國、撫南元帥劉文秀以下，以楊畏知爲華英殿學士兼都察院左都御史，（後）大學士雷躍龍，吏部尚書嚴似祖，（後）任僎，（後）馬兆羲，（後）範鑛，戶部尚書丁序焜，（後）範鑛，禮部尚書嚴似祖（兼），（後）範鑛，兵部尚書任僎，刑部尚書雷躍龍，工部尚書仍爲王應龍，（後）王尚禮。同時，在貴州設立行營，調整地方各級政權爲府、州、縣、衛、所等，滇黔二省地方官皆可望委任“。
興朝年間，大西軍政權革除了原明朝時遺留於雲、貴地區的諸多積弊，實行了有利於政治清明、養息民生的新政，同時，制訂了有利於安定社會秩序與恢復、發展生產的制度和措施。大西軍政權所任命的官員，“道勞不肩輿，炎暑不張蓋，而盡力乎溝血”，“孫可望等立法甚嚴，兵民相安”，“全滇之官，無一人敢要錢者”；在大西軍政權治下的雲南，“外則土司斂跡，內則物阜民安。百姓插蒔恬熙，若不知有交兵者”。從吏風到民風，都發生了自明末以來清新、根本性的變化。大西還在其轄境內鑄造了“興朝通寶”，與“大順通寶”同時流通，以促進商業貿易的流通、發展。在政治上，此時的大西軍政權着眼全局，仍堅持奉行張獻忠遺囑的聯明抗清的重大戰略方針，並積極致力於建立抗清統一戰線的努力。一方面，利用在雲、貴與明舊屬所達成的統戰關係，積極溝通、聯繫明方面，表示願意尊明永曆皇帝朱由榔爲主，同時堅持自身在政治上的獨立性，誠心實意願與明方面聯合抗清。另一方面，積極溝通、聯絡李自成犧牲後的大順政權及其軍事力量，以重修舊好，聯手抗敵。
從總體上看，興朝年間，該政權的主要特點有三：一是靈活地採取了“建國不建統、紀年不紀號”的相對模糊、低調的，有利於鞏固自身，恢復發展的策略。二是，以“共扶明後，恢復江山”爲號召，達到團結雲、貴地區明政權人員，共建西南抗清基地，和切實落實聯明抗清的重大戰略的目的。三是，該政權宣稱“受命先王”、“恪遵先志”，“王繩父爵，國繼先秦”，表明在實質上，其政權性質依然是原張獻忠大西國政治生命的延續。它與當時的大順政權，均仍然是相對獨立於清朝及明的政權實體。因此，興朝年間的大西軍及其活動，仍應視作大西國曆史的一個重要的、難以割裂的組成部分。
興朝二年（1649年）正月，孫可望遣楊畏知等爲使，赴明永曆朝廷行在肇慶，具體落實聯（南）明抗清事宜。爲着建威於內部以及試探南明方面的誠意，開出了請封在前明歷史上位居諸藩之首的“秦王”一爵的較高條件。迂腐的南明朝廷對大西起義軍採取了歧視、敵對的態度，“議久不決”，並拒絕了秦王之封，只勉強同意封孫可望爲較“一字王”低一等的平遼王。南明潯州守將、慶國公陳邦傅更僞造永曆敕書、暗鑄"秦王之寶"金印，遣人冒充永曆朝廷使臣，往昆明僞封孫可望爲“秦王”、”監國“。以孫可望爲首的大西軍政權與南明朝廷進行了堅決地鬥爭。直至興朝四年（1651年）3月，南明方面爲形勢所迫，纔不得不正式認可了孫可望的”秦王“身份，並賜名“朱朝宗”。是月起，昆明的大西軍政權正式改奉南明永曆朝正朔，原“大西國”國號從此停用取消，大西軍正式成爲南明軍隊的一部分，孫可望改稱秦國“國主”，並積極部署收復失地，出兵抗清。
