上募兵畢竟是上募兵，李子通部的萬餘步卒一時之間竟奈何杜伏威的兩千上募兵不得。但是杜伏威面對黑壓壓的叛軍，也放棄了去斬殺李子通這不切實際的想法。
上募兵奮勇拼殺，護衛着杜伏威向城外衝去。杜伏威本人也手持一柄長矛，左右刺殺，不多時刻，他就血染戰袍。上募兵也不斷的因中箭，被捅刺，被劈砍倒斃在血泊之中。李子通的叛軍則是死的更多，東倒西歪的屍體鋪滿了青石板大街。
杜伏威終究是殺開了一條血路，一行人衝到西城門。衝在最前面的上募兵已經控制了城門和城樓。城門被打開，吊橋已被放下，杜伏威毫不猶豫的策馬向外奔去。
他剛一出城門，心就如同墜到冰窟裡一般，因爲前方出現了大批兵馬，杜伏威以爲是李子通前來圍剿自己的其餘人馬。他大吼一聲：“難道老子我今天就要喪生此處了嗎！”
此時，對方軍陣之中馳出一將，他策馬到了杜伏威部的近前，滿眼驚詫的看着渾身是血，正向外奔逃的上募兵卒們，猛然他看到了杜伏威。連忙上前拱手手道：“大將軍，您這是怎麼了。爲何如此光景。”
杜伏威這纔看清，來將正是西門君儀。他心中大喜，連忙說道：“西門，你來的正好。李子通這賊禿他孃的叛變了。隨我殺回城中，老子要親手宰了這狗日的。”
西門君儀聽後，連忙指揮身後的五千多人馬跟隨杜伏威再次返身殺回六合城中。
城內的李子通正爲杜伏威跑了而氣惱不己，做夢也沒想到杜伏威立刻就帶着一支援軍反攻了。正要出城追擊的叛軍猝不及防中，被突然返身而攻的上募兵紛紛斬殺在地。
杜伏威與西門君儀的大軍蜂擁入城。李子通部剛纔在圍剿杜伏威的戰鬥中已經損失慘重，士氣消散。又猝不及防的被人反擊，頓時兵士們紛紛敗走。
相反，杜伏威以及西門君儀的兵卒卻士氣旺盛，杜伏威的上募兵士氣高漲是因爲有了爲死去兄弟報仇的機會，西門所帶的兵卒是期望攻下六合後好吃大睡一頓，因此人人奮勇拼殺。
戰鬥進行了大半個時辰，李子通部就已成全面潰敗之勢。李子通見大勢不妙，連忙帶着兩三千親兵向東門外撤去。杜伏威又苦戰半個時辰，消滅了李子通殘餘，纔算是控制住了六合全城。
杜伏威再次清點人馬，發現僅剩下五千人不到，其中有千餘人是上募兵。他將兵馬稍加休整後，想到件大事。迅速找來西門君儀，要他用此前的兵符，調集六合郡的所有杜伏威部來六合縣集結待命。他怕李子通搶先將這些部隊拉走。西門君儀領命而去。
到了下午時分，西門軍儀帶來個不好的消息。六合郡的三萬兵馬都被李子通以六合督軍司馬的名義全部帶走。
原來李子通早有佈置，六合郡的兵馬主力全都被他事先集中在六合以東一個軍營中，上午逃竄經過那時，順路就帶走了這些兵力，另外又順道帶走幾個縣城的駐軍，往高郵而去。
杜伏威心裡咯噔一下，說道【不好】。這李子通帶着大軍向高郵而去，顯然是打高郵的主意。而高郵方面的守軍還不知道他叛變的消息，李子通可以很容易騙過高郵守將，發動奇襲，吞併高郵的守軍。
此時的李子通正在高郵與六合交界處的永福縣“整編”軍隊。此時他才公開了和杜伏威決裂的消息。那些被他騙到此處的原杜伏威部驚詫無比，但是這些部隊親杜伏威的頭領此時皆被李子通斬殺，頭顱屍體都堆積在位於永福縣主街正中的菜市場上。普通兵卒和底層小頭目懾於李子通的威勢，即使心中不願意，也不敢表露出來和公開反對。
很快，他就將這些部隊的將校全部安插爲自己的親信。李子通清楚，這永福縣絕非自己久留之地。東北面的高郵還分屯有杜伏威的三萬大軍，若是杜伏威與他們取得聯繫東西夾擊自己，圍攻永福，自己也難逃覆滅的下場。
於是，李子通己打定主意，急令全軍向高郵進發。他想如法炮製，將杜伏威高郵的部隊也給吞併了。而後長期盤踞高郵，這高郵東扼邗溝，北臨淮河，境內溝壑縱橫，蘆葦叢生，正是用兵之所在。
就在李子通抵達高郵之時，杜伏威派往高郵的快馬也將信箋送到高郵守將手中。李子通的計策自然是沒有得逞，雙方隨即爆發戰鬥。這一仗持續了整整十五天，雙方大小接戰十餘場，最終李子通部堅持不住，三萬臨時拼湊起來的大軍逐漸潰散，李子通只好率着本部兵馬向淮河以北敗逃。高郵的杜伏威部守軍雖勝，亦有很大傷亡。
恰恰在這個時候，楊廣令江都的隋軍對高郵發起猛烈進攻。槳帆戰艦順着邗溝駛入高郵境內各個湖泊，隋軍精銳，兩萬驍果軍戰兵步卒傾巢出動向高郵各縣發起全面進攻，除此還有五萬駐守江都的其餘隋軍配合。楊廣甚至出動了天興軍的山地長槍兵和長弓手。
已經損耗嚴重的杜伏威部高郵守軍哪能抵抗的瞭如此猛烈進攻。抵抗了數天後就全線潰敗。三萬賊軍大部分被殲滅，少部分逃向六合。此時，陳俊又加強了六合縣北面的盱胎縣兵力，形成對六合的合圍之勢。
六合縣城的府衙庭院內，杜伏威看着陰霾的天空，眉頭緊鎖的發着呆。如今他的實力大損，所有兵力加起來不到萬人，而且先後損失多名大將，李子通叛變，這些給他的打擊不小。
以前，他不是沒遇到過這種情況，最終還是克服難關，挺過來了，不僅沒滅亡，反而茁壯成長起來。但今時不比往日了，這隋軍顯然實力士氣都大大高於此前，最重要的是民心似乎倒向了隋朝那邊，自己募兵都困難了許多。他知道這是罪己詔的效果，皇帝以詔書的形式表明了悔過的態度，保證不再隨意耗費民力，並且許諾之前徵役民力過度的地區免稅三年。