一、南京政府的運行
1．訓政開始
二期北伐結束後，蔣介石宣佈“軍政時期”結束，“訓政時期”開始。蔣介石宣佈實施孫中山的“建國大綱”，提出了“統一軍政”，“實施訓政”和以黨治國的口號。按照國民黨的解釋，所謂“訓政”，實際上就是國民黨的一黨專政，在這一時期，國民黨在政治上有兩個主要責任，一是要訓練全體國民行使政權，國民黨認爲中國民衆的政治素質比較差，政治知識與經驗就像一個初生的嬰兒，而國民黨就是這個嬰兒的母親，要保養、教育他迅速成長，盡革命之責任，待之成年之後，即還政與他。
此後，蔣介石在鎮壓及其他進步人士的同時，又在國民黨內部的各派系鬥爭中進行激烈角逐，他在鬥爭中有過勝利，也有過挫折，總的來講抗戰爆發之前的國民政府訓政，其綱領、基本法和體制主要反映了蔣介石及其擁護者的意志，是擁蔣派和反蔣派多次較量和妥協的結果。’
1928年7月，蔣介石在北平大肆宣揚“一個主義”和“一黨專政”。在蔣介石看來，一個健全的國家，必須“要謀中國人民思想統一”，要確定以三民主義爲中國惟一的思想，“再不好有第二個思想來擾亂中國”，還必須“以黨治國”，各種社會團體“一定要養成黨化、軍隊化”，完全聽命於國民黨。但是，當北伐軍隊佔領北平、天津後，蔣、馮、閻、桂四派問的矛盾就尖銳起來，他們圍繞着地盤的分配和軍隊編遣問題展開了激烈的鬥爭，直至軍閥之間的大混戰。最後，蔣介石憑藉其政治、經濟、軍事實力，在這幾次軍閥混戰中，削弱了地方軍閥的實力，進一步鞏固了自己的南京政權。“建國大綱”、“統一軍政”、“實施訓政”，便是蔣介石剪滅地方軍閥的旗號。馮玉祥、閻錫山和桂系對蔣介石的做法深爲不滿，但他們也無法與之相抗衡。
1928年8月8日，蔣介石在南京主持召開了國民黨二屆五中全會。他企圖取消各實力派掌握的廣州、武漢、北平、太原、開封等地政治分會，將各實力派首領人物調來南京加以控制，但遭到馮玉祥、李濟深等人的強烈抵制，而未能如願，他提出的《軍事整理案》雖然得到通過，但在具體的實施中受到消極抵制，統一整編全隊，以削弱各實力派的方案，實際上未能推行。這次會議決定實行“訓政”，宣稱“依照總理建國大綱，設立行政、立法、司法、考試、監察五院，逐漸實施，並決定迅速起草約法，預植五權憲法之基礎”。在羣雄鼎立的背景下，這次會議沒有達到蔣介石“削藩”的初衷，反而增加了他與各實力派之間的矛盾。
1928年9月，胡漢民、孫科從國外歸來，蔣介石出於維護自己統治的需要，經過同胡漢民多少密談，達成了聯合執政的協議。胡漢民作爲國民黨元老，在國民黨內有深厚的政治影響，他立即注意到國民黨內各種勢力分掌權力的強烈要求。爲此他起草了實行五院制的《國民政府組織法草案》，按此規定，國民政府是在國民黨中央的指導和監督下，執行訓政職責。
國民政府設主席委員1人，委員12至16人，五院正副院長由委員擔任，主席兼陸海空軍總司令，法律、命令需經國務會議議決，由主席和五院院長署名後才能公佈。國民政府設立互相平行的五院，分別執掌行政、立法、司法、考試、監察等權務。在蔣介石看來，若按此草案實施，自己手裡的權力就要被分成若干塊，但主席這一最高名位非己莫屬，而且自己的軍權並沒有受到限制，國民政府又要接受以自己爲首的國民黨中央“指導與監督”，這是蔣介石能夠接受的。
經過三次修正，《國民政府組織法》於10月3日的國民黨中央常務會議上通過，10月8日，正式公佈。根據五中全會的決定，在10月3日的國民黨中央常務會議上還通過了《訓政綱領》，其要點爲：“中華民國於訓政期間，由中國國民黨全國代表大會代表國民大會領導國民，行使政權”，國民黨在全國代表大會閉會時，“以政權付託中國國民黨中央執行委員會執行之”；中國國民黨“訓練國民逐漸推行”“選舉、罷免、創制、複決”四權，國民政府總攬執行“行政、立法、司法、考試、監察”五項治權；國民黨中央政治會議“指導監督國民政府重大國務之施行”，並修改及解釋國民政府組織法。這些規定是訓政時期國民黨黨政關係的最高依據。通過這一綱領，蔣介石作爲國民黨中央政治會議主席，領袖地位得以確立。