興朝二年（1649年），大西軍政權所轄全部兵力已恢復發展至二十餘萬。興朝三年（1650年）8月，爲了在大軍出師前肅清境內的軍閥、敵對勢力，鞏固西南的抗清基地，以孫可望爲首的大西軍政權，以依舊盤踞於後方部分地區的南明殘餘勢力爲主要的針對目標，發動了聲勢浩大的收復川黔戰役。孫可望以南明”秦王“、”監國“的名義，親率大西軍八萬主力自雲南進兵貴陽。貴州的南明匡國公皮熊、忠國公王祥等地方軍閥欲武力抗拒，孫可望果斷下令以武力強行“改編”。大西軍以摧枯拉朽之勢迅速進兵，在烏江河之役中，一戰而殲滅皮、王部主力六、七萬人，粉碎了南明軍隊的抵抗，王祥避死真州，皮熊率少數殘兵竄入山中後病死。9月，大西軍收復貴陽，並從此遷首府於貴陽。當年12月，大西軍收復貴州全境。次年，撫南元帥劉文秀奉孫可望之命揮師入川，沿途粉碎了自大順四年（1647年）大西軍撤離渝川后，乘機竊踞川西、川南、川東部分地區害民爲惡的多股南明軍閥軍隊，收復了四川大部地區，並與以忠貞營（即大順軍）別部爲主體的夔東十三家軍等多支抗清武裝溝通了聯絡。前明在四川的殘餘勢力南明定川侯李佔春、靖南侯於大海出川逃鄂。同年10月，降於清兵。川黔戰役以完勝收官。隨即，大西軍政權“安撫遺黎，大興屯田”，使“遠近多歸之”。其在經濟上所採取的有力措施，更使得“一切五穀六畜絲麻之類，無隙可逃”，促進了當地經濟的復興與發展。在大西軍政權的有效治理下，被收復地區“官絕貪污饋送之弊，民無盜賊攘奪之端”，重新呈現了生機。
南明永曆六年（1652年）正月，永曆政權所轄的南方國土多已淪陷於清兵，南明**軍相繼丟失了江蘇、安徽、浙江、江西、福建、兩廣、兩湖等省，所轄武裝部隊分崩離析，其主力業已爲清兵殲滅。永曆帝朱由榔被迫攜家眷及其朝廷僅存的文武官員，從其朝廷駐在地南寧倉皇逃奔原大西軍轄區，以尋求保護。2月，孫可望命遷之於貴州安隆千戶所安置，旋改命名爲“安龍府”。“王自入黔，無尺土一民”，“時廷臣扈隨者，文武止五十餘人“。事實上，從這時起，南明政權實際已經名存實亡。其最後的一個小朝廷——永曆朝廷已徹底淪爲完全寄居、依附於大西軍政權羽翼庇護下之傀儡政權，以秦王朱朝宗（孫可望）爲首的原大西軍政權，已成爲南明政權後期南明朝廷唯一賴以生存的政權與軍事支撐力量。
永曆六年（1652年）4月，朱朝宗率領南明軍隊主力誓師於貴陽，並軍分三路，大舉興兵北伐，收復失地。總兵力達二十四萬人。戰鬥序列爲：駕前軍：秦王朱朝宗親任主帥，以白文選爲副，下轄張虎（孫可望即朱朝宗之義子）、總兵黑邦俊、總兵王愛秀、賀九儀、張明志、張嶽、劉鎮國、關有才等將領。兵力十萬，內有戰象百餘頭。出貴州玉屏東進湖南。東路軍：主帥李定國，以前軍都督馮雙禮、鄂國公馬進忠爲副，下轄坐營都督靳統武、左營都督王之邦、右營都督吳子勝、天威營都督高文貴、西鎮營都督張勝、金武營都督劉之講、武英營都督廖魚標、武安營都督陳同能、火器營都督高恩、強弩營都督郭有名、鐵騎營都督王會、鐵騎營左都督卜寧、象陣營都督祿永命等將領。