到此時，李定國清除了孫可望埋在孩兒營的隱患，也暫時得到了張獻忠和孫可望對他的支持，便試圖大刀闊斧地改造和訓練孩兒營。
如果是李定國在這個時代的十多年記憶沒有喪失，跟李定國在二十一世紀的記憶融合一起，改造和訓練孩兒營自然是小菜一碟。可是李定國在這個時代的十幾年記憶不知怎地蕩然無存，除了身軀和那副身手外，他完完全全就是現代那個李明的思想和記憶，當然對怎麼練兵是丈二和尚摸不着頭腦，他剛來到這個時代時萌生的虛妄信心已經被現實擊潰了。
要知道在二十一世紀，李定國（李明）對戰爭的認識只體現在網絡小說和電腦遊戲裡面，通過虛幻的描述和簡單的圖像數據來臆測。而到了這個真實的戰爭年代，他才發現原來自以爲會是謀略家的自己竟如此膚淺，對於怎麼排兵佈陣、怎麼行軍紮營、怎麼訓練士卒，他是屁都不懂，僅僅懂得一些歷史上有的計策，比如羅猴山之役，他想起了《三國演義》上諸葛亮火燒博望坡。他現在只好用一個取巧的方法來矇騙一時，遇到實際問題時，他就召集衆將，詢問他們的意見，再從他們的意見中選擇一個貌似不錯的作爲自己的意見，這種伎倆怕是遲早都會讓人識破。李定國（李明）不禁感嘆道，三國志遊戲打通一千遍，用兵之道沒準還沒有三國的一個無名小卒強，甚至連做炮灰都沒資格。
就在李定國準備自暴自棄地讓靳統武等人代他練兵而他自己專門負責思想引導之時，天上掉餡餅一般，孫可望竟將明代軍神戚繼光的《紀效新書》交給了自己。
李定國回到營帳，將一干瑣事都推給靳統武做決斷，他要躲起來研讀《紀效新書》。
泛讀了一遍後，李定國就涌起了充足的信心，如同一個遊戲玩家遇到了一款十分難玩的遊戲，突然面前就出現了一個非常詳細的遊戲攻略。
戚繼光戚少保這本書寫的太詳細周到了，舉凡選兵、號令、戰法、行營、武藝、守哨、水戰、陣法、練兵等，共十八篇，所述內容既全面又具體實用，既是戚繼光抗倭中練兵實戰的經驗總結，又反映了明代訓練和作戰的特點，尤其是反映了火器發展一定階段上作戰形式的變化，尤其適用於這明末亂世。要知道，現如今的官兵比起戚家軍，即便是裝備也遜色不少，更不用說軍紀、訓練、單兵素質了，天地懸殊；而滿清韃子的鐵騎，猛則猛矣，有相當一部分幻象是跟明軍整體昏聵無能作對比才顯出的，另外滿清韃子夠有運氣，感覺一直有瞎眼天神在罩着他們似的，但跟穿越者相比，看誰的運氣更好。《紀效新書》裡也記載了剋制蠻族鐵騎的良策，只是蒙古跟明朝議和太早，戚繼光不得施展，只要李定國根據實際情況再做積極調整，日後對上韃子，他同樣滿懷信心。
前些日子李定國惡補兵法，把案頭的《孫子兵法》反覆翻閱，以至於能熟讀成誦。如今再加上這《紀效新書》，李定國便宛如有了絕世武功秘籍（紀效新書）和總綱（孫子兵法）在手的江湖豪客一般，有了百倍的信心將面前以及以後的軍隊改造成無敵雄師。
其實即便沒有《紀效新書》，李定國也無須太過灰心，在這個時無英雄乃使豎子（努爾哈赤、皇太極、李自成之輩）成名的年代，他雖然不學無術，僅憑着超越時代的三百七十年的見識也自傲然於世，獨領風騷。
李定國漸漸認識到，要想在這個冷熱兵器交替的時代，讓自己的軍隊戰無不克，攻無不勝，除了注意軍隊的數量規模，在保障軍糧供給沒有問題的前提下，當然士兵多多益善，除此之外，更要注意軍隊的質量，像左良玉那般動輒拉起幾十萬人馬只能嚇唬跟他一樣的軍閥或農民軍，遇到正受瞎眼天神眷顧的韃子鐵騎就無濟於事了，因爲完全是烏合之衆。
