沒有將張獻忠殺死這讓張雷感覺到十分不愉快，他耿耿於懷與這件事情以至於連做其他的事情都沒有了興趣，重新回到了巢縣來，無聊地看手下訓練士兵，糧食已經全部分發了下去，附近兩府的百姓們都受了恩澤，更多的人來巢湖參軍，張雷又乘機收了兩萬人，加上自己這一次帶出來的人馬又湊齊了十萬，這是一個很龐大的數字，這個數字大得讓崇禎也不願意看到，於是他起用了重新因爲與楊嗣昌政見不和而辭官的孫傳庭，名義上是來當張雷的副將，實際上也要隨時向崇禎報告張雷的動靜。
孫傳庭，字伯雅，又字百穀，一字白谷，代州鎮武衛人。在孫傳庭的一生中。鎮壓農民起義構成了他軍旅生涯的主要內容，其起點始於崇禎八年。這一年的秋天，孫傳庭出任驗封郎中，後又越級升爲順天府府丞。崇禎九年再擢爲右僉都御史。此時，以整齊王爲首的農民起義軍正雄據商洛之地，嚴重地威脅着明朝在陝西的統治，陝西巡撫甘學闊多次鎮壓失利，陝西士大夫請薦孫傳庭督秦，孫傳庭遂於崇禎九年三月巡撫陝西。孫傳庭到任後，令副將羅尚文率明軍進擊商洛地的起義軍，並誅殺了整齊王。不久，農民起義軍又在關中地區展開潰潼關鬥爭，孫傳庭在陝西周至的黑水峪之戰中鎮壓了起義軍中勢力最強的高迎祥部，並俘殺了闖王高迎祥。當陝西的起義軍屢遭挫折之際，活動於河南的起義軍馬進忠、劉國能等十七部進兵渭南。孫傳庭急忙聯絡河南明軍對起義軍進行圍追堵截。崇禎十年初，馬進忠等部再渡西折入陝。進襲商州、洛南、藍田等地。孫傳庭率部與各路明軍以優勢兵力接連打擊了起義軍聖世王、瓜背王、一翅飛、鎮天王等部。才使關中以南地區趨於平定。
孫傳庭在主持陝西軍務期間。不斷擴充自己的軍力和糧餉。西安周圍原屯積軍隊兩萬四千，田地二萬餘項，後來田地都歸屬於豪門，兵丁只是虛設在花名冊上。孫傳庭接管這裡後，經過治理，得士卒一萬一千，年收稅計銀十四萬五千兩，米麥一萬三千五百石。爲儘早徹底剿滅農民起義軍。明廷採納了兵部尚書楊嗣昌的“四正六隅”的全面圍剿方略，併爲完成此計劃增兵十二萬，加派軍餉銀二百八十萬兩。但是，孫傳庭對此持有異議。他認爲：因軍兵屢戰，多經潰乏受挫之苦，況且連年征戰，民力疲竭，此舉未必能收到預期效果。由於孫傳庭料知他的計劃不會被採納，便着手清點私產，得銀兩四萬八千。並招兵買馬，自辦圍剿所需的人力及資財。當明廷彙集各處上報的招兵募馬的數額時。唯獨孫傳庭的奏疏未送到。素與孫傳庭有隙的楊嗣昌於是乘機發難，抱怨朝廷的軍法在陝西竟行不通。孫傳庭對此上疏申辯道：“使臣如他撫，籍郡縣民兵之上，遂謂及額，則臣先所報屯兵已及額矣。況更有募練馬步軍，數目逾萬，何當不遵部議。至百日之期，商、洛之訊守，臣皆不敢委。然使賊入商、洛，而臣不能御，則治臣罪。若臣扼商、洛，而逾期不能滅賊，誤則事者必非臣。”
對此，他被楊嗣昌設下的計策弄進了大牢，後崇禎貶斥他爲平民放歸，如今又重新啓用。在得知孫傳庭往自己這邊過來了之後，張雷是一點兒也不願意的，對於他來說自己的事情自己就能夠做好，不需要其他的任何人來插手。不過既然孫傳庭都已經在路上了，他也不可能直接讓崇禎收回成命了，不過畢竟他還是有辦法的，還在半路上面的時候，張雷就派人送去了百萬兩白銀，讓他招兵買馬，獨立抗擊李自成，說是如果兩軍會和的話會造成部隊人數過多，機構臃腫，不利於行軍。
現在整個大明王朝二話不說就能夠直接拿出來百萬兩白銀的恐怕也就只有張雷了，因爲逐步完善的船隊能夠爲他在各個地方賺取鉅額的利潤，這點錢對於他來說並不算什麼大的投入。
孫傳庭在拿到這麼一大筆錢之後，也認爲張雷說的有道理，更加上他也想要率軍抗擊造反，如果跟在張雷的身邊恐怕也只能夠起到監視張雷的作用，這是他極爲不願意的，於是便聽從了張雷的話，不再繼續往巢縣去，而是直接就就地徵兵十萬，抗擊李自成。