兵力八萬，內有騎兵逾萬，戰象一百六十頭。出貴陽黎平東征湖南。北路軍：主帥劉文秀，以王自用、張先璧爲副，下轄討虜將軍王復臣、滅虜將軍盧名臣、總兵狄三品、總兵姚之貞，以及張先軫、王繼業、楊春普、尹三升、王自奇等將領。兵力六萬，內有戰象六十餘頭。出遵義北伐入川。上述三路大軍中，除張先璧部八千人系原南明**軍、馬進忠部爲前期滎陽十三家農民起義軍外，其餘諸部，皆由大西軍改編而成。南明東路軍出師後，進展順利，所向克捷。出兵五十餘日，即攻克包括省府長沙在內的府、州、縣城數十座，收復了湖南全省大部分地區，斬清總兵張國柱于靖州，敗續順公沈永忠部於湘潭，困圍省內清兵於嶽、常、辰三州。6月，李定國率軍轉略廣西，相繼攻克繹湖、全州、嚴關，殲滅清定南王孔有德部主力三萬八千餘人。7月，東路軍攻克廣西首府桂林，清定南王孔有德被迫自殺，其子孔庭訓後被李定國擒斬，清廣西巡按王荃可、署理布政使張星光，南明叛將、原慶國公陳邦傅及其子、原南明文水伯陳曾禹等被俘。8月，南明東路軍乘勝收復了廣西全省，包括孔有德部主力在內的十萬餘廣西清兵被殲。清廷舉朝震恐。9月，王荃可、張星光、陳邦傅父子等於貴陽被朱朝宗下令處決。同年7月，清順治帝以皇兄敬謹親王愛新覺羅·尼堪爲定遠大將軍，率三貝勒、八固山等二十餘員大將並十五萬兵馬，輔以平西王吳三桂、平南王尚可喜、靖南王耿繼茂部，全部兵力共約三十餘萬，大舉征伐南明。朱朝宗檄令李定國撤兵兩廣，回師湖南迎戰尼堪。8月，李定國率東路軍撤出廣西，回師湘、贛，相繼收復永州、衡州、潮陰、永興、安福、永寧、龍泉等縣。11月，尼堪輕敵冒進，李定國親率大軍設伏于衡州，一戰全殲尼堪親率之清兵主力三萬餘人，陣斬清敬謹親王尼堪、貝子喀喇、一等伯程尼並敵將佐數十員，獲得大勝。清廷聞訊，“號天大慟”，“朝野震盪，人心浮動”，哀嘆“自國家開創以來，未有如今日之挫辱者也”。順治帝稱：“我朝用兵，從無此失。”清兵從徵貝勒愛新覺羅·吞齊、巴思漢，貝子扎喀納、穆爾佑，固山額真韓岱、伊爾德、阿喇善等將領，因主帥尼堪親王之喪，相繼受到被革爵、革職等嚴厲處分。南明北路軍劉文秀部在出師後，屢敗當面的清兵平西王吳三桂等部。至當年9月，收復了四川大部地區。李定國、劉文秀因功被永曆帝分封爲西寧王、南寧王。駕前軍方面，8月，白文選率軍進抵重慶，配合北路軍劉文秀部一舉收復了重慶。駕前軍兩總兵黑邦俊、王愛秀部一度隸屬北路軍節制，隨同北路軍主力取得了重慶追擊戰的停溪大捷。是役，清兵梅勒章京葛朝忠、佟師聖、白含真，總兵盧光祖、陳德等十餘將領被斬殺，共殲清兵近兩萬人，逃脫者僅百人。在南明東路軍橫掃湖南的同時，朱朝宗親率駕前軍十萬主力出黔中，經玉屏，攻克了辰州，朱朝宗改沅州爲貴州黔興府。
