曾經有一位將領在面對慘敗，五萬軍隊在短短三天之中就被殲滅時，曾發出感嘆，就算五萬頭豬，三天時間對方也抓不完！
然而事實上，成建制經過訓練的軍隊在慘敗之後，抓起來還真的比五萬頭豬好抓！
豬面對槍口的時候只會豬突猛進，到處亂竄，然而人卻知道那個武器可以奪走他們的生命，識相的屈服。
在使用超越了好幾個時代的科技武器後，夏章手下的五萬軍隊抓馬萊的百萬軍隊消耗的時間也僅僅只有十五天而已。
太空之中的衛星掃描並對信息進行彙總，空中的噴氣式飛機打斷對方可能組織起來的反擊，地上的裝甲戰車以鋼鐵洪流的方式圍殲。
一場場爆炸，向世間的人類詮釋什麼是工業的力量。那些紛飛的斷肢殘軀，那些猙獰的鋼鐵造物，奪走馬萊士兵的所有士氣，也奪走了他們所有反抗的勇氣。
當面對裝甲戰車的炮口和機槍時，大批大批的馬萊士兵選擇了臣服，少量鼓起勇氣反抗的人，他們還需要對付萬花筒寫輪眼這種幻術利器。很可惜，這個世界的普通人面對火影世界的高級攻擊手段，根本無能爲力，在催眠之下，他們乖乖放下了手中的武器。
招降馬萊的百萬軍隊便是夏章征服馬萊的第二步。
這種近代士兵在經過訓練後，身體之中已經被刻上了執行命令，服從秩序的烙印，教導他們是一件更爲簡單的事情。
他們將會在短期的培訓後，成爲夏章管理馬萊帝國的基層管理人員。
這些馬萊士兵本就來自於馬萊帝國各地，佔據帝國百分之一的數量，在培訓合格後，他們完全可以回到家鄉，藉助本地人的優勢，建立起基層組織。
當然，這種方式也只是特殊時期的特殊解決方案，夏章能夠相信的也僅僅只有他親手打造出來的主基地戰士而已。
在十五天的招降期進入後期時，第一批招降的馬萊士兵中，比較容易教育的艾爾迪亞人已經跟隨夏章的手下進入馬萊的城市之中。
最先進行改革的便是，艾爾迪亞收容區。
雖然在馬萊的洗腦教育下，馬萊軍隊之中的艾爾迪亞戰士對馬萊有一種近乎偏執的忠心，然而，當馬萊帝國的秩序崩潰後，在他們心中堅信的戰士崩潰後，他們也最容易被吸收。
當公平、自由的大餅擺在這些艾爾迪亞人的面前時，雖然有不少人在猶豫，難以置信，覺得這是一個謊言。然而在沒有別的選擇的時候，他們也都清楚唯有臣服新的帝國才能給艾爾迪亞人帶來新的出路。
以鳳久爲首的三十名主基地戰士，帶領九百名已經向征服者組織臣服的艾爾迪亞人，正式開赴雷貝里歐收容區。
鳳久的實力在主基地之中雖然已經是末流，但在斬赤紅之瞳世界中，曾經做過一國大臣並帶領斬赤紅之瞳世界的帝國統一了那顆星球的他有着極爲豐富的執政經驗，面對各種種族矛盾、貧富矛盾、歷史矛盾等問題，他都有熟練的解決方案，在改革上有他進行把控不會出現太大的問題。
馬萊大陸上的艾爾迪亞人，悲劇也於此刻結束！
鳳久將告訴他們，這個世界上並非僅僅只有痛苦，如果世界之中出現了錯誤，那麼改變他就好了……
進擊的巨人這個世界的故事源自於兩千年前，巨人世界的一系列悲劇源自於愚昧時代的一個最令人心痛的悲劇。
在那個部落時代裡，艾爾迪亞部落裡有個叫尤彌爾的奴隸少女。有一天她因一頭‘奔向自由’的豬，替其他奴隸背了黑鍋並被奴隸主弗利茨王放逐。告訴她她自由了，事實卻是將其視爲獵物，圍追堵截。獵犬、弓箭，各種用來對付野獸的方式被施加到少女的身上。
在逃亡的過程中，她跌入一顆大樹樹洞的水潭裡，在水潭中她與一種類似於脊椎或者怪形蟲之類的存在接觸，獲得了變成巨人的能力，她也因此被後世稱爲始祖巨人尤彌爾。