隨後，按照訓政綱領的規定，各種行政機構先後建立起來。10月8日，國民黨中常會任命蔣介石爲國民政府主席兼海陸空軍總司令，任命譚延闓、馮玉祥爲行政院正副院長，戴季陶、孫科爲考試院正副院長，蔡元培、陳果夫爲監察院正副院長，同時產生了國民政府委員和各部部長。蔣介石正式集黨政軍大權於一身，擁有了極大的權力。
1929年3月15日，國民黨在南京召開了第三次全國代表大會，會議正式宣佈軍政時期結束，訓政時期開始，追認了《訓政綱領》，並通過了《訓政時期黨、政府、人民行政政權、治權之分際及方略案》，規定由“中國國民黨獨負全責，領導國民，扶植中華民國之政權、治權”。由此可以看出，南京國民政府實施的以“以黨治國”爲核心的“訓政”，完全體現了蔣介石“一個主義”、“一黨專政”的執政方略。
1929年3月，國民黨三大在南京舉行，三大是蔣介石一手操辦的，除了訓政目標之外，很重的一個任務就是消滅地方割據。會議在聽取了蔣介石、譚延闓、何應欽、陳果夫作的黨務、政治、軍事、監察四個報告後，代表們紛紛舉手通過了一系列“消滅地方割據”，“鞏固中央地位”的決議案，大會還決定取消政治分會；處分汪精衛、陳公博等人；將“割據地方”，“叛黨叛國”的桂系頭領李宗仁、李濟深、白崇禧永遠開除黨籍；派兵討伐桂系。
除此之外，這次代表大會還通過了《外交決議案》，批准了南京國民政府關於南京事件、濟南慘案的處理，同時聲稱在實現“真正之統一”之前，要求取消不平等條約是不合適的。這次大會的召開表明徹底推翻了第一、第二會議代表大會所作出的正確決議和制定的各項革命政策，表明國民黨在孫中山逝世之後發生根本性的轉變。
在這次大會選出的中央執行委員會和中央監察委員會中，蔣介石大量安插了自己的親信人物，陳果夫、陳立夫、張羣、朱家驊，以及何應欽、王柏齡、劉峙等人被舉爲中央執行委員。被蔣介石制服的西山會議派人士也都紛紛當上了執、監委員。這樣，通過國民黨三大，蔣介石完全控制了國民黨中央大權，排擠和打擊反蔣的政治派別，鞏固了自己在國民黨內的地位。
2．政治體制的演進和憲政的準備
南京國民政府存在的22年問，其體制和制度一直處於不斷的變化之中，總的趨勢是越來越具體，越周到。這種體制的變化從根本上來說反映了國民黨上層，以蔣介石爲首的統治集團內部的權力鬥爭，權力之爭的結果是制度的變遷，具體反映在中央政府組織法，其中包括國民政府的組織法和總統府的組織法的制定、修改，前後共達13次。
1927年，四一二反革命政變後，蔣介石請國民黨元老胡漢民出面組織中央政府，仍稱國民政府，名義上是國民政府定都南京，籲請原廣州國民政府領導人到南京行使職權（對武漢國民政府不予承認）。所以沒有制定新的國民政府組織法，依舊沿用廣州國民政府組織法。1928年2月13日公佈實施的《修正中華民國國民政府組織法》是南京政府的第一部政府組織法。它規定國民政府由國民黨中央產生，國民政府主席的地位權力同其他中常委是平等的，且不兼管軍事。此後，南京國民政府多次修改《國民政府組織法》，直到1943年9月才基本確定了南京國民政府的組織制度。
南京政府組織法的變更，是不違背其根本前提下的變更，是國民黨統治集團內部的權力分配與機構調整，並無制度理論上的創新，而是國民黨統治集團內部派系鬥爭、各派實力消長與勝負，在組織制度上反映組織法的變更，是有其內在規律的。各派勢力相持鬥爭激烈時，取分權制；一派優勢，壓倒一切時，取集權制。