在由原大西軍改編而成的南明軍主力三軍併發，乘勝進軍的同時，其他各路南明軍隊也在其勝利進軍的鼓舞下，積極轉守爲攻，展開收復國土的戰略攻勢。由李來亨、劉體純等率領的南明忠貞營（大順軍）－夔東十三家軍，在渝鄂邊界表現活躍，並進迫常德；南明漳國公、招討大將軍鄭成功於閩南接連對清兵發動凌厲的攻勢；南明定西侯張名振、兵部侍郎張煌言於江浙屢敗清兵……在長江以南地區，造成了自清朝入主中原以來，南明方面全面反攻而清兵屢敗、困守的全局戰略態勢的重大轉機。
當以原大西軍爲主力的南明軍隊勝利進攻時，南明秦王政權——原大西軍政權內部的政治危機也隨之爆發。自興朝二年（1649年），孫可望向南明永曆朝求封秦王始，原大西農民政權及其軍隊，經歷了逐漸封建化蛻變的過程。在此進程中，以朱朝宗（孫可望）爲首的秦王政權與南明永曆朝廷間兩個中央既並存又鬥爭的矛盾，原大西農民軍將士與其“統戰”對象——南明各級文武及其政治立場間的矛盾，以及秦王朱朝宗（孫可望）與安西元帥李定國、撫南元帥劉文秀之間的上下級關係及其矛盾等，積聚日深。孫可望（即朱朝宗）對於南明永曆朝廷，僅是利用其政治招牌及傀儡旗幟的關係。但孫可望缺乏堅定的政治原則與長遠的全局洞察力，對繼續以南明政權及其旗幟爲號召日益缺乏熱情。從請封南明的秦王藩屬，到維繫”秦國“中央、帝權自專，並欲徹底踢開南明永曆朝廷而另建“後明”中央，政治野心日漸膨脹，終致不顧大局，譭棄張獻忠生前遺命及其自己曾長期堅持的“聯（南）明抗清”的戰略國策，於國、於己，釀成無法挽回的重大政治惡果。在大西軍政權內部，孫可望爲達其政治目的，目南明永曆帝及其朝廷爲傀儡，不顧其秦王藩屬地位，多次擅殺楊畏知等忠誠於南明政權的南明大臣或出身南明、後爲秦國（大西）政權效力的官員，親手破壞與南明政權在政治上的統一戰線。同時，受歷史侷限性的影響，以李定國、劉文秀爲代表的原大西政權中的部分重要首領，日益背離了張獻忠爲保有大西政權而“聯（南）明抗清”的政治前提，也背離了大西政權的基本政治原則與立場，逐漸從“聯（南）明抗清”蛻變爲事實上的“降（南）明抗清”，真正向南明覆闢勢力效忠。此外，隨着“聯（南）明抗清”戰略決策實施過程中，在政治方向性上的日益扭曲、蛻變，大西軍業已日漸褪化爲爲南明覆闢勢力服務的單純軍事集團。在大西軍政權領導層內部，孫可望不滿足於大順四年（1647年）初形成的四將軍（艾能奇犧牲後，演變爲三將軍）集體領導體制，欲集威權以自專，其獨斷傾向與李定國、劉文秀維護分權制之間的矛盾也因此日漸加深。孫可望性格狹隘、偏私，且疑忌心重，爲達目的不擇手段，不顧及自己曾與李、劉二人同爲張獻忠義子的手足之情和多年的戰友情誼，排擠、構陷李、劉二帥，加深了其與李、劉之間的嫌隙。此外，孫與李、劉三人在不同的政治道路上均日益蛻變，李、劉對孫可望以秦藩挾制（南明）朝廷，甚至欲取而代之的行爲日加不滿，其扶（南）明而背秦（西）之心日明，政治上的漸行漸遠直至形同陌路，也使得孫與李劉兩集團間的裂痕日益昭顯，直到分道揚鑣。