尤彌爾回到了弗利茨王身邊後，繼續爲艾爾迪亞部落效力——從出生便經歷奴隸教育的她根本不知道應該怎麼反抗，也不知道該用自己的力量去做些什麼事情。
在弗裡茨王的奴役下，她開墾荒地、開闢道路、架設橋樑、征戰馬萊等其他部落，讓艾爾迪亞藉助巨人的力量，成爲整個大陸上的主宰。併爲弗利茨王生下三個女兒。
有一天，在一場典禮上弗利茨王受到偷襲，尤彌爾替弗利茨王擋下標槍，面對弗裡茨王冰冷的聲音，沒有繼續活下去支撐的尤彌爾就此離開人世，那一天是尤彌爾變成巨人的第十三年。
弗利茨王爲了巨人之力能夠延續下去，他命令他和尤彌爾的三個女兒吃掉了尤彌爾的屍體，並讓她們努力繁衍。
通過這種方法，巨人之力最終分成了九份，他們被稱爲九大智慧巨人，分別是車巨人、獸巨人、超大型巨人、鎧巨人、顎巨人、女巨人、戰錘巨人、始祖巨人以及最後誕生的進擊巨人。
當一個艾爾迪亞人變成了無垢巨人，然後吃掉擁有九大智慧巨人之力的人，巨人之力和被吃之人的記憶便會繼承到這個艾爾迪亞人體內，但獲得巨人之力後，這些人的壽命也只剩下十三年。
而如果不利用吃人的方式繼承巨人之力，在十三年的壽命結束後，巨人之力會隨機的進入一位剛出生的艾爾迪亞嬰兒體內。
藉助巨人的力量，大陸被艾爾迪亞統治了近兩千年，雖然九大巨人之間存在不小的爭鬥，但始祖巨人始終在弗利茨王族中代代相傳。
直到始祖巨人傳到了第一百四十五代，第一百四十五代弗裡茨王反感戰爭，認爲一千多年來艾爾迪亞人帶給世界的只有戰爭和毀滅，他認爲艾爾迪亞人是罪惡的。
他將帝國的主宰權交給戰錘巨人家族，並編造出一個馬萊英雄荷洛斯的謊言，讓大陸的人認爲是馬萊人打敗了巨人。
然後自己帶領一部分艾爾迪亞人進入大陸旁的帕拉迪島，並與他體內的始祖巨人之力立下了不戰之約，利用巨人之力建立了三道五十米高的圍牆。
這位弗裡茨王同時利用始祖巨人的能力，修改牆內人的記憶，讓他們對牆外世界一無所知，認爲牆外之人已經全部滅亡。
而剩下未到牆內的艾爾迪亞人則被馬萊帝國圈入收容所，他們只能在收容所受監控的生活，如果有誰觸犯鐵則，就被送往“樂園”帕拉迪島變成沒有智慧的巨人。
二十幾年前，一位叫格里沙·耶格爾的人因爲好奇帶着妹妹跑出了收容所去看飛艇，被馬萊士兵發現並面臨懲罰，哥哥一馬當先說妹妹的懲罰也由他承擔。
於是一個馬萊士兵帶妹妹回收容所，而哥哥被另一個馬萊士兵狠狠地踢了一腳以作懲罰。
然而格里沙回到家後，發現妹妹並沒有回家，並在第二天在河邊發現妹妹傷痕累累的屍體，被羣狗咬死……
妹妹的死對格里沙影響很大，他恨透了受馬萊帝國支配的生活，並在成年後他加入了艾爾迪亞復興會，誓要推翻馬萊帝國重建艾爾迪亞。
艾爾迪亞復興會在馬萊政府內線“梟”的情報下正如火如荼的發展，格里沙也因爲能力成爲關鍵人物，並在梟的引薦下，他認識了擁有王族血統的戴娜.弗裡茨，他們兩人結了婚並生下了兒子吉克。
在十三年一次的巨人之力宿主更換時，格里沙想讓他兒子吉克參加巨人之力宿主選拔，從而奪取巨人之力。
然而，吉克在發現父母的計劃因爲行事不密早已經泄露，一舉一動都在馬萊人的監控之中，不可能成功的時候，爲了保全祖父母，這個七歲的小孩子向馬萊人舉報了自己的父母。
也因此，艾爾迪亞復興會成員們被馬萊政府送到了樂園，被注射藥劑變成只會吃人的無垢巨人。
就在格里沙也要被注射巨人藥劑的生死關頭，梟出現了，他變成了進擊巨人殺掉了這支馬萊小分隊所有人。
梟向格里沙透露，馬萊帝國連年戰亂不斷，由於資源的匱乏，帝國首腦早就開始覬覦小島豐厚的資源。