這一過程基本上可以分爲幾個階段：1927年4月至1928年6月，蔣介石初執牛耳，國民黨反對派先後聯合，聯合中又有權力分配上的對立、鬥爭乃至戰爭。蔣介石一派先行建立南京政府，又有軍事上的優勢，在政府中的地位優於其他派別，但還不至於獨霸政權。其政治上的反對派汪精衛、胡漢民及軍事上的反對派馮玉祥、李宗仁等實力存在，各不相讓，包括蔣介石一派在內，誰也消滅不了誰。各派相互角力的結果是將矛頭指向實力稍強的蔣介石，1927年8月，蔣介石曾被迫下野。此時蔣介石的主要目標是打敗張作霖，“統一”全中國，不能不借助各派的力量。所以，南京國民政府成立時，蔣介石只任國民革命軍總司令，而把國民政府的位子交能胡漢民。蔣介石下野不久，便又重新出山。
1928年2月，國民黨二屆四中全會進行新的權力分配：蔣介石任國民革命軍總司令兼軍事委員會主席，武漢方面的譚延閩任國民政府主席，各派均參加政府委員會，並承認了閻錫山、李濟深、李宗仁、馮玉祥所掌握的軍隊、政權和地盤，相應成立了太原、廣州、武漢、開封四個政治分會，分別由閻、李、李、馮掌管，便是這種政治格局的反映。1928年6月至1931年12月，經過幾年的戰爭，蔣介石基本上剪滅了地方實力派，政治局勢大不同前。先是1928年6月，蔣、桂、閻、馮四派對奉系的戰爭取得勝利，宣告“北伐”成功。四派共同對奉系作戰，勝利亦應分享。
不過，這不是蔣介石的打算，他通過1928年8月8日召開的國民黨二屆五中全會，決定實行訓政，用以對各派施加壓力，會上通過《整理軍事案》，強調軍政軍令絕對統一，並決定取消政治分會。很顯然，蔣介石企圖以中央的名義削弱地方實力派的軍事、政治勢力，以集權於自身。蔣介石控制了國民黨中央的大權，有優勢，加上胡漢民支持蔣介石“統一”，故各地政治分會被取消。蔣介石於1928年10月10日出任國民政府主席，這種形勢反映在此前公佈的修改後的《國民政府組織法》上。蔣介石比譚延闓的地位高、勢力大，組織法上有所反映。但各派政治、軍事勢力依然存在，蔣介石的權力慾不能不受限制。
胡漢民支持蔣介石是想讓他當中國的凱末爾，並非擁護他獨裁，大肆宣揚加強黨權，強調五院分掌五項治權。1928年10月，組成的國民政府，胡漢民、林森、譚延闓、馮玉祥、張繼等不同派別的代表人物分別擔任了院長或副院長。在這種情況下，蔣介石明白，自己尚不能獨步江湖，反映到政府組織法上，便是蔣介石主導的政府的權力有所增長，但是南京國民政府仍然是分權、均權制。
經過1929年和1930年國民黨各派的混戰，尤其是1930年的中原大戰，蔣介石打敗了馮、桂、閻各地方實力派，並且重創了汪精衛、西山會議派等政治反對派。胡漢民在1931年與蔣介石的約法之爭中被扣押，被迫辭去立法院院長等職。至此，南京政權成爲蔣派獨佔的天下，蔣介石身兼國政府主席、行政院院長、陸海空軍總司令等要職。1930年11月和1931年6月的國民政府組織法，就是以法律的形式，承認、鞏固蔣派以武力取得的勝利、權力和地位。
1931年，蔣介石的獨裁嚴重損害了反蔣各派的權利，激起了共憤。同時，1931年，九一八事變，以蔣介石爲首的南京政府實行不抵抗政策，引起全國的強烈反對，反蔣派正好利用蔣介石的被動局面，迫使他於1931年12月15日再度下野，辭去本兼各職。同年12月22日至29日召開的國民黨四屆一中全會，決定改變中央大權獨攬於一人的局面，決定再次由各派分掌權力，聯合執政。
蔣介石雖下野，實力尚在，以退爲進，爲了東山再起，在下臺前做了精心安排。首先選擇一位擔任“不負實際政治責任”的國民政府主席林森。林森原爲西山會議派，但此時已不介入派爭，“愛清靜”，各派均願接受。接着，負最高行政責任的行政院院長孫科，因蔣介石的親信們不合作乃至拆臺，在任期不滿一個月即行辭職，蔣介石、汪精衛於1932年年初聯合執政，蔣介石任軍事委員會主席，汪精衛任行政院院長，直至1935年底。
1931年12月30日公佈的《國民政府組織法》反映的正是1931年反蔣派大聯合鬥爭所取得的結果，從而打破了蔣介石一人專權，實行再分權。蔣介石受實力及現實政治格局所限，接受這個現實，另做打算。1931年12月的國民政府組織法存在時間比較長，直到1943年才作重大修改，但其間聯合執政並沒有維持很長時間。