一個軍隊的質量包括裝備、訓練、軍紀、信仰等幾個方面，這是軍隊強大的四要素，可能在平常人眼中，它們的重要性是依次排列，而在李定國看來，它們的重要性要倒着排，因爲二十世紀的抗日戰爭、國內解放戰爭、抗美援朝等戰爭中裝備殘缺、訓練不足的一方竟然屢屢戰平甚至戰勝裝備強大、訓練充分的一方，讓他明白信仰對於一個軍隊戰鬥力的提升幾乎可以說是脫胎換骨，即便這種信仰粗陋的像白蓮教一般，只要有傑出的領袖和適合的時機，照樣能夠取得天下，如朱元璋舊事。但目前的他受制於張獻忠麾下，根本不可能推行什麼信仰。而裝備這方面對農民起義軍來說，只能說“沒有槍沒有炮，敵人給我們造”，李定國那超越時代三百七十年的見識和他在大學學過的機械知識，都只能在有了像樣的根據地以後才能派上用場，才能將自造裝備擺上日程。
目前他能夠做的就是按照《紀效新書》，再結合義軍實際情況來整肅軍紀和加強訓練。
在軍紀方面，《紀效新書》特別強調賞罰在治軍中的作用，主張賞罰要公正，賞不避仇，罰不避親，指出：“凡賞罰，軍中要柄。若該賞處，就是平時要害我的冤家，有功也是賞，有患難也是扶持看顧；若犯軍令，就是我的親子侄，也要依法施行，決不干預恩仇。”戚繼光言行一致，帶頭執法，後來以臨陣回顧，斬其長子。書中還制定了許多具體的訓練紀律，各項賞格罰條、連坐法等。制訂了嚴格的民衆紀律，如規定：“砍伐人樹株，作踐人田產，燒人屋房，姦淫作盜，割取亡兵的死頭，殺被擄的男子，污被擄的婦人，甚至妄殺平民，假稱賊級，天理不容，王法不宥者，有犯，決以軍法從事抵命。”
李定國吸收戚繼光在整肅軍紀方面的經驗，將軍規禁律再做嚴格細化，並在隨後的日子裡，李定國教導麾下兩千人將軍規上的字全部認識清楚，然後逐條給他們講解清楚，讓他們在理解的基礎上熟記下來，全部背熟背會，爛熟於心。
再隨後，當衆斬首了十幾名新降兵，因爲這些人或殺害無辜百姓或私吞財物或搶掠戰友的戰利品，都犯下了昔日在左良玉麾下的老毛病，在李定國全力推行整肅軍紀之時，可謂惡意頂風犯案，李定國自然二話不說，就命人將這些害羣之馬斬首示衆，以儆效尤。
又過了幾天發生了一件事情，原來的娃娃兵裡的十幾個**（義軍高級將領的子弟）竟然跟孫可望的親兵羣毆，他們不忿於孫可望故意重傷李定國且毫無歉意的無賴行徑，再碰到盛氣凌人的孫可望親兵隊，便不可遏止心頭的怒火，就跟孫可望的親兵對陣起來。當此時，孫可望也不想把事情鬧大到讓張獻忠知曉，便想大事化小小事化了。李定國也是同意，但關起營門後，他先講明內部不團結對義軍未來的嚴重危害，將這十幾個惹事的傢伙說的心服口服之後，才喝令將他們都責以五十軍棍。李定國隨後在軍規里加上一條，跟友軍或自己營內的人私相爭吵鬥毆者，處以二十到一百不等的軍棍之刑，尤其是跟友軍士卒私鬥，都會處於五十以上的軍棍刑罰。孩兒營暫編的二千士卒都明白了李定國的苦心，都領受這一軍規。
通過以上種種舉措，李定國在孩兒營裡樹立了軍規的權威性，使得原來散漫的孩兒營恍然一新。李定國還將進一步加強軍規教育和獎罰，將嚴明軍紀變成他麾下軍隊的標誌。
軍紀問題不是一朝一夕就能徹底解決的，需要漫長的堅持，並且會在日後部隊編制擴大、良莠不齊的人員加入部隊時遭遇連番的考驗，這自然是後話。