少年小風意外來到了寶可夢的世界，與妙蛙種子展開了冒險。在常磐市，小風遇到了一位特殊的寶可夢訓練家，與其開始了旅行。但在月見山，達克萊伊卻告知他並非是孤獨的。難道說，不止他一個穿越者嗎？
“出來吧，妙蛙種子！”
一陣刺眼的白光閃過，一隻妙蛙種子印入眼簾。和記憶中的一樣，妙蛙種子依然長着綠油油的種子，臉上洋溢着可愛的笑容。小風俯下身子，摸了摸妙蛙種子的頭，笑道：“既然我們相遇了，那我們就共同努力，爭取成爲寶可夢大師吧！”“種子種子！”妙蛙種子開心的叫道。
雖然話是這麼講，但小風心中擔憂的是怎麼回去，當不當寶可夢大師對現在的他來說完全不重要。“嗯……”小風爬到了樹上，“不遠處有個小鎮，如果我沒猜錯那就是真新鎮了吧，看來這是常磐市與真新鎮之間的那條小路，那麼也就是說，從這裡出發再走一段路就能到常磐市了。既然暫時沒有辦法回去，妙蛙種子，那我們就出發吧！”說着，小風從樹上跳了下來，把妙蛙種子收回了精靈球。
風兒輕輕地吹過，樹葉發出“沙沙”聲。一路上，小風遇到了不少的綠毛蟲和獨角蟲等寶可夢，可一隻也沒有收服。他暗自心想：“這個世界和遊戲不同，不是純粹靠等級壓制就能勝利的。我不能隨意收服寶可夢，我要收服一些更強大的寶可夢，這樣才能成爲寶可夢大師。”
走了大約十分鐘，小風來到了常磐市。
...