永曆六年（1652年）10月，在南明北路軍的強大攻勢下，清平西王吳三桂率軍退守保寧。劉文秀急欲攻下保寧，全殲吳三桂部，急躁輕敵，爲吳所乘，導致兵敗，討虜將軍王復臣、總兵姚之貞及張先軫、王繼業、楊春普等多名將領陣亡，損失部隊三萬餘、戰象三頭、馬騾二千三百餘匹。秦王朱朝宗（即孫可望）將劉文秀、張先璧調返貴陽，乘機解除了劉文秀的兵權，張先璧論罪處死。11月，李定國陣斃尼堪，朱朝宗置勝局於不顧，釜底抽薪調開了定國部隊兩翼的馬進忠、馮雙禮部，李定國以孤軍之力無法發展勝利成果，被迫兵退永州，坐失重大戰略轉機。朱朝宗進而欲借馮雙禮等原大西將領之手除去李定國，然諸將不欲見二王火併，事遂未成。永曆七年（1653年）3月，清徵南大將軍、貝勒愛新覺羅·吞齊率十餘萬清兵南下進攻南明。朱朝宗率十萬駕前軍主力迎敵於周家鋪。朱朝宗輕敵並欲獨攬全功，令白文選、馮雙禮、馬進忠、馬寶（南明安定伯）等部不得參戰。是役，南明軍大敗，駕前軍損失過半，朱朝宗丟失寶慶，敗退武崗，旋返貴陽。聲勢浩大的以原大西軍爲主力的南明軍隊的三路北伐宣告夭折。同月，南明原禮部尚書錢謙益遣使赴貴陽進獻長江之役戰策，獲朱朝宗首肯。爲此，朱朝宗於同年底重新起用南寧王劉文秀爲大招討、都督諸軍，“出師東伐”。但文秀爲防朱朝宗篡奪永曆帝位而遷延不進，宏偉的長江戰役計劃終成泡影。同年3月及次年2月，南明西寧王李定國兩度率軍自廣西進軍廣東。但由於一直得不到漳國公鄭成功部的配合，南明收復廣東的戰略計劃終因軍力不逮而告失敗，李定國被迫率部退返廣西。永曆七年（1653年）夏，南明永曆帝與秦王朱朝宗（孫可望）間的矛盾鬥爭加劇，永曆遣密使赴李定國軍中求援，李定國表示：“……怎忍久看陛下蒙羞，……孫可望爲臣義兄多年，倘其不忠，臣寧負友，必不負君！”徹底倒向了永曆帝一方。同年，朱朝宗（孫可望）覺察永曆帝與李定國之間的秘密勾結，下令處決了包括首席大學士吳貞毓在內的永曆朝十八名大臣。隨即“定儀制、立太廟，廟享三主：太祖高皇帝（注：即明太祖朱元璋）主於中，張獻忠主於左，而右則可望祖、父主也；擬改國號曰後明，日夜謀禪受”，加緊了篡奪南明中央政權的步伐。次年5月，朱朝宗不顧抗清大局，執意赴昆明“登基”。卻因偶然的突遭雹雨而放棄了登基稱帝的念頭。永曆九年（1655年）春，南明南寧王劉文秀率馬、步軍六萬、戰象四十餘頭東征湖廣。5月，文秀部將、先鋒盧名臣部水軍在進攻常德時戰敗覆沒，盧名臣陣亡。劉文秀率軍退回貴州，旋即再次被朱朝宗（孫可望）解除兵權。永曆十年（1656年）正月，南明西寧王李定國親率大軍突然自廣西兵發安龍。駐安龍中軍都督白文選倒向李定國。3月，李定國、白文選將永曆帝及其朝廷從安龍接至昆明，擺脫了朱朝宗的控制。4月，永曆帝詔封功臣，原大西軍政權文武中，李定國晉爵晉王，劉文秀晉封蜀王，其餘白文選鞏國公，固原侯王尚禮晉爵保國公，王自奇夔國公，賀九儀保康侯，張虎淳化伯，信陽伯李本高。以雷躍龍爲內閣大學士，王應龍任工部尚書，戶部左侍郎龔彝晉封戶部尚書。