此外，會議還追認了武漢臨時聯席會議的一切決議，並對國民黨中央和國民政府的主要機構進行了改造。通過這一系列決議案，使蔣介石從獨裁統治的權力最高峰跌落下來，而左派的權力由此大增。
蔣介石對二屆三中全會前後國民黨左派和開展的提高黨權運動，極爲惱火。2月21日，他在南昌總司令部總理紀念週上發表演講，攻擊武漢的左派和人。
蔣介石這篇演講發表以後，京滬帝國主義的通訊社和報紙都對其大加吹捧：“蔣介石已起來反對左派，抑制共產派了。”孫傳芳、張宗昌的上海新申報和西山會議派的上海江南晚報也以大字刊登蔣介石的演說，大加讚揚，並且評論說：“到底蔣介石不錯，還能起來抑制共產分子。”蔣獲知後，備受鼓舞，更要放開去幹了。
國民黨二屆三中全會閉幕後，武漢提高黨權的運動掀起新的。鄧演達、郭沫若等人在漢口《民國日報》上發表大量反蔣文章，吳玉章以“中國國民黨湖北省執行委員會”名義發表了《爲黨權運動敬告全黨同志書》，鄧演達以“國民革命軍總政治部”名義，編印“護黨運動專號”的宣傳品。
武漢政府爲奪回蔣介石的軍權曾採取過重大措施。1927年1月中旬，蔣介石離漢後約一星期，鮑羅廷曾專柬約李宗仁小敘，對李明確表示：“我看你們絕不能再讓蔣介石繼續當總司令了。再當下去，中國必然又要出現一個獨裁者，革命就會前功盡棄。”鮑羅廷還表達了希望李宗仁能取蔣而代之的願望，但爲李宗仁拒絕。二屆三中全會結束後不久，武漢國民政府“有一個俟機逮捕蔣介石的秘密命令，交給程潛執行”，但程潛沒有執行這個密令。
遷都之爭後，蔣介石銳意經營東南，企圖攻下滬寧後，將首都定在南京。武漢當局對蔣之意圖瞭如指掌，因而決定不讓蔣氏有完全支配上海、南京的機會。隨着北伐軍即將抵達南京、上海，左派力量同蔣介石的政權之爭便圍繞着對南京、上海的控制而展開。
武漢國民政府爲阻止蔣介石在南京另建中心的陰謀得逞，決定責成二、六兩軍控制南京地區。南京於3月23日克復，最先攻入南京的部隊是程潛的江右軍所屬二、六兩軍的部隊。
3月27日，蔣介石電召程潛至滬，與其他國民黨將領商議“清黨”之策，因程潛傾向武漢政府，隨即向鮑羅廷報告了蔣介石等人在上海籌議“清黨”。在這種緊急情況下，爲先發制人，鮑羅廷於4月7日下午召集臨時緊急會議，決定：“中央黨部及國民政府遷至南京”，並命令、武漢軍事委員會準備“以南京爲中心之作戰計劃”。但因爲程潛立場不堅定，又失去了控制南京的機會。
雙方在爭奪南京的同時，對上海的爭奪亦在進行。上海工人階級在中國領導下曾舉行過兩次武裝起義，但都失敗了。3月22日，第三次武裝起義取得了勝利。
武漢國民政府完全支持的行動，承認“上海市民大會爲上海市民正式代表機關”，“上海市民大會選出之市政府委員十九人爲上海市政府臨時委員”等。希望在的領導下，上海會被武漢方面控制。
然而，蔣介石無視上海市臨時政府的存在，於3月26日自九江進駐上海，隨後命令白崇禧直接控制上海局勢，並擅自任命上海市的行政官員。3月29日，上海臨時市政府委員舉行就職典禮，蔣介石致函臨時市政府：
查上海市之政治建設，實爲當今要圖，欲謀市政之建設，在此軍事期內，一切行政處處與軍事政治統系攸關，若不審慎於先，難免糾紛於後。中正爲完成政治統系及確定市政制度計，已另電中央熟商辦法。務望暫緩辦公，以待最後之決定。
蔣介石顯然是反對臨時市政府的成立，虞洽卿、楊杏佛、陳光甫、王曉籟等資產階級代表先後辭去市政府委員的職務。其他市政府委員雖然也進行了鬥爭，並宣佈就職辦公，但由於蔣介石軍事當局竭力阻撓、干擾，又無法行使職權。4月8日，蔣介石指派吳稚暉、鈕永建、白崇禧、楊杏佛等組織上海臨時政治委員會，並授予“決定上海市一切軍事、政治、財政之權”。、國民黨左派與蔣介石的權力之爭已達到白熱化程度。
2．爭取財閥、列強和幫會
爲了實現自己政治分裂的願望，蔣介石迫切需要建立自己的幕僚班子，團結一批忠誠可靠的心腹親信。爲此，蔣除約集在南方政權中任職的張靜江、陳果夫、戴季陶等到南昌密謀外，還從北方招來了許多舊時好友，共商大計。
蔣介石從河南召來了他留學日本的同窗張羣，任命其爲國民革命軍總司令部總參議，主持南昌行營事務，兩次致函在天津蟄居的黃郛，邀他火速南下，助自完成大業。