李自成乍然受到攻擊，頓時也有些抵抗不住，龜縮城內不出，孫傳庭一邊訓練到手的這些人馬，一邊圍困李自成，也不進攻，只不過阻止了他繼續擴張的步伐。在瓦解了張獻忠的攻勢之後，盧象升也往北迴去和洪承疇一起將清軍阻攔在關外，天下再一次安定了。
張雷駐守巢湖地區，對於叛軍來說那就是一個威懾，崇禎有了之前的一次教訓，也不敢明目張膽地對張雷怎麼樣了，張雷樂得逍遙，帶着人指揮着附近幾個府州的百姓進行戰後重建工作。
在這裡再來說說汝州，公元一三六八年，朱元璋建立朝明，對元行省作了大的改革，改省爲“承布宣政司”，只管民政，但人們習慣上仍叫行省，簡爲省，省下設郡（州）、縣。汝州仍爲南陽府管轄，將樑縣省入汝州，領郟縣、魯山兩縣。一四七五年四月，在汝州東南設寶豐縣，汝州領三縣。一四七六年九月，時任兵部左侍郎的汝州人滕昭，以汝州距南陽太遠給羣衆生活帶來不便爲由，同好友河南布政使原傑聯明奏請憲宗皇帝朱見深，將汝州從南陽分出由省直轄，汝州成爲河南唯一一個由省直轄的直隸州，由縣級州升格爲府級。同年十二月，在汝州西部今汝陽縣城附近置伊陽縣，劃原嵩縣、魯山、汝州的部分地區爲伊陽地，汝州領魯寶郟伊四縣。明中央掌管吏治的按察使司在地方設立四十一個按察分司，叫巡道，河南有二，分別叫河南道、河北道，河南道駐汝州。
汝州爲義軍往來之要道，山中又有土寇。知州錢祚徵，徵集一千多人，在半夜的時候突然之間攻擊寇匪的老巢，那些匪徒沒有絲毫準備，大半沒殺死，其他的人全部慌亂逃走。錢祚徵又命令百姓千家立一大寨自保，寇匪無路可走，於是全部投降。
轉眼之間又過了一年，崇禎十四年正月，李自成趁着孫傳庭不注意，突然之間率軍進攻汝州。汝州爲叛軍土匪，李自成攻下汝州目的自然是十分明顯的，他想要從這裡將那些流寇土匪都全部集中起來爲自己所用，他不可能總被孫傳庭給壓着，到那時候不要說擴張，就算是自己的地盤估計都守不住。
汝州知州錢祚徵親自登上城樓指揮與李自成之間的戰鬥，結果卻不幸中箭死去，其他的士兵堅守了一個月，李自成用大炮攻陷了城門，汝州落入了李自成的手中。李自成馬上積極收整那些流寇，編進自己的隊伍裡面，給與一定的好處讓他們跟着自己，經過一個月的發展已經逐漸穩定了下來，於是在留下了一部分人駐守汝州之後，又親自率領軍隊往開封而去。此前他又攻下洛陽，殺了福王朱常洵，朝野震驚。
公元一三六八年，朱元璋改汴梁路爲北京開封府，公元一三七九年，罷北京稱號，封第五子朱橚就藩開封，稱周王。“天下藩封數汴中”周王本身也很賢明，再加上開封府是河南承宣布政使司的治所，開封成爲中原第一都會，開封城也僅次於北京和南京，是國際性大都市。城牆堅硬厚實，達到五丈，防禦能力極爲強悍。
孫傳庭在得知這個消息之後趕緊帶着兵馬前往增援，與李自成軍隊在城外激戰，孫傳庭以十萬兵馬對敵李自成五十萬人馬，雙方不分勝負。城內，周王朱恭枵，親自拿出庫金五十萬，餉守者軍士，並懸下賞格，殺一賊給五十金。他還自己出資來加築開封城，以防禦起義軍。當李自成攻城時，守城者投以火，賊被燒死者不可勝計。
隨後，左良玉率軍來援助孫傳庭，在沒有事先聯繫孫傳庭的情況之下露出了許多破綻，李自成抓住這些破綻，派出奇兵將左良玉團團圍住擊敗。左良玉嚇了個半死，也不再提援助的事情了，帶着好不容易脫困的一些士兵逃奔到襄陽去了。
李自成一邊打孫傳庭，一邊派人挖洞穴，既然開封城牆厚實，他就準備挖出洞穴來，直接進入到開封城內去。但是這個想法要實施起來可不是個容易的事情，因爲工程難度大是一點，還有時時刻刻都有可能出現阻撓他們行動的明軍。比如說，開封副將陳永福帶人背城而戰，殺義軍二千，李仙風督將遊擊高謙馳救，又殺叛軍七百人。接連打擊之下，李自成軍遂退走密縣。開封解嚴。
對此，崇禎十分高興，下詔褒獎，曰：“此高皇帝神靈憫宗室子孫維城莫固，啓王心而降之福也。”