至此，始終處於內部分裂狀態的南明王朝進一步分化形成了昆明的永曆朝廷與貴陽的秦王朱朝宗（孫可望）兩個政權中心並存的格局。爲繼續籠絡、團結秦王朱朝宗，白文選、張虎被永曆帝派返貴陽，以示修好同年春，南明蜀王劉文秀命徵虜左將軍、龍驤營總兵祁三升總理四川軍務，以援剿後將軍狄三品、平虜營總兵楊威、懷遠營總兵賀天雲、監理屯田總兵鄭守豹等率師兩萬進軍嘉定府。9月，劉文秀親統三萬主力入川作戰，但因顧慮朱朝宗（孫可望）掣肘而進展殊緩。永曆十一年（1657年）2月，南明秦王朱朝宗（孫可望）於貴陽擅行帝權，晉封馬進忠爲“嘉定王”，馮雙禮爲“興安王”，張虎爲“東昌侯”等。8月，朱朝宗任白文選爲“徵逆招討大將軍”，並親率主力十四萬進攻昆明，主動挑起南明軍隊（同時也是原大西軍）的大規模內戰。永曆帝任晉王李定國爲大招討，以蜀王劉文秀爲副討，率軍五萬應戰。9月，雙方會戰於雲南曲靖。信陽伯李本高陣亡。白文選、馬惟興（馬進忠之子、南明興山伯）臨陣倒戈，朱朝宗全軍崩潰，其部將、原西鎮營都督張勝被擒殺，馮雙禮以秦藩首府貴陽獻於永曆。朱朝宗（孫可望）率家眷及秦藩兵部尚書任僎等，變節乞降於清廷，並於11月率其殘部近七百人投湖南寶慶降於清兵。原秦藩吏部尚書範鑛下落不明；狄三品、前鐵騎營都督王會遭降爵；張明志降於李定國，王自奇自刎騰衝，張虎、關有才被擒後被斬於昆明。同年，南明岐山侯王會、戶部尚書龔彝、兵科都給事中胡顯等降清。原由南明（大西軍政權）實際控制的包括雲南省大部、四川川南地區以及廣西全境等地在內的大片國土相繼淪陷清兵之手。永曆十四年（1660年）6月，南明晉王李定國下令處死了心存動搖的廣國公賀九儀等人。同年，南明鞏昌王白文選率軍推進至緬甸都城阿瓦附近，再欲接回永曆帝。緬甸當局故技重施，再度要求永曆帝敕書退兵，白文選被迫引兵退還。永曆十五年（1661年）5月，緬甸發生宮廷政變，緬王之弟莽白處死了緬王莽達喇，篡位自立。7月，緬甸新當局處死了永曆帝的扈從官員，永曆朝廷實際已不復存在。11月，清平西王吳三桂、一等公定西將軍愛星阿所部清兵推進至木邦。南明晉王李定國被迫率軍轉移至景線（今泰國境內昌盛附近），鞏昌王白文選率部避據錫波（今緬甸國木邦、阿瓦之間，與孟密相鄰），憑江爲險。12月，緬甸當局迫於吳三桂的軍事壓力，獻永曆帝於清兵。同月，南明鞏昌王白文選率部降清。清康熙元年（1662年）4月，南明永曆帝朱由榔及皇太子朱慈烺等於昆明被清廷下旨縊殺。南明政權覆亡。同年6月。南明晉王李定國因憂憤絕望，病逝於景線。臨終將世子李嗣興託孤於其部將、平陽侯靳統武。遺言：“寧死荒徼，無降也！”不久，靳統武亦逝。9月，李嗣興率餘部及家眷一千二百餘人拜表降清。原大西軍的抗清鬥爭至此宣告終結，大西帝國滅亡。
清朝滅掉大順、南明、大西三國，終於實現大一統，建立中國歷史上領土僅次於明朝的大帝國。大清帝國與沙皇俄國的長達二百七十年的戰爭，也是亞洲二個大帝國之戰，最終以沙皇俄國永久割得清朝四百多萬平方公里的領土而告終。