1927年1月初，黃郛離津南下，一路上，黃郛爲蔣介石四處訪友，鼓吹宣揚，籌集資金，在途經上海時，與中國銀行副總裁張嘉墩等商談了資助蔣介石的問題。
黃郛抵達南昌時，張靜江、戴季陶等蔣之心腹都已恭候多時。1927年1月底至2月初，蔣介石同張靜江、黃郛在廬山牯嶺仙岩旅館朝夕相處，經過多日之謀劃，最終形成如下決議：
第一，“蘇聯顧問太了，太可怕了，使國家觀念很重的國民黨感覺不安，必須離俄清黨。”第二，財政方面，“國家必須有根本一貫的大政方針，庶幾一氣呵成，釐可以裁，債可以理，而財政基礎即於是乎定。”要獲得銀行界的資助。第三，外交方面，在加強與日本聯繫的同時，不能忽視與英美的來往。第四，軍事方面，在北方之閻錫山、馮玉祥兩個力量，或思想、或歷史、或友誼均可與國民革命軍合作。第五，社會人心方面，鑑於一般人畏懼國民黨聯俄容共政策之後果，所以明示政策，使國民有所瞭解，是極爲重要的事。
蔣介石在醞釀“清黨”的過程中，特別注重獲取江浙財團的支持，其原因有二：一是江浙財團具有雄厚的經濟實力，有聯合之必要；二是蔣介石與江浙財團有歷史的淵源，具備聯合之可能。
1927年1月中旬，蔣介石在武漢寧波會館與江浙資本家以及工商界頭面人物會面，明確地表示他反對武漢國民政府的財政經濟政策和工人運動。暗地裡，蔣介石直接派當時任國民革命軍總司令部治理處處長、軍政署署長要職的徐捋秘密赴滬聯絡，首先經錢永銘、陳光甫向上海金融界籌借50萬元，供蔣介石年關之急用。
當蔣介石設司令部於南昌時，虞洽卿便親赴南昌拜會蔣介石。虞瞭解了蔣的意圖後，回滬與江浙財團中的一部分人撇開與軍閥孫傳芳有密切關係的傅筱庵任會長的上海總商會，於1927年3月22日另行組織了上海商業聯合會，準備爲蔣介石效力。
3月26日，蔣介石抵上海，虞洽卿當晚就去晉見蔣介石，商量組織替蔣介石籌措軍餉的江蘇省兼上海市財政委員會問題。
29日，9名大資本家赴交涉公署“往見蔣總司令，接洽一切”。蔣介石明確表示：“此次革命成功，商界暗中助力，大非淺鮮。此後仍以協助爲期。”江浙資產階級也表示願意在經濟、政治上支持蔣介石，雙方達成了交易。
此後，江浙資產階級在經濟上給蔣介石提供了一筆又一筆鉅款。棉紡業的榮宗敬拍胸脯說：“要鈿錢用，我有，做事體請洽卿、曉籟兩位老哥，（錢）要多少，我出多少。”3月29日，上海商業聯合會代表往見蔣介石時，他們就表示願意“認捐五百萬元，即繼續輸蔣，亦商所願，借款可另案辦理”。4月1日，上海金融業資本家爲蔣墊付了300萬元，直接資助蔣介石發動了四一二反革命政變。之後未幾天，蔣介石接二連三地發電報要上海商業聯合會催撥餉款，商業聯合會也大都照辦，不敢遲疑怠慢。
面對中國大革命的迅猛發展，英美日等帝國主義列強除了調兵遣艦，武裝保衛既得的在華權益外，也在積極活動企圖分化革命陣營。
1927年1月16日，日本外相幣原喜重郎，1月27日，美國國務卿凱洛格，1月29日，英國外相張伯倫分別談話或發表聲明，表示中立態度。
1927年1月中旬，蔣介石自漢返贛後不久，即會見了日本駐九江領事江戶千太郎，日本領事電告幣原外相：蔣談話明確表示，他非但不打算廢除不平等條約，而且還要儘可能地尊重現有條約，保證承認外國借款，並如期償還，外國人投資的企業將受到充分的保護。
蔣介石向日本表明意向之後急欲得知東京的反應，於是派黃郛去漢口聯絡日本總領事高尾，派遣戴季陶東渡日本“轉風試探”。
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不久，日本軍部的使者鈴木貞一與蔣介石在九江見面。蔣給鈴木看了他寫的《建國方略》一書，他的結論是：“爲了保全東亞，中日兩國的合作是必要的。”最後，他告訴鈴木：“我打算用三民主義統一中國，你就放心吧！我到南京就正式表明態度，你等着瞧吧。”
另外，蔣介石派戴季陶到東京，會晤了日本外務次官出淵勝次，表明蔣的立場。幣原外相由此判斷：蔣介石雖是“口頭上的過激派，行動上的穩健派”，但如果人走得太遠，這位寡言的將軍是會干預的。隨後，幣原向內閣提議：日本應拉住的蔣介石，讓他去壓制。日本內閣和軍部的意見完全一致，他們確定了“慫蔣”的方針。