但初代牆內王無論如何是不會反抗的，初代王認爲，艾爾迪亞民族即使滅亡也無法彌補自己的罪惡。
可是馬萊政府遲早要前往牆內尋找並搶奪始祖巨人之力，然後將艾爾迪亞人殺得一個不剩。
所以格里沙必須要搶在馬萊帝國之前，找到始祖巨人，藉助始祖巨人的力量解放艾爾迪亞人民，梟把這個使命和進擊巨人之力交託給了格里沙。
格里沙進入了牆內，在裡面成了家，生下了主角艾倫。
這是已經發生的劇情。
而夏章在征服馬萊後，也已經知道了現在的時間點，按照這個世界的歷法是，843年，距離主線劇情開始還有兩年。
在原本的世界線中，馬萊政府派出了四位擁有巨人之力的少年，進入牆內獲取始祖巨人之力，但其中一位少年在進入牆內的時候，因爲意外被一名無腦巨人吞噬。
剩下的三位便是女巨人阿尼、超大型巨人貝特霍爾德、鎧巨人萊納。
爲了潛伏進入牆內世界，超大型巨人踢破瑪利亞牆，鎧巨人也在內牆上撞出一個洞，大量的無垢巨人進入城牆內的希幹希納區，吞食人類。
人類被迫放棄三分之一的領土。
在過去十幾年裡。格里沙也在牆內暗中調查，尋找擁有始祖巨人力量的牆內王族，那一夜他爲了拯救希幹希納區的民衆和妻兒，請求擁有始祖巨人之力的王族人弗麗達出手，驅逐殺死入侵希幹希納區的無垢巨人，然而受到不戰之約限制的弗麗達認爲艾爾迪亞人天生有罪，被巨人吞食也是贖罪。
在利用進擊巨人之力回到那一刻的兒子艾倫的蠱惑下，憤怒的格里沙吃掉了弗麗達，奪取了始祖巨人之力，不作爲的王族也被他屠戮殆盡。
然而，始祖巨人之力只能在擁有王族血統的人身上起作用，但是就算擁有王族血統，當繼承初代王的記憶後，他的思想也會被初代王所支配，即永遠的將艾爾迪亞人圈養在牆內。
之後，格里沙在倖存者營地找到了兒子艾倫，將使命和巨人之力託付給了艾倫，囑託艾倫一定要奪回瑪利亞之牆，一定要進入自家地下室，那裡有很重要的東西。
另一方面，由於記憶被篡改，牆內人已經很少有人能記起這個世界的真相了，但是也有記憶力不受巨人之力影響，因此無法被篡改的幾大家族。
阿克曼家族便是其中之一。
阿克曼家族原本是弗利茨王族的近身侍衛，是巨人研究的副產品，他們擁有超越人類極致的力量，可以繼承阿克曼先祖們的戰鬥經驗。
到了牆內，王族開始忌憚阿克曼家族的力量，開始迫害阿克曼一族，最終整個阿克曼一族僅剩凱尼、利威爾和三笠幾人，其中凱尼因爲阿克曼一族的認主機制，在刺殺王族成員烏利的時候，被巨人的力量折服，成爲王族的打手，領導中央憲兵團，負責清理牆內一些反抗王族的人；利威爾則被調查兵團第十三任團長埃爾文引導加入調查兵團。
主角團艾倫、三笠和阿爾敏等人從第一百零四期訓練兵團畢業後，隨着艾倫變身進擊巨人幫助人類贏得特羅斯特區戰役，女巨人阿尼被擒，鎧巨人萊納和超大型巨人貝特霍爾德的暴露，調查兵團離真相越來越近。
王族爲了保護初代王的秘密和維護自己的統治權，準備抓住所有的調查兵團。
凱尼借一樁命案將埃爾文團長拘捕，隨後又將王族私生女希斯特利亞、艾倫以及全部調查兵團員抓獲，並將僅剩七人的成員全部列爲通緝對象。
那一晚，凱尼和王族僅剩的成員羅德.雷伊斯聯手，將希斯特利亞和艾倫帶到家族教堂地下，企圖讓希斯特利亞吃掉艾倫從而取回被奪走的始祖巨人之力。
然而作爲調查兵團成員的希斯特利亞明白即使取回始祖巨人的力量，她也會被初代王的思想支配，不願屈服的她背摔羅德，打翻藥劑。
倒地的羅德明白勝利無望，他舔食了地上的巨人藥劑，變成一百二十米的畸形巨人，但最終被希斯特利亞斬殺於城